PacBio助力100K基因组计划最新进展
今年1月我们报道了Pacific Biosciences公司加入100K基因组计划，该计划将对10万种食源性病原微生物基因组进行测序。最近，该项目研究者宣布，利用PacBio单分子实时(SMRT)测序技术，他们已经完成了20种食源性病原微生物的基因组，并且已经将序列和完整的表观遗传学信息发布在NCBI网站，包括沙门氏菌、李斯特菌、弯曲杆菌以及弧菌(Vibrio)。 Bart Weimer教授是100K基因组项目的负责人，同时也是加州大学戴维斯分校兽医学院的教授。他认为这些完成的基因组序列可以作为高质量的标准序列，因为每个菌株都组装成了单个的染色体。不仅如此，基因组中还包含了完整的噬菌体以及质粒元件信息，这对于了解菌株致病性、耐药性及其他与生存相关的重要的生物性状非常关键。这些信息将能减少诊断和确定爆发株所需的时间。 Weimer教授还提到，在今年秋季，他们计划公布更多完成的基因组序列。他认为PacBio试......阅读全文
基因组的进化特征
基因组不仅仅是生物体基因的总和，基因组还含有其它可以考虑特定基因及其产物的特征。复制在基因组的塑造过程中起了重要作用。复制的范围包括短串联重复序列的延伸、基因簇的复制、整个染色体甚至整个基因组的复制。这种复制可能是创造遗传新性状的基础。
基因组DNA的提取
第一节 概 述DNA的提取通常用于构建文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用DNA较长的特性，可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中，可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀附于壁上及底部，
体内基因组编辑介绍
这应该是最受期待的基因治疗方法，即使用基因编辑技术直接修改体内突变的靶DNA，消除致病基因，恢复身体功能。这种方法的优点是可以治愈这种疾病。例如，在亨特综合征或血友病A患者中，尿酸-2-硫酸酯酶（IDS）或凝血因子-8在体内没有正常表达。如果将IDS或八因子基因插入基因组，它可以终身正常表达；缺点是
Nature：水母基因组之谜
太平洋侧腕水母的基因组中缺少很多常见基因。 栉水母基因序列草图的发表揭示了一种与众不同的神经系统。 栉水母（comb jelly）——或栉水母门动物（ctenophore）——看起来就像微小的迪斯科球，它们利用特殊的纤毛推动自己在海洋中游动，并且用粘性触手来捕获更微小的猎物。圣奥古斯丁佛罗里达大
细胞核基因组
每条染色体含1个DNA分子，1个细胞的全部遗传信息（基因）都编码在线状的DNA分子上。由于每个体细胞中有2套染色体（2n），故所含的DNA是由两个基因组（genome）构成。每个单倍体基因组约含3.2×109bp.人类基因的平均长度为1～1.5kb，所以基因组以足以编码1.5×106蛋白质，但实
什么是基因组进化？
基因组不仅仅是生物体基因的总和，基因组还含有其它可以考虑特定基因及其产物的特征。复制在基因组的塑造过程中起了重要作用。复制的范围包括短串联重复序列的延伸、基因簇的复制、整个染色体甚至整个基因组的复制。这种复制可能是创造遗传新性状的基础。
线粒体基因组的原理
线粒体基因组能够单独进行复制、转录及合成蛋白质，但这并不意味着线粒体基因组的遗传完全不受核基因的控制。线粒体自身结构和生命活动都需要核基因的参与并受其控制，说明真核细胞内尽管存在两个遗传系统，一个在细胞核内，一个在细胞质内，各自合成一些蛋白质和基因产物，造成了细胞核和细胞质对遗传的相互作用；但是
线粒体基因组的概念
线粒体是真核细胞的一种细胞器，有它自己的基因组，这些基因组统称为线粒体基因组。线粒体内的DNA，可参与蛋白质的合成，转录，与复制，具有较高的研究价值。
线粒体基因组的简介
线粒体是真核细胞的一种细胞器，有它自己的基因组，编码细胞器的一些蛋白质。除了少数低等真核生物的线粒体基因组是线状DNA分子外(如纤毛原生动物Tetrahymena pyniform和Paramecium aurelia以及绿藻Clam ydoomonas rein—hardtia 等)，一般都是
揭秘基因组“暗物质”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516832.shtm非编码核糖核酸（以下简称非编码RNA）在生命活动调控的各个方面发挥着重要作用。研究非编码RNA对了解生命调控的本质不可或缺，是当前生命科学研究前沿热点。2014年，国家自然科学基金重大
核基因组的概念
核基因组是指真核生物细胞核染色体所包含的的全部遗传信息即碱基对，有别于诸如叶绿体和线粒体的质体基因组，以及黏粒及质粒等其他基因组存在形式。
表观基因组的概念
中文名称表观基因组英文名称epigenome定 义全基因组的甲基化图谱。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
双义基因组定义
中文名称双义基因组英文名称ambisense genome定 义双链DNA病毒中正义链和反义链同时含有可读框,其间被A-U富集区所分隔的一种基因组结构。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)
基因组作图的定义
中文名称基因组作图英文名称genome mapping;genomic mapping定 义确定界标或基因在构成基因组的各条染色体上的位置，以及染色体上各个界标或基因之间的相对距离，绘制遗传连锁图或物理图。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
基因组大小如何确定？
基因组大小是一个拷贝的单倍体基因组中DNA碱基对的总数。基因组大小与原核生物和低等真核生物的形态复杂性呈正相关。然而，在软体动物和上述所有其它高等真核生物之后，这种相关性已不再存在 ，主要是因为重复DNA的缘故。
叶绿体基因组的概念
采用高盐、低pH值法提取雷蒙德氏棉叶绿体DNA;通过物理剪切法获得随机断裂的DNA片段;剪切片段末端、补平修饰后与pCC1FOS载体连接;用噬菌体包装蛋白包装重组DNA,侵染大肠杆菌EPI300,构建了雷蒙德氏棉叶绿体基因组文库。对于叶绿体DNA剪切,以1 mL注射器中等速度吸打18次为最佳参数。
Nature公布小麦基因组
利物浦大学、加州大学戴维斯分校等9所研究机构合作对小麦基因组进行了测序，他们的研究将于十一月二十九日在Nature杂志上发表，有望帮助人们增加小麦产量，培育更适应环境变化的品种。 到2050年，世界人口预计会从七十亿增加到九十亿，在可用耕地越来越少的情况下，要满足全球对粮食持续增长的需求，
基因组重排的原理
1998年Maxygen公司的Stemmer等人提出了一种新的分子育种方法——全基因组重排技术,这种技术是分子定向进化在全基因组水平上的延伸,它将重组的对象从单个基因扩展到整个基因组-,因此可以在更为广泛的范围内对菌种的目的性状进行优化组合。基因组重排技术主要在传统诱变的基础上与原生质体融合相结合进
认识泛基因组测序
什么是泛基因组？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pangenome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年，Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接，发现了个体独有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
基因组DNA的提取
基因组DNA的提取概 述 基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分
基因组测序仪简介
基因组测序仪是一种用于生物学领域的分析仪器，于2012年12月19日启用。 技术指标 个体化基因组测序仪主机/ION TORRENT主机。 主要功能 样品处理、快速的运行时间以分析单个或多个样品 支持多重文库，从而实现最大的效率和经济性 可在必要时禁用个别测序通道，以节约试剂用量。
基因组重排的定义
基因组重排将重组的对象从单个基因扩展到整个基因组,可以在更为广泛的范围内对菌种的目的性状进行优化组合。
世界微生物数据中心落户微生物所
在近日召开的第12届国际菌种保藏大会上，经过大会专家委员会评审并经世界菌种保藏联合会理事会审议通过，中国科学院微生物研究所在众多的竞争者中脱颖而出，成为世界微生物数据中心（World Data Center for Microorganisms, WDCM）新的主持单位。 W
微生物实验室检测常见的微生物
在产品微生物检测过程中，实验员们会接触到许多不同的微生物种类，小编就来总结下检测实验中常检出的微生物。 大肠菌群 大肠菌群，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。 大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。一般食品中大肠菌群超标，表示食品受动温
微生物所发表中国微生物组数据平台
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
北京基因组所等解析NK细胞白血病功能基因组
侵袭性NK细胞白血病（ANKL）起源于NK细胞异常增殖，病情进展迅速，多数患者在极短时间内发生多器官衰竭，部分患者会出现吞噬血细胞的现象，病情凶险。ANKL患者即使积极接受正规治疗，平均生存时间也仅有几个月。目前，临床上ANKL的治疗面临两大问题：患者对传统化疗方案不敏感，医学界没有统一的治疗标
北京基因组所等解析NK细胞白血病功能基因组
侵袭性NK细胞白血病（ANKL）起源于NK细胞异常增殖，病情进展迅速，多数患者在极短时间内发生多器官衰竭，部分患者会出现吞噬血细胞的现象，病情凶险。ANKL患者即使积极接受正规治疗，平均生存时间也仅有几个月。目前，临床上ANKL的治疗面临两大问题：患者对传统化疗方案不敏感，医学界没有统一的治疗标
研究发现人类合子基因组激活起始于父源基因组
表观遗传修饰包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质可及性和染色质高级结构等，在基因的表达调控中发挥重要作用。人类精子和卵细胞的染色质表观修饰状态存在较大差异。在受精后的早期胚胎里，来自精子的父源染色质和来自卵细胞的母源染色质会经历剧烈的表观遗传修饰重编程，最终达到两者类似的模式。人类胚胎的合子基因
基因组所发布表观基因组关联研究开放平台EWAS－Open－Platform
近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）开发的表观基因组关联研究资源开放平台EWAS Open Platform上线。相关研究成果以EWAS Open Platform: integrated data, knowledge and toolkit