《科学》：太平洋海底发现上千种新型微生物
美国海洋生物学家在太平洋的俄勒冈州沿海的深海热液喷口发现了上千种微生物新物种。参与该项研究的科学家来自于缅因州的伍兹霍尔海洋生物实验室以及华盛顿大学的大气和海洋联合研究所。 利用一种被称为“454标签测序法”的新型分析技术，科学家们分析了微生物和古生菌的1百万个DNA序列。这些DNA取自于太平洋轴向海山深海火山的两个热液出口处的微生物样本。研究人员最终发现那些地区存在3000种不同的古生菌，微生物的种类更是超过了37000种。 该篇文章的主要作者、海洋生物实验室的Julie Huber表示：这些细菌大多数此前从未见报道过，其中有上百种与我们如今所知的微生物相差甚远，以至于只能判断其所属门类。很明显，继续取样进行研究以确定其所属的种类是必不可少的。 该项研究结果发表在《科学》杂志上。 原文链接：http://www.sciencedaily.com/upi/index.php?feed=Sc......阅读全文
【盘点】单细胞测序研究进展一览
细胞是生物学的基本单位，近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术，该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列
【盘点】单细胞测序研究进展一览
细胞是生物学的基本单位，近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术，该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始
2.7万份样本采集分析－首份地球微生物多样性数据集出炉
英国《自然》杂志10月31日发表了一篇微生物学重要论文：科学家通过分析2.7万份来自全球范围内不同环境所得的微生物样本，对细菌和古菌的多样性进行了前所未有的深入解读。该元分析属于地球微生物组计划（EMP）第一期的一部分，该计划的最终目标是表征地球上所有的微生物。 微生物生态研究的一个重要目标，
《自然》文章盘点关于基因“剪刀”的五大谜题
它是个非常了不起的工具。我想知道这个系统从头到尾如何工作。 Francisco Mojica并非第一个看见CRISPR的人，但他可能是第一个为它着迷的人。他还记得1992年当他首次瞥见可能引发一场生物技术革命的这个微生物免疫系统的那一天。他在评估地中海嗜盐菌的基因测序数据，注意到14个不寻常的
《自然》文章盘点关于基因“剪刀”的五大谜题
原核生物利用CRISPR-Cas抵抗在细胞上形成图中结构的病毒。 它是个非常了不起的工具。我想知道这个系统从头到尾如何工作。Francisco Mojica并非第一个看见CRISPR的人，但他可能是第一个为它着迷的人。他还记得1992年当他首次瞥见可能引发一场生物技术革命的这个微生物免疫系统的那一天
南京土壤所土壤功能微生物技术开发取得新进展
指甲盖面积大小的土壤中，微生物数量最高可达上百亿，种类最多可达上百万。这些难以计数的土壤微生物如何相互作用，并在复杂环境中发挥功能，一直是土壤微生物学的技术难点和研究前沿。2011年，中国科学院南京土壤研究所贾仲君课题组利用稳定性同位素示踪氨氧化微生物DNA，开发了高通量测序微生物群落13C-1
研究发现全球温泉有超60000种微生物
温泉中究竟有多少微生物？我国科学家通过研究全球160多处温泉的微生物采样数据，估算出全球温泉共有古菌近8400种、细菌55000多种。该成果近日发表在了国际期刊《微生物学前沿》上。 中国科学院昆明动物研究所“计算生物与医学生态学”课题组根据全球160多处温泉宏基因数据，采用“多样性-面积关系”
－Science：2014年生命科学领域最佳雇主排名
《科学》杂志自2002年开始每年都要进行生命科学领域“最佳雇主”网上调查，主要测评对象是生物技术、生物制药、传统制药以及相关行业的公司。 近日，Science公布了2014年生命科学行业最佳雇主榜单。榜单前10名中：生物技术公司Regeneron连续3年荣登榜首；基因泰克（
Science发表超深度线粒体RNA测序
蒙特利尔大学的一项新研究显示，线粒体遗传物质在个体内和个体间具有显著的多样性，而线粒体RNA上的修饰影响着我们每个人的身体健康。 线粒体基因组中的突变与多种疾病和生物学过程有关，然而此前人们还不了解线粒体转录组中的序列多样性。这项研究通过超深度线粒体RNA测序，首次为人们展示了线粒体RNA
2013年04月05日《科学》杂志精选
封面故事：类似生物组织的3-D印刷材料 A Tissue-Like Printed Material 新的研究显示，一种三维材料可能在未来模仿组织中细胞的行为。由Gabriel Villar及其同事研发的组织样材料具有软橡胶的密实度，并且其质地与大脑和脂肪组织相似。研究人员的目标是最终构建可
454高通量测序——研究土壤微生物的新手段（二）
二、高通量测序在土壤微生物研究中的应用 1.1 研究土壤微生物的物种多样性 微生物物种多样性主要从对微生物类群即细菌、真菌和放线菌这三大类群的数量及其比例组成来描述微生物多样性，或者按照微生物在生态系统中的作用将其划分成不同的功能群(function group)，通过某一功能群中物种的分类
“深部生物圈”古菌揭示生命起源
生活在阳光下，我们看惯了飞禽走兽、树木花草，不会对“万物生长靠太阳”产生怀疑。最近几十年，随着海洋科技不断发展，科学家们发现在海洋底部一些黑暗的极端环境下，也有微生物活动的迹象。 最近，上海交通大学微生物海洋学实验室教授王风平领导的研究团队在《自然—微生物学》（Nature Microbio
DNA测序自动测序法简介
基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一
河西走廊荒漠区土壤微生物地理分布格局及驱动机制研究
近年来，研究表明，不同的微生物类群，特别是细菌和真菌，在全球范围内表现出不同的纬度、纵向和海拔多样性分布格局，而关于荒漠生态系统的生物地理格局的研究有待提升。 中国科学院西北生态环境资源研究院李玉强团队致力于干旱半干旱区资源环境要素对生态系统演变的驱动机制研究。科研团队在河西走廊荒漠区东西约1
《科学》报道由中国科学家牵头的微生物国际大科学项目
2018年3月30日，《Science》杂志（科学）的新闻版块以 “New effort to sequence microbes”为题报道了由我国科学家牵头的一项正在进行的模式微生物基因组测序、数据挖掘及功能解析全球合作计划“Global Catalogue of Microorganisms (
挖掘微生物与金属的关系，他归国后再获殊荣
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514998.shtm能否利用充足的海水，缓解淡水资源短缺的难题？在中国科学院海洋研究所研究员张瑞永的显微镜下，那些看似渺小却潜力巨大的菌株里藏着有关微生物与海水问题的一切答案。日前，张瑞永通过层层选拔，
关于微生物限度检查法菌计数的基本介绍
细菌、霉菌及酵母菌计数计数培养基的适用性检查。 细菌、霉菌及酵母菌计数用的培养基应进行培养基的适用性检查，成品培养基、由脱水培养基或按培养基处方配制的培养基均应检查。菌种试验用菌株的传代次数不得超过5 代（从菌种保存中心获得的冷冻干燥菌种为第0 代）。应采用适宜的菌种保藏技术进行保存，以保证试
微生物污染的排除实验——抗生素除菌法
实验方法原理细胞培养中用抗生素是杀灭微生物的主要手段；但迄今尚无对抗支原体特效抗生素。各种抗生素性的性质不同，联合应用比单用效果好；一般在已发生微生物污染后，再使用抗生素，常难以根除．预防性应用比污染后使用更好。有时抗生素仅对细菌有抑制作用，而无杀灭效应；反复使用抗生索还能使微生物产生抗药性，且对细
湿地岸边氮循环反应的研究进展
湿地岸边带作为连接内陆水体与陆地生态系统的交界面，不仅是氮循环反应的“热区”，亦是温室气体——氧化亚氮的高释放区。前期大量研究表明湿地岸边带系统能够有效拦截陆源污染和净化水体，但其微观机理仍不清楚。 中国科学院生态环境研究中心祝贵兵研究组通过构建针对各氮循环反应微生物功能基因的高通量测序分析、
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
《自然》及子刊综览
《自然—通讯》 尼安德特人灭绝不可避免 一个新模型表明，现代人类从非洲迁移到欧亚大陆是尼安德特人被现代人类取代的重要原因。此前，科学家认为尼安德特人的灭绝由环境压力和来自现代人类的竞争造成。相关成果11月1日发表于《自然—通讯》。 美国加利福尼亚州斯坦福大学的Oren Kolodny和同事
Science：单细胞分析？并行测序技术可以
近日，一项发表于国际杂志Science上的研究论文中，来自美国的研究者描述了一种新型的大规模并行技术，通过利用新一代测序技术来在单细胞水平上实现对基因表达的监测；研究者表示，单细胞分析对于理解人类造血系统的必要性及重要性不断凸显，如果没有这种分析的话，来自少许细胞的大量表达改变就和来自许多细胞的
Science公布最新基因组测序结果
来自法国农业科学研究院（Institut National de Recherche Agronomique）的研究人员发表了题为“Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome”
下一代测序技术将改变生物学现状（二）
最新的新一代测序仪操作只需一个人，24小时内可产生与几百台桑格毛细管测序仪同样多的序列数据。此外，样品中DNA损伤与常温贮藏的状态以及新一代测序误差等因素往往超过了序列变异，因此很难确定样品来源于现代人类还是古穴人。相比较而言，断言长毛象的某一特定顺序是来源于古代标本，而不是现代污染物更容易，因为现
近地层臭氧浓度升高对稻田产甲烷古菌影响研究获进展
全球气候变化会影响土壤微生物所驱动的地球化学循环过程;而后者又会反过来进一步影响全球气候的变化。产甲烷古菌是稻田生态系统代表性微生物，负责稻田甲烷的生成。稻田产甲烷古菌对全球气候变化中的大气二氧化碳浓度升高、全球增温效应的响应已多有报道，但对全球气候变化中另一个重要组成部分，近地层臭氧浓度升高的
新一代测序技术开辟古基因研究新竞技场
通过这根在西伯利亚Ust’-Ishim地区发现的距今4.5万年的股骨，研究人员对人类最古老的基因进行了测序。图片来源：ALEXANDER MAKLAKOV 当Kelly Harkins的博士研究——古结核病在2012年陷入僵局之后，她开始向更广泛的学界寻求帮助。
Science：肠道菌没有硝烟的战争
科学家们一致很疑惑，在炎症性肠病IBD患者的肠道中，大肠杆菌E. coli这些有害菌是如何战胜众多有益菌取得生长优势的。现在，加州大学Davis分校的研究人员找到了答案，这将帮助人们开发能够更有效治疗IBD的新方法。 这项研究发表在二月八日的Science杂志上，描述了IBD中有害菌战
化学测序法实验
化学测序的重要性始终表现在：得到寡核苷酸的序列，转录调控信号功能分析（甲基化干涉分析，Carey and Smale 2000), 以及这些信号在活细胞中的鉴定（基因组印记，Church and Gilbert 1984)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D
Sanger法测序简介
Sanger法是根据核苷酸在某一固定的点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，并且在每个碱基后面进行荧光标记，产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸，然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测，从而获得可见DNA碱基序列的一种方法。 在分子生物学研究中，DNA的序列分析是进一步研究和
Sanger法测序原理
利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性