《科学》：太平洋海底发现上千种新型微生物
美国海洋生物学家在太平洋的俄勒冈州沿海的深海热液喷口发现了上千种微生物新物种。参与该项研究的科学家来自于缅因州的伍兹霍尔海洋生物实验室以及华盛顿大学的大气和海洋联合研究所。 利用一种被称为“454标签测序法”的新型分析技术，科学家们分析了微生物和古生菌的1百万个DNA序列。这些DNA取自于太平洋轴向海山深海火山的两个热液出口处的微生物样本。研究人员最终发现那些地区存在3000种不同的古生菌，微生物的种类更是超过了37000种。 该篇文章的主要作者、海洋生物实验室的Julie Huber表示：这些细菌大多数此前从未见报道过，其中有上百种与我们如今所知的微生物相差甚远，以至于只能判断其所属门类。很明显，继续取样进行研究以确定其所属的种类是必不可少的。 该项研究结果发表在《科学》杂志上。 原文链接：http://www.sciencedaily.com/upi/index.php?feed=Sc......阅读全文
Sanger测序法概述
Sanger测序法就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。 [1] 由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-
化学测序法实验
试剂、试剂盒 醋酸 无水乙醇 硫酸二甲酯 DMS DMS 缓冲液 DMS 终止液 EDTA 甲酰胺
Sanger法测序原理
Sanger法是根据核苷酸在某一固定的点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，并且在每个碱基后面进行荧光标记，产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸，然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测，从而获得可见DNA碱基序列的一种方法。 在分子生物学研究中，DNA的序列分析是进一步研究和
Science：肠道菌没有硝烟的战争
科学家们一致很疑惑，在炎症性肠病IBD患者的肠道中，大肠杆菌E. coli这些有害菌是如何战胜众多有益菌取得生长优势的。现在，加州大学Davis分校的研究人员找到了答案，这将帮助人们开发能够更有效治疗IBD的新方法。 这项研究发表在二月八日的Science杂志上，描述了IBD中有害菌战
Nature突破性成果：首次证实南极冰层之下也有生命
科学家们首次发现，西南极冰盖半英里之下也存在着生命，而且这些生命组成了活跃的生态系统。这一重大成果发表在八月二十一日的Nature杂志上。 南极位于地球的最南端，是世界上发现最晚的大陆，覆盖着厚度极高的冰层。研究显示，在庞大的南极冰盖之下，生命以微生物的形式存在。这些微生物大多是单细胞的古生菌
科学家发现细胞进化缺失环节－或填补生命起源研究空白
发表在《自然》杂志上的一项研究称，新发现的一种微生物极有可能代表着从单细胞到复杂细胞进化过程中所缺失的一环。它的发现填补了生命进化过程中一个空缺已久的“真空地带”，有望为揭示复杂生命的起源和演化带来全新见解。 细胞是地球上所有生命的基本组成部分。细菌和微生物的细胞小而简单，而包括人类在内的，所
DNA测序的方法自动测序法
基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛
DNA测序技术自动测序法介绍
自动测序法基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物
粪便移植，移植了什么？
由美国凡德比特大学研究人员发表的论文《粪便移植，移植了什么》表明弄清楚粪便中的微生物种类及非微生物成分，或对粪便移植至关重要。研究发现粪便中含有细菌，病毒，真菌，古生菌，原生生物及食物代谢物。 人们很少会去考虑自己粪便中都含有些什么。但弄清楚粪便成分对粪便移植至关重要。粪便移植，顾名思义就是将
当宏基因组遇上单细胞测序
日前，科学家们通过宏基因组测序和单细胞测序鉴定了一类新细菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成为了微生物检测和分类鉴定的强有力工具。这种方法为科学家们揭示了微生物群体的高度复杂性，但它还是有所遗漏。美国能源部联合基因组研究所上周的一次会议上，研究者人员向人们展示了在四个温泉样本
科学家开发出高精度纳米孔蛋白测序法
长期以来，直接读取蛋白质的一级结构存在许多困难。科学家通常会根据基因序列和氨基酸密码子表来“破译”蛋白质的氨基酸序列。由于转录后修饰和翻译后修饰等生命活动的存在，氨基酸序列破译结果并非完全正确，甚至与真实序列有很大差异。近期，荷兰科学家开发出高精度纳米孔蛋白测序法，该技术能够读取蛋白质信息内容，
科学家开发出高精度纳米孔蛋白测序法
长期以来，直接读取蛋白质的一级结构存在许多困难。科学家通常会根据基因序列和氨基酸密码子表来“破译”蛋白质的氨基酸序列。由于转录后修饰和翻译后修饰等生命活动的存在，氨基酸序列破译结果并非完全正确，甚至与真实序列有很大差异。近期，荷兰科学家开发出高精度纳米孔蛋白测序法，该技术能够读取蛋白质信息内容，
南京土壤所贾仲君：与土壤微生物作战
近年来，我国粮食产量每年增加近10%，但与之相对，每年化肥用量增速却高达51%。养分利用率低下致使我国每年仅氮肥损失就达140亿美元。 而最近，中国科学院南京土壤研究所贾仲君课题组发现了氨氧化古菌化能无机自养代谢的秘密，揭示土壤微生物是氮肥流失的“罪魁祸首”，并暗示研究研制相关硝化抑
科研人员深度挖掘人类肠道宏基因组的古菌病毒
北京时间12月30日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所马迎飞团队在国际学术期刊《自然-通讯》（nature communications，IF=17.69）上发表了题为"Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of arch
微生物所发现嗜盐古菌固定二氧化碳及合成生物塑料新途径
古菌是与细菌和真核生物并列的第三种生命形式，可生活于热泉、盐湖、冰川、深海热溢口及深部地下等各种极端自然环境，是地球生命极限纪录的主要保持者。这一奇特的生命形式，为探索和利用生命的极限能力及其特殊的代谢功能提供了巨大的可能性。中国科学院微生物研究所向华研究组致力于极端嗜盐古菌遗传与生理代谢机制的
关于芽生菌病的简介
芽生菌病又称北美芽生菌病，是由皮炎芽生菌引起的一种以肺、皮肤和骨骼为主的慢性化脓性肉芽肿性病变。主要流行于北美洲。患者以往都有居住在美国或接触过本菌污染物的病史。该病任何年龄均可发病。孢子进入肺泡后被巨噬细胞吞噬，引起炎症反应包括多形核白细胞浸润，而后形成肉芽肿。临床表现为原发性肺芽生菌病，慢性
冰川生境变化对微生物网络结构影响研究取得新进展
在全球气候变化和冰川退缩日益加剧的背景下，冰川微生物区系的研究成为了科学界关注的焦点。近日，中国科学院西北生态环境资源研究院甘肃省极端环境微生物重点实验室的研究团队，在唐古拉山冰冻圈与环境西藏自治区野外科学观测研究站的协助下，针对冬克玛底冰川的四种主要生境（雪、冰、融水和前沿土壤）进行了深入的微
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
科学家完成古DNA实验方案相关污染物的评估
近年来，古DNA研究技术发展迅速，特别是单链DNA文库构建实验方案和机器人自动化液相处理实验的应用，极大地提高了古DNA研究的效率。这些技术在古DNA研究中应用广泛，但是目前尚不清楚不同实验方案在实际应用中产生的背景污染情况，这一直是古DNA领域面临的巨大挑战之一。 近日，中国科学院古脊椎
北大西洋深海古菌：从原核到真核的桥梁
科学家们普遍认为，20亿年前，单细胞结构简单的原核生物产生了结构更加复杂精细的真核生物。最终，这些真核生物不断发展，形成了今天丰富的生物种类，比如真菌，植物，还有我们这样的动物。然而，从原核到真核，这个转变的具体细节仍然无法得知。 如今，科学家们在《Nature》刊文，宣布在北大西洋海底发现了
454高通量测序研究土壤微生物的新手段
在陆地生态系统中，在土壤中生活有数量庞大的微生物种群，包括原核微生物如细菌、蓝细菌、放线菌及超显微结构微生物, 以及真核生物如真菌、藻类( 蓝藻除外) 、地衣等。它们与植物和动物有着明确的分工，主要扮演“分解者”的角色，几乎参与土壤中一切生物和生物化学反应，担负着地球C、N、P、S 等物质循环
双脱氧法DNA测序实验——测序酶进行标记测序反应
在基本的双晩氧测序反应中，寡核苷酸引物退火于单链DNA摸板，在4种脱氧核糖核酸三磷酸存在时，引物为DNA聚合酶所延伸。反应混合物中也含有4种双脱氧核糖核苷三磷酸的其中一种，当它掺入到DNA的生长链时，可终止链的延伸。实验材料DNA试剂、试剂盒寡核苷酸引物测序酶终止混合液测序酶缓冲液焦磷酸酶混合液仪器
Science大型低成本，外显子测序成果
来自华盛顿大学医学院，霍德华休斯医学院等处的研究人员利用一种新型技术，完成了多达2446个样品外显子测序分析，找到了自闭症谱系障碍(ASD，Autism Spectrum Disorder)的多个频发突变，不仅为治疗ASD疾病提供了新思路，而且也提出了一种低成本，多基因测序新方法。相关成
Science子刊：消除测序偏好的有效方法
苏黎世联邦理工学院（ETH Zurich）的研究人员开发了确保测序质量的有效方法，并在此基础上获得了全面且准确的抗体图谱。这项研究发表在最近的Science Advances杂志上。 为了跟踪免疫系统激活后的抗体生成情况，研究人员对携带抗体生产指令的mRNA进行了测序分析。“近年来测序技术取得
Science公布单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationthe
－Science：宏基因组学测序技术
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individua
Science子刊：消除测序偏好的有效方法
苏黎世联邦理工学院（ETH Zurich）的研究人员开发了确保测序质量的有效方法，并在此基础上获得了全面且准确的抗体图谱。这项研究发表在最近的Science Advances杂志上。 为了跟踪免疫系统激活后的抗体生成情况，研究人员对携带抗体生产指令的mRNA进行了测序分析。“近年来测序技术取得
研究生一作！武汉大学，发Science
北京时间7月12日，Science（《科学》杂志）在线发表了武汉大学高等研究院、化学与分子科学学院雷爱文教授团队关于交流电合成化学的最新研究论文，题为“Programmed alternating current optimization of Cu-catalyzed C-H bond trans
土壤细菌和氨氧化微生物群落组成对土地利用研究获进展
土壤微生物是土壤的重要组成部分，是土壤养分(C、N、P等)转化和循环的主要动力，又是土壤养分的储备库和植物生长可利用养分的一个重要来源，是土壤肥力水平的活性指标，在土壤生态系统中起着非常重要的作用。其中氨氧化微生物是氮素循环中关键微生物之一，已有研究表明不同土地利用方式以及不同农业措施对土壤细菌
肠道微生物研究，代谢产物分析不容忽视！
为了更好地了解肠道微生物对人体健康的潜在影响，临床医生需要了解的不仅是粪便样品中存在的细菌，而且还包括那些细菌产生的氨基酸等代谢物，澳大利亚和英国的研究人员指出，这项研究成果本周发表在mSphere杂志上。 微生物学和感染性疾病副教授兼南澳大利亚卫生和医学研究所成员Geraint B. Rog