Science：新测序法挖掘新的核糖调控元件
最近，以色列魏茨曼科学研究所分子遗传学系的副教授Rotem Sorek带领的一个研究小组，开发出一种新的测序技术，为细菌核糖调控打开了大门。相关研究结果发表在《Science》杂志。 当涉及到调节基因时，细菌与真核生物有很大的不同。在细菌中，称为核糖开关（riboswitches）的功能性调控因子，存在于基因序列上。当结合时，核糖开关可以有效地阻止一个基因的转录，从而导致转录过早终止、产物缩短，以及没有蛋白质产生。在研究这种形式的基因调控时，研究人员面临的挑战一直在于，识别这些核糖开关，然后仅仅确定哪些分子在它们的调控中发挥作用。延伸阅读：细菌如何打开核糖开关？；发现新型“核糖开关”； 复旦大学最新Cell：核糖开关十年。 定位这些位点的一种可能的方法是，使用RNA测序寻找缩短的转录本。在真核生物中，寻找缩短的转录本或评估任何转录本的3´末端是很容易的，因为这些转录本通常在末端包含一个聚腺苷酸化[poly(A)]标签，作......阅读全文
Science：新测序法挖掘新的核糖调控元件
最近，以色列魏茨曼科学研究所分子遗传学系的副教授Rotem Sorek带领的一个研究小组，开发出一种新的测序技术，为细菌核糖调控打开了大门。相关研究结果发表在《Science》杂志。 当涉及到调节基因时，细菌与真核生物有很大的不同。在细菌中，称为核糖开关（riboswitches）的功能性调控
核糖核酸（RNA）测序
RNA在细胞中的稳定性较差，在实验中也更容易受到核酸酶的攻击。因为RNA是由DNA转录产生的，所以信息已经存在于细胞的DNA中。然而，有时也需要对RNA分子进行测序。虽然DNA测序给出了生物体的遗传图谱，但RNA测序却反映了细胞中活跃表达的序列。为了给RNA测序，通常的方法是首先对从样品中提取的
DNA(脱氧核糖核酸)测序
DNA测序是确定特定DNA片段的核苷酸顺序的过程。到目前为止，大多数的DNA测序都是使用弗雷德里克·桑格开发的链终止方法进行的。这种技术利用修饰的核苷酸底物通过序列特异性终止DNA的合成反应。然而，新的测序技术，如焦磷酸测序正在获得越来越多的测序市场份额。焦磷酸测序比桑格DNA测序产生了更多的基
微小核糖核酸蕴藏基因调控之谜
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/10/531128.shtm 维克托·安布罗斯（左）和加里·鲁夫坎（右）因发现微小核糖核酸及其在转录后基因调控中的作用而获得2024年诺贝尔生理学或医学奖。诺贝尔奖官网 同一个人的所有细胞都包
全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（一）
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Circ
全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（二）
3. 环状RNA的差异表达与前列腺癌的进展有关研究者对144个前列腺癌进行了聚类分析，与线性RNA相比，环状RNA最强模式与它们在每个样本中的总体丰度相一致。另外，极端circRNA分布的患者的预后明显较circRNA分布稳定的患者差，同时极端circRNA index组也与更高的转移发生率
PNAS惊人发现：核糖体兼具调控功能
最难捉摸的除了人心还有病毒，RNA病毒复制起来实在太不准确，这也使其往往能够轻松战胜抗病毒药物。病毒每复制一次基因组至少会产生一个错误，这样一边增殖一边突变的病毒基因组对于抗病毒药物来说简直就像移动靶。成功对付逆转录病毒并不容易，人们为了攻击HIV得将多种药物混合在一起展开包围圈，才让让病毒更难
Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制！
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Ci
《Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Ci
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
测序解析miRNA调控害虫发育机制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范围内严重危害十字花科作物生长的鳞翅目害虫，据估计每年造成的损失和防治成本达到40-50亿美元。最近的转录组分析和基因组测序为了解小菜蛾适应环境胁迫的分子机制提供了一个极好的机会。尽管Etebari等1发现了在寄生胁迫下二龄幼虫中的一组miRNA
小核糖核酸分子可调控肿瘤血管新生
来自中国科学院昆明动物研究所的消息，国际学术期刊《致癌基因》最新发表了该所肿瘤生物学学科组陈策实课题组的成果，他们在小核糖核酸分子调控乳腺癌血管新生功能及机制的研究中取得了重要进展。 据陈策实研究员介绍，实体瘤生长，需依赖于血液提供充足的营养和氧气。因此，只要将肿瘤的发展阻断在血管新生阶段，就
小核糖核酸分子可调控肿瘤血管新生
科技日报昆明2月7日电 来自中国科学院昆明动物研究所的消息，国际学术期刊《致癌基因》最新发表了该所肿瘤生物学学科组陈策实课题组的成果，他们在小核糖核酸分子调控乳腺癌血管新生功能及机制的研究中取得了重要进展。 据陈策实研究员介绍，实体瘤生长，需依赖于血液提供充足的营养和氧气。因此，只要将肿瘤
利用纳米孔测序技术揭示基因表达的染色质调控基础
作为染色质的基本单元，核小体由大约147 bp的DNA和组蛋白八聚体（H2A, H2B, H3和H4）组成。核小体的动态定位和折叠组织会产生两种不同的染色质状态：“开放”（open）和“闭合”（closed）。核小体的定位和染色质状态的动态变化对以DNA为模板的生物学过程（比如，转录、DNA复制
DNA测序技术的测序原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
DNA测序技术的测序规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
DNA测序技术
目前还有一种基于半导体芯片的新一代革命性测序技术——Ion Torrent。该技术使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片， 一个小孔就是一个测序反应池。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA链上时，会释放出一个氢离子，反应池中的PH发生改变，位于池下的离子感受器感受到H+离子信号，H+离子信号再直
核糖核酸干扰技术(RNAi技术)介绍
转录后基因沉默（PTGS， post- transcriptional gene silencing）-最初被认为仅限于矮牵牛花和其它一些植物中的奇异现象，是目前分子生物学研究中一个最热门的话题。过去几年中，科研工作者已明确转录后基因沉默现象普遍存在于动、植物中，在机体防御病毒入侵和转座子沉默效应中
测序技术及测序仪器的比较
自sanger测序技术发明以来，经人类基因组计划的促进，测序技术有了跨越式的发展，以实验方法与实验仪器的改进为标志,测序技术经历了三代的发展，同时测序技术向着高通量测序，单分子测序，低价格测序的方向发展，目前测序技术已成为分子生物学实验中的重要的实验手段。本文主要简单回溯了测序技术的发展历史，介绍了
DNA测序技术的测序的规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
高通量测序技术——第二代测序技术
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(de
中国农大:测序解析miRNA调控害虫发育机制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范围内严重危害十字花科作物生长的鳞翅目害虫，据估计每年造成的损失和防治成本达到40-50亿美元。最近的转录组分析和基因组测序为了解小菜蛾适应环境胁迫的分子机制提供了一个极好的机会。尽管Etebari等1发现了在寄生胁迫下二龄幼
测序与芯片揭示miRNA调控海参夏眠机制
海参（Apostichopus japonicus），是生活在海边至海底8000米的海洋棘皮动物，以海底藻类和浮游生物为食。当夏季来临，上层海水由于太阳光强烈照射，温度上升。此时，海底的小生物都浮到海面，进行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海参，迫于夏季食物中断，进入夏眠，此时，其基础代谢率明
研究揭示Tbox核糖开关折叠动态的调控机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512798.shtm
北林大构建木质素生物合成遗传互作调控网络
北京林业大学高精尖林木分子育种创新团队开展杨树木质素生物合成通路遗传调控网络的解析工作，通过大规模鉴定木质素合成通路中具有调控作用的小核糖核酸、长链非编码核糖核酸与转录因子，构建了木质素生物合成遗传互作调控网络。研究成果近日发表于《植物生物技术》。 该研究以我国毛白杨优异种质资源群体为材料，利
DNA测序技术的测序反应的介绍
1. 对于每组测序反应，标记四个0.5ml eppendorf管(G、A、T、C)。每管加入2ml适当的d/ddNTP混合物(d/ddNTP Mix)。各加入1滴(约20ml)矿物油，盖上盖子保存于冰上或4℃备用。 2. 对于每组四个测序反应,在一个eppendorf管中混合以下试剂： （1
DNA测序技术自动测序法介绍
自动测序法基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物
测序牛人发布蛋白单分子测序技术
人类生命的蓝图是三十亿碱基对组成的人类基因组。而DNA编码的蛋白质是几乎所有生命过程的主要执行者。 现在，美国亚利桑纳州立大学Biodesign研究所的Stuart Lindsay及其同事，在纳米孔DNA测序技术的基础上，开发了能够精确鉴定氨基酸的蛋白单分子测序技术。这一技术不仅可以用
DNA测序技术的技术原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
基因测序技术（一）
什么是基因测序 基因组携带了个体的全部遗传信息，基因测序能够加深对疾病尤其是恶性肿瘤的分子机制理解，在诊断与治疗方面都发挥着重要作用。从1953年沃森和克里克发现DNA分子双螺旋结构到2001年首个人类基因组图谱的绘制完成，越来越多的人们意识到基因测序在生物医学中的重要作用。 所谓基因测