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Naturemethods发布单细胞测序新技术

来自瑞典Ludwig癌症研究所及Karolinska研究所的研究人员,在最新一期(9月22日)的《自然方法》(Nature Methods)杂志上报告了一项获得重大改良的新技术,可以利用它来分析单细胞中的基因表达——这一性能与从基础研究到未来癌症诊断的一切事物均存在关联。 资深作者Rickard Sandberg 说:“在肿瘤和健康组织中有一些细胞的数量稀少,除了单细胞方法没有任何其他的技术能够对它们进行分析。这种方法使得我们能够鉴别各种各样组织中稀少且重要的细胞亚群。我们还能够利用它以从所未有的精确性,梳理分析随着胚胎发育为生物体或是肿瘤获得转移性,细胞从一种状态转换至另一种状态独特基因组的表达情况。” 传统的方法依赖于一次性总体分析数百万个细胞的基因表达,往往会掩盖特异组织中某些特化细胞具有生物学意义的基因表达差异。单细胞分析基因表达克服了这一局限。2012年,Illumina生物公司联合Sandbe......阅读全文

基因表达谱数据聚类分析相关内容

DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题,分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构,结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题,所采用的方法包括通过可视

流式细胞技术基本原理应用和发展趋势

流式细胞术工作原理是在细胞分子水平上通过单克隆抗体对单个细胞或其他生物粒子进行多参数、快速的定量分析。它可以高速分析上万个细胞,并能同时从一个细胞中测得多个参数,具有速度快、精度高、准确性好的优点,是当代最先进的细胞定量分析技术之一。光源、液流通路、信号检测传输和数据的分析系统是流式细胞仪的主要组成

常用的分子生物学基本技术

核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性,它已成为分子生物学中最常用的基本技术,被广泛应用于基因克隆的筛选,酶切图谱的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下(适宜的温室度及离子强度等)可按碱基互补原成双链。杂交的

临床流式细胞分析的发展趋势

流式细胞分析(Flow cytometry,FCM)是以高能量激光照射高速流动状态下被荧光色素染色的单细胞或微粒,测量其产生的散射光和发射荧光的强度,从而对细胞(或微粒)的物理、生理、生化、免疫、遗传、分子生物学性状及功能状态等进行定性或定量检测的一种现代细胞分析技术,它具有如下几个特点:①标本只要

李汉杰博士等开发新型测序技术及揭示肿瘤T细胞的转录

  肿瘤组织中免疫细胞的组成在免疫治疗中起关键作用,然而人类肿瘤组织中免疫细胞的异质性和分化途径还有待研究。李汉杰博士等通过对25名黑色素瘤患者肿瘤中免疫细胞的单细胞转录组测序和单细胞TCR测序分析,发现大量的CD8 T细胞的转录组呈连续性梯度分布,跨越了从“过渡态”到“功能失调状态”的分化途径。相

基因敲除的原理与方法

基因敲除可以说是基因组 学、细胞分离培养以及转基因技术的组合。那么基因敲除的原理是什么呢? 基因敲除的方法有哪些呢?在此,做个小结,以供大家学习。一.概述:基因敲除是自80年代末以来发展起来的一种新型分子 生物学技术,是通过一定的途径使机体特定的基因失活或缺失的技术。通常意义上的基因敲除主要是应用D

控制基因敲除法

【探针技术用于检测由siRNA介导的基因调制】 为了研究基因功能,科学家们常常会有针对性地关断某些特定的基因。 而要验证这种基因沉默的有效性, 就需要运用适当的具特异性的检测方法。理想的检测方法不仅要测量准确, 而且还要能让细胞保持完好无损。   利用诸如RNA(核

当前临床流式细胞分析的发展趋势

流式细胞分析(Flow cytometry,FCM)是以高能量激光照射高速流动状态下被荧光色素染色的单细胞或微粒,测量其产生的散射光和发射荧光的强度,从而对细胞(或微粒)的物理、生理、生化、免疫、遗传、分子生物学性状及功能状态等进行定性或定量检测的一种现代细胞分析技术,它具有如下几个特点:①标本只要

常用的分子生物学基本技术2

IS PCR的技术特点 (1)既具有PCR的特异性与高灵敏性,又具有原位杂交的定位准确性;(2)测到低于2个拷贝量的细胞内特定DNA序列,甚至可检测出单一细胞中的仅含一个拷贝的原病毒DNA;(3)有助于细胞内特定核酸序列定位与其形态学变化的结合分析;(4)可用于正常或恶性细胞,感染或非感染细胞的鉴定

实时细胞分析技术创新性突破 解析安捷伦生物eSight系统

  分析测试百科网讯 2018年9月安捷伦以2.5亿美元收购艾森生物(ACEA),艾森以其革新的NovoCyte台式流式细胞仪和实时无标记细胞分析仪xCELLigence RTCA系统,在细胞分析市场上独树一帜,获得全球数千高端客户的信赖。在新冠疫情期间,安捷伦生物向中国疾控和武汉病毒所捐赠了xCE

单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍

  接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道,数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据,来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下:首先根据转录组稀疏矩阵,通过计算和分析,找到不同的细胞Cluster,并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识,来对细胞可能的集

图像流式细胞仪——流式细胞术的最新突破

 ImageStream是一种台式多谱段成像流式细胞仪(Multispectral Imaging Flow Cytometry),能够同时采集6个检测通道中的细胞图像。它将流式细胞检测与荧光显微成像结合于一身,既能提供细胞群的统计数据,又可以获得单个细胞的图像,从而提供细胞形态学、细胞结

单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍

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流式细胞仪在生物学中的应用

流式细胞仪在生物学中的应用 耿慧霞 ,王 来 ,王 强 (河南大学生命科学学院 ,河南开封 475001) 摘 要 :简要论述了流式细胞仪(flow cytometry ,FCM) 的工作原理 ,并对其在生物学基础科学研究中的应用进行阐述 ,包括 对细胞凋亡、细胞周期、免疫细胞、细胞受体的研

细胞治疗产品研究与评价技术指导原则(试行)

为规范和指导按照药品研发及注册的细胞治疗产品的研究与评价工作,国家食品药品监督管理总局组织制定了《细胞治疗产品研究与评价技术指导原则(试行)》(见附件),现予发布。特此通告。食品药品监管总局2017年12月18日细胞治疗产品研究与评价技术指导原则(试行)一、前言近年来,随着干细胞治疗、免疫细胞治疗和

干细胞:细胞重编程的黑匣子

  “黑匣子”(Black Box),学名是飞行数据记录仪,是飞机专用的电子记录设备之一,可以记录飞机飞行期间的详细信息资料。  回首2014年,找不到“黑匣子”的马航(MAS)在12月15日告别吉隆坡股票交易所,结束为期29年的上市生涯。这一天,恰好也是韩国科学家黄禹锡的生日。  看到上述开头,你

石蜡包埋组织的DNA提取及其应用

近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突变和DNA甲基化类型改变等时有发生,这些改变对于基因表达和调控,以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。

实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析

  基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析,在上一篇中,我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容(具体内容查看链接)。在这里,我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。   细胞谱系分析,最简明的理解就是细胞领域的进化树,通常指的是某类祖源细胞,在特定条件下,有多

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基于单细胞数据理解细胞变化过程——拟时间序列分析详解

  单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据,我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化,发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流,理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体,再由个体特征重建整体的过

基于单细胞数据理解细胞变化过程拟时间序列分析详解

  单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据,我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化,发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流,理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体,再由个体特征重建整体的过

单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析

基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析,在上一篇中,我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容(具体内容查看链接)。在这里,我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析,最简明的理解就是细胞领域的进化树,通常指的是某类祖源细胞,在特定条件下,有多个发育轨迹和

单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍

  接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道,数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据,来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下:首先根据转录组稀疏矩阵,通过计算和分析,找到不同的细胞Cluster,并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识,来对细胞可能的集

中国学者揭示小儿肠炎的“罪魁祸首”——环状AMP信号受损

  根据欧洲儿科胃肠病学肝病学和营养学会European Society for Paediatric Gastroenterology Hepatology and Nutrition (ESPGHAN)定义,小儿(<17岁)发作的肠炎为小儿肠炎(pediatric IBD,PIBD)【1】

外源基因在原核细胞中的表达系统

外源基因在原核细胞中表达是基因工程操作中最初取得成功的途径。1 原核生物基因表达的特点同所有的生命过程一样,外源基因在原核细胞中的表达包括两个主要过程:即 DNA转录成mRNA和 mRNA翻译成蛋白质。与真核细胞相比,原核细胞的表达有以下特点:①原核生物只有一种RNA 聚合酶(真核细胞有三种)识别原

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基因型-表型关系仍

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

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特定基因的突变如何对血液癌症的发生产生重要影响?

  在血液中循环的细胞具有多种功能,在成年人机体中,其来自于骨髓中的祖细胞,祖细胞中DNA序列的突变会引发血细胞发育的改变,有时候会导致癌症发生;由于技术限制,科学家们在阐明祖细胞突变对血细胞发育的影响上面对一定的挑战,近日,研究者Nam等人在Nature杂志上发表文章指出,他们开发了一种新方法能够

克隆基因的表达(expression of cloned gene)-2

在双链 DNA 分子中,只有一条链转录成 mRNA,这条链称为有意义链(sense strand),该基因的另一条链则称反意义链(antisense strand)。在含有许多基因的 DNA 双链中,每个基因的有意义链并不是在同一条 DNA 链上。也就是说,一条链上既具有某些基因的有意义链,

在动脉粥样硬化中,平滑肌细胞变身可阻止动脉斑块破裂

  为了保护他人而改变自己的身份,听起来像是漫画书里的“义务警员(vigilantes)”才会做的事情,但是,在一项新的研究中,来自美国斯坦福大学医学院的研究人员发现,动脉壁上的一组细胞正是这样做的。对于这些细胞而言,身份转变发生在一种称为动脉粥样硬化的疾病中。当动脉被脂肪、胆固醇和分子颗粒堆积在一