NatCommun：通过整合细胞形态学和空间转录组学深度剖析肿瘤生态系统
埃默里大学（Emory University）的胡健团队与得克萨斯大学MD Anderson肿瘤医院的王凌华团队在Nature Communications上发表论文METI: Deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics，介绍了一种新的空间转录组数据分析框架。胡健和王凌华担任共同通讯作者，博士生蒋嘉汇是该论文的第一作者。 METI是一种机器学习方法，它通过整合空间基因表达数据和病理学组织学特征，系统性地分析肿瘤生态系统。该方法结合了从先验知识中获得的基因表达和细胞形态学特征，能够准确识别并标注肿瘤细胞、免疫细胞及其亚群。如图1所示，METI以空间转录组数据作为输入，包括基因的空间表达矩阵、对应的H&E染色组织切片图像，以及每个点位的X,Y坐标。它结合图像分割和基因表达的方法......阅读全文
Nat－Commun：利用CRISPR技术改造微生物组
最近，来自Western大学的研究人员开发了一种将DNA编辑工具CRISPR-Cas9应用于改造实验室微生物的新方法，从而提供了一种有效地对特定细菌发起针对性攻击的方法。 今天发表在《Nature Communications》杂志上的这项研究开辟了使用CRISPR改变人体微生物组组成的可能性
单细胞测序技术在肿瘤研究中的发展趋势
单细胞测序技术在肿瘤研究中的发展趋势包括以下几个方面：多组学整合分析不仅局限于对肿瘤细胞的基因组和转录组测序，还将结合表观基因组、蛋白质组、代谢组等多组学数据，更全面地揭示肿瘤细胞的特征和调控机制。更高的分辨率和精度不断改进技术，以检测更微量的核酸物质，更准确地识别低频突变和罕见的细胞亚群，提高对肿
Nat－Rev－Cancer综述：肿瘤蛋白质基因组学
导 读 肿瘤蛋白质基因组学（Cancer proteogenomics）是将基于质谱（MS）的蛋白质丰度和翻译后修饰（PTM）信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识，蛋白质组学是对已经发
单细胞分析技术在癌症研究中应用介绍
单细胞分析技术在癌症研究中的最新进展包括以下几个方面：多组学整合分析：将单细胞的基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组等多组学数据进行整合分析，更全面地揭示癌症细胞的特征和分子机制。例如，通过同时分析单细胞的 DNA 甲基化和基因表达，发现新的肿瘤抑制基因的失活机制。空间单细胞分析：结合空间转录组学和
肝脏生物学中单细胞和空间组学技术的成果与挑战
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
Nat－Commun：揭示癌细胞转移的最佳路径
范德比尔特大学(Vanderbilt)生物医学工程师团队的一项新研究显示，虽然癌细胞在转移过程中移动迅速，但它们在选择路径时却相当懒惰。 研究人员称，癌细胞根据需要的能量来决定迁移的路径，它们会选择在更广阔、更容易导航的空间中移动，而不是在更小、更狭窄的空间中移动，以减少移动过程中的能量需求。
Nat－Commun：顽强的癌细胞－缺氧仍生长
当缺乏氧气（缺氧）时，健康细胞成长受到限制。但令人惊奇的是，缺氧是恶性肿瘤的特征。在Nature Communications杂志上发表的新研究中，研究人员揭示了癌细胞症如何成功规避缺氧生长抑制。 人们早已知道，PHD蛋白质（脯氨酰羟化酶域蛋白）在缺氧调控过中起到关键作用。它们控制低氧诱导的转
Nat－Commun：揭示癌细胞转移的最佳路径
范德比尔特大学(Vanderbilt)生物医学工程师团队的一项新研究显示，虽然癌细胞在转移过程中移动迅速，但它们在选择路径时却相当懒惰。 研究人员称，癌细胞根据需要的能量来决定迁移的路径，它们会选择在更广阔、更容易导航的空间中移动，而不是在更小、更狭窄的空间中移动，以减少移动过程中的能量需求。
Nat－Commun：揭示特殊癌细胞的生存机制
染色体末端的结构称之为端粒，正常细胞中的端粒会随着细胞分裂次数的增加而不断变短，进行性的缩短会引发细胞增殖停滞或细胞死亡，癌细胞会采用不同的策略来克服这种记录细胞分裂次数的控制机制，其中一种策略就是端粒通路选择性延长（ALT，alternative lengthening of telomere
利用单细胞空间转录组揭示猕猴大脑皮层的细胞类型
阐明大脑皮层的细胞类型组成对于理解大脑结构和功能至关重要。中国科学院脑智卓越中心利用单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型。该研究成果于近日发表在《Cell》杂志上，题为：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
Nat－Commun:记忆抑制研究
2016年11月29日，《Nature communications》杂志在线发表了北京师范大学秦绍正研究组和深圳大学吴佳慧研究组合作的一篇研究论文，该论文报告睡过一觉后，抑制负面的情绪化记忆会更加不容易。 研究称，人们在学习新知识后睡一觉往往会重新组织这些信息的储存和处理方式，将它们从短期记
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
基因测序市场深度剖析
Technologies（现为Thermo Fisher收购）公司全国临床与科研事业部销售总监、ThermoFisher公司全国临床市场战略总监柴映爽写了一系列文章，对基因测序领域进行了深入剖析。让我们看看这个领域深入工作的人士，怎么看待2015年基因测序市场大热这一现实的。 ▌第一篇：基
环状RNA研究深度剖析
1.环状RNA为什么火？它到底是何方神圣？ 2013年两篇Nature[1][2]文章的出世，彻底颠覆了我们对RNA的传统认知，同时也迅速引爆了整个生物医学界！经过严格统计汇总后，2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项，其中有两项杰出青年基金，一项优秀
清华教授Nat－Commun发表论文：质谱的单细胞脂质组学分析
单细胞分析是研究细胞异质性的关键技术，对生物学过程研究及新药研发有着重要意义。目前，单细胞基因组学技术较为成熟，单细胞转录组学和蛋白组学分析技术近年来获得较多关注和投入。与其他组学相比，单细胞脂质组学分析刚刚起步，面临诸多技术难点。由于脂质数量庞大，结构复杂，其在单细胞层面的结构表征和定量分析颇
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
Nat－Commun：揭示引发食管癌的基因组突变
近日，来自澳大利亚昆士兰大学的研究人员通过研究发现，意外的染色体突变或许会诱发食道癌的发生，相关研究发表于国际杂志Nature Communications上。研究者Nic Waddell表示，本文中我们对来自三所布里斯班医院的22名患食管腺癌(OAC)的进行了全基因组测序研究分析，结果显示，在
深度剖析基因组自我调节的新型分子机制
近日，两篇刊登在国际杂志Molecular Cell上的研究报告中，来自加州理工学院等机构的科学家们通过研究揭示了基因组自我调节的分子机制。生物体的基因组中包含了每个细胞和组织发育和发挥正常功能所需要的所有信息，当被写入DNA后，每个基因都会进行信息编码，包括帮助确定组织形状的结构蛋白、催化生命
空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数
空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数据还
Nat－Commun：利用干细胞治疗心肌梗塞有戏！
作为由严重心血管疾病引起的医疗紧急事故，心肌梗塞（MI）对心脏造成永久性的危及生命的损伤。在一项新的研究中，来自中国香港城市大学和韩国天主教大学等研究机构的研究人员开发出一种双管齐下的方法：利用两种类型的干细胞同时再生心肌细胞和心脏血管系统。这一发现为开发出一种修复发生心肌梗塞的心脏（下称MI心
Nat－Commun：发现保护脑细胞连接的分子胶
昆士兰大学的研究人员发现，脑细胞之间的某些连接可以抵抗退化--创伤性脑损伤和神经退行性疾病的标志。 昆士兰大学昆士兰脑研究所克莱姆琼斯老年痴呆症研究中心的Sean Coakley博士和Massimo Hilliard教授发现了一种方法，即细胞控制分子胶的粘性可以防止神经退化，这种分子胶可以保护
Nat－Commun：多能干细胞探索抗衰老机制
在近日的Nature Communication杂志上，来自德国科隆大学的研究人员在一项新研究中确定了多能干细胞用以维持蛋白质质量的机制。随着衰老过程神经元等体细胞会失去对正常蛋白的维持能力；而多能干细胞不会衰老，并依靠某些机制维持蛋白组的完整性。随后他们在模式动物的成体组织中模拟了这些机制，发
Nat－Commun：微型植入物成功捕获癌细胞
近日，来自美国的科学家在Nature Communications刊登文章表示，他们开发了一种微笑的植入物，其在小鼠机体中可以扩散到全身来帮助捕捉癌细胞。细胞会随着原始的肿瘤位点而移动进而侵袭其它器官，癌细胞的这一过程被称之为癌症转移，癌症转移往往是在患者晚期阶段被发现，从而导致患者死亡。 而
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集，
Nat－Commun：Tempol通过改变肠道微生物群降低肥胖
2013年9月24日，Nature Communications上发表的一篇论文提出，抗氧化剂Tempol通过改变小肠微生物群来降低小鼠的肥胖。这项研究提出了肠道微生物群在药物作用和体重调控中都有所涉及的另一个例子，同时也揭示了小肠中一个可能会被证明是减肥药物有用目标的信号通道。 Fr
《科学》：深度测序带来人类转录组“空前”全貌
德国科学家最近利用下一代测序技术和分析方法，得到了对于人类转录组（transcriptome）的崭新认识。相关论文7月3日在线发表于《科学》杂志。 到目前为止，人类转录组的功能复杂性尚未完全阐明。在最新研究中，通过对源自人类两大细胞系——胚肾和B细胞系的转录子（本）进行“鸟枪法测序”（shotgun