DNA搜索引擎MetaGraph研发成功
瑞士苏黎世联邦理工学院科学家在最新一期《自然》杂志上发表论文称，他们开发出一款名为MetaGraph的DNA搜索引擎，能快速、高效地检索公共生物学数据库中的海量信息，为研究生命科学提供了强大的专业工具。MetaGraph索引及大量DNA、RNA和蛋白质序列档案。图片来源：《自然》网站MetaGraph的研发，源于科学界对日益庞大的基因测序数据“用不好、找不着”的现实困境。过去几十年来，各类生物学数据库规模呈爆炸式增长，然而原始测序数据往往碎片化、噪声多、体量庞大，科学家难以直接从中高效提取有用信息。MetaGraph的核心突破在于采用数学中的“图结构”，将相互重叠的DNA片段智能联结。其原理类似于图书索引中将含有相同关键词的句子关联起来，形成知识网络。研究团队整合了7个公共资助数据库，构建出一个跨越病毒、细菌、真菌、植物、动物乃至人类的生命全谱系索引。该索引共涵盖1880万个独特的DNA与RNA序列集，以及2100亿个氨基酸序列......阅读全文
数据标注优秀案例集之四十七－|－云藏搜索引擎藏文信息处理数据标注
云藏搜索引擎藏文信息处理数据标注 申报单位：海南藏族自治州藏文信息技术研究中心 推荐单位：青海省数据局 一、案例简介 藏文信息处理面临语言结构复杂、标注标准缺失、数字化资源不足等问题。本案例通过系统化数据标注技术，构建高质量藏文语料库，赋能藏文信息化行业，推动藏文自然语言处理技术的进步和实用
“垃圾DNA”或是编码DNA的“卫士”
“垃圾DNA”的概念是在上世纪70年代提出来的，用来形容那些基因组中不是编码蛋白质的DNA序列，而在学术上被称为非编码DNA序列。 由于当时的科学家普遍认为有生物学意义的蛋白质才是决定生物性状的关键，而且也没有一种好的理论和技术手段来解释这些“垃圾”存在的原因，于是“垃圾DNA”这一观念便形
DNA－Immunoprecipitation－for－the－Determination－of－DNABinding－Specificity
Andrea J. Gossett and Jason D. Lieb1Department of Biology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27599, USA1Corresponding autho
“垃圾DNA”或是编码DNA的“保镖”
"垃圾DNA"的概念源自上世纪70年代，用来形容基因组中不是编码蛋白质的DNA序列，在学术上被称为非编码DNA序列。 非编码DNA"开关说"究竟是个啥？ 科学家们发现，人类基因组中包含多达400万个基因开关和功能调节因子，它们的载体便是"垃圾DNA"。这强烈地冲击了"DNA序列=生物性
DNA提取方法洗涤－DNA（或－RNA）
当裂解物通过硅胶膜进行离心分离,现在所提取的 DNA 或 RNA 应该与柱子结合,杂质、细胞蛋白和多糖应该已经通过了。 但是,膜仍然被残留的细胞蛋白质和盐弄脏。如果样品来自植物,仍然会有多糖,也许一些色素留在膜上,或者如果样品是血液,膜可能会被染成棕色或黄色。洗涤步骤用于去除这些杂质。通常有两次洗涤
DNA－Fingerprinting,－DNA－Barcoding,－and－Next－Generation－Sequencing－...
DNA fingerprinting of plants has become an invaluable tool in forensic, scientific, and industrial laboratories all over the world. PCR has become
DNA重组（DNA－recombination）技术：工具酶
一、限制性内切酶限制性内切酶（restriction endonucleases，RE）是其中最重要的工具酶之一。它是一类核酸水解酶，能识别和切割双链DNA分子中的特定核苷酸序列。（一）命名原则限制性内切酶大多从细菌中发现，根据来源进行命名，限制酶的第一个字母（大写，斜体）为宿主菌的属名，第二、第三
DNA连接酶(DNA－ligase)介绍
DNA连接酶是1967年在三个实验室同时发现的。它是一种封闭DNA链上缺口酶，借助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA链的5'-PO4与另一DNA链的3'-OH生成磷酸二酯键。但这两条链必须是与同一条互补链配对结合的(T4DNA连接酶除外)，而且必须是两条紧邻DNA链才能被DNA
DNA提取方法DNA－提取后纯化：将－DNA－与色谱柱结合
离液盐对于裂解至关重要,而且对于将 DNA(或 RNA)与色谱柱结合也是如此。此外,为了增强和影响核酸与二氧化硅的结合,还添加了酒精。大多数情况下这是乙醇,但有时可能是异丙醇。乙醇百分比和体积有很大的影响。太多,你会带入大量降解的核酸和小物种,这会影响 A260 读数并降低你的一些产量。太少,可能难
－开启个人基因服务的新时代
最近在基因测序领域又有一个惊爆的新闻，MIT Technology Review网站披露，谷歌目前正在同大学以及医院进行接触，说服研究者和医生将基因数据存储在谷歌的云平台——Google Genomics，每份DNA数据存储费用仅为25美元/年。这一举动，宣告个人基因组时代即将到来，预计谷歌的竞
Google－Genomics：开启个人基因服务新时代
最近在基因测序领域又有一个惊爆的新闻，MIT Technology Review网站披露，谷歌目前正在同大学以及医院进行接触，说服研究者和医生将基因数据存储在谷歌的云平台——Google Genomics，每份DNA数据存储费用仅为25美元/年。这一举动，宣告个人基因组时代即将到来，预计谷歌的竞
Phage－DNA
IntroductionThe phage lysate from the plate contains bacterial DNA and RNA, as well as phage DNA encased in the phage coat. The following procedure, d
DNA电泳
DNA电泳（主要内容如下） Preparation of Agarose Gel and Electrophoresis Extraction of DNA From Agarose Gel Extraction of DNA from Acrylamide Gels DNA Marker
DNA重组
目的：简单介绍了DNA重组技术的一些方法。包括重组质粒、PCR等。包括细胞结构、DNA，DNA如何改点等。
DNA定量
Characterization of dnaLEVEL IMaterialsDNA sampleSSC bufferUV spectrophotometer 3 and quartz cuvettesProcedureDissolve a small quantity of your extrac
DNA－Laddering
I. Protocol1. Harvest cellsOptional: wash plate with 37°C PBS (gently, so as not to lose cells); check on microscope,after aspirate PBS or mediaPlace
DNA标记
DNA标记（主要内容如下） DNA Labeling by Nick Translation Random Primed Labeling End-Labeling Purification of Labeled DNA Non-isotopic Labeling OthersDNA L
DNA测序
实验方法原理 ABI PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DN
DNA克隆
DNA克隆（主要内容如下）· General Procedure· PCR Cloning· Subcloning· ET Cloning· Vector Preparation· Ligation Re
DNA转染
DNA转染· Transfection of Mammalian Cells Using Lipofectamine (LTI)· Guide to Eukaryotic Transfections with Cationic Lipid Reagents (PDF)
DNA转化
DNA转化Chemical Transformation· Transformation of Competent Cells (RbCl2 Method) (Goldberg Lab)Very nice protocol for E. Coli transformation inc
DNA－Electrophoresis
What is Electrophoresis?Electrophoresis is a technique used in the laboratory that results in the separation of charged molecules. DNA is a negatively
electrophoresis－of－DNA
Agarose Gel Electroporesis of DNA Making the gel: 1. Place casting platform with well former sideways in gel stand where you wish to pour
DNA测序
DNA测序（主要内容如下）· Sequencing Gel Preparation· Preparation of Templates · DNA Sequencing by the Dideoxy Method· DNA Sequen
DNA测序
自动测序法 双脱氧链末端终止法 非同位素银染 鸟枪法 Maxam-Gilbert化学修饰法 实验方法
DNA指纹图谱分析[DNA－Fingerprinting－]
一. 实验目的1. 掌握DNA指纹图谱技术的概念、原理和基本操作过程2. 学习DNA的限制性酶切的基本技术3. 掌握琼脂糖凝胶电泳的基本操作技术，学习利用琼脂糖凝胶电泳测定DNA片段的长度，并能对实验结果进行分析。二. 实验原理1984年英国莱斯特大学的遗传学家Jefferys及其合作者首次将分离的
DNA凝胶电泳（DNA－agarose－gel－electrophoresis）
实验原理琼脂糖凝胶电泳是常用的用于分离、鉴定DNA、RNA分子混合物的方法，这种电泳方法以琼脂凝胶作为支持物，利用DNA分子在泳动时的电荷效应和分子筛效应，达到分离混合物的目的。DNA分子在高于其等电点的溶液中带负电，在电场中向阳极移动。在一定的电场强度下，DNA分子的迁移速度取决于分子筛效应，即分
微生物组大数据搜索引擎入选中国医药生物技术十大进展
目前，中科院青岛生物能源与过程研究所研发的“微生物组大数据搜索引擎”（Microbiome Search Engine； MSE）入选“2016年中国医药生物技术十大进展”。 微生物组（又称“菌群”）在人体中与生俱来，与人体健康息息相关。因此，对海量微生物组“大数据”的搜索与挖掘，有助于认
A型DNA与B型DNA的结构差异
A型DNA与B型DNA是在两种环境下同种物质不同的形式。B型DNA：92%RH，钠盐，溶液和细胞中天然状态中的DNA多以此状态存在A型DNA：75%RH，钠盐A型DNA也是由反向的两条多核苷酸链组成的双螺旋，为右手螺旋，但螺旋体较宽而短，碱基与中心轴之倾角也不同，呈19度。
Quick－Yeast－DNA－Prep:－Isolation－of－Total－DNA－(genomic－and－plasmid)
Grow a 5 ml YPD O/N culture inoculated with a single yeast colony at 30 deg.Transfer culture to a small 13 x 100 glass tube. Spin down cells 2 min. in