科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方法将生成式AI与物理算法相结合，用于预测柔性蛋白—配体复合物构象。研究显示，该方法在多种应用场景中展现出良好的精度与效率，并兼具较强的泛化能力。PackDock通过整合物理建模与深度学习方法，来表征蛋白质—配体相互作用，并通过考虑蛋白质在无配体（自由态）与配体结合态下的构象分布，可更精准地建模柔性蛋白—配体复合物的结合构象。同时，其核心模块PackPocket结合等变图神经网络与生成式建模策略，学习侧链构象空间的能量景观，并在不同状态分布中采样口袋侧链构象，以描述结合过程中可能发生的构象变化。研究表明，PackDock框架可兼容多种刚......阅读全文
反义亲和层析法纯化及去除核蛋白复合物实验
实验材料 HeLa 细胞试剂、试剂盒 NaCl 洗液Laemmli 上样缓冲液ATP磷酸肌酸无菌蒸馏水尿素缓冲液MD 0.1MD 0.6KCl 洗液链亲和素琼脂糖凝胶封闭缓冲液NP-40仪器、耗材 链亲和素琼脂糖凝胶Dounce 玻璃匀浆器微量透析杯透析袋实验步骤 一、材料与设备1. AAS 法纯化
《自然》发表研究：人工智能破解蛋白质复合物密码
在蛋白质结构预测上，人工智能革命仍在继续。一年前，软件程序首次成功地模拟了单个蛋白质的3D形状，其精确度与几十年前的实验技术测出的一样准确。今年夏天，研究人员利用人工智能程序编程了一个近乎完整的人类蛋白质结构目录。 现在，美国研究人员更进一步，使用人工智能技术确定了不同蛋白质之间可能的相互作用
反义亲和层析法纯化及去除核蛋白复合物实验
实验材料 HeLa 细胞 试剂、试剂盒 NaCl 洗液 Laemmli 上样缓冲液 ATP
德国应用化学：蛋白质复合物原位解析新技术
作为生命活动的执行者，蛋白质通过相互作用形成复合物等形式行使其特定的生物学功能。近日，中国科学院大连化学物理研究所研究员张丽华、研究员赵群等研制了一种基于糖苷键的质谱可碎裂型交联剂，显著地提高了交联信息的检索通量和鉴定准确度，同时具有良好的两亲性和生物兼容性，实现了活细胞内蛋白质复合物原位交联和
反义亲和层析法纯化及去除核蛋白复合物实验
实验材料HeLa 细胞试剂、试剂盒NaCl 洗液Laemmli 上样缓冲液ATP磷酸肌酸无菌蒸馏水尿素缓冲液MD 0.1MD 0.6KCl 洗液链亲和素琼脂糖凝胶封闭缓冲液NP-40仪器、耗材链亲和素琼脂糖凝胶Dounce 玻璃匀浆器微量透析杯透析袋实验步骤一、材料与设备1. AAS 法纯化 RNP
临床化学检查方法介绍含甲状腺球蛋白免疫复合物
含甲状腺球蛋白免疫复合物（TG-IC）介绍： 含甲状腺球蛋白免疫复合物测定对诊断甲状腺疾病有一定意义。含甲状腺球蛋白免疫复合物（TG-IC）正常值： 阴性。 (注：具体参考值请根据各实验室而定。)含甲状腺球蛋白免疫复合物（TG-IC）临床意义： 异常结果： 阳性：甲状腺功能亢进症、慢性淋巴
多蛋白复合物的癌症精准治疗范式，有望攻克肿瘤领域
蛋白质是细胞功能的执行者，蛋白互作网络(Protein-Protein Interaction,PPI)通过蛋白之间的相互作用参与基因调节、基因表达、信号传递、代谢及周期调控等各个环节。在肿瘤恶化过程中，细胞中蛋白质互作网络会发生改变，然而，目前并没有针对这种变化的诊断工具。 近日，纪念斯隆
科学家阐明嗅觉感知分子机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515808.shtm 研究团队揭示了II类嗅觉受体mTAAR9识别4种内源性胺类配体（苯乙胺，二甲基环己胺，尸胺，亚精胺）并与下游Gas及Gaolf蛋白偶联的分子机制和结构基础，揭示了嗅觉受体“组
上海药物所对BACE1关键区域flap区域进行研究
上海药物所通过晶体学以及分子动力学模拟对BACE1关键区域flap区域进行研究 b-分泌酶BACE1(b-site amyloid precursor protein-cleaving enzyme 1)是切割淀粉样前体蛋白APP产生阿尔茨海默病病理特征老年斑的主要成分b
生命起源有了新假说
要解释生命如何在地球上出现这个悬而未决的大问题，就像是回答先有鸡还是先有蛋的悖论：诸如氨基酸和核苷酸这样的基本生化物质，是如何在生物催化剂（蛋白质或核酶）出现之前而完成其构造的？在最新一期《生物学通报》上，科学家发表论文指出，或是第三种类型的催化剂启动了深海热泉中的新陈代谢以及生命
过渡金属催化剂是生命起源的关键
要解释生命如何在地球上出现这个悬而未决的大问题，就像是回答先有鸡还是先有蛋的悖论：诸如氨基酸和核苷酸这样的基本生化物质，是如何在生物催化剂（蛋白质或核酶）出现之前而完成其构造的？在最新一期《生物学通报》（The Biological Bulletin ）上，科学家发
蛋白质糖基化检测实验_生物素亲和素复合物观察糖蛋白
用生物素-亲和素复合物观察选择性标记糖蛋白实验材料蛋白样品试剂、试剂盒醋酸钠丙酮实验步骤一、过碘酸钠氧化糖蛋白样品1. 在 0.1 mol/L 醋酸钠 pH 4.5 缓冲液（50 mmol/L 磷酸钠，pH 7.4 ) 中制备蛋白溶液，在冰上预冷。2. 用水制备新鲜的 0.5 mol/L 过碘酸钠原
微生物所成对免疫球蛋白样受体唾液酸识别机制研究获进展
成对免疫球蛋白样受体α和β（paired immunoglobulin-like type 2 receptor α/β, PILRα/PILRβ）是参与先天免疫调控的重要表面分子，在不同的物种中高度保守。两种分子均在胞外“暴露”相似的单个免疫球蛋白样结构域以结合相应的配体；但结合配体后，却利用
简述黏蛋白的蛋白质结构
成熟黏蛋白是由两个不同的区域： 氨基和羧基末端区域被轻度糖基化，且富含半胱氨酸。半胱氨酸残基参与建立二硫内和黏蛋白单体之间的联系。 的10〜80残基序列的多个串联重复序列，其中多达一半的形成的大的中央区域的氨基酸是丝氨酸或苏氨酸。这个区域被与数百饱和O-连接的寡糖。N-连接寡糖中也发现对粘蛋
关于骨桥蛋白的蛋白结构的介绍
OPN作为带负电的非胶原性骨基质糖蛋白，广泛的分布于多种组织和细胞中，其相对分子质量约为44 kDa，约含300 个氨基酸残基，其中天冬氨酸、丝氨酸和谷氨酸残基占有很高的比例，约占总氨基酸量的一半。骨桥蛋白多肽链的二级结构中包括8个α螺旋和6个β折叠结构，高度保守的RGD基元两端各有一个β折叠结
郑春福教授与印度资深教授合作在JIPH发表新文章
近日郑春福教授与印度资深教授(总引用次数9000多)合作在Journal of Infection and Public Health (JIPH) 发表新文章：Exploring the structural and molecular interaction landscape of nir
新研究阐明前列环素受体激活以及配体选择性机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517540.shtm2月10日，中国科学院上海药物研究所徐华强/吴灿荣团队与华中科技大学同济医学院附属同济医院的研究团队合作，利用冷冻电镜技术解析了曲前列环素（TRE）和赛乐西帕在体内的活性代谢物MRE-
上海药物所首次揭示维甲酸X受体四聚体抑制机制
RXR的配体结合结构域在不同状态下采取的不同三维结构 维甲酸X受体(RXR)是核受体蛋白家族的核心成员。作为一种配体调节的转录因子，RXR参与了细胞发育和代谢调节等众多生理过程，被认为是治疗癌症和代谢性疾病的重要药物靶标。 2011年1月，国际重要学术期刊《生物
研究揭示调控黑素皮质素受体2的分子机理
G蛋白偶联受体（GPCR）的功能依赖于多种辅助蛋白的调控，如单次跨膜蛋白受体活性修饰蛋白1（RAMP1）别构调控B类GPCR的活性。黑素皮质素受体辅助蛋白家族(MRAP) 包括两个成员（MRAP1和MRAP2），其中MRAP1被认为是黑素皮质素受体 2 (MC2R)运输到质膜和产生活性的必要元件
西湖大学发表Nature论文！人源氨基酸转运复合物结构
值得一提的是，该复合物没有对称性，其可见区分子量不到100kDa，从而进一步突破了利用冷冻电镜研究膜蛋白的无对称性样品的分子量下限，拉开了利用冷冻电镜研究为数众多的跨膜转运蛋白结构与工作过程的序幕。 当地时间2019年3月13日，Nature杂志在线发表了题为“Structure of the
科学家解析甲肝病毒与中和性抗体复合物结构
中科院生物物理所饶子和团队和牛津大学科研人员合作，解析了甲肝病毒与其中和性抗体Fab复合物精细三维结构，通过病毒学和细胞生物学实验证明：该抗体不仅能够阻断HAV与其受体TIM-1分子的相互作用，还干扰了HAV病毒正常的脱衣壳过程，揭示了一种“受体模拟”的中和机制，为抗病毒药物研发提供重要信息。相
高分辨率冷冻电镜首次解析超级复合物结构
在国家重点研发计划“蛋白质机器与生命过程调控”重点专项的支持下，“光合作用重要蛋白质机器的结构、功能与调控”和“蛋白质机器的高分辨率冷冻电镜前沿技术及应用”项目联合攻关，取得突破进展，发现了植物的光适应与捕光调节新机制。图片源自网络 光合作用为世界上几乎所有的生命体提供赖以生存的物质和能量，
西湖大学发表Nature论文！人源氨基酸转运复合物结构
当地时间2019年3月13日，Nature杂志在线发表了题为“Structure of the human LAT1-4F2hc heteromeric amino acid transporter complex”的研究论文，论文首次解析了人源异源多聚体氨基酸转运家族代表成员LAT1-4F2
李雪芳鉴定出铁锰水合物表面吸附复合物结构
贵阳地化所用稳定同位素分馏方法鉴定铁-锰水合物表面吸附复合物结构 铁-锰水合物是自然界水体中最主要的吸附剂或共沉降物之一，研究溶液中的金属离子或金属化合物是以何种形式吸附在铁-锰水合物表面，可以了解这些金属被移除的方式、条件和种类，并最终理解溶液中金属元素的分配形式和同位素分馏。但是，该研究有如下
Hippo信号通路相关的基因介绍－TGFBR2基因
该基因编码的蛋白是一种跨膜蛋白，具有蛋白激酶结构域，与1型转化生长因子β受体形成异二聚体复合物，并与转化生长因子β结合。这种受体/配体复合物磷酸化蛋白质，然后进入细胞核，调节与细胞增殖、细胞周期阻滞、伤口愈合、免疫抑制和肿瘤发生有关的基因转录。该基因突变与marfan综合征、loeys-deitz主
TGFBR2基因的结构特点和生理功能
该基因编码的蛋白是一种跨膜蛋白，具有蛋白激酶结构域，与1型转化生长因子β受体形成异二聚体复合物，并与转化生长因子β结合。这种受体/配体复合物磷酸化蛋白质，然后进入细胞核，调节与细胞增殖、细胞周期阻滞、伤口愈合、免疫抑制和肿瘤发生有关的基因转录。该基因突变与marfan综合征、loeys-deitz主
细胞增殖信号通路TGFBR2基因的临床解释
该基因编码的蛋白是一种跨膜蛋白，具有蛋白激酶结构域，与1型转化生长因子β受体形成异二聚体复合物，并与转化生长因子β结合。这种受体/配体复合物磷酸化蛋白质，然后进入细胞核，调节与细胞增殖、细胞周期阻滞、伤口愈合、免疫抑制和肿瘤发生有关的基因转录。该基因突变与marfan综合征、loeys-deitz主
上海药物所解析亲吻素受体配体识别与下游G蛋白招募机制
1996年，亲吻素（kisspeptin）被发现。当科学家发现kisspeptin通过与其受体KISS1R结合并激活来发挥作用时，它的生理重要性才显现出来。KISS1R信号通路被认为是下丘脑-垂体-性腺轴的重要的上游调节因素。 研究表明，持续给予kisspeptin可以恢复黄体生成素的脉冲性分
新一代“阿尔法折叠”登场，预测范围从蛋白质扩展到其他生物分子
英国“深度思维”（DeepMind）公司日前公布了新一代“阿尔法折叠”（AlphaFold-latest），不仅准确性显著提高，预测范围还从蛋白质扩展到其他生物分子，包括配体。该模型已可以预测蛋白质数据库（PDB）中的几乎所有分子，预测精度可以达到原子级。 对抗癌分子的结合（PORCN）、关键
瘦蛋白的结构特点
瘦蛋白（leptin; OB protein）又称OB蛋白。系肥胖基因（obese gene）在脂肪细胞内的表达产物。分子量16 000，含167个氨基酸残基的单链蛋白质分子、具有高度亲水性，在N端含有分泌信号肽。