基于深度学习的RNA多类型修饰解析算法
中国科学院动物研究所研究员赵方庆团队开发基于纳米孔RNA直接测序技术与深度学习策略的RNA修饰图谱解析算法ORCA。相关研究发表于《自然-通讯》。基于深度学习的RNA修饰系统识别与注释模型 论文作者供图RNA修饰对RNA的剪接加工、出核转运、以及RNA的稳定性和翻译效率有着重要的调控作用。但现有研究难以实现多种RNA修饰的同时检测。如何在同一转录本上系统解析不同修饰的分布模式，探究修饰间的协同或竞争关系，并阐明它们如何共同调控RNA剪接加工等关键生物学过程，仍是该领域面临的重要挑战。近年来，新兴的纳米孔RNA直接测序技术为系统检测RNA修饰等核酸化学结构变化提供了重要技术基础。然而，现有基于纳米孔RNA直接测序的修饰识别算法多依赖于体外转录合成的修饰训练集，仅能识别有限修饰类型；或基于不同样本间电信号水平变化进行修饰差异比较，难以实现对RNA修饰图谱及其互作模式的全景检测，极大限制了RNA修饰研究的深入开展。ORCA......阅读全文
双向扫描算法和电梯调度算法区别
双向扫描算法和电梯调度算法区别：1、双向扫描(SCAN)算法不仅考虑到欲访问的磁道与当前磁道间的距离，更优先考虑的是磁头，当前的移动方向。例如，当磁头正在自里向外移动时，SCAN算法所考虑的下一个访问对象应足其欲访问的磁道既在当前磁道之外，又是距离最近的。这样自里向外地访问直至再无更外的磁道需要访问
科学家重组真核生物tRNA乙酰化修饰活力并实现RNA定点高效乙酰化修饰
4月13日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心研究员周小龙团队，在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上以Activity reconstitution of Kre33 and Tan1 reveals a molecular ruler mechanism in euka
我国学者在肿瘤病理影像微观信息解析算法方面取得突破
图 HistoCell算法框架（a）及其对肿瘤病理影像相关细胞类型信息的预测精度（b） 在国家自然科学基金项目（批准号：T2341008）等资助下，清华大学北京市中医药交叉研究所李梢教授课题组，在智能解析中西医病理影像微观信息，促进肿瘤精准防治方面取得研究进展。研究成果以“系统推断组织病理图像中的
我国学者在肿瘤病理影像微观信息解析算法方面取得突破
图 HistoCell算法框架（a）及其对肿瘤病理影像相关细胞类型信息的预测精度（b） 在国家自然科学基金项目（批准号：T2341008）等资助下，清华大学北京市中医药交叉研究所李梢教授课题组，在智能解析中西医病理影像微观信息，促进肿瘤精准防治方面取得研究进展。研究成果以“系统推断组织病理图像中的
RNA表观修饰在造血干细胞发育中的关键作用
血液是生命的源泉。不断流动的血细胞既可以运输营养物质，又是重要的免疫保护屏障。其中，所有的血细胞都来源于造血干细胞。这群干细胞不仅可以维持血液系统的长期稳定，也是骨髓移植治疗恶性血液疾病的核心组分。目前，造血干细胞来源仍是制约临床恶性血液疾病治疗的瓶颈。因此，造血干细胞的体内发育和体外诱导扩增已
Nature突破性研究—RNA甲基化新修饰－m1A
说起近来的科研热点，RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。日益增多的发表文章、特别是高分文章说明，这个领域现在正在迅速成为大家关注的焦点。RNA甲基化修饰类型很多，目前最热门的有三种，分别是：m6A RNA甲基化﹑m5C RN
Nature突破性研究—RNA甲基化新修饰－m1A
说起近来的科研热点，RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。日益增多的发表文章、特别是高分文章说明，这个领域现在正在迅速成为大家关注的焦点。RNA甲基化修饰类型很多，目前最热门的有三种，分别是：m6A RNA甲基化﹑m5C RN
科学家发现线粒体中的RNA修饰可促进癌细胞转移
肿瘤细胞在转移过程中会消耗远超正常细胞需要的能量，德国癌症研究中心的研究团队发现了与能量代谢相关的新型癌细胞转移的促进因素，相关成果在《Nature》发表，论文的标题为：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
不同RNA－m5C甲基化修饰存在巨大差异
导读近年来，RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一，不断有CNS的文章问世，m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰，也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期，来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RESEA
解析检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶RNA甲基化水平(上)
云序生物解析如何做到快速同时检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶&RNA甲基化水平(上) RNA甲基化作为云序生物的主打科研产品，已经帮助多个研究团队展开了RNA甲基化研究。作为国内RNA甲基化研究的领跑者，云序生物是国内RNA甲基化10分文章发表的成熟服务商，首发推出了非编码RNA甲基化测
新方法可全局性解析“修饰调控酶—底物”互作
近日，中国科学院上海药物研究所陈小华课题组与谭敏佳课题组合作，利用前期开发的PANAC光点击化学，发展了一种在活细胞内直接捕捉“修饰调控酶—底物”相互作用的时空可分辨解析新方法，为蛋白质相互作用和蛋白质翻译后修饰研究提供了新工具。相关研究发表于《自然—通讯》。 精确解析“修饰调控酶—底物”的动态互作
新方法可全局性解析“修饰调控酶—底物”互作
近日，中国科学院上海药物研究所陈小华课题组与谭敏佳课题组合作，利用前期开发的PANAC光点击化学，发展了一种在活细胞内直接捕捉“修饰调控酶—底物”相互作用的时空可分辨解析新方法，为蛋白质相互作用和蛋白质翻译后修饰研究提供了新工具。相关研究发表于《自然—通讯》。 精确解析“修饰调控酶—底物”的动态互作
新方法可全局性解析“修饰调控酶—底物”互作
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519752.shtm近日，中国科学院上海药物研究所陈小华课题组与谭敏佳课题组合作，利用前期开发的PANAC光点击化学，发展了一种在活细胞内直接捕捉“修饰调控酶—底物”相互作用的时空可分辨解析新方法，为蛋白
植物中独特双链RNA合成机制获解析
中科院分子植物科学卓越创新中心研究员张余团队和研究员王佳伟团队与浙江大学教授冯钰团队合作，首次解析了Pol IV-RDR2蛋白复合物的三维结构，并提出了Pol IV-RDR2以双链DNA为模板合成双链RNA的独特分子机制。该研究成果12月24日在线发表于《科学》。Pol IV-RDR2复合物三维
Nature揭示RNA修饰在大脑功能和性别决定中的重要作用
RNA在生物学系统中有着举足轻重的作用，兼具信息分子和调控分子双重功能。据估计RNA上有一百多种化学修饰，但绝大多数修饰的功能还鲜为人知。本期Nature发表的一项研究指出，RNA修饰对果蝇神经系统的功能至关重要，也在性别决定起到了重要作用。 N6-methyladenosine（m6A）是真
营养所发现小鼠肝脏小RNA存在多种修饰并和糖尿病相关
近日，Analytical Chemistry在线发表了中科院上海生命科学研究院营养科学研究所翟琦巍研究组的最新研究进展：A high-throughput quantitative approach reveals more small RNA modifications in mou
我国首次发现RNA甲基化修饰可调控脊椎动物配子成熟
我国科研人员在国际上首次发现脊椎动物的配子成熟需要甲基转移酶ｍｅｔｔｌ３催化的ｍ６Ａ甲基化修饰，从而揭开了该甲基化修饰可调控脊椎动物配子成熟这一此前尚未为人所知的秘密。（2018（第二届）模式动物与重大疾病动物模型研究与应用研讨会） 记者１３日从中国科学院水生生物研究所了解到，该所科研人员以模
Nature：RNA－修饰研究有助表观转录组学进一步发展
这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图，该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。 随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘，帮助我们了解表观转录组学（epitranscriptomics）的工具也变得越来越多了。 2004 年，以色列特拉维夫大学（Tel Aviv University
上海生科院发现RNA－m6A修饰和果蝇性别决定新因子
3月19日，中国科学院上海生命科学研究院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所严冬研究组，与美国哈佛大学Norbert Perrimon研究组合作，以Xio is a component of the Drosophila sex determination pathway and RNA
研究揭示叶绿体核糖体RNA甲基化修饰的机制和功能
核糖体RNA（rRNA）的甲基化修饰是生物界中普遍存在的一种转录后修饰机制，可以改变rRNA分子的局部空间结构，从而优化核糖体的蛋白翻译效率。不同物种之间的rRNA甲基化程度存在明显差别，是rRNA进化的标志性事件之一。叶绿体是高等植物中重要的细胞器，由蓝细菌经过内共生过程演化而来，具有自己的核
科研人员揭示化学修饰在RNA治疗中的促进作用
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518748.shtm
全套病毒RNA－m6A甲基化修饰研究工具的使用（一）
如果新冠病毒SARS-CoV-2的大流行对我们有任何启发的话，那么要数对RNA修饰的研究了，此时研究病毒RNA以及其甲基化修饰等功能，显得比以往任何时候都更加重要。 而这是否意味着要研究病毒RNA本身不同的各种突变体或者表观遗传变化如何使这些病毒更灵活和感染力？还是研究从细胞和
全套病毒RNA－m6A甲基化修饰研究工具的使用（二）
那么，病毒RNA修饰的研究工作流程有哪些呢？ 首先，提取病毒RNA 无论您是从细胞，组织还是病毒等样品开始实验，高效而快速的RNA提取通常都是成功进行实验的第一步。工作流程的这一部分至关重要，因为足够的纯度和产量都是确保下游应用程序平稳准确运行的基本要求。
翟琦巍等发现小鼠肝脏小RNA修饰和糖尿病相关
中科院上海生科院营养科学研究所研究员翟琦巍小组在一项研究中，建立了一种同时检测单个RNA样品中超过40种核苷的方法，发现小鼠肝脏小RNA中存在多种修饰，并初步发现小RNA修饰和糖尿病存在相关性。相关论文在线发表于《分析化学》。 近年来，蛋白质修饰和DNA修饰研究引人关注，但目前对RNA修饰
全套病毒RNA－m6A甲基化修饰研究工具的使用（三）
随后, 需要检测m6A甲基化酶和脱甲基酶活性 如果您打算研究RNA甲基化酶或去甲基化酶的活性/抑制作用，我们建议您使用上述提到的功能强大的核提取试剂盒（OP-0002），该试剂盒可以快速提取核蛋白，同时可确保提取后的酶活性保持完整。 收集了核提取物后，进行甲
单分子力谱定量解析泛素修饰对基因调控研究获进展
人类基因组包含大约31.6亿个DNA碱基对，线性DNA分子作为庞大遗传信息的载体一般都比较长（人类一条染色体的DNA长度约为2米），生命通过组蛋白将DNA分子有序组织压缩形成微米级别的染色质存储到细胞核中。核小体是染色质的结构和功能的最基本单元，其中DNA缠绕在组蛋白巴聚体周围约两圈，完成对DN
Nature：科学家成功解析人类表观遗传学修饰的特殊语言
表观遗传学改变在癌症、代谢性疾病和年龄相关疾病的发生过程中扮演着重要角色，但在机体适应力丧失的过程中其或许也发挥着重要作用，因为其会导致受影响细胞中的遗传物质被错误解释。 近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“Decoding chromatin states by proteomic
国自然冲刺蛋白翻译后修饰的基金申请解析与研究注意点
每年三月初，都是科研界的“高考”倒计时，因为距离国自然基金申请的截止日期已不到半月。纵观历年国自然申请情况，蛋白的翻译后修饰都是申请中重大研究方向之一。2018年国自然统计表明，磷酸化、泛素化、乙酰化等修饰的相关基金项目，总研究资助金额超过2亿。 继上周的肠道微生物研究方案解析后（国自然冲
国自然冲刺蛋白翻译后修饰的基金申请解析与研究注意点
每年三月初，都是科研界的“高考”倒计时，因为距离国自然基金申请的截止日期已不到半月。纵观历年国自然申请情况，蛋白的翻译后修饰都是申请中重大研究方向之一。2018年国自然统计表明，磷酸化、泛素化、乙酰化等修饰的相关基金项目，总研究资助金额超过2亿。 继上周的肠道微生物研究方案
RNA聚合酶复合物晶体结构获解析
中科院武汉病毒所研究员龚鹏带领研究小组解析了RNA病毒基因组复制和转录中重要物质——RdRP转位中间体的晶体结构。这将为相关抗病毒研究提供重要依据。相关成果日前发表于美国《国家科学院院刊》。 核酸聚合酶是核酸生物合成的分子机器，也是实现核酸遗传信息复制和传递的关键蛋白。在模板序列的指导下，聚合