基于深度学习的RNA多类型修饰解析算法
中国科学院动物研究所研究员赵方庆团队开发基于纳米孔RNA直接测序技术与深度学习策略的RNA修饰图谱解析算法ORCA。相关研究发表于《自然-通讯》。基于深度学习的RNA修饰系统识别与注释模型 论文作者供图RNA修饰对RNA的剪接加工、出核转运、以及RNA的稳定性和翻译效率有着重要的调控作用。但现有研究难以实现多种RNA修饰的同时检测。如何在同一转录本上系统解析不同修饰的分布模式，探究修饰间的协同或竞争关系，并阐明它们如何共同调控RNA剪接加工等关键生物学过程，仍是该领域面临的重要挑战。近年来，新兴的纳米孔RNA直接测序技术为系统检测RNA修饰等核酸化学结构变化提供了重要技术基础。然而，现有基于纳米孔RNA直接测序的修饰识别算法多依赖于体外转录合成的修饰训练集，仅能识别有限修饰类型；或基于不同样本间电信号水平变化进行修饰差异比较，难以实现对RNA修饰图谱及其互作模式的全景检测，极大限制了RNA修饰研究的深入开展。ORCA......阅读全文
联合团队解析荧光RNA同染料识别和发色机制
华东理工大学药学院、生物反应器工程国家重点实验室、光遗传学与合成生物学交叉学科研究中心教授杨弋、朱麟勇，浙江大学生命科学研究院研究员任艾明课题组联合，在荧光RNA研究中取得新进展，为进一步理解和探索荧光RNA适配体潜在的通用结构提供了重要线索。相关研究发表于《自然—化学生物学》。荧光RNA是近些年来
RNA聚合酶复合物晶体结构获解析
中科院武汉病毒所研究员龚鹏带领研究小组解析了RNA病毒基因组复制和转录中重要物质——RdRP转位中间体的晶体结构。这将为相关抗病毒研究提供重要依据。相关成果日前发表于美国《国家科学院院刊》。 核酸聚合酶是核酸生物合成的分子机器，也是实现核酸遗传信息复制和传递的关键蛋白。在模板序列的指导下，聚合
第二军医大Hepatology解析非编码RNA与癌症
来自第二军医大学的研究人员在新研究中揭示了一种与肝癌微血管浸润相关的长链非编码RNA，以及其促进血管生成的分子机制，这一RNA或可作为肝癌患者肝切除术后患者无复发的生存率不良的预测因子。相关论文发表在相关论文发表在国际著名肝脏疾病杂志Hepatology上(最新影响因子11.665)上。
上海交通大学权威期刊解析癌症与非编码RNA
来自上海交通大学附属瑞金医院的研究人员在新研究中证实，一种叫做ZFAS1的长链非编码RNA(lncRNA)编码基因发生扩增促进了肝细胞癌（HCC）转移。这一研究发现发表在6月11日的《癌症研究》（Cancer Research）杂志上。 文章的通讯作者是上海交通大学附属瑞金医院的祝哲诚(Zhu
第二军医大Hepatology解析非编码RNA与癌症
来自第二军医大学的研究人员在新研究中揭示了一种与肝癌微血管浸润相关的长链非编码RNA，以及其促进血管生成的分子机制，这一RNA或可作为肝癌患者肝切除术后患者无复发的生存率不良的预测因子。相关论文发表在相关论文发表在国际著名肝脏疾病杂志Hepatology上(最新影响因子11.665)上。
中科院、复旦Nature子刊解析RNA甲基化
在分子生物学的中心法则中，遗传信息从DNA、RNA流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可以调控基因的表达，并由此决定细胞的状态，影响细胞的分化和发育。近年来人们发现，mRNA和其他RNA上也存在类似的调控机制。 N6-methyladenosine（m6A）是真
联合团队解析荧光RNA同染料识别和发色机制
华东理工大学药学院、生物反应器工程国家重点实验室、光遗传学与合成生物学交叉学科研究中心教授杨弋、朱麟勇，浙江大学生命科学研究院研究员任艾明课题组联合，在荧光RNA研究中取得新进展，为进一步理解和探索荧光RNA适配体潜在的通用结构提供了重要线索。相关研究发表于《自然—化学生物学》。荧光RNA是近些年来
我国科学家解析小RNA的生物合成机制
小RNA是真核生物中重要的基因调控分子，在生长发育、基因沉默、抵御病毒等动植物的各类生理过程中起着至关重要的作用。小RNA的生物合成中，Dicer家族核酸内切酶选择性识别小RNA前体，切割RNA至特定长度，并选择性地将一条链递呈给下游AGO蛋白从而介导下游基因沉默。Dicer如何起到“分子尺”和
用PAIsoseq方法竟然发现了RNA－poly(A)尾巴内部的碱基修饰
RNA poly(A)尾巴是成熟的mRNA和lncRNA的重要组成部分，对RNA稳定性和翻译起着重要的调控作用。然而目前的poly(A)尾巴检测技术仍然非常有限。11月22日，中国科学院遗传与发育生物学研究所陆发隆研究组在《自然-通讯》（Nature Communications）发表题为Pol
杨振军：异核苷修饰的干扰RNA和核酸适配体作用机制研究
10月31日，2014（第二届）非编码RNA学术研讨会继续在上海好望角大饭店（中科院上海学术活动中心）如火如荼地进行。 来自北京大学药学院的教授杨振军介绍了异核苷修饰的干扰RNA和核酸适配体作用机制研究。利用D-/L-异核苷修饰寡聚核苷酸，首先形成异核苷修饰的干扰RNA，改变修饰位点的局部构象
RNA修饰对新冠病毒2019nCoV多个方面能力影响的研究应用
随着新冠病毒肺炎疫情在全世界大范围的爆发，我们不得不加紧步伐开拓对新冠病毒2019-nCoV的了解。古人云：知己知彼，百战不殆。疫情伊始，由于缺乏对2019-nCoV新冠病毒的了解，我们付出了惨痛的代价。至今，我们仍然没有找到对抗2019-nCoV新冠病毒的有力武器。作为一种容易变化的RNA病毒，新
Genome－research：不同RNA－m5C甲基化修饰存在巨大差异
近年来，RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一，不断有CNS的文章问世，m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰，也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期，来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RESEARCH（
最新进展：RNA的甲基化与去甲基化修饰
德国慕尼黑的路德维希-马克西米利安大学（LMU）研究人员发现了细菌RNA中一种新型的化学修饰形式。显然，只有当细胞处于应激状态时，这种修饰才会附着在分子上，并且在恢复过程中会迅速去除。 核糖核酸（RNA）在化学形式上与DNA密切相关，而DNA是所有细胞中遗传信息的载体。实际上，RNA本身在将遗
Genome－research：不同RNA－m5C甲基化修饰存在巨大差异
导读 近年来，RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一，不断有CNS的文章问世，m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰，也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期，来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RES
跨学科合作将成为解码植物表观转录组的加速器
近日，中国热带农业科学院热带生物技术研究所教授吕培涛在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了综述论文。文章系统阐述了RNA修饰在植物生命活动中的调控作用，深入解析了N6—甲基腺苷（m6A）等修饰对植物发育及果实成熟的分子机制。 真核生物RNA上存在170多种化学修饰，形成动态可逆的
90后斯坦福博士登Science封面！AI算法准确预测RNA三维结构
半个世纪以来，确定RNA三维结构一直困惑着科学家，也成为生物学的重大挑战之一。而现在，90后斯坦福大学博士和团队通过新型AI算法——ARES准确预测出RNA三维结构，堪比AlphaFold，是生物界「海啸级」存在！我们对大部分RNA的结构几乎一无所知 半个世纪以来，确定生物分子的三维结构一直困
我国学者首次解析稻瘟病菌糖基化修饰蛋白组图谱
近日，中国农业科学院植物保护研究所与华中农业大学、英国塞恩斯伯里实验室等单位合作，率先绘制出稻瘟病菌N-糖基化修饰蛋白组图谱，并揭示了N-糖基化修饰参与内质网质量控制系统调节植物病原真菌生长发育和致病的分子机制，将为稻瘟病的防治提供重要候选靶点，也为深入理解植物病原真菌的致病机理奠定基础。该研究
30多年前因RNA研究获得诺奖，如今再获突破，解析RNA调控的基因沉默因子
近日，因发现核酶而荣获1989年诺贝尔奖的 Thomas Cech教授团队（Jiarui Song为第一作者）在 Science 期刊发表了题为：Structural basis for inactivation of PRC2 by G-quadruplex RNA 的研究论文。 该研究揭示
“看”得更清！RNA结构解析新技术孕育新发现
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516890.shtm“结构决定功能”是物质科学界的基本共识。目前，非编码RNA的结构解析难题是开展其调控功能和作用机制研究的一大瓶颈。与编码蛋白质的信使RNA（mRNA）不同，非编码RNA往往需要先形成二
时隔一年－华人教授再次发表Nature文章解析RNA病毒
生物通报道：去年，来自加州大学洛杉矶分校（UCLA）加州纳米技术研究院的周正洪教授与其合作者在Nature杂志上发文，揭示了双链RNA（dsRNA）病毒的三维原子结构，首次指出了病毒如何感知宿主细胞内的环境条件以触发转录，并阐述了dsRNA基因组在病毒内如何组构以及RNA自我复制的机制。 时隔
植物所解析RNA甲基化调控果实成熟的作用机制
DNA甲基化（5mC）和RNA甲基化（m6A）是两种重要的核酸修饰，在基因表达调控中发挥重要作用并参与诸多生物学过程。然而，这两种核酸修饰之间是否存在内在关联性却不清楚。近日，中国科学院植物研究所秦国政研究组和田世平研究组合作，揭示了DNA甲基化可通过调节m6A去甲基化酶基因表达的方式影响番茄果
殷平教授Nature子刊解析植物RNA编辑的分子机制
早在1989年研究人员就在植物中发现了RNA编辑的现象。2005年，第一个参与RNA编辑的蛋白因子被鉴定出来，发现它是一个PLS-type的PPR蛋白。近期来自华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室的研究人员报道了RNA编辑关键因子MORF蛋白可以和PLS-type PPR蛋白相互作用形成复报道
时隔一年－华人教授再次发表Nature文章解析RNA病毒
去年，来自加州大学洛杉矶分校（UCLA）加州纳米技术研究院的周正洪教授与其合作者在Nature杂志上发文，揭示了双链RNA（dsRNA）病毒的三维原子结构，首次指出了病毒如何感知宿主细胞内的环境条件以触发转录，并阐述了dsRNA基因组在病毒内如何组构以及RNA自我复制的机制。 时隔一年，周正洪
研究揭示RNA甲基化修饰调控哺乳动物细胞微环境维持机制
近期，中国科学院西北生态环境资源研究院西北高原生物研究所研究员杨其恩课题组以小鼠为模型，揭示RNA甲基化修饰调控哺乳动物精原干细胞微环境维持的新机制。 成体干细胞命运决定受到特殊微环境调控，在大多数组织中，微环境的形成和维持机制并不明确。精原干细胞是一类经典的成体干细胞，是哺乳动物精子发生的基
北京基因组所合作揭示RNA－m6A修饰调控抗肿瘤免疫机制
免疫治疗是对抗肿瘤的前沿阵地，其治疗成功的关键是引发针对肿瘤抗原的自发性T细胞反应。许多病人的免疫系统无法有效识别肿瘤抗原，难以引发持续性的T细胞应答并清除肿瘤。研究免疫系统识别肿瘤抗原的分子机制有望发现新型药物靶点，提高免疫治疗效果。 中国科学院北京基因组研究所韩大力团队与清华大学徐萌团队、
Cell－Res，Science发现新型RNA修饰m6Am甲基转移酶
RNA上存在一百多种化学修饰，其中N6-甲基腺嘌呤（m6A）作为真核生物mRNA上含量最普遍的化学修饰，参与调控了很多重要的生物学过程。不同于m6A，m6Am主要位于真核生物mRNA 5'端帽子之后的第一个碱基。早在1975年，科学家就鉴定到了m6Am的存在。 一项最近的研究发现m6A
m5C－RNA修饰表达谱文章教您如何另辟蹊径快速发文
文章导读随着RNA修饰在生物领域的持续火热，关于m6A修饰的研究已经广 泛开展并发表，至今已觉不新鲜；5-甲基胞嘧啶RNA甲基化（m5C）是一类新的修饰方式，参与调控细胞应激、发育和基因表达等方面，目前m5C研究正处 方兴未艾之际，大量的科学研究工作也亟待开展，非常适合有探索性和新颖性需求的老师。这
缺陷检测算法
基本两个步骤：1、缺陷检出，算法较多，本人认为是不变矩阵法和主成分分析法；2、缺陷识别和分类,多数使用BP神经网络进行训练，提高识别率。
基质效应的算法
化学分析中，基质指的是样品中被分析物以外的组分。基质常常对分析物的分析过程有显著的干扰，并影响分析结果的准确性。例如，溶液的离子强度会对分析物活度系数有影响，这些影响和干扰被称为基质效应（matrix effect）。去除方法 目前最常用的去除基质效应的方法是，通过已知分析物浓度的标准样品，同时尽
云序超微量MeRIP测序技术在m6A甲基化文章发表的应用1
m6A甲基化是近年来一大热门研究方向，种种研究表明m6A修饰在各种真核生物、各类组织细胞中普遍存在，并对多种生物学功能、疾病肿瘤的发生发展具有极大影响。m6A甲基化位点的检测依赖于MeRIP-seq，其中的抗体免疫共沉淀（IP）环节要求样品RNA起始量相较普通转录组测序要高，曾经令许多难以大量获取的