基于深度学习的RNA多类型修饰解析算法
中国科学院动物研究所研究员赵方庆团队开发基于纳米孔RNA直接测序技术与深度学习策略的RNA修饰图谱解析算法ORCA。相关研究发表于《自然-通讯》。基于深度学习的RNA修饰系统识别与注释模型 论文作者供图RNA修饰对RNA的剪接加工、出核转运、以及RNA的稳定性和翻译效率有着重要的调控作用。但现有研究难以实现多种RNA修饰的同时检测。如何在同一转录本上系统解析不同修饰的分布模式，探究修饰间的协同或竞争关系，并阐明它们如何共同调控RNA剪接加工等关键生物学过程，仍是该领域面临的重要挑战。近年来，新兴的纳米孔RNA直接测序技术为系统检测RNA修饰等核酸化学结构变化提供了重要技术基础。然而，现有基于纳米孔RNA直接测序的修饰识别算法多依赖于体外转录合成的修饰训练集，仅能识别有限修饰类型；或基于不同样本间电信号水平变化进行修饰差异比较，难以实现对RNA修饰图谱及其互作模式的全景检测，极大限制了RNA修饰研究的深入开展。ORCA......阅读全文
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
北京大学Nature子刊解析表观遗传修饰
来自北京大学的研究人员报道称，他们采用化学下拉（pulldown）方法揭示出了哺乳动物转录组的动态假尿嘧啶化 (pseudouridylation)。这一重要的研究成果发布在6月15日的《自然化学生物学》（Nature Chemical Biology）杂志上。 领导这一研究的是北京大学生命科
2019年云序RNA甲基化修饰领域文章汇总
感恩有你，一路同行！2019年末，云序生物携全体员工对一直以来关心和支持公司发展的广大新老客户致以最诚挚的问候！光阴如梭，一年转瞬又将成为历史，新的一年意味着新的起点、新的机遇、新的挑战，决心再接再厉，更上一层楼。回首即将过去的2019，云序生物不断创新，硕果累累；展望2020，任重道远却信心倍
一种修饰RNA疗法更有助治疗心力衰竭
与传统的提供较长时间蛋白表达的传统DNA投递方法相比，一种采用修饰RNA的治疗方法通过限制治疗蛋白表达数日的方式在患有心力衰竭小鼠身上具有更优秀的表现。本周发表在《自然—生物技术》上的这项研究表明，修饰RNA或许能为通过激活内在干细胞以修复受损组织的治疗方案提供一种有用的工具。 Kenne
植物RNA修饰将成为新一代作物改良靶标
近日，上海交通大学生命科学技术学院副教授姜博晨课题组在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了综述论文。文章系统梳理了植物m6A调控的最新研究进展以及利用m6A修饰进行作物改良的潜在应用策略。 RNA表观修饰是指发生在RNA分子上的化学修饰，广泛存在于动物、植物、真菌等真核生物。N6
写入教科书！RNA表观修饰居然能够影响天然免疫
DDX46是RNA解旋酶DDX家族成员，对于细胞核内mRNA前体的剪接具有重要的调控作用。《Nature Immunology》杂志8月29日发表了中国医学科学院院长、中国工程院院士曹雪涛研究团队的论文，揭示了RNA解旋酶DDX46通过结合RNA去甲基化酶ALKBH改变细胞核内RNA修饰的新方
揭示了m6A－RNA修饰的新的进化意义
无义介导的RNA降解（Nonsense-mediated decay, NMD）是真核生物一种重要的mRNA质量控制方式，细胞通过检验终止密码子与最后一个剪接接头的距离是否超过55nt来判断该终止密码子是否为提前终止密码子（Premature Termination Codon, PTC）从而决
植物RNA修饰将成为新一代作物改良靶标
近日，上海交通大学生命科学技术学院副教授姜博晨课题组在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了综述论文。文章系统梳理了植物m6A调控的最新研究进展以及利用m6A修饰进行作物改良的潜在应用策略。RNA表观修饰是指发生在RNA分子上的化学修饰，广泛存在于动物、植物、真菌等真核生物。N6-甲基腺
云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰...3
5. m6A修饰调控新生小鼠β细胞的成熟 发表期刊：Diabetes影响因子：7.2发表日期：2020.05.13实验方法：m6A-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整体m6A修饰水平等（云序提供） 近期Diabetes杂志（IF=7.2）发表了m6A修饰调控新生小鼠β细胞的成熟机制相关
云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰...4
2）RNA修饰PCR芯片 new！ 云序生物提供多种RNA修饰PCR芯片检测，高效一次性检测6种RNA修饰相关的Writer，Eraser，Reader的表达情况，最全面的RNA修饰相关基因覆盖，RNA 修饰芯片基因列表（68 个基因）-human如图： 3）m6A相关酶预合成的慢(腺)病毒
云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰...1
云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰调控机制的运用导读RNA甲基化修饰在调控生物生长发育的过程中起重要作用，m6A和m5C在植物体内的产生机制和生物学功能已有较多研究论文发表，然而RNA m1A（N1-甲基腺嘌呤）修饰在植物中的研究还非常少。近日，Plant Physiology
云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰...2
2. m6A甲基转移酶METTL3的泛素化调节其功能 发表期刊：Nucleic Acids Research影响因子：11.147发表日期：2018.06.01实验方法： m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供） 上海交通大学医学院余健秀组在著名期刊《核酸研究》发
云序RNA修饰技术余义勋课题组植物m1A修饰调控机制的运用
导读 RNA甲基化修饰在调控生物生长发育的过程中起重要作用，m6A和m5C在植物体内的产生机制和生物学功能已有较多研究论文发表，然而RNA m1A（N1-甲基腺嘌呤）修饰在植物中的研究还非常少。 近日，Plant Physiology 在线发表了华南农业大学余义勋课题组题为“The
多产学者Nature高通量技术解析RNA功能
来自斯坦福大学医学院，霍德华休斯医学院等处的研究人员研发出了一种具有某种配体亲和性，能识别RNA结构和序列作用的整体策略，这种技术的全称为RNA分子互作机械诱导捕获技术，是一种微流体系统平台，能对程序性RNA文库进行整体分析，以及功能解读。 文章的通讯作者之
中科大院士PNAS解析“垃圾”RNA
来自中国科技大学，英国邓迪大学的研究人员围绕一种关键小蛋白：Stc 1的结构和功能展开了研究，从中揭示出了裂殖酵母中RNAi与染色质修饰之间的分子作用机制，指出了非编码RNA的又一重要作用。相关成果公布在《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上。 文章的通讯作者是中国科技大学生命科学学
中科大院士PNAS解析“垃圾”RNA
来自中国科技大学，英国邓迪大学的研究人员围绕一种关键小蛋白：Stc 1的结构和功能展开了研究，从中揭示出了裂殖酵母中RNAi与染色质修饰之间的分子作用机制，指出了非编码RNA的又一重要作用。相关成果公布在《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上。 文章的通讯作者是中国科技大学生命科学学
中外学者合作Cell子刊解析蛋白翻译后修饰
来自密西根大学，中科院上海药物研究所，芝加哥大学等处的研究人员发表了题为“SIRT5-Mediated Lysine Desuccinylation Impacts Diverse Metabolic Pathways”的文章，首次在哺乳动物细胞中对去乙酰化调控酶Sirt5调控的琥珀酰底
番茄果实花青素结构及主要修饰类型获解析
近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所功能基因创新团队通过对紫果番茄中花青素的研究，解析了番茄果实中花青素结构及主要修饰类型，并发现了番茄果实中4种新的花青素成分，为解析番茄果实花青素合成和代谢奠定了理论基础。相关研究成果在线发表在《食品化学（Food Chemistry）》上。 据崔霞研究员
中山大学郑凌伶副教授在tsRNA领域取得新进展
tRNA 经典的功能是在蛋白质合成过程中将 mRNA开放阅读框上的密码子转换为对应的氨基酸，然而 tRNA 能够产生新类型非编码 RNA 的功能及机制一直没有被发现。中山大学生命科学学院屈良鹄、郑凌伶等率先揭示了一类新的非编码RNA 家族：应激诱导 tRNA 衍生 RNA（stress-indu
ac4C荣登NatureRNA修饰研究大有可为
RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼，但除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac4C乙酰化修饰，在这些领域的研究中也不断有高 分文章的出现（如表1
化学所在RNA表观遗传修饰的化学调控研究方面取得进展
RNA的表观遗传修饰是RNA调节基因表达的化学基础，利用新反应技术和新分子工具对RNA修饰进行精准调控对揭示RNA介导的遗传信息表达网络具有重要意义。然而由于RNA本身的不稳定性，使得在活细胞水平进行化学调控变得异常艰难。N6-甲基腺嘌呤（m6A）是真核生物最常见和最丰富的一种修饰，占甲基化修饰
南京大学在RNA表观遗传修饰鉴定方面取得进展
图 （a）高分辨工程化纳米孔检测RNA表观遗传修饰原理示意图;（b）RNA主要表观遗传修饰的结构及其单分子纳米孔指纹信号；（c）—（e）酵母苯丙氨酸tRNA（tRNAphe）修饰图谱检测 在国家自然科学基金项目（批准号：21675083、91753108、31972917）等资助下，南京大学化
RNA－m6A甲基化修饰研究相关研究的应用
如果新冠病毒SARS-CoV-2的大流行对我们有任何启发的话，那么要数对RNA修饰的研究了，此时研究病毒RNA以及其甲基化修饰等功能，显得比以往任何时候都更加重要。 而这是否意味着要研究病毒RNA本身不同的各种突变体或者表观遗传变化如何使这些病毒更灵活和感染力？还是研究从细胞和组织中收集的R
注水算法
迭代注水算法是由Wei Yu提出的，它是一种多用户功率分配算法。这是一种自私算法，当接收端和发送端没有共享信道信息时，它的实现非常简单，复杂度低。但是，当信道上有共享信 息，需要共享信道，这是网络拓扑就会出现远近效应，这就产生了非平衡状态，引起用户间信号干扰，信息传输效率下降。 迭代注水
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
中科院Cell子刊解析非编码RNA
来自中科院、福建农林大学等机构的研究人员在新研究中证实，一种叫做NRAV的长链非编码RNA(lncRNA)通过抑制干扰素刺激基因转录调控了抗病毒反应。这一研究发现发表在11月12日的《Cell, Host & Microbe》杂志上。 中科院微生物研究所的陈吉龙（Ji-Long Chen）研究
蛋白翻译后修饰的基金申请解析与研究注意点（一）
每年三月初，都是科研界的“高考”倒计时，因为距离国自然基金申请的截止日期已不到半月。纵观历年国自然申请情况，蛋白的翻译后修饰都是申请中重大研究方向之一。2018年国自然统计表明，磷酸化、泛素化、乙酰化等修饰的相关基金项目，总研究资助金额超过2亿。 继上周的肠道微生物研究方案解析
蛋白翻译后修饰的基金申请解析与研究注意点（一）
每年三月初，都是科研界的“高考”倒计时，因为距离国自然基金申请的截止日期已不到半月。纵观历年国自然申请情况，蛋白的翻译后修饰都是申请中重大研究方向之一。2018年国自然统计表明，磷酸化、泛素化、乙酰化等修饰的相关基金项目，总研究资助金额超过2亿。继上周的肠道微生物研究方案解析后（国自然冲刺：打通菌群
蛋白翻译后修饰的基金申请解析与研究注意点（二）
由此可见，泛素化相关基金无论是申请项目数还是金额数均在向磷酸化逼近，甚至从重点项目数看，18年泛素化的项目数已然超过了磷酸化。进一步统计表明，泛素化研究资助项目在医学部中一共98项，总资助金额高达4700万元。由此可见，泛素化的相关研究正是科研界的“当红小生”，基金申请的一大热点。图2.国自然基金项