NatureMethods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高通量测序(RNA-seq)已广泛用于各种组织的基因表达分析。然而，人们开展单细胞转录组分析的愿望也越来越强烈，这是因为有些细胞量少珍贵，不足以开展传统的RNA-seq，也有人希望对异质群体中的细胞亚群开展分析。过去的基因表达“平均值”已不再能满足人们的需求。 近年来，开展单细胞RNA-seq的各种方法时有报道，但关于这些方法的通量和性能还存在一些问题。比如说，性能主要是通过灵敏度和精确性来评估的。然而，为了评估测定方法的有效性，还应当评估准确性，即测量值与真实值之间有多接近。 为此，斯坦福大学生物工程系的Stephen R......阅读全文
首次揭示单细胞水平大豆根瘤基因表达的动态特征
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500742.shtm近日，中国农业科学院作物科学研究所大豆优异基因资源发掘与创新利用创新团队与国内高校合作，首次在单细胞水平解析了大豆根瘤成熟过程中基因表达的动态变化，并在未成熟的根瘤侵染细胞中成功鉴定到
北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱
脱落细胞单细胞悬液的制备——胸、腹水脱落细胞的制备
实验方法原理在临床工作中，可以收集到大量自然脱落细胞，这些细胞标本经过简单处理，便可成为较好的单细胞悬液供流式细胞术分析。主要包括脱落细胞、胸腹水细胞、尿液、内镜刷检细胞等。实验材料胸、腹水试剂、试剂盒肝素液PBS仪器、耗材尼龙网实验步骤1. 抽取胸、腹水 50~100 ml，加入 1000 U/m
脱落细胞单细胞悬液的制备——冲洗液细胞样品的制备
实验方法原理在临床工作中，可以收集到大量自然脱落细胞，这些细胞标本经过简单处理，便可成为较好的单细胞悬液供流式细胞术分析。主要包括脱落细胞、胸腹水细胞、尿液、内镜刷检细胞等。实验材料膀胱试剂、试剂盒生理盐水PBS仪器、耗材尼龙网实验步骤1. 用 300~500 ml 生理盐水冲洗膀胱，冲洗一定时间后
siRNA表达载体制备siRNA的方法介绍
多数的siRNA表达载体依赖三种RNA聚合酶Ⅲ启动子（pol Ⅲ）中的一种，操纵一段小的发夹RNA（short hairpin RNA，shRNA）在哺乳动物细胞中的表达。这三类启动子包括大家熟悉的人源和鼠源的U6启动子和人H1启动子。之所以采用RNA pol Ⅲ启动子是由于它可以在哺乳动物细胞中表
单细胞转录组制备仪的技术指标
将 C1 应用于单细胞 mRNA 测序，可以从多个细胞个 体平行处理多达 96 个 cDNA 文库，在任何 Illumina 测序仪上对 mRNA表达进行相对定量。此系统的主要特征包括： 高通量 -可对 96 个单细胞进行大规模平行、连贯的制备， 引入条形码序列标记（Barcode），可将测序
研究开发单细胞测序分析TEs表达的工具包
中国科学院广州生物医药与健康研究院（以下简称广州健康院）陈捷凯课题组和南方科技大学Andrew Hutchins课题组合作开发出单细胞测序分析转座元件表达的工具包scTE。相关研究3月5日发表于《自然—通讯》。据悉，生物岛实验室副研究员何江平为该论文第一作者，陈捷凯、Andrew Hutchin
脱落细胞单细胞悬液的制备——尿液脱落细胞
实验方法原理在临床工作中，可以收集到大量自然脱落细胞，这些细胞标本经过简单处理，便可成为较好的单细胞悬液供流式细胞术分析。主要包括脱落细胞、胸腹水细胞、尿液、内镜刷检细胞等。实验材料尿液试剂、试剂盒生理盐水仪器、耗材尼龙网实验步骤1. 用一清洁器皿收集 24 h 尿液，置 4℃ 冰箱中自然沉淀 2
脱落细胞单细胞悬液的制备——食管拉网细胞
实验方法原理在临床工作中，可以收集到大量自然脱落细胞，这些细胞标本经过简单处理，便可成为较好的单细胞悬液供流式细胞术分析。主要包括脱落细胞、胸腹水细胞、尿液、内镜刷检细胞等。实验材料细胞试剂、试剂盒PBS仪器、耗材尼龙滤网实验步骤1. 将食管拉网器上的细胞洗脱到 20 ml PBS 液中，以 150
两篇Cell文章：廉价的单细胞基因表达分析新技术
想象一下有人递给你一杯奶昔，要你鉴别出里面所有的东西。或许你能够辨别出有一点点的草莓或是酸奶的味道。但总体上它的味道就像是无法分辨的成分构成的混成品。 现在再想象一下，这杯奶昔是由来自大脑的2万个碾碎了的细胞所组成。你可以通过测试来确定样本中有什么分子，这就是科学家们现在所做的事情。这当然会提
利用微流体PCR进行准确可靠的单细胞基因表达分析（一）
· 达到更准确地检测单一细胞基因表达谱差异性· 避免测量样品中所有细胞的平均值的坏处· 鉴定以前不能分辨的细胞亚群和分解新的调控网络 在名义上均一的细胞群中，单一细胞在尺寸、蛋白质水平和mRNA表达转录上都存在差异，所以默认你的样品中每一个细胞都表现得完全一致是一种危险的赌博，测量集中到一起的多个细
利用微流体PCR进行准确可靠的单细胞基因表达分析（二）
整个流程可以让您轻松实现如下步骤： · 捕获—组细胞只需一步加样即能迅速地分离到96个独立的反应仓完成制备 · 确认—质控节点确认捕获细胞数量及分辨活细胞和死细胞 · 裂解—快速直接的细胞裂解方法可节约时间和费用且不需要RNA纯化步骤 · 逆转录和预扩增—cDNA合成及特异目的片段扩增在一个样品
用于表达分析的－mRNA－的制备实验——备择方案
cDNA 和体外转录产物的固相可逆固定（SPRI）纯化实验方法原理用基于磁珠方法纯化 cDNA 和体外转录产物避免了纯化过程有机溶剂的使用和离心步骤。这个方案与基本方案中的纯化方法相当（步骤 10～14 或者步骤 17～22）。实验材料待纯化样品：cDNA或体外转录的 RNA试剂、试剂盒羧基端包埋的
用于表达分析的－mRNA－的制备实验——基本方案
同时检测包含成百上千种基因的 RNA 水平，从而构建一个详细的基因表达谱是分子生物学新的一项激动人心的本领。这是通过将 mRNA 定量扩增并用生物素标记再与 DNA 芯片杂交实现的，芯片上预先固定有与目的 mRNA 互补的寡核苷酸序列。来源：《精编分子生物学实验指南 第五版 第二十一章》用于表达监测
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
组织活检、内镜取材标本单细胞悬液的制备
实验材料组织试剂、试剂盒PBS仪器、耗材剪刀尼龙网实验步骤1. 取材后立即放入盛少许 PBS 液的青霉素小瓶中。2. 另取一只小烧杯，杯口用 300 目尼龙网盖住，用线绳固定好，并用 PBS 液湿润，取新鲜组织标本置尼龙网上；因标本量较少，尤其是内镜取材至少要取 3 块以上。3. 在操作前，先将剪刀
组织活检、内镜取材标本单细胞悬液的制备
实验材料 组织试剂、试剂盒 PBS仪器、耗材 剪刀尼龙网实验步骤 1. 取材后立即放入盛少许 PBS 液的青霉素小瓶中。2. 另取一只小烧杯，杯口用 300 目尼龙网盖住，用线绳固定好，并用 PBS 液湿润，取新鲜组织标本置尼龙网上；因标本量较少，尤其是内镜取材至少要取 3 块以上。3. 在操作前，
暨南大学报道－造血干细胞发育单细胞lncRNA动态表达图谱
来自暨南大学基础医学院兰雨课题组、中国医学科学院基础医学研究所余佳课题组、军事医学科学院附属医院（现为解放军总医院第五医学中心）刘兵课题组合作发表研究论文“Combined Single-Cell Profiling of lncRNAs and Functional Screening Re
广州生物院开发出单细胞测序分析转座元件表达的工具包
3月5日，中国科学院广州生物医药与健康研究员研究院陈捷凯课题组与南方科技大学研究员Andrew Hutchins课题组合作，开发出单细胞测序分析转座元件表达的工具包scTE。相关研究成果以Identifying transposable element expression dynamics a
应用单细胞基因表达研究艾滋病疫苗在细胞水平上的反...
应用单细胞基因表达研究艾滋病疫苗在细胞水平上的反应差异Fluidigm 技术应用· 单细胞基因表达· BioMark系统· 96.96整合微流体动态芯片 文中提到的研究是Lukas Flatz博士在美国国家卫生研究院做博士后时所进行的工作。他现在是瑞士洛桑医院大学皮肤科的医生和研究员。 简介美国疫苗
单细胞激光拉曼光谱测重组大肠杆菌细胞表达甲酸脱氢酶
单细胞激光拉曼光谱检测重组大肠杆菌细胞表达甲酸脱氢酶摘要甲酸脱氢酶( FDH，EC1． 2． 1． 2) 在工业生产中有重要的应用价值，工业上应用的FDH 可以通过构建高水平表达重组FDH 蛋白的基因工程菌生产，用分子生物学的方法检测重组蛋白的高效表达和积累操作繁杂，耗时耗力且需要破碎细胞。为了寻找
自动化的微流控芯片系统在单细胞中检测MicroRNA的异质性1
编辑推荐：Fluidigm 公司开发了一种在C1TM单细胞自动制备系统及BiomarkTM HD系统上检测单细胞miRNA表达谱的实验方案。此方案可以在小于24小时的时间内，平行处理96个单细胞，在一张GE 96.96芯片对每个单细胞分别检测多达96种miRNA。配套的SINGuLAR™ 2
Nature－Methods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高
单细胞测序是一种高效的检测技术
单细胞测序技术又称“下一代“测序技术或深度测序技术，可以一次性对几十万至几百万条DNA分子进行序列测定，现已广泛应用在基因组测序、基因表达分析、非编码小分子RNA鉴定、转录因子靶基因筛选及DNA甲基化等相关的研究领域。 测序技术的突出优点是可以从细胞图谱的角度，探测细胞特异性以及细胞间的差异，探
单细胞分离用于单细胞基因扩增
单细胞分离连接不同管径大小的毛细玻璃针，可分离捕获各种非贴壁状态的单细胞和微粒等，如细菌、酵母、藻类细胞、植物花粉、原生动物单细胞、悬浮细胞、血液细胞、免疫细胞、卵细胞、各种悬液中单细胞及特殊标记的单细胞等。 单细胞分离用于各种类型的细胞分离培养、纯化、检测；获得单克隆细胞；用于单细胞基因扩增，
什么是瞬时表达和稳定表达？
瞬时表达：外源片段不能随细胞分裂而一同复制，导致表达时间短暂，且表达量随时间逐渐下降。稳定表达：是指外源片段整合入细胞基因组中，并能随细胞分裂稳定传递下去，表达量长时间处于稳定水平。那稳定株，顾名思义当然是属于稳定表达的体系了。
大规模单细胞测序构建第一个人脑神经元表达图谱
这项研究开发了首个方法用于人类大脑神经性元不同亚型的鉴定，奠定了"绘制"人脑神经元细胞基因活性方法的基础；同时，可以帮助我们更好的理解人脑正常功能及疾病异常，包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、精神分裂症和抑郁症等。通过分离和对单个人类大脑神经元细胞核进行单细胞核转录组测序，研究人员在人脑的六个高级功
单细胞测序方法介绍
单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为一种全基因组测序的方式，在单细胞层面广泛用于确定细胞类型和细胞变异的鉴定。Namocell单细胞分离仪可以通过细胞标记CD27以及一种细胞活性的染料，来分选出单个活的B细胞。通过分析分离后的单细胞基因表达情况，对比静息记忆B细胞，可以从单细胞层面研究基因表达
Namocell单细胞分离仪应用——单细胞测序
2018年11月，Namocell与CZ-Biohub（Chan Zuckerburg Biohub）合作，在单细胞测序领域做出了新的尝试。CZ-Biohub利用Namocell单细胞分离仪分选出目的B细胞，并且将其进行单细胞测序，为抗体新药的发现迈出了重要一步。单细胞RNA测序（scRNA-s