国家生物信息中心合作发布面向流感病毒的基因组语言模型
近日,国家生物信息中心正式发布了面向流感病毒的基因组语言模型Influ-BERT。该模型基于Transformer架构,针对流感病毒基因组特征进行了深度优化,为流感病毒亚型鉴定、致病性预测等应用提供了一种高效、智能的计算解决方案。甲型流感病毒具有宿主范围广、抗原变异频繁等特点,对全球公共卫生构成持续威胁。传统的亚型鉴定方法在处理低频亚型或片段缺失数据时存在局限性。为此,研究团队收集并整合了约90万条流感病毒基因组序列构建专用语料库,以Transformer架构为核心,开发了定制化的Byte Pair Encoding(BPE)分词器,并针对词表大小进行专门优化。通过实施领域自适应预训练与任务特定微调的分阶段策略,Influ-BERT成功填补了通用基因组模型与流感特定领域知识之间的语义鸿沟,实现了对流感病毒基因组的精准建模。在性能评估中,Influ-BERT展现出优于传统的机器学习算法和通用基因组大模型的表征学习能力,实现了低频亚......阅读全文
流感病毒传播途径
传染源主要是患者,其次为隐性感染者,被感染的动物也可能是一种传染源。主要传播途径是带有流感病毒的飞沫,经呼吸道进入体内。少数也可经共用手帕、毛巾等间接接触而感染。 病毒传入人群后,传染性强并可迅速蔓延,传播速度和广度与人口密度有关。进入人体的病毒,如果不为咳嗽反射所清除,或不为机体的
流感病毒的概念
流感病毒是一种负链RNA病毒,医学上根据其抗原性差异来进行分类,主要有甲、乙、丙三种类型的病毒。由于流感病毒的抗原特性很不稳定,很容易发生变异,因而每一类型病毒中又出现了很多的亚类型。尤其是甲型流感病毒,其毒性最强,最容易发生变异,临床常可以引起严重的大暴发流行。乙型流感病毒对人类的致病力较低,仅引
Nature:谁是进化的胜者
哥伦比亚大学和科隆大学的研究人员创建了一个可以成功预测流感病毒演化的新模型。这一模型不仅能帮助人们进一步了解流感,还提供了筛选流感疫苗的新途径。这项研究于二月二十六日发表在Nature杂志上。 流感是人类中的一种主要流行性疾病。甲型流感病毒的季节性菌株每年都会导致几十万人死亡。WHO及其合
Nature-Microbiology:流感病毒聚合酶调控RNA合成机制
流感病毒是危害全球公共卫生健康的重要病原之一,能在人群中引起大规模流行和季节性流感,每次暴发都会引起人类死亡并造成巨大的经济损失。流感病毒(Influenza virus)是分节段的负链RNA病毒(Segmented Negative-Sense RNA virus, sNSV),属于正粘病毒科
构建单细胞癌症基因组时间序列模型,可预测乳腺癌细...
构建单细胞癌症基因组时间序列模型,可预测乳腺癌细胞克隆适应性不同生物会随着时间的推移不断进化,环境压力可促使具有某些特征的个体在群体中变得更加普遍。癌症也不例外,在不断增殖的肿瘤中,具有最佳竞争资源和抵御环境压力的癌细胞会逐渐占据主导地位。癌细胞的适应性(fitness)并不是一成不变的。在化疗药物
帕金森体外模型帕金森体外模型
体外培养的中脑多巴胺能神经元MPTP损伤模型l实验操作:实验采用胚胎龄14一16天的大鼠,剖子宫取胎,取胎鼠中脑腹侧区。可将多个胚胎来源的组织收集在一起,置Fl2培养基(Gibco)至35mm的培养皿中,以细剪刀剪碎。将2ml含0.125%的胰酶的F12加入到组织中,该混合物于37oC孵育10分钟后
大脑听觉皮层可助增强语言感知
英国《自然·通讯》杂志12月20日在线发表的两篇神经科学论文提出,人们能借助听觉皮层的快速动态变化,在嘈杂的环境中辨认出语句。其中一组人员发现,当词语中的某些部分被噪音掩盖时,听觉中枢的一个区域能实时补充缺失的音节。另一项研究表明,在先前接触过这些语句的情况下,听觉中枢的快速变化能让人们理解噪音
发现决定人类语言功能关键基因
为什么人能说话而黑猩猩不能?答案可能就在基因FOXP2 为什么人能说话而其生物学近亲黑猩猩却不能?英国《自然》杂志11月12日刊登研究报告说,答案可能就在基因FOXP2上,这个基因的人类版本与黑猩猩版本仅有两点小小的不同,但却因此赋予人类独特的语言能力。 美国加利福尼亚大学等机构
婴儿不说话-亦能识语言
像学习口头语言一样,婴儿已经做好了学习视觉语言的准备。这是近日在美国科学促进会年会上报告的一项研究结论。图片来源:Daria Shevtsova/Pexels CC0 家长和科学家都知道,婴儿就像海绵一样,能够学会他们出生国度的任何语言。但人们并不清楚这是否包括视觉语言。 为了了解婴儿对视觉
美研究揭示大脑如何学习语言
美国一项新研究表明,人类用于学习语言的大脑回路还能“兼职”其他用途,而非此前认为的是专门用于学习语言的模块。 发表在最新一期美国《国家科学院学报》上的这项研究显示,儿童学习母语及成年人学习外语时使用的大脑回路还有记住购物清单或学习开车等多种用途。论文共同作者、州立肯特大学的菲利普·哈姆里克
使用多种语言或能延缓衰老加速
爱尔兰科学家调查了27个欧洲国家超过86000人的信息,发现多语言能力(日常使用超过一种语言)与加速衰老风险的延缓有关。这些发现表明,推广使用多种语言可能在人群水平上有助于支持健康老龄化策略。相关研究11月11日发表于《自然-衰老》。衰老是一项重大的全球健康挑战,与认知衰退和功能障碍有关。因此识别保
2022语言与智能技术竞赛这天举办
3月30日,聚焦自然语言处理(NLP)领域的2022语言与智能技术竞赛(以下简称 NLP竞赛)正式启动报名。为便利参赛者,竞赛将联手“千言”数据集开源项目,发布中文领域首个搜索知识对话数据集、首个面向实际应用场景的中文大规模段落检索数据集等多个重磅数据集。本次竞赛覆盖跨模态、知识驱动、可信学习等人工
《现代生物学》:手舞足蹈乃语言前奏
我们经常在街头看到人们一边走路,一边对着手机“自言自语”,同时伴随着各种各样的手势。尽管电话另一端的听者并不会看到这些动作,但这种行为表明,手势是人类交流的一个必要组成部分。许多类人猿的手势也具有相似的功效。对猩猩的一项研究表明,为了更好地沟通,它们能够改进自己的手势——这一发现对于研究人类语言的进
美研究揭示大脑如何学习语言
新华社电 美国一项新研究表明,人类用于学习语言的大脑回路还能“兼职”其他用途,而非此前认为的是专门用于学习语言的模块。 发表在最新一期美国《国家科学院学报》上的这项研究显示,儿童学习母语及成年人学习外语时使用的大脑回路还有记住购物清单或学习开车等多种用途。论文共同作者、州立肯特大学的菲利普
有关生命起源的分子语言成功重建
加拿大蒙特利尔大学科学家开创性地重建了生命起源的两种分子语言,并进行了数学验证。《美国化学会志》最新发表的这一突破,为纳米技术的发展打开了新的大门,其应用范围包括生物传感、药物输送和分子成像。人们可以把生物体看成由数十亿个纳米机器和纳米结构所组成的,这些纳米机器和结构之间的通信,能创建移动、思考、生
早产儿更易出现语言障碍
一项美国研究发现,早产儿大脑听觉皮层发育迟缓,导致其幼儿时期的语言表达能力可能较差。这一研究发现有望为儿童语言能力问题的诊断和干预提供指导。 妊娠期一般要持续40周,早产是指妊娠不满37周的分娩,这是导致新生儿死亡或长期并发症的主要原因。 美国伊利诺伊大学语言和听觉科学教授布赖恩·蒙
形形色色的跨界语言奇才
语言是文化的承载者,一种语言反映了一种思维方式。美国成为创新强国的重要原因之一,是其来自世界各地的移民带来了不同的语言及不同的思维方式,而不同思维方式的碰撞易于激发出创新火花。对于个人,掌握多种语言就意味着能用不同的思维方式考察问题,因而面对难题和挑战更有可能拿出不同凡响的解决方案。更不用说,多
美国科学家破译老鼠-“语言”
雄性老鼠在打架时会发出一种尖锐的叫声,在逃跑和追逐其他雌性时也会发出不同的叫声。科学家首次破译了老鼠在追逐、打斗等社交行为中发出的这些超声波。相关成果2月17日发表于《自然—神经科学》。 老鼠会发出各种各样的声音与同伴交流。科学家很长时间里都在尝试解释这些人耳无法察觉的超声波“吱吱”声,但却
禽流感病毒聚合酶结构领域研究获重大进展
我国科研人员在国际上率先揭示出禽流感病毒聚合酶关键部分PA亚基与PB1多肽复合体的精细三维结构,填补了禽流感病毒聚合酶结构领域研究的空白。这一结构的解析,为研究禽流感病毒的复制机制,以及设计抗流感病毒药物提供了真实可用的模型。7月9日,国际权威杂志《自然》(《Nature》)在线发表了由中国科学院生
研究开发出酵母泛基因组数字模型与代谢网络分析方法
近日,中国科学院大连化学物理研究所研究员周雍进团队与上海交通大学副教授鲁洪中合作,在酵母系统生物学研究中取得新进展。研究团队通过整合分析全球1807株酿酒酵母菌株的基因组与生态位数据,构建了高覆盖度的酿酒酵母泛基因组及菌株特异性代谢模型,系统解析了酵母通过基因组精简与代谢重编程适应多样化环境的分
研究开发出酵母泛基因组数字模型与代谢网络分析方法
近日,中国科学院大连化学物理研究所研究员周雍进团队与上海交通大学副教授鲁洪中合作,在酵母系统生物学研究中取得新进展。研究团队通过整合分析全球1807株酿酒酵母菌株的基因组与生态位数据,构建了高覆盖度的酿酒酵母泛基因组及菌株特异性代谢模型,系统解析了酵母通过基因组精简与代谢重编程适应多样化环境的分子机
英伟达推出生成式AI药物发现平台开启新布局
人工智能计算领导者英伟达(NVIDIA)在过去的一年里接连投资几家AI药物开发公司,其在药物开发领域的雄心壮志正在成为全世界的焦点。 日前,英伟达宣布了三项新举措,其中包括与安进(Amgen)子公司deCode进行新的合作。英伟达表示,deCode将利用英伟达的超级计算机和BioNeMo生成式人工智
流感病毒将可“定位追踪”
记者从中科院广州生物医药与健康研究院获悉:我国科学家在国际上领先成功研制出携带荧光素酶的可示踪重组流感病毒IAV—luc,可以清晰地反应流感病毒对人体的感染情况,相当于给流感病毒安装了“定位追踪器”。该项成果日前在《自然·通讯》上在线发表。 广州医科大学和中科院广州生物医药与健康研究院联合
流感病毒怎么那么厉害?
流感病毒变异有抗原性变异、温度敏感性变异、宿主范围以及对非特异性抑制物敏感性等方面的变异,但最主要的是抗原性变异。抗原性变异与其他病毒不同,特点是表面抗原HA和NA易变异。变异有两种形式,即抗原性转变和抗原性漂移。 流感病毒表面抗原变异幅度的大小,直接影响到流感规模。若变异幅度小,属
揭示流感病毒劫持战术
伦敦帝国理工学院的科学家们已经揭示流感病毒感染人体时如何"劫持"细胞机器。研究结果2016年1月6日发表于《Nature》杂志,可能为治疗流感大流行和季节性流感的更有效的抗病毒疗法铺平道路。 在这项研究中,研究人员使用仓鼠-鸡混合细胞来揭示为什么禽流感病毒通常不能感染哺乳动物细胞。 他们
流感病毒采样方法探讨
【关键词】 流感病毒 采样方法 探讨流行性感冒,是由流感病毒所致的急性呼吸道传染病,具有高度的传染性,主要通过飞沫传播,流感病毒分甲、乙、丙三型,甲型病毒抗原变异频繁,历次世界大流行均由甲型所致[1]。 我院是国家级流感监测点,从2005年10月起进行流感病毒采样工作。采样方法为鼻咽拭子法,
禽流感病毒的病理
病毒吸附在细胞表面含唾液酸的糖蛋白受体上,然后通过受体介导的细胞内吞作用,病毒进入细胞。这包括暴露于核内体内的低pH,导致HA的构象改变介导膜融合。这样,核衣壳便进入胞浆并移向胞核。流感病毒利用独特的机理转录。启动转录时,病毒的核酸内切酶从宿主细胞的mRNA上切下5′帽子结构,并以此作为病毒转录酶进
怎样检测流感病毒
流感病毒的检测有三种方法:第一种方法,也是最快捷的一种方法,称作“流感病毒抗原检测”,方法是由医生或护士采集鼻咽或口咽分泌物,用专门的试剂条检测,半小时内出结果;第二种方法是病毒培养,将鼻咽或口咽分泌物接种到细胞株上,体外培养,通过细胞的形态变化和红细胞凝集试验来判断是否有流感病毒感染;第三种方法是
流感病毒来自鱼吗
原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495397.shtm ?人类细胞感染了流感病毒。图片来源:Steve Gschmeissner/Science Photo Library流感病毒是季节性流感的罪魁祸首。一项近日发表于预印本服
2.8.1-流感病毒-RNA-提取
试剂、试剂盒10×RSB 溶液10%SDS蛋白酶 KlOXLiCI 溶液RSB 饱和的酚氯仿异戊醇2mol L 乙酸钠 无水乙醇TSE 溶液LiCl 缓冲液平衡酚TSE 饱和酚4mol LLiCL实验步骤一 材料与设备1. 酚提法1)10×RSB 溶液:O.Olmol/LTris,O.OOlmol/