Cell：触动癌细胞自我毁灭
来自华盛顿大学的研究人员构建出了一种叫做“BINDI”的蛋白分子，并证实其能够触动感染EB病毒的癌细胞自毁。这一重要的研究成果发表在6月19日的《细胞》（Cell）杂志上。 许多癌症都与EB病毒有关，它能够扰乱机体清除衰老、异常、感染和损伤细胞。在其导致的单核细胞增多症及其他疾病发作后，EB病毒可长时间持续存在。它们通过阻止细胞瓦解杀死自身和入侵物得以存活下来。病毒对细胞群调控造成的干扰有可能促成了癌性过度生长。 在这篇Cell文章中，研究人员描述了他们采用计算机设计、构建及测试一种可破坏EB病毒干扰作用的蛋白质的过程。他们发现BINDI可以促进EB病毒感染癌细胞系萎缩、分解组件，并碎裂成小块。 这一BINDI蛋白质是由华盛顿大学蛋白质设计研究所构建而成。论文的主要作者是华盛顿大学生物化学系的Erik Procko和生物工程学系的Geoffrey Y. Berguig。他们与华盛顿大学、Fred Hutchinson癌......阅读全文
三强联手设计药物抑制甲型肝炎病毒
一项近日发表在《PLOS Biology》上的新研究表明，基于结构的药物设计表明过去研究用于治疗头颈癌的一种药物可以作为先导化合物开发药物来治疗甲肝病毒感染，这项研究由四川大学、清华大学、中国科学院共同完成。 甲型肝炎是一种小核糖核酸病毒引起的感染疾病，每年感染约150万人，并持续造成重大死亡
病毒的蛋白质的结构及功能
蛋白质是病毒的另一类主要成分，包括结构蛋白和非结构蛋白。非结构蛋白是指由病毒基因组编码的，在病毒复制或基因表达调控过程中具有一定功能，但不结合于病毒颗粒中的蛋白质。结构蛋白是指构成一个形态成熟的有感染性的病毒颗粒所必需的蛋白质医学|教育网搜集整理，包括壳体蛋白、包膜蛋白和毒粒酶等。壳体蛋白是构成病毒
杆状病毒系统蛋白质表达实验
基本方案 小规模表达 辅助方案1 蛋白质生产高峰期的确定 辅助方案2重组蛋白的代谢标记 基本方案2 重组蛋白大规模生产 实验方法原理
杆状病毒系统蛋白质表达实验
实验方法原理 分析方案依赖于表达蛋白的天然特性。实验材料 草地夜蛾（Sf9）细胞高滴度的重组杆状病毒储液试剂、试剂盒 PBS1×SDS样品缓冲液仪器、耗材 含 10% 胎牛血清（FBS）的TNM-FH昆虫培养基60 mm 组织培养皿27℃ 培养箱（湿度可选）15 ml 聚丙烯离心管带有 GH-3.7
科学家利用神经网络设计全新蛋白质
美国麻省理工学院研究人员在新一期《应用物理学杂志》发表的论文中，将注意力神经网络与图神经网络相结合，以更好地理解和设计蛋白质。该方法将几何深度学习与语言模型的两种优势结合起来，不仅可预测现有蛋白质特性，还可设想自然界尚未设计出的新蛋白质。 蛋白质通过构建块的独特排列来执行大量生物任务。将这个几
科学家设计制造出跨膜蛋白质
美国华盛顿大学一个科研团队借助计算机设计，制造出了跨膜蛋白质，它可像天然膜蛋白那样形成多蛋白复合体，可应用在疫苗设计等领域。图片来源于网络 膜蛋白是生物膜中所含的蛋白质，嵌在细胞和细胞器的膜中。有些膜蛋白的两端暴露于膜的内外表面，被称作跨膜蛋白质。它们可作为物质跨膜转运的通道，许多药物设计将其
设计的蛋白质可在两种结构间切换
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/507185.shtm
蛋白质工程的结构、功能的设计和预测
根据对天然蛋白质结构与功能分析建立起来的数据库里的数据，可以预测一定氨基酸序列肽链空间结构和生物功能；反之也可以根据特定的生物功能，设计蛋白质的氨基酸序列和空间结构。通过基因重组等实验可以直接考察分析结构与功能之间的关系；也可以通过分子动力学、分子热力学等，根据能量最低、同一位置不能同时存在两个
设计的蛋白质可在两种结构间切换
美国华盛顿大学研究团队受晶体管启发，设计出了可在两种不同的完整结构之间切换的蛋白质，这些蛋白质有望在智能药物递送系统、环境传感等领域大显身手。相关论文发表于最新出版的《科学》杂志。研究人员将深度学习和基于物理的算法相结合，设计出了具有两种不同完整结构的定制蛋白质，确定了其结构，并测量了其运动方式。通
AI设计新蛋白质再现突破，生成在拓扑结构
《自然》杂志11日发表的论文描述了一项结构生物学新突破：一种能设计新蛋白质的深度学习方法，名为RoseTTAFold Diffusion（RFdiffusion）。其能生成各种功能性蛋白质，包括在天然蛋白质中从未见过的拓扑结构。 研究示意图（部分） 深度学习推动了蛋白质结构的预测和设计，但仍
科学家设计制造出跨膜蛋白质
据新华社电 美国华盛顿大学一个科研团队借助计算机设计，制造出了跨膜蛋白质，它可像天然膜蛋白那样形成多蛋白复合体，可应用在疫苗设计等领域。 膜蛋白是生物膜中所含的蛋白质，嵌在细胞和细胞器的膜中。有些膜蛋白的两端暴露于膜的内外表面，被称作跨膜蛋白质。它们可作为物质跨膜转运的通道，许多药物设计将
经设计的T细胞可同时对抗5种病毒
骨髓移植可以挽救成千上万人的生命，但患者在随后的几个月中容易遭受严重的病毒感染，直到他们的新免疫系统开始生效。现在，美国贝勒医学院和得克萨斯儿童医院的科学家找到了可为这段高风险期提供保护的方法——注射一种经过特别设计的T细胞，可以同时抵御多达5种病毒。 健康人的体内有一支T细胞军队在巡逻，随
Science－|－为腺病毒载体疫苗设计提供新策略
Science | 为腺病毒载体疫苗设计提供新策略——黏膜相关恒定T（MAIT）细胞激活显著增强腺病毒载体诱导的T细胞反应 黏膜相关恒定T（MAIT）细胞是一类非常规的T细胞，可以识别微生物衍生的维生素B2生物合成代谢产物，如5-(2-氧代氧亚丙基氨基)-6-(d-核糖胺基) 尿嘧啶（5-OP
《科学》：奇才David－Baker设计蛋白可对抗新冠病毒
本周，素有“科学界奥斯卡”之称的“科学突破奖”（Breakthrough Prize）公布了一年一度的获奖名单。其中，华盛顿大学（University of Washington）蛋白质设计研究所的David Baker教授成为生命科学奖项的四位获奖人之一。David Baker教授（图片来源：HH
无定形相变蛋白质探针理性设计方案
近日，中国科学院大连化学物理研究所研究员刘宇团队与朴海龙团队、山东大学教授刘晓静合作，通过系统性研究晶体诱导荧光分子结构与荧光之间的构效关系，实现了活细胞内无定型聚集态蛋白质组的靶向识别，为进一步发展此类探针提供了理性设计和改造方案。相关研究成果发表在《德国应用化学》上。 蛋白质的错误折叠
深度学习助力提高蛋白质序列设计成功率
中国科学技术大学生命科学与医学部教授刘海燕、副教授陈泉团队与信息科学技术学院教授李厚强团队合作，开发了一种基于深度学习为给定主链结构从头设计氨基酸序列的算法ABACUS-R。经过实验验证，ABACUS-R的设计成功率和设计精度超过了原有统计能量模型ABACUS。相关成果7月21日发表于《自然—计
研究实现从头设计的蛋白质三维晶体
10月16日，美国华盛顿大学蛋白质设计研究所David Baker课题组在《自然-材料》上发表最新研究论文，介绍了一种通过多级正交的蛋白质-蛋白质相互作用来精确设计蛋白质三维晶体的计算方法。《自然-材料》同期也刊登了对本研究的评述文章。 “蛋白质结晶一直依赖于大量的实验工作和偶然的运气，而这篇
我国学者在超稳定蛋白质设计领域取得进展
图 AI与化学生物学知识相融合设计超稳定性蛋白质模块 在国家自然科学基金项目（批准号：22222703、22477058）等资助下，南京大学郑鹏团队在蛋白质的可控设计及其稳定性研究方面取得进展，相关工作以“基于氢键强化的超稳定蛋白质计算设计（Computational Design of Supe
人工智能设计的蛋白质能被“武器化”吗？
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518933.shtm人工智能设计的蛋白质能被用作生物武器吗？为了避免这种可能性，以及避免烦琐的政府监管，3月8日，美国研究人员发起了一项倡议，呼吁安全、合乎道德地使用蛋白质设计。美国西雅图华盛顿大学计算生
深度学习实现蛋白质序列高成功率从头设计
中国科学技术大学生命科学与医学部教授刘海燕、副教授陈泉团队与信息科学技术学院教授李厚强团队合作，开发了一种基于深度学习为给定主链结构从头设计氨基酸序列的算法ABACUS-R。经过实验验证，ABACUS-R的设计成功率和设计精度超过了原有统计能量模型ABACUS。研究成果北京时间7月21日发表于《
《科学》：人工智能几秒便可设计“原创”新蛋白质
今年6月，韩国监管机构批准了首款由人类设计的新型蛋白质制成的新冠肺炎疫苗。该疫苗基于一种球形蛋白质“纳米颗粒”，由研究人员在10年前通过劳动密集型试错攻关研制而成。现在，随着人工智能（AI）的巨大进步，美国西雅图华盛顿大学（UW）生物化学家David Baker领导的一个团队，只需几秒钟——而不是几
研究实现从头设计的蛋白质三维晶体
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510527.shtm10月16日，美国华盛顿大学蛋白质设计研究所David Baker课题组在《自然-材料》上发表最新研究论文，介绍了一种通过多级正交的蛋白质-蛋白质相互作用来精确设计蛋白质三维晶体的计
新型冠状病毒荧光PCR引物探针设计之我见（一）
新型冠状病毒疫情爆发以后，早期诊断成为控制疫情的关键，而荧光PCR技术成为首选的初筛检测手段。目前核酸检测率只有30-40%，使得检测试剂盒的灵敏度备受关注。本期推荐林镜中博士从引物探针设计的角度对试剂盒灵敏度的分析，以飨读者。一、前言新型冠状病毒疫情爆发以后，早期诊断成为控制疫情的关键，而荧光PC
新型冠状病毒荧光PCR引物探针设计之我见（二）
1、引物探针的位置引物探针的设计原则中，最重要的是要避免假阴性（漏检），同时保证特异性（避免假阳性），所以要选择组内（需要检出的序列）保守（即尽量避开突变或采用简并序列）、组间（对照序列）特异的区域。此外，为了获得最佳的扩增效果，还应尽量满足表1中的基本要求。用SARS和蝙蝠CoV的N基因序列作为对
新型冠状病毒荧光PCR引物探针设计之我见（三）
4、二聚体设计时通常将二聚体（自身二聚体或配对二聚体）控制在dG>-5.0kc/m, 最好dG>-3.6 kc/m。从图8显示的三套引物探针的自身二聚体可见，第二套的探针具有一个非常稳定的自身二聚体（dG=-13.1kc/m），第二套的上游引物N2F有一个稳定的自身二聚体（dG=-9.3k
为抗病毒药物设计提供新靶点
所有已知病毒传播链全部终结 ■世界卫生组织1月14日在日内瓦宣布，利比里亚复燃的埃博拉疫情已于14日结束，目前所有已知的埃博拉病毒传播链在西非地区全部终结。根据世卫组织规定，超过42天没有新增埃博拉病例即可宣告疫情结束。利比里亚曾于去年5月首次宣布埃博拉疫情结束，但随后埃博
Immunity：新型蛋白质或可增强机体感知病毒能力
近日，来自匹兹堡大学癌症研究所的研究人员通过研究发现，增强细胞中一种天然蛋白质的含量就可以增强机体感知以及抑制病毒感染的能力，相关研究成果刊登于国际著名杂志Immunity上，该研究或为开发治疗包括流感病毒到丙肝病毒感染的一系列病毒感染的疗法提供希望。 研究者Saumendra N. Sark
病毒的蛋白质组成及主要功能
蛋白质是病毒的另一类主要成分，包括结构蛋白和非结构蛋白。非结构蛋白是指由病毒基因组编码的，在病毒复制或基因表达调控过程中具有一定功能，但不结合于病毒颗粒中的蛋白质。结构蛋白是指构成一个形态成熟的有感染性的病毒颗粒所必需的蛋白质，包括壳体蛋白、包膜蛋白和毒粒酶等。壳体蛋白是构成病毒壳体结构的蛋白质，由
Cell：发现流感病毒蛋白质的致命弱点
美国NIH国家过敏和传染病研究所（NIAID）资助的一项最新研究表明，流感病毒蛋白质的不断变化的“头部”具有意想不到的致命弱点。这一团队发现并鉴定了一种天然存在人体抗体中的结构，该抗体可以识别和破坏病毒进入机体、感染细胞的一部分血凝素（HA）蛋白。 这一研究成果公布在5月16日的Cell杂志上
朊病毒的“蛋白质构象致病假说”介绍
1982年，普鲁宰纳提出的朊病毒致病的“蛋白质构象致病假说”，以后魏斯曼等人对其逐步完善。其要点如下： ①朊病毒蛋白有两种构象：细胞型（正常型PrPc）和搔痒型（致病型PrPsc）。两者的主要区别在于其空间构象上的差异。PrPc仅存在α螺旋，而PrPsc有多个β折叠存在，后者溶解度低，且抗蛋白