三篇Nature子刊：如何克服CRISPR的脱靶效应
规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，原本是细菌抵御病毒的重要武器，现在这一组合已经成为了一个通用工具，被用于在真核生物中进行位点特异性的基因组修饰。 最近Nature Biotechnology杂志上发表了三个研究团队的研究成果，研究人员深入分析了CRISPR的脱靶效应，并提出了非常可行的解决之道。 CRISPR系统修改目的基因的简便性，让几乎所有实验室都有可能随心所欲的进行基因组编辑。你需要做的只是，在自己感兴趣的细胞或生物中，表达Cas9内切酶和引导RNA（gRNA）。引导RNA是一段与目标DNA片段匹配的短RNA，它指导着CRISPR-Cas9的DNA剪切活性。 不过困扰其他定向核酸酶的老问题——脱靶效应，也同样影响着CRISPR系统。人们发现，Cas9会在基因组的一些脱靶位点进行剪切。弗吉尼亚大学Mazhar Adli等人的研究显示，在人类基因组中Cas9除了结合目的基因以外，还殃及了许......阅读全文
盘点全基因组检测CRISPR脱靶位点的几种重要技术
在2013年，来自麻省总医院的研究人员发现使用CRISPR-Cas RNA引导性核酸酶的一个重要局限：会在预期靶点以外的位点上生成多余的DNA突变。此后陆续有研究直接说明了CRISPR/Cas9存在严重的脱靶性，即该技术可以发生非特异性切割，引起基因组非靶向位点的突变，这样会造成研究结果的不确定
Detectseq技术为碱基编辑领域内提供了CBE脱靶位点
2021年6月8日，北大-清华生命科学联合中心、北京大学生命科学学院伊成器教授课题组在Nature Methods杂志发表了题为“Detect-seq reveals out-of-protospacer editing and target-strand editing by cytosine
分子细胞中心等研发出系统性鉴定siRNA脱靶位点新方法
12月4日，Molecular Therapy–Nucleic Acids在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）吴立刚研究组，上海市计划生育科学研究所李卫华研究组与扬州大学赵雅研究组合作的研究成果Identifying Cleaved and Noncleav
Rosa2基因组中的安全位点
当我们提到“safe harbour”，你首先想到的什么呢？我们今天要讨论的不是船只安全停泊的港口，而是小鼠基因组中外源基因定点整合的安全位点。接下来就让我们一起探索小鼠基因组中的最经典的安全位点之一：Rosa26，作为基因组中的安全位点是种怎样的体验吧。 Rosa26：安全这块我拿捏的死死地！ 随
CRISPR新工具开辟更多可编辑基因组位点
据最新一期《科学进展》报道，美国麻省理工学院（MIT）研究人员发现了一种可靶向几乎一半基因组位点的Cas9酶，从而极大地扩展了基因编辑工具的适用范围。 尽管基因编辑工具近年来取得了相当大的成功，但CRISPR-Cas9在基因组上可访问的位点数量仍然有限。这是因为CRISPR需要在基因组靶向位点
剪接位点
中文名称剪接位点英文名称splicing site;splice site定 义剪接体可识别的RNA前体中内含子和外显子连接边界的序列和接头位点。根据位置不同可以分为供体和接纳体剪接位点。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），基因表达与调控（二级学科）
识别位点
中文名称识别位点英文名称recognition site定 义限制性内切酶特异结合的核苷酸序列。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞遗传（二级学科）
进入位点
中文名称进入位点英文名称entry site定 义特指氨酰tRNA进入核糖体的部位。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
加帽位点
中文名称加帽位点英文名称cap site定 义mRNA中加帽结构的部位，该位点在前体mRNA的5'端。应用学科遗传学（一级学科），分子遗传学（二级学科）
人类基因组“primiRNA”剪切位点图谱绘制
人体的基因表达是一个复杂的过程，那么多的基因不可能都总是持续表达。指挥基因表达的功臣之中就包括几种RNA分子。MicroRNA（miRNA）是一类真核生物内源性的小分子单链RNA，它是一种古老的、生死攸关的基因调节因素，30-60%的哺乳动物蛋白质编码基因都受miRNA的调控（主要是基因沉默调控
晒黑还是晒伤－全基因组研究揭示晒黑相关基因位点
英国《自然·通讯》杂志近日在线发表的一项基因学研究显示，暴露于阳光下的皮肤会晒伤而不是晒黑，正是皮肤癌的主要风险因素，而新近一项176678人参与的全基因组关联研究（GWAS），在过去研究的基础上，鉴定出了可能与晒黑反应相关的额外基因位点。 晒黑是皮肤在紫外线的作用下生成黑色素，造成皮肤颜色变
什么是活性位点
者一般用在大分子化学中，活性位点指的是可以发生化学反应的集团。活性位点少，发生有效碰撞的机率就少，也就是说反应比较单一，容易被控制
nut－位点的定义
中文名称nut 位点英文名称nut site定 义噬菌体基因组中抗终止因子N蛋白的识别位点。N蛋白对nut位点的识别和随之发生的相互作用，使RNA聚合酶能忽略终止信号而持续通过终止子。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定
磷酸肽的化学测序 磷酸肽的质谱分析 源后衰变 用酶和化学方法去磷酸化 实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一
磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定
实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一些通用方法；磷酸化蛋白质被纯化，如果可能蛋白质要均一；磷蛋白被特异性的化学或酶反应切断、产生肽混合物，其中含有一到两个磷酸肽不同之处在干其分离磷酸肽的策略是为了确定氨基酸序列，定位肽段内磷酸化的残基。上面所述的分离方法， 2D-PP 作图、 HPLC 或 l
Nature Methods：两种新型 CRISPR 脱靶效应的分析方法
昨日，在 Nature Methods 同时刊登的两篇研究中，发表了两种分析 CRISPR/Cas -9 基因组编辑脱靶效应的新方法。其中一种方法可以鉴定细胞类型特异性 SNP 相关的脱靶突变，另一种则可以检测潜在脱靶切割位点。 第一项研究中，来自麻省综合医院（MGH）和哈弗大学的研究人员开发
基因科学和医学领域的新学科——脱靶基因组编辑
随着基因组编辑技术的不断发展，基因组编辑设计过程中的非特异性基因突变导致的脱靶效应形成了一门新的基因科学学科和医学学科。基因编辑和检测方法，基因改变的解析方法或对照参考的不同，使基因组编辑发生脱靶效应，从而导致不同程度的短期和长期副作用，毒性或动力学改变。对基因组编辑产生的直接或间接的动态脱靶效
证实CRISPR/Cpf1基因组编辑几乎没有脱靶效应
作为CRISPR基因组编辑的新工具，Cpf1因其不同于Cas9的性质而引起人们的广泛关注。它只需要单个RNA，即crRNA（CRISPR RNA），因而组装更加简单；它的交错切割模式可能促进利用所需的序列替换现有的DNA序列；它识别富含胸腺嘧啶的DNA序列，而且相对于Cas9识别的富含鸟嘌呤的序
阴离子位点显示实验
实验方法原理 实验材料 组织样品试剂、试剂盒 磷酸缓冲液阳离子化铁蛋白液体戊二醛锇酸实验步骤 1. 0.1 mol/L磷酸缓冲液配制阳离子化铁蛋白，浓度为0.2～0.5 mg/ml。2. 组织样品悬浮于阳离子化铁蛋白液体中，室温下反应30 min。3. 0.1 mol/L磷酸缓冲液充分漂洗。4. 3
加帽位点的概念
中文名称加帽位点英文名称cap site定 义mRNA中加帽结构的部位，该位点在前体mRNA的5'端。应用学科遗传学（一级学科），分子遗传学（二级学科）
细胞化学词汇nut－位点
中文名称：nut 位点英文名称：nut site定 义：噬菌体基因组中抗终止因子N蛋白的识别位点。N蛋白对nut位点的识别和随之发生的相互作用，使RNA聚合酶能忽略终止信号而持续通过终止子。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
无嘌呤位点的定义
中文名称无嘌呤位点英文名称apurinic site定 义核酸中脱去嘌呤碱的部位。产生的醛基，易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
SNP位点的选择原则
1，如果是检测基因的所有已知的SNP，那么首先要去了解并查询到这些SNP位点，SNP位点可以通过查询dbSNP数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）和TSC（The SNP Consortium）数据库（http://snp.cshl.org/），可以获知基因及上
无碱基位点的定义
中文名称无碱基位点英文名称abasic site定 义核酸中失去碱基的部位。该部位碱基失去后，产生一个醛基，易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
核糖体结合位点
核糖体结合位点（ribosomebinding site，简称RBS），是指mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处，存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-，可被16SrRNA通过碱基互补精确识别的序列。
无嘧啶位点的概念
中文名称无嘧啶位点英文名称apyrimidinic site定 义核酸中脱去嘧啶碱的部位。产生的醛基，易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
什么是序列标签位点？
序列标签位点（sequence-tagged site），是已知核苷酸序列的DNA片段，是基因组中任何单拷贝的短DNA序列，长度在100～500bp之间。
序列标签位点的简介
任何DNA序列，只要知道它在基因组中的位置，都能被用作STS标签。作为基因组中的单拷贝序列，是新一代的遗传标记系统，其数目多，覆盖密度较大，达到平均每1kb一个STS或更密集。这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测出STS来，STS适宜于作为人类基因组的一种
序列标签位点的定义
序列标签位点（sequence-tagged site），是已知核苷酸序列的DNA片段，是基因组中任何单拷贝的短DNA序列，长度在100～500bp之间。
改进的CRISPRCas9，可靶向整个基因组中的任何位点
许多基础研究人员和临床研究人员正在测试利用一种简单有效的基因编辑方法来研究和校正导致从失明到癌症等各种疾病的致病突变的潜力，但是这种技术受到一定限制，即必须在基因编辑位点附近存在某个较短的DNA序列。 如今，来自美国麻省总医院（MGH）的研究人员对这个基因编辑系统进行了改进，使得它几乎不再受到