微生物组测序分析的一大问题
BMC Biology杂志上的一项研究指出，许多已发表的微生物组研究其实受到了污染，错误的报告了来自于环境的杂菌。研究人员认为，在临床样本中检测到出人意料的细菌时，不应过早将其于疾病联系在一起。 我们机体内生活着不计其数的微生物，它们组成的生态系统就是微生物组。微生物组参与了许多重要的机体功能，比如消化食物、合成营养物质和抵御疾病。就算在微生物数量较少的机体区域，菌群改变也被认为与疾病的发展有关，比如肺部的慢性阻塞性肺病和哮喘。 日新月异的DNA测序技术推动了微生物组研究的快速发展。然而，Wellcome Trust Sanger研究所的科学家们发现，DNA提取试剂盒、化学试剂和实验室环境中的杂菌很容易造成污染，影响微生物组分析的结果。 研究人员发现，没有污染的话对照样本应该只有一种菌，但有时却出现了270种不同的细菌。与高生物量的样本相比（粪便样本），来自血液或肺部的低生物量样本尤其容易受到污染。 “现在的DNA测......阅读全文
食品微生物污染控制及良好操作规范
通过加工控制可确保食品安全，加工控制就是控制食品在加工设施和车间内的流程。 但加工控制必须符合必备的程序，建立在一定的基础上。这包括：卫生、良好操作规范(GMP)、培训、产品回收程序和设备维修保养计划等。这里重点讲卫生和良好操作规范。 确保食品在卫生状态下加工最重要的是卫生操作，包括八个方面，
土壤遭农药污染－微生物来“对付”
数据显示，目前我国每年使用的化学农药量超过130万吨，平均每亩施用931.3克，比发达国家高一倍，且由于施药技术落后，农药利用率仅为20%~30%左右，70%~80％农药进入土壤和水体，导致土壤和农产品中农药残留污染严重。 据中科院南京土壤所及全国各地的环境监测站的检测数据表明，全国受农药污
食品中常见的微生物污染菌类介绍
食品中的微生物有许多种类，有的对人类无害，有的会导致疾病产生，引起食品安全事故。那么食品中常见的微生物污染都有哪些呢？ 1、大肠菌群 大肠菌群，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。 2、霉菌 霉菌，是丝状真菌的俗称，意即"发霉的真菌"，它们往往能形成
土壤遭农药污染－微生物来“对付”
微生物修复最具潜力 数据显示，目前我国每年使用的化学农药量超过130万吨，平均每亩施用931.3克，比发达国家高一倍，且由于施药技术落后，农药利用率仅为20%~30%左右，70%~80％农药进入土壤和水体，导致土壤和农产品中农药残留污染严重。 据中科院南京土壤所及全国各地的环境监测站的检测数
微生物发酵杂菌污染的途径－控制方法
对实验室，首先是实验室环境。实验室内可能做过多种微生物实验，通常微生物种类和数量较高。如果是摇床，只能是6－8层纱布，很难防住微生物。所以除器皿严格消毒灭菌外，要对实验室经常性地用甲醛、乙酸进行熏蒸，紫外线灯也不能少。如果是小型发酵罐，情况会好一些。内部消毒灭菌要严格按照要求进行，在保证室内微生物数
食品中常见的19种微生物污染
食源性微生物是影响食品安全的第一大危害，也是全球性的威胁。以下总结了食品中常见的19种微生物污染，供大家参考。1、大肠菌群大肠菌群，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。一般食品中大肠菌群超标，表示食品受动温血动物
针对稀有样本——新方法提高单细胞转录组测序的效率
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a
肝脏样本外显子组测序，揭示肝硬化中的复杂突变景观
正常组织随着年龄的增长而累积遗传变化，但是在慢性退行性疾病的情况下，体细胞突变是否促进非恶性细胞的克隆扩增（clonal expansion）尚不清楚。 在一项新的研究中，来自美国国家糖尿病、消化与肾疾病研究所和德克萨斯大学西南医学中心的研究人员通过对来自82名患者的患病肝脏样本进行外显子组测
赵立平专访：人类微生物组研究，解密人体第二基因组
2007年12月美国《科学》杂志预测：人体共生微生物的研究将可能是国际科学研究在2008年取得突破的7个重要领域之一。就如何研究共生微生物与人体健康的关系等问题，4月刚刚出席了巴黎国际人类微生物组研究联盟筹委会会议的上海交通大学生命科学技术学院教授赵立平接受了《科学时报》的采访。 深圳华大基因
Nature：营养不良破坏你的微生物组
人类的肠道菌群建立于幼儿时期，这些微生物对于儿童的健康有着重要的影响。日前科学家们在孟加拉一个贫民区，对健康和严重营养不良的儿童进行了研究。研究人员在这些儿童出生后两年中，跟踪分析了他们的肠道菌群，发现营养不良会破坏微生物组的健康发展。就算通过膳食治疗改善营养不良的症状，也不能恢复这样的破坏。这
2013值得关注的技术：微生物组功能研究
《Nature Methods》杂志将2012年度技术授予了定向蛋白质组学(targeted proteomics)。同时，杂志还介绍了2013年值得关注的技术，包括纳米孔测序仪(Disruptive nanopores)、微生物组功能研究(Probing microbiome func
环境和生活方式塑造肠道微生物组
科技日报讯 （实习记者张佳欣）人类肠道中的细菌与多种疾病有关，但有哪些细菌是健康的，哪些是由疾病或药物造成的？科学家迄今尚不十分清楚。荷兰格罗宁根大学傅静远教授团队与合作者在4月13日的《自然》杂志上发表最新研究，系统地揭示了环境和遗传因素与人类肠道微生物组之间的关联，这将促进微生物组靶向治疗的未来
邓子新：透视美国“国家微生物组计划”
作者近影 2016年5月13日，美国科学技术政策办公室与相关政府机构和私人基金会共同颁布了一项新的美国微生物组计划。该计划的目标是：通过对各种不同环境中微生物生态系统的综合研究，深入揭示微生物组的行为规律，促进对健康微生物组功能的保护和恢复。这个计划首次把微生物研究提高到国家战略地位，强
Science公布家庭微生物组计划的最新成果
美国能源部Argonne国家实验室和芝加哥大学的科学家们，通过家庭微生物组计划（Home Microbiome Project），对家庭成员和居住环境中的微生物群体进行了详细的分析。该计划的最新成果发表在本期的Science杂志上。 这项研究揭示了人类和微生物之间的复杂相互作用，进一步展现了微
研究揭示人类胎儿肺脏微生物组结构
子宫中胎儿的肺和胎盘-怀孕后仅11周就已经显示出细菌微生物组特征，这表明细菌可能在出生前很早就定居在肺部。这项首次发现加深了微生物或微生物产物如何在出生前到达这些器官以及它们在正常的肺和免疫系统发育中起什么作用的谜团。 由阿拉巴马大学伯明翰分校研究员Charitharth Vivek Lal领
Nature：风险！微生物组可能泄露个人隐私
研究人员发现，通过寄居人体的微生物集成DNA，能够特异性地识别出个人的身份，这就产生了个人隐私问题。 这项发现刊登于5月11日的《美国国家科学院期刊》（Proceedings of the National Academy of Sciences）上。文章指出，在一项匿名试验研究中，通过寄生于
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
出生方式与微生物组紊乱有关－|《自然》论文
《自然》本周发表的一项研究Stunted microbiota and opportunistic pathogen colonization in caesarean-section birth 指出，剖宫产婴儿的肠道菌群容易发生改变，且较易受到潜在致病菌的定植。这一同类研究中已知规模最大的研
青岛能源所提出“微生物组影响指数”
微生物组是微生物在自然界的存在形式，与人体、空气、土壤与海洋的健康息息相关。因此，微生物组科学与产业已经成为国际科技合作与竞争的“战略高地”。然而，大数据挖掘工具的匮乏，阻碍着微生物组研究从“数据分析”向“数据科学”的跨越。2010年，来自43个国家的500多名研究人员联合启动了“地球微生物组计
Nature：营养不良破坏你的微生物组
人类的肠道菌群建立于幼儿时期，这些微生物对于儿童的健康有着重要的影响。日前科学家们在孟加拉一个贫民区，对健康和严重营养不良的儿童进行了研究。研究人员在这些儿童出生后两年中，跟踪分析了他们的肠道菌群，发现营养不良会破坏微生物组的健康发展。就算通过膳食治疗改善营养不良的症状，也不能恢复这样的破坏。这
巴西微生物组计划启动，金砖兄弟已行动！
金砖兄弟(BMP)计划 巴西微生物组计划（BMP）旨在协调国家微生物组研究，使之能够与国际计划适当整合，更好地破译巴西的微生物多样性及其动态和环境间的相互关系。 巴 西 特 色 相信看过电影《里约大冒险》的人，都会被巴西这片广袤大地上各种色彩缤纷（令人眩晕）、数不胜数（令人
人类微生物组计划公布首份研究报告
为了进一步了解我们与在我们的身体上或身体内生活的多种细菌之间的关系，美国国立卫生研究院正在对所有这些微生物基因组进行测序。他们研发了对在自然环境中的微生物进行大规模基因组测序的标准化方法，他们目标之一是为至少900种人体寄居的细菌制作出参照基因组序列。研究论文发表于5月21日
颠覆传统观点－胎盘具有独特微生物组
一项最新研究表明，在健康孕妇的胎盘中，生活着小型却多样化的细菌群落，这颠覆了传统的观点——胎儿生长在一个无菌的环境里。 这些细菌大多是“有益细菌”，生活在每个人体内。但是，这项研究也暗示，这种微生物菌落的组成，可能在早产中起一定作用。 本研究首席研究员、休斯顿贝勒医学院的Kjersti Aa
Nature：风险！微生物组可能泄露个人隐私
源自人类粪便的细菌DNA可作为“肠道纹”（gut print）来识别个人身份。 通过寄居某人体内的微生物DNA可识别出此人的身份。 研究人员发现，通过寄居人体的微生物集成DNA，能够特异性地识别出个人的身份，这就产生了个人隐私问题。 这项发现刊登于5月11日的《美国国家科学院期刊》（Pr
Cell封面文章：微生物组研究的理想模型
近年来，科学家们逐渐意识到人类微生物组会对人体健康产生重要的影响，微生物研究受到了越来越多的重视。微生物群落成员的多样性、丰度和相互关系，对整个群体有着决定性的影响。由于缺乏一个可控的研究体系，微生物群落的研究一直步履维艰。 不过本期Cell杂志的封面文章告诉我们，奶酪皮作为一个可控的实验体系
今日视点：美国为何启动“国家微生物组计划”
美国白宫13日宣布启动“国家微生物组计划”，这是奥巴马政府继脑计划、精确医学、抗癌“登月”之后推出的又一个重大国家科研计划。小小的微生物，为何能成为美国的国家级大型科研计划？美国政府将如何实施这个计划？最终的目标又是什么？ 启动资金超5亿美元 微生物存在于人体、植物、土壤、海洋等各种环境中
惊人发现：微生物组影响组织再生和修复
最近，美国Stowers医学研究所的研究人员发现，微生物组的构成，与宿主的免疫反应、机体的自愈能力之间，有一种明确的联系。 他们发现，涡虫微生物群落的一个急剧变化，可使得这种淡水扁虫失去它的再生能力。这种相同的变化在人类炎症性疾病中也曾被观察到，但是，之前科学家曾经尝试在较低等生物（如果蝇和斑
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
Nat－Commun：利用CRISPR技术改造微生物组
最近，来自Western大学的研究人员开发了一种将DNA编辑工具CRISPR-Cas9应用于改造实验室微生物的新方法，从而提供了一种有效地对特定细菌发起针对性攻击的方法。 今天发表在《Nature Communications》杂志上的这项研究开辟了使用CRISPR改变人体微生物组组成的可能性
MALDITOF－MS在临床微生物样本直接检测中的应用（三）
四、总结与展望MALDI-TOF MS是一种简单、快速、高通量和高效的微生物鉴定手段, 在临床样本直接检测方面较传统的鉴定方法具有更大的优势, 能显著降低样本检测的周转时间和成本, 但尚存在着一些不足之处, 主要表现在:(1)MALDI-TOF MS在检测和鉴定细菌方面的敏感性还不高,