Science：华大参与三种鳄鱼基因组测序
最近，德克萨斯理工大学的生物学家带领一个50多名科学家的研究小组，测定了三种鳄鱼——美洲鳄、咸水鳄和印度鳄的基因组序列。 生物学副教授David Ray指出，通过测定这些基因组序列，科学家们可以更好地了解鸟类的进化，它们是这类食肉动物的最近亲缘种。该研究小组完成了这三种鳄鱼的基因组，可以说真正完成了鳄鱼基因组的“全家福”。这项研究主要由美国国家科学基金会资助，于12月12日发表在国际权威杂志《Science》。 Ray说：“这项研究的一个主要发现是，与鸟类相比，鳄鱼基因组变化很缓慢。我们把鸟类、鳄鱼与乌龟进行比较，乌龟是包括鸟类、鳄鱼的这个群组的最近亲缘种。我们发现，它们也进化的很缓慢。对此最好的解释是，所有这三个物种的共同祖先是一个”缓慢的进化者“，反过来这又表明，在鸟类中，快速进化是独立演变的事情。” 从2009年开始，研究人员尝试仅测定1%的鳄鱼DNA序列。然而，不久之后，每测定一百万个碱基的价格从1000美元下......阅读全文
生物学术语基因组扫描的概念
中文名称基因组扫描英文名称genome scanning定 义从全基因组的遗传标记中寻找与特定性状或基因紧密连锁的标记，并在染色体上定位相关基因的方法。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
生物学术语基因组当量的概念
基因组当量是基因组文库容量的度量单位。基因组文库容量的度量单位，指文库中所有载体的插入片段总长度相当于基因组的总长度。
人类生物基因组DNA可以分为哪几类？
1、蛋白编码序列。以三联体密码方式进行编码。编码DNA在基因组中所占比例随生物而异，在人类细胞基因组中，这一比例只有1.5%左右。这类编码序列主要是非重复的单一DNA序列，一般在基因组中只有一个拷贝（单一基因），然而，也有可能有两个或几个拷贝甚至多达上千个拷贝的情况，这些都来自于从基因家族里派生出来
中美倡议启动“地球生物基因组计划”－对所有真核生物测序
在美国斯密森尼生物多样性基因组学项目组与中国华大基因公司近日联合主办的生物基因组学会议（BioGenomics2017）闭幕论坛上，加州大学戴维斯分校基因组学家哈瑞斯·莱文等人和华大基因生物学家张国捷等组成的科研团队联合倡议，全球科学家合作开启另一项与人类基因组计划（HGP）类似的项目——地球生
高频晶振信号测量为什么鳄鱼接地是万恶之源？
对于高频信号测量时,探头的鳄鱼接地线是万恶之源,无论多好的仪器都无法发挥价值,这是为什么呢?1、高频晶振实测对比我们先来感受一下,探头地线长与短其测量结果有何不同。以晶振信号测量为例,如图1所示为常规的鳄鱼线接地测量方法,可看到信号过冲严重伴随振荡,和想像中的方波不一样。而图2所示的短地线弹
鳄鱼血和青蛙皮被认为是新一代抗生素来源
据美国《探索》杂志报道，抗生素耐药性威胁不能小看：世界卫生组织预测一些疾病的治疗可能在未来10里会遭遇没有效果的可怕后果，其中包括疟疾、肺结核和肺炎。事实上，美国70%的医疗细菌感染每年导致9万美国人死亡。据美国疾病控制与预防中心表示，这些医疗过程中感染的细菌至少耐一种消炎药。为了避免人类面临这样的
推进后基因组时代物理生物学探索
5月7日~8日，科学与技术前沿论坛在中科院学术会堂召开，此次论坛的主题为“后基因组时代的物理生物学”。欧阳钟灿、郝柏林、陈润生、欧阳颀等多名来自全国各大高校和科研院所的院士和学者出席了此次论坛，并发表了主题演讲。 本次论坛召集人中科院院士杨玉良表示，上世纪末以来，生命科学获得了飞速发展，积累了
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
美国农业部加入地球生物基因组计划
美国农业部（USDA）近日宣布，将正式加入“地球生物基因组计划”（EBP）的合作研究。USDA认为通过加入这个生物学领域的“登月计划”，必将给未来农业发展带来数百万个强大的、全新的应对挑战解决方案。 EBP是一项国际合作倡议，将在未来10年内对超过150万种物种的DNA进行测序。2018年
美国农业部加入地球生物基因组计划
美国农业部（USDA）近日宣布，将正式加入“地球生物基因组计划”（EBP）的合作研究。USDA认为通过加入这个生物学领域的“登月计划”，必将给未来农业发展带来数百万个强大的、全新的应对挑战解决方案。 EBP是一项国际合作倡议，将在未来10年内对超过150万种物种的DNA进行测序。2018年4月
万种原生生物基因组计划启动
“万种原生生物基因组计划”30日在武汉启动。该计划由中国科学院水生生物研究所联合西藏大学、河南农业大学、中国农业科学院兰州兽医研究所、中国科学院北京基因组研究所和华中科技大学等单位共同发起，旨在绘制万种代表性原生生物基因组图谱，建立一个大规模的原生生物遗传资源数据库。 原生生物主要是由单细胞真
于军：从基因组生物学到精准医学
今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年，而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。 科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴，其学科的真
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
全基因组重测序的生物信息分析内容
1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
真核生物基因组的结构特点有哪些
1、真核生物基因组DNA与蛋白质结合形成染色体，储存在细胞核中。除了配子外，体细胞中的基因基因组是二倍体，即有两个同源的基因组。2、真核细胞基因的转录产物为单顺反式。结构基因被转录并翻译成mRNA分子和多肽链。3、有重复，重复次数可以超过一百万次。4、在基因组中，非编码区多于编码区。5、大多数基因含
北京基因组所召开生物计算研讨会
10月27日下午，中国科学院北京基因组所组织召开了“北京基因组研究所计算生物学研讨会”，会议由所长吴仲义主持，书记杨卫平、副所长李俊雄、基因组所生物信息研究人员以及科技处相关人员参加了会议。 研讨会上，与会学者就目前计算生物学领域中涉及如何运用大规模高效的理论模型和数
基因组测序揭示多细胞生物进化之谜
最近，研究人员通过对各种绿藻进行基因组测序，已经接近于解开了“引起多细胞生物的遗传变化”的谜团。 从单细胞生物到多细胞生物的过渡，是地球上生命进化的关键进步；在不同的系统发育谱系中，这种改变已经独立地发生了多次。了解“有多少基因以及有哪些基因，对单细胞祖先成为多细胞来说是必要的”，是一个有趣的
于军：从基因组生物学到精准医学
今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年，而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。 科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴，其学科的真
研究指出基因组学引领生物育种变革
记者从近日举行的第五届国际农业基因组会议暨深圳国际食品谷研讨会上获悉，现代农业研究已迈入生物组学大数据时代，特别是基因组学及其衍生技术在生物育种中发挥着重要的引领作用。 基因组学是对生物体所有基因进行集体表征、定量研究及不同基因组比较研究的一门交叉生物学学科。基因组学主要研究基因组的结构、功能
黄连基因组公布，黄连生物碱生物合成机制被公开
2021年6月，湖北中医药大学刘义飞研究组联合中国中医科学院中药所陈士林团队、湖北省药品监督检验研究院汪波、聂晶团队、华中农业大学王学奎团队等单位合作在Nature Communications杂志在线发表了题为“Analysis of the Coptis chinensis genome r
成都生物所在系统发育基因组学研究方法中获进展
系统发育基因组学研究，主要是利用基因组/转录组数据和基因组学方法解决重要类群的进化关系，从而揭示物种起源与分化以及多样性形成机制等重要问题。与传统的系统发育研究相比，系统发育基因组学具有信息量大、结果可靠的优点。但是在这个新兴的领域，研究方法的发展严重滞后于数据量的爆炸式增长。传统的方法在处理成
合成基因组学公司推出DNA生物打印的数字生物转换器
2017年8月，合成基因组学公司（Synthetic Genomics，SG）研究团队发布了一款数字生物转换器（digital-to-biological converter），能够将描述DNA、RNA或蛋白质的数字化信息发送到设备，并将其打印成原始生物材料的合成版本。该项研究发表在最新出版的《
Nature：基因组测序解析这种与恐龙同时代的动物
喙头蜥（tuatara）是新西兰标志性的陆生脊椎动物，从三叠纪到现在一直没怎么进化，被人称为爬行动物中的“活化石”。在2.5亿年前，这种动物还有不少亲戚，但只有它们活到了现在。因此，对喙头蜥的深入研究有助于我们了解羊膜动物的进化。近日，新西兰奥塔哥大学、欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）等机构
快速基因组进化法促进酵母工业生物技术
中国科学院深圳先进技术研究所（SIAT）戴俊彪课题组与曼切斯特生物技术研究所的Patrick Cai教授合作开发了一种“快速、高效和通用”的酵母分子水平转化方法，这种方法被命名为“合成染色体重排和LoxP介导的进化修饰（Synthetic Chromosome Rearrangement and
生物学术语基因组复杂度的概念
中文名称基因组复杂度英文名称genome complexity定 义衡量基因组所含信息量的参数，由单一序列的核苷酸数目表示。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
《基因组生物学》：孤独是一个分子
已经知道一个人的社交环境能够影响他的健康。与社会隔离的人往往死亡率较高。在最新一期的《Genome Biology》杂志上发表的首项此类研究中，来自美国加州大学洛杉矶分校的研究人员从慢性、严重孤独者的免疫细胞中发现了一种不同的基因表达模式。 这些发现揭示出社会孤立感与驱动炎症的基因活性改变有关。
攻克基因组测序难题－探究茶树生物学奥秘
我国现存最早的中医医药典籍《本草经》记载：“神农尝百草，日遇七十二毒，得荼（茶）而解之。”这说明了茶的神奇功效。茶树起源于我国的云南、四川等地，在从中国向世界各地数千年漫长传播历程里，与全球多元文化邂逅交融，发展形成了今天地球上复杂而美妙的茶文化。茶之所以广受欢迎，除了有迷人的香气和令人愉悦的滋
PNAS打开基因组生物学的黑盒子
最近，美国佛罗里达州立大学、贝勒医学院和哈佛大学-麻省理工学院Broad研究所的科学家们，开辟了人类遗传学中一个鲜为人知的领域。相关研究结果发表在7月18日的《PNAS》杂志。 在这项研究中，研究人员表明，一条不活跃的X染色体上的一段不寻常的DNA重复序列，实际上对于这种女性特有的遗传现象的整
阿里联合生物技术公司打造基因组数据云
本报讯 近日，北京贝瑞和康生物技术有限公司与阿里云共同向外界宣布，双方将共同打造以海量的中国人群基因组数据为核心的数据云，实现对个人基因组数据的精准解读。此次，双方共同合作的“神州基因组数据云项目”将首先聚焦于基因组大数据在云平台上的批量计算、分析、存储，进而在基因大数据领域共同进行前沿探索。