北京基因组所召开生物计算研讨会
10月27日下午，中国科学院北京基因组所组织召开了“北京基因组研究所计算生物学研讨会”，会议由所长吴仲义主持，书记杨卫平、副所长李俊雄、基因组所生物信息研究人员以及科技处相关人员参加了会议。 研讨会上，与会学者就目前计算生物学领域中涉及如何运用大规模高效的理论模型和数值计算来识别基因组序列中代表蛋白质的编码区，破译隐藏在核酸序列中的遗传语言规律，基因组遗传语言信息释放及其调控相关的转录谱等问题展开了讨论，会议还对目前基因组所计算资源和肿瘤基因组、个人基因组等生物信息未来重点研究领域以及酝酿成立“基因组所生物超算和生物信息研究中心”并就中心未来的发展目标、管理模式和人才引进等众多方面进行了热烈讨论。 计算生物学是随着人类基因组计划的研究而起步，目前已成为现代生物学研究的核心方法之一。计算生物学运用大规模高效的理论模型和数值计算来基因组学极高通量数据产出特点使得对其海量数据分析，挖掘、管理及整合已......阅读全文
“计算生物学与生物信息学术研讨会”在基因组所召开
随着生命科学研究及基因测序等相关技术的飞速发展，计算生物学的重要性和复杂性在当前生物学数据量的不断增长中日益显现，并逐渐成为现代生物学研究的核心方法之一。为了推动国内相关研究单位间计算生物学和生物数据库等领域的交流与合作，10月27日至28日，中科院北京基因组研究所召集国内外众多
基因组学：将数字信息转化为生物学功能
优势 · 同时检测克隆和定量荧光标记---使用表现型筛选克隆 · 从加样、涂布到挑取完全自动化工作流程 · 从样品涂布到挑取、复制和重排记录并追踪样品数据 · 每天准确挑取超过30000个筛选到的克隆，效率>98% 美国能源部联合基因组研究所（
计算生物学所量化生物学平台正式投入运行
近日，中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所量化生物学平台（Omics Core）正式投入运行。平台配备有Illumina HiSeq 2000测序系统和相关仪器设备，该测序系统将文库DNA/cDNA片段附着到特殊处理的光学透明玻璃表面（即Flow cell），并采用可逆终止法边
基因组学探究沙棘放线菌固氮生物学机制
沙棘是胡颓子科沙棘属落叶性灌木，其根部与放线菌共生固氮，适应缺水少肥的华北及西北贫瘠地区，是防风固沙功臣；其果实富含维生素C及黄酮等活性物质，是健康饮品的原料供给者；具有重要的生态和经济价值。 近日，《新植物学家》（New Phytologist）在线发表了来自中科院植物分子科学卓越创新中心
北京基因组所召开生物计算研讨会
10月27日下午，中国科学院北京基因组所组织召开了“北京基因组研究所计算生物学研讨会”，会议由所长吴仲义主持，书记杨卫平、副所长李俊雄、基因组所生物信息研究人员以及科技处相关人员参加了会议。 研讨会上，与会学者就目前计算生物学领域中涉及如何运用大规模高效的理论模型和数
奇拉实验室在计算生物学所成立
王学才和Kirstin Augsburg共同为实验室揭牌 9月16日上午，奇拉实验室在上海生命科学研究院计算生物学所内正式挂牌成立。计算生物学所执行所长金力、党总支书记兼副所长王学才、德国驻沪总领事馆文化事务与新闻领事Kirstin Augsburg、领事Fredric Jor
全基因组测序的竹亚科及生物学性状的比较基因组学研究
禾本科（禾草）是被子植物最大科之一，约有12000种，是水稻、小麦、玉米等人类粮食和牲畜饲料的主要来源，也为人类提供了加工淀粉、制糖、酿酒、造纸、编织和建筑等方面的重要原料。同时，禾本科又是植物遗传学和基因组学研究的模式类群。竹亚科（竹子）是禾本科的12个亚科之一，与早熟禾亚科、稻亚科组成BOP
计算生物学研究所“蛋白建模”学习班举办
Juergen Schlitter教授讲课中 6月7日至11日，中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所、中科院计算生物学重点实验室举办了为期一周的“Protein Modeling” 学习班。学习班面向生科院各所研究生开放，来自全院的多名研究生参加了学习培训。 学习班由
农科院生物所搭建全国玉米功能基因组学研究协作平台
近日，由中国农业科学院生物技术研究所、安徽农业大学和齐鲁师范学院共同主办的第四届全国玉米功能基因组学术研讨会在海南三亚召开。会议旨在通过创新共享玉米EMS突变体库种质材料，搭建全国玉米功能基因组研究协作平台，协力推动我国玉米功能基因组学研究迈上新台阶。 会议特邀国家玉米产业技术体系首席科学家、
Optalysys光计算发力中国基因组学市场
“国际基因组学大会”由华大基因主办，是基因组学领域最具影响力的国际性学术年会。该盛会不仅汇聚了生物组学的专家泰斗和企业精英进行深入的学术交流，更促进了基因组学领域在全球范围内的合作、创新与应用。今年ICG-12大会更是吸引了全球领先的光计算研发公司Optalysys参加，其公司创始人兼CEO N
路甬祥与马普学会主席续签计算生物学伙伴所协议
路甬祥与马普学会主席续签计算生物学伙伴所协议并访问德科研机构 9月9日至14日，应德国马普学会Peter Gruss主席的邀请，路甬祥院长率团访问了马普学会及相关研究所。 路甬祥在会见Peter Gruss主席时，双方共同回顾了合作近40年来取得的成果与经验，并深入探讨了中
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
中科院微生物所等在油棕基因组学研究获进展
中科院微生物所叶健课题组与中科院外籍院士、美国洛克菲勒大学教授蔡南海和新加坡淡马锡生命科学研究院教授岳根华等人合作，完成了高产母本厚壳Dura基因组的高质量的序列测定和多个种质资源的基因组重测序以及进化分析。研究为油棕分子辅助育种和基因组编辑抗性育种工作奠定了坚实基础，对日趋竞争激烈的全球食用
研究指出基因组学引领生物育种变革
记者从近日举行的第五届国际农业基因组会议暨深圳国际食品谷研讨会上获悉，现代农业研究已迈入生物组学大数据时代，特别是基因组学及其衍生技术在生物育种中发挥着重要的引领作用。 基因组学是对生物体所有基因进行集体表征、定量研究及不同基因组比较研究的一门交叉生物学学科。基因组学主要研究基因组的结构、功能
计算生物学所探索女性衰老和认知衰退更快的深层原因
女性的平均寿命通常比男性长，有意思的是，研究表明，女性呈现出更快的和年龄相关的认知衰退和较高的阿尔兹海默病的发病率。国际知名杂志Aging Cell于8月2日在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学所研究人员对这种矛盾趋势的分子生物机制研究。 计算生物学所袁媛和Mehme
计算生物学所等建立识别汉族遗传结构的遗传标记
5月29日，《欧洲人类遗传学杂志》在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果A panel of ancestry informative markers to estimate and correct potential effects of populati
计算生物学所与营养所合作在营养与衰老研究中取得新进展
“人如其食”——饮食决定寿命。中科院上海生命科学研究院计算生物学所韩敬东研究组和营养所刘勇研究组组成的合作团队，通过系统研究节食和运动干预对小鼠寿命的影响，发现了若干参与衰老调控的基因表达程序和信号通路，为深入了解营养代谢与延年益寿之间的机制关系和生物学基础提供了新的启示。4月16日，国际著名学
释放基因组学云计算潜力－－Illumina收购再下一城！
分析测试百科网讯 近日Illumina针对收购BlueBee发布公告。BlueBee是一家为研究机构和临床客户提供基因组分析解决方案的云软件公司，其总部位于荷兰，公司开发了符合安全法规的云平台，简化了对数据和工具的访问，使用户能够轻松地访问基因组数据。这种云计算能力有望降低存储、共享和管理来自I
中国国际人才交流协会主任刘永志考察计算生物学所
11月13日下午，国家外专局中国国际人才交流协会主任刘永志一行赴中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所调研，实地考察了解国家外专千人计划入选者到位工作情况，并以此与用人单位建立常态化工作联系。上海市人力资源和社会保障局国际合作处副处长黄红、主管冯东辉陪同调研。 计算生物学所
基因组学为生物学家们揭示软体动物神经系统演化的奥秘
本周的英国《自然》杂志在13日公开的基因学论文中，发表了章鱼的基因组序列，为生物学家们提供了一个机会，得以深入了解这一类神奇生物复杂神经系统的演化过程。 章鱼属于软体动物门头足纲，它的“伙伴”还包括鱿鱼和墨鱼，都是有着丰富而复杂行为的积极捕食者。在无脊椎动物当中，它们拥有多个引人注目的形态特征
国际基因组学大会在长春落幕
10月24日，2011国际基因组学大会在长春落幕。中科院院士贺林、美国国立卫生研究院癌症研究所资深研究员Charles Vinson等国内外知名专家学者，围绕“基因组学时代的机遇与挑战”主题，从基因组科学、基因组技术、基因组信息学与计算生物学、基因组转化与应用等方面进行了交流，并就全球基因
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
基因组学分析揭示
英国《自然》杂志18日在线公开的一篇基因组学论文显示，来自西伯利亚阿尔泰山脉东部尼安德特人的祖先，和现代人祖先的相遇与交融繁殖可能比原先认为的更早。已有证据显示，尼安德特人在47000年到65000年前在非洲之外就向现代人贡献了遗传物质。这项新研究还显示，大约在10万年前，现代人和尼安德特人之间
计算生物学所等建立检测混合人群自然选择的新方法
11月29日，国际著名学术期刊Genome Research在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学所的最新研究成果Genome-Wide Detection of Natural Selection in African Americans Pre-and Post-Admixture。该
计算生物学所揭示汉族和日本人之间的基因表达谱差异
记者获悉，由全国人大常委会副委员长沈跃跃带领的全国人大检查执法组近日在江苏多个省辖市对《可再生能源法》贯彻实施情况进行执法检查。 作为可再生能源起步早、规模大、企业多、产业链齐全的省份，江苏当下在这一领域的企业正面临着严重的全面亏损状态。 《可再生能源法》于2006年实施，2009年
科技部国际合作司副司长续超前调研计算生物学所
会议现场 7月20日，科技部国际合作司副司长续超前一行到中科院计算生物学研究所调研。中科院上海生命科学研究院副院长张旭、计算生物学所党总支书记王学才等陪同调研。 张旭代表生科院首先致辞，对续超前一行到计算生物学所调研表示热烈欢迎。王学才代表计算生物学所汇报了研究所建所五年来的发展
计算生物学所研究人员在理论群体遗传学取得重要成果
如何可靠地检测新近发生的正选择？上海生命科学研究院计算生物学所李海鹏研究员的最新研究成果实现了20年来理论群体遗传学的一个梦想。 正选择是一个重要的进化力量，它使得携带某个突变的个体相对于不携带这个突变的个体来说有生存和繁殖上的优势。正选择作为一种重要的进化力量，不仅在野生群
学科发展带来的新趋势对生物学家意味着什么
作为生命科学领域最新的分支学科，基因测序等新的生物医学技术正在颠覆传统的生物学研究方法。海量的数据处理正在把生物学家们的工作从实验台上拉向电脑旁。如今，全世界的生物学家不得不承认这样一种现实：要想成为一名生物学家，你还得是个统计学家，甚至是程序员。你得会写算法才行。 学科发展带来的新趋势对生
整合基因组和组织学信息－基因组学公司联手开拓新前沿
10x Genomics公司宣布收购位于瑞典斯德哥尔摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空间基因组学（spatial genomics）领域的领先公司。空间基因组学是一个新兴领域，它不但让研究人员可以获得单细胞内的基因组数据
病毒所蝙蝠飞行和免疫适应进化基因组学获进展
近期，由5个国家9个实验室组成的联合研究团队解析了2种蝙蝠的全基因组序列。这2种蝙蝠分别来自澳大利亚的大蝙蝠狐蝠(Pteropus.alecto)和中国的小蝙蝠大卫鼠耳蝠(Myotis.davidii)。分析结果提供了蝙蝠飞行、免疫系统及其它独特生物学特性的适应性进化的生物信息学证据。相关成果发