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在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。1. 确定蛋白种属在实验当中，研究人员通常使用动物模型（如小鼠）来研究人源蛋白。这样做有许多原因，比如：1） 无法获得（提纯分离）人源蛋白；2） 需要在体内考察蛋白的功能，但无法直接进行人体临床试验；3） 使用动物蛋白更方便、更便宜；4） 其他限制因素。而计算模拟则便利很多。如果我们真正的研究对象是人体，则一般情况下应当使用人源蛋白。但是，如果需要根据对接计算的结果去指导实验或解释实验现象，或者开展后续实验（如定点突变）对计算结果进行验证，那么，原则上应当让计算用的蛋白种属与实验一致，否则氨基酸序列可能对应不上。比如，在UniprotKB数据库（https://www.uniprot.org/）输入基因名1DH1，得到以下结果。然后，根据我们确......阅读全文
在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。 1. 确定蛋白种属 在实验当中，研究人员通常使用动物模型（如小鼠）来研究人源蛋白。这样做有许
时间总是过得很快，2016年马上就要过去了，迎接我们的将是崭新的2017年，2016年，我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果，发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究，以饕读者。 --结构生物学 -- 1.清华大学 施一
X射线晶体衍射技术（X-RAY CRYSTALLOGRAPHY）即将成为历史，低温电子显微技术（CRYO-ELECTRON MICROSCOPY）引起了揭示细胞内隐秘机制的革命。 在剑桥大学一幢建筑的地下室里，一场技术革命正在酝酿。 一个笨重的、大约3米高的金属盒子通过连接细胞的橙色缆线，
X射线晶体衍射技术（X-RAY CRYSTALLOGRAPHY）即将成为历史，低温电子显微技术（CRYO-ELECTRON MICROSCOPY）引起了揭示细胞内隐秘机制的革命。 在剑桥大学一幢建筑的地下室里，一场技术革命正在酝酿。 一个笨重的、大约3米高的金属盒子通过连接细胞的橙色缆线，安
自DNA重组技术和蛋白亲和纯化方法问世以来，研究人员利用蛋白异源表达纯化技术与X射线晶体衍射学方法解析了大量蛋白的高分辨结构，极大地丰富了我们对细胞中各种重要生命过程分子机制的认知【1】。然而这种方法需要大量高纯度蛋白样品，无法应用于异源系统表达量较低或或不易结晶的蛋白样品，比如大的蛋白复合物。
2017年10月4日/生物谷BIOON/---在人们的一片猜测中，2017年诺贝尔化学奖终于揭晓了！当地时间2017年10月4日，瑞典皇家科学院在斯德哥尔摩宣布将2017年度诺贝尔化学奖授予给瑞士洛桑大学的Jacques Dubochet、美国哥伦比亚大学的Joachim
过去100年发生的多起事件让世人密切关注未来发生传染病大流行的风险。2018年是1918年流感流行的100周年，估计有数千万人死于100年前那次流感。现在拥有比一个世纪前更好的干预措施，季节性流感疫苗，但不一定完全有效预防。每年需要接种或选择接种的人所占比例较小。世界上还有抗生素可以帮助治疗细菌
来自北京生命科学研究所，中科院生物物理研究所，遗传与发育研究院，清华大学生命科学与生物技术系，美国康奈尔大学的研究人员报道了第一个细菌效应蛋白和植物中对应的抗性蛋白的复合物AvrPto-Pto的晶体结构，基于该结构和相关实验结果，提出了AvrPto通过解除Pto对防御响应的抑制引发疾病抗性的机制。
常用生物软件（windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0
9月27日，清华大学医学院教授颜宁领导的研究组与生命学院王佳伟博士、龚海鹏博士合作在《自然》在线发表论文，报道大肠杆菌岩藻糖（L-fucose）转运蛋白（FucP）结构与功能的研究。 FucP从属于Major Facilitator Superfamily (MFS)超家族。M
西湖大学周强实验室再次取得重大突破。 北京时间2月21日凌晨，周强研究团队在论文预印本网站BioRxiv再次发文，报道新冠病毒表面S蛋白受体结合结构域与细胞表面受体ACE2全长蛋白的复合物冷冻电镜结构，揭开了新冠病毒入侵人体细胞的神秘面纱。 就在2天前，该团队刚刚在bioRxiv上发表了新冠
西湖大学周强实验室再次取得重大突破。 北京时间2月21日凌晨，周强研究团队在论文预印本网站BioRxiv再次发文，报道新冠病毒表面S蛋白受体结合结构域与细胞表面受体ACE2全长蛋白的复合物冷冻电镜结构，揭开了新冠病毒入侵人体细胞的神秘面纱。 就在2天前，该团队刚刚在bioRxiv上发表了新冠
美国东部时间2020年3月4日上午10点左右，Science杂志在线发表了题为Structural basis for the recognition of the SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 的研究论文，报道了西湖大学周强实验室首次成功解析新型冠状
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
进入十月份，中国学者参与的多项研究在Nature杂志及其重要子刊上发表，其中主要包括的是水稻全基因组遗传变异精细图谱，利用基因修饰的单倍体胚胎干细胞获得健康成活的转基因哺乳动物，以及人的葡萄糖转运蛋白GLUT1-4在大肠杆菌中的同源蛋白XylE的晶体结构等。 首先，中科院上海生科院植物生理
6药物筛选中X-ray晶体学与Cryo-EM的比较 与Cryo-EM相比，X-ray晶体学在药物筛选方面的关键优势在于，能够快速提供高分辨率结构数据。一旦建立了合适的结晶系统，通过X-ray晶体学快速连续获得后续结构或筛选化合物所需的时间非常短：1小时内可以通过结晶自动工作站设置约2,000个
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
2019年开年不到1个月，上海科技大学迎来“开门红”——北京时间1月25日凌晨，国际顶尖期刊《Cell》同时发表了上海科技大学的两项重大科研成果，分别是：上科大免疫化学研究所领衔的科研团队率先在国际上成功解析分枝杆菌关键药靶蛋白MmpL3以及“药靶─药物”复合物的三维空间结构，揭示了创新药物杀死
蛋白质，英文名称“protein”，是生物体中广泛存在的一类生物大分子，也是生命活动的主要承担者。 时值春暖花开，在中国科学院生物物理研究所寻访，本报记者在这里看到的“蛋白质”，不仅充满科学的奥妙和神奇，而且彰显出其应有的活泼、活性与活力，恍若走进一所“梦工厂”。那么
清华大学医学院颜宁教授将于今日在以色列特拉维夫大学领取赛克勒国际生物物理奖。届时，颜宁教授将作题为“人源葡萄糖转运蛋白(GLUTs)的结构机理研究”的报告。2010年，清华大学生命科学学院施一公教授因对细胞凋亡通路中蛋白调节机制的深入研究而获奖。今年来自清华的颜宁再夺桂冠，她如何看待自己的科研生
来自北京生命科学研究所的柴继杰博士早年毕业于大连轻工业学院，其实验室主要关注并研究在生物学及药学应用中的重要大分子的结构与功能，主要通过蛋白晶体衍射的方法及一些生物、生化方面的手段阐述这些生物大分子在结构和功能上的联系。 在2007年柴继杰实验室报道了第一个细菌效应蛋白和植物中对应的抗性蛋
截止2020月7月27日，中国学者在Cell，Nature 及Science 发表了共计102项生命科学的研究成果，其中新冠肺炎领域占了近一半（共43篇）。iNature系统总结了这些研究成果： 按杂志来划分：Cell 发表了30篇，Nature 发表了45篇，
比利时弗兰德斯生物技术研究所（Flanders Institute for Biotechnology, VIB）、根特大学（UGent）、根特大学医院和生物技术公司Argenx的研究人员解开了一个关于哮喘中是否存在蛋白晶体的百年谜团。正常而言，蛋白不会在体内结晶，但在某些情况下，这种过程确实会
什么是冠状病毒？ 冠状病毒(Coronavirus)是一种有包膜（或囊膜）的正链线性RNA病毒，也是一种最大的RNA病毒。冠状病毒属于网巢病毒目。我们通常说的冠状病毒是冠状病毒科的两个亚科之一。该亚科包括甲、乙、丙、丁(α，β，γ和δ )四个属。 冠状病毒的包膜是由双层脂质和跨膜蛋白组成。病毒的
-新出现和重新出现的病毒是对全球公共卫生的重大威胁。自2019年底以来，中国政府已在中国武汉市报告了一系列人类肺炎病例，这种疾病被命名为2019年冠状病毒病（COVID-19）。这些病例表现出诸如发烧和呼吸困难之类的症状，并被诊断为病毒性肺炎。全基因组测序结果显示病原体是一种新型冠状病毒，最初被
中国科学院上海药物研究所吴蓓丽、赵强研究团队与中国科学院生物物理研究所孙飞、澳大利亚莫纳什大学Denise Wootten研究团队合作，在G蛋白偶联受体（GPCR）结构与功能研究领域取得突破性进展：解析了人源胰高血糖素受体（GCGR）分别与激活型G蛋白（Gs）和抑制型G蛋白（Gi）结合的复合物三
2019年上半年很快就结束了，iNature盘点了中国学者在Cell，Nature及Science发表的成果，我们发现总共有86篇（截至2019年6月24日），具体介绍如下： 4-6月发表的文章 【1】2019年6月21日，西北工业大学王文，中科院昆明动物研究所/BGI 张国捷及丹麦哥本哈根
近日，中国科学院上海药物研究所吴蓓丽研究组、赵强研究组与中国科学院生物物理研究所孙飞研究组和澳大利亚莫纳什大学Denise Wootten研究组合作，在G蛋白偶联受体（G protein-coupled receptor，GPCR）结构与功能研究领域取得又一突破性进展：解析了人源胰高血糖素受体（
提起膜蛋白，浮现在广大从事蛋白研究的科研工作者脑海中的是两点：1.膜蛋白功能的重要性。2.膜蛋白研究的困难性。众所周知，膜蛋白在细胞间接触、表面识别、信号转导、酶活性和运输方面都扮演着重要的角色。由于它们功能多样，也就成为理想的药物靶点。然而，膜蛋白的生化和结构研究一直都很缓慢。Protein Da
PsbS整体结构。a. PsbS单体结构飘带示意图；b. PsbS二体结构示意图；c. PsbS二体界面处结合的叶绿素a；d. PsbS二体结合的qE抑制剂DCCD。生物物理所供图 植物的光合作用，是地球上最为有效的固定太阳光能的过程，人类所大量消耗的石油、天然气等，其实