研究人员利用“机器学习”帮助鉴定磷酸化位点
EMBL的欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）的研究人员创建了迄今为止最大的参考磷酸化蛋白质组，将近120000个人类磷酸化位点。为了识别最重要的成员，他们使用了一种机器学习方法，能够根据功能重要性对其进行排名。 蛋白质是细胞的核心分子机器，可以通过类似于分子开关的蛋白质修饰来调节。磷酸化就是这样一种分子开关，它可以改变蛋白质的结构构象，使其活化，失活或改变其功能。尽管进行了数十年的工作，但这修饰的数量以及生物学意义仍然是一个谜。 （图片来源：Www.pixabay.com） 这项发表在《Nature Biotechnology》上的研究开发了一种可自由获取的资源，研究人员可以利用该资源更好地了解哪些蛋白质被磷酸化，哪些磷酸位点具有功能相关性。获得这些数据对于加速研究发展为许多不同的生物学过程和疾病具有重大意义。 EMBL-EBI小组负责人佩德罗·贝尔特拉（Pedro Beltrao）说：“如果全世界的科学家不分......阅读全文
什么是磷酸化与去磷酸化
磷酸化，将磷酸基团加在中间代谢产物上或加在蛋白质（protein）上的过程。其中除去磷酸基团的酶称为磷酸酶。 蛋白质磷酸化可发生在许多种类的氨基酸（蛋白质的主要单位）上，其中以丝氨酸为多，接着是苏氨酸。去磷酸化：磷酸基团的除去，对许多生物起着“开/关”作用。防止质粒载体的自身连接，最常用于质粒进行单
如何查看抗体是磷酸化还是非磷酸化
磷酸化和非磷酸化的抗体主要区别有： 1.磷酸化抗体的检测的是出于活性状态（磷酸化）的蛋白。 2.磷酸化抗体只针对磷酸化位点设计，是一种位点特异性的多抗，这到有些单抗的特性。3.普通抗体的合成（多抗）：原核表达蛋白-〉纯化-〉免疫动物-〉收获抗体。 4.磷酸化抗体合成：人工合成含磷酸化位点的
酶的磷酸化与脱磷酸化的比较
磷酸化是一种常见的修饰形式。酶蛋白中带羟基的氨基酸残基Thr、Ser与Tyr可作为磷酸化修饰位点。磷酸化是由ATP提供磷酸基，并在蛋白激酶的催化下完成的。脱磷酸反应则是由磷酸酶的催化下完成的。有的酶在磷酸化修饰后活性增高，而另一些酶则在磷酸化修饰后活性反受抑制。由上可见，酶的化学修饰调节具有以下特点
磷酸化和非磷酸化的抗体什么区别
1.磷酸化抗体的检测的是出于活性状态（磷酸化）的蛋白。2.磷酸化抗体只针对磷酸化位点设计，是一种位点特异性的多抗，这到有些单抗的特性。3.普通抗体的合成（多抗）：原核表达蛋白-〉纯化-〉免疫动物-〉收获抗体。4.磷酸化抗体合成：人工合成含磷酸化位点的多肽-〉人工体外磷酸化-〉链接半抗原-〉免疫动物-
抗体磷酸化与非磷酸化的区别与关系
非磷酸化是测该蛋白的含量，不能知道其活性状态，抗体磷酸化是测该蛋白的磷酸化水平如何，侧重于了解该蛋白的一种活性状态。很多信号通路的蛋白在受到某些刺激后都是通过改变其磷酸化水平的改变而引起细胞的一系列反应，其蛋白含量并不见得会有多大的变化。首先要说明的就是检测的蛋白质在你检测的组织或者细胞中是表达的,
磷酸化和非磷酸化的抗体什么区别
磷酸化和非磷酸化的抗体主要区别有： 1.磷酸化抗体的检测的是出于活性状态（磷酸化）的蛋白。 2.磷酸化抗体只针对磷酸化位点设计，是一种位点特异性的多抗，这到有些单抗的特性。3.普通抗体的合成（多抗）：原核表达蛋白-〉纯化-〉免疫动物-〉收获抗体。 4.磷酸化抗体合成：人工合成含磷酸化位点的
什么是磷酸化
磷酸化是将磷酸基团加在中间代谢产物上或加在蛋白质（protein）上的过程。其中除去磷酸基团的酶称为磷酸酶。 蛋白质磷酸化可发生在许多种类的氨基酸（蛋白质的主要单位）上，其中以丝氨酸为多，接着是苏氨酸。除了蛋白质以外，部分核苷酸，如三磷酸腺苷（ATP）或三磷酸鸟苷（GTP）的形成，也是经由二磷酸腺苷
使用Azurespot分析软件定量非磷酸化与磷酸化蛋白
背景去除背景扣除对于有效定量是必不可少的。 例如，AzureSpot有五个自动后台选项和三个手动选项。> 如果背景不均匀，请使用 Rolling Ball。 类似指定半径的圆盘在泳道轮廓下“滚动”，对信号求平均，从而产生平滑小的变化。 半径越大，滚动越平滑。> 如果轮廓的末端与轮廓的其余部分没有
使用Azurespot分析软件定量非磷酸化与磷酸化蛋白
在上期我们回顾了使用多重来成像磷酸化蛋白的技巧，在这部分中，我们将介绍使用Azurespot分析软件进行定量。 背景去除 背景扣除对于有效定量是必不可少的。 例如，AzureSpot有五个自动后台选项和三个手动选项。 > 如果背景不均匀，请使用 Rolling Bal
磷酸化的和非磷酸化的抗体有什么不同
通常来说，磷酸化抗体芯片上检测某一个磷酸化位点会设置一对抗体，即：磷酸化的和非磷酸化的抗体。说到区别，可能从制备讲起你可以更加清晰一些。首先就是多肽合成，由于磷酸化位点的保守性，对某一个磷酸化位点周边20个氨基酸左右的序列合成多肽，磷酸化多肽肯定带有磷酸基团，非磷酸化多肽就掉了这个磷酸基团。然后就是
磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定
磷酸肽的化学测序 磷酸肽的质谱分析 源后衰变 用酶和化学方法去磷酸化 实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一
磷酸化的和非磷酸化的抗体有什么不同
通常来说，磷酸化抗体芯片上检测某一个磷酸化位点会设置一对抗体，即：磷酸化的和非磷酸化的抗体。说到区别，可能从制备讲起你可以更加清晰一些。首先就是多肽合成，由于磷酸化位点的保守性，对某一个磷酸化位点周边20个氨基酸左右的序列合成多肽，磷酸化多肽肯定带有磷酸基团，非磷酸化多肽就掉了这个磷酸基团。然后就是
磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定
实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一些通用方法；磷酸化蛋白质被纯化，如果可能蛋白质要均一；磷蛋白被特异性的化学或酶反应切断、产生肽混合物，其中含有一到两个磷酸肽不同之处在干其分离磷酸肽的策略是为了确定氨基酸序列，定位肽段内磷酸化的残基。上面所述的分离方法， 2D-PP 作图、 HPLC 或 l
蛋白质磷酸化
Tyrosine Kinase Assay Using Synthetic Peptides (T. Miller)Small synthetic peptide substrates are especially well suited for applications such as assay
磷酸化蛋白鉴定实验
实验材料测序级膜蛋白酶试剂、试剂盒二硫苏糖醇碘代乙酰胺乙酸溶液甲酸乙酰氯仪器、耗材螯合琼脂糖凝胶层析介质实验步骤这里所述的方法概括为下列几个步骤：胰蛋白酶水解消化膜和可溶性组分中的蛋白质（见 24. 3.1 )；固相金属螯合亲和层析（IMAC) 富集磷酸肽（见 24. 3. 2 )；用串联质谱对磷酸
磷酸化蛋白鉴定实验
实验材料 测序级膜蛋白酶试剂、试剂盒 二硫苏糖醇碘代乙酰胺乙酸溶液甲酸乙酰氯仪器、耗材 螯合琼脂糖凝胶层析介质实验步骤 这里所述的方法概括为下列几个步骤：胰蛋白酶水解消化膜和可溶性组分中的蛋白质（见 24. 3.1 )；固相金属螯合亲和层析（IMAC) 富集磷酸肽（见 24. 3. 2 )；用串
磷酸化蛋白鉴定实验
实验材料测序级膜蛋白酶 试剂、试剂盒二硫苏糖醇 碘代乙酰
自磷酸化的定义
当配体-受体结合时，受体胞外结构域构象变化导致相邻的单跨膜受体二聚化，以利于受体间的交互磷酸化,即自磷酸化。同时可以提供磷酸集团，和作为蛋白质激酶磷酸化的底物
什么是去磷酸化？
去磷酸化:是磷酸基团的除去，对许多生物起着"开/关"作用。防止质粒载体的自身连接，最常用于质粒进行单酶切连接时。去磷酸化是由于DNA连接酶催化DNA连接时需要有磷酸基团的存在，载体在经酶切后会在切点端保留一个磷酸基团。载体去磷酸化后因自身5'端无磷酸基团，因而不可以和自身3'端连接。
磷酸化位点分析实验确定磷酸化氨基酸类型
实验材料蛋白样品实验步骤了解肽或蛋白质中磷酸化氨基酸的类型，可以限定可能的磷酸化位点，并因此简化(对多肽链中磷酸化残基的确认。磷酸化残基类型通常由磷酸氨基酸分析或磷酸氨基酸特异性免疫检测确定。磷酸氨基酸分析是对肽键进行气相或液相水解，此水解条件下要至少保留一段磷酸酯键完整。 32p标记的磷酸蛋白质或
磷酸化位点分析实验确定磷酸化氨基酸类型
实验方法原理 实验材料 蛋白样品 实验步骤 了解肽或蛋白质中磷酸化氨基酸的类型
磷酸化位点分析实验用酶和化学方法去磷酸化
实验材料蛋白样品实验步骤这种方法得到特别关注、但它能提供磷酸肽中磷酸化氨基酸的定位，可以在非磷酸肽占主导地位的混合物中鉴别磷酸肽，此方法使用的是磷酸酶 。用简单的 MALDI-TOF仪器就可以得到磷酸化蛋白水解后产生肽段的质量，同样的样品用磷酸酶处理后，除去了丝氨酸，苏氨酸和酪氨酸上的磷酸，再分析其
磷酸化和非磷酸化蛋白分子量一样吗
理论上讲是不一样的，磷酸基图大概9.9KD左右，磷酸化后条带按道理应该发生迁移
磷酸化位点分析实验确定磷酸化氨基酸类型
了解肽或蛋白质中磷酸化氨基酸的类型，可以限定可能的磷酸化位点，并因此简化(对多肽链中磷酸化残基的确认。磷酸化残基类型通常由磷酸氨基酸分析或磷酸氨基酸特异性免疫检测确定。磷酸氨基酸分析是对肽键进行气相或液相水解，此水解条件下要至少保留一段磷酸酯键完整。 32p标记的磷酸蛋白质或磷酸肽的水解产物与磷酸氨
去磷酸化的平端或5凹端DNA分子的磷酸化
在 T4 多核苷酸激酶的正向反应中，带有平端、5' 凹端或分子内切口的 DNA 底物比 5' 突出端的分子标记效率低。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。实验方法原理在 T4 多核苷酸激酶的正向反应中，带有平端、5' 凹端或分子内切口的 DNA 底物比 5'
去磷酸化的平端或5凹端DNA分子的磷酸化
实验方法原理 在 T4 多核苷酸激酶的正向反应中，带有平端、5' 凹端或分子内切口的 DNA 底物比 5' 突出端的分子标记效率低。实验材料 T4 噬菌体多核苷酸激酶试剂、试剂盒 乙酸铵EDTA乙醇咪唑缓冲液聚乙二醇仪器、耗材 液体闪烁计数仪Sephadex G-50 离心柱Seph
去磷酸化的平端或5凹端DNA分子的磷酸化
实验方法原理 在 T4 多核苷酸激酶的正向反应中，带有平端、5' 凹端或分子内切口的 DNA 底物比 5' 突出端的分子标记效率低。 实验材料
磷酸化多肽及其修饰方法
蛋白质磷酸化是生物界最普遍，也是最重要的一种蛋白质翻译后修饰，20世纪50年代以来一直被生物学家看作是一种动态的生物调节过程。在细胞中，大概有1/3的的蛋白质被认为是通过磷酸化修饰的。蛋白质的磷酸化修饰与多种生物学过程密切相关，如DNA损伤修复、转录调节、信号传导、细胞凋亡的调节等。磷酸化蛋白质
磷酸化酶的性质
糖基转移酶类下的一个组群，即专司催化磷酸解作用的一类酶总称。广泛分布于动物(肝、肌)、植物、微生物中，包括糖原磷酸化酶(glycogenphosphorylase，EC2.4.1.1，分子量3.7×105)、麦芽糖磷酸化酶(EC2.4.1.8.)、1,3-β-D-低聚葡聚糖磷酸化酶(EC2.4.1.
磷酸化多肽及其修饰方法
蛋白质磷酸化是生物界最普遍，也是最重要的一种蛋白质翻译后修饰，20世纪50年代以来一直被生物学家看作是一种动态的生物调节过程。在细胞中，大概有1/3的的蛋白质被认为是通过磷酸化修饰的。蛋白质的磷酸化修饰与多种生物学过程密切相关，如DNA损伤修复、转录调节、信号传导、细胞凋亡的调节等。磷酸化蛋白质及多