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版纳园等自主开发出叶绿体全基因组分析比较基因组程序包

高通量测序(High-throughput sequencing),又称“下一代”测序(Next-generation sequencing),是近年来在测序技术发展史中具有革命性改变的新突破,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子同时测序,因此能对物种的转录组和基因组进行比以往较细致全貌的分析。 但是,由于“下一代”测序技术原始数据的读长(read length)只有几十个或一、两百个碱基,按照传统的分析流程,必须要通过生物信息学工具将这些短的碱基数据组装成较长的序列组(contigs)或基因组的框架,或者把这些序列比对到已有的参照基因组或者相近物种基因组序列上,才能进一步取得具有生物学意义的结果。对于没有参照基因组的非模式生物,要把这些海量的短序列数据组装的工作面临一定程度上的难度,制约了这类数据在非模式生物基因组研究的发展。 考虑到大部分生态学研究里的热带生物都是没有参照基因组的非模式生物,在中科院......阅读全文

叶绿体和线粒体基因组变异检测获突破

  近日,《公共科学图书馆―综合》发表了中国农业科学院油料作物研究所博士后曾长立与合作导师伍晓明研究建立的能高通量检测叶绿体和线粒体基因组遗传变异的新方法。   据曾长立介绍,叶绿体和线粒体基因组作为植物细胞质基因组,对光合作用、呼吸作用等重要生命过程具有重要意义。   研究叶绿体和线粒体基因组

昆明植物所山茶属代表植物比较叶绿体基因组学研究获进展

  山茶属是山茶科中包含许多举世闻名经济植物的一个重要类群,包括为人类提供天然保健饮料的茶(Camellia sinensis var. assamica 和C. sinensis var. sinensis),健康型高级食用植物油的油茶(C. oleifera)以及观赏花卉云南山茶(C. reti

李小波博士等发现光合作用所需的多个候选基因

  莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)是一种非常有价值的真核模式生物,被广泛用于与光合作用、呼吸作用、脂类合成、细胞运动(生物鞭毛)、非生物胁迫等生物学过程相关的功能研究(图1)【1】。长期以来,通过同源重组将外源基因插入是敲除莱茵衣藻基因的主要方式,与外源基因的随机插入

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

细胞器基因组组装软件开发研究获进展

  真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体(包括叶绿体、白色体等)的全部DNA分子,是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内,有多个(甚至成千上万个)细胞器基因组单元的拷贝,使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展,测序成本下降,低

“中-沙椰枣基因组计划”取得新进展

  8月,由中科院北京基因组研究所与沙特王国阿卜杜拉阿齐兹国王科技城(King Abdulaziz City for Science and Technology,KACST)共同开展的“中-沙椰枣基因组计划”取得阶段进展,科研人员于近日完成了椰枣基因组叶绿体的基因组测序与分析工作,相

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP                                        

天津大学最新文章:酵母基因组工程

  生物通报道:酿酒酵母染色体的人工合成突破了真核生物基因组重新设计与合成, 将引发基因组工程研究新的高潮. 近期来自天津大学系统生物工程教育部重点实验室,深圳华大基因研究院等处的研究人员以酵母基因组工程为例, 对“自上而下”和“自下而上”两种不同策略的基因组工程研究取得的最新进展进行综述, 并展望

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP试剂、试剂盒乙醇次氯酸钠β-葡萄糖醛酸酶基因活性测定液溴化乙锭仪器、耗材培养室MS 培养基实验步骤一、转基因插入位点的数目第一代( T0)转基因植株外源基因的插入位点数目,一般都是通过遗传方法进行鉴定。虽然遗传分析可以在任何世代进行,但是一般选择转基因植株自交,或与野生型测交后得到的

Pacbio单分子实时测序技术于药用植物基因组研究应用

  药源短缺成为限制临床治疗和新药研发的最大瓶颈,因此,开发新的药物来源途径是迫切需要解决的问题。利用现代生物技术和次生代谢工程手段是未来生产药物最有潜力的发展方向。我国药用植物有1 万多种,大多数药用植物遗传背景不清楚,基因组信息缺乏,遗传信息和功能基因的研究亦极为薄弱。例如人参属(Panax)

中国大豆基因组公布并发现该基因组组装错误

  大豆是重要的粮食经济作物,为人类提供了主要的油料和蛋白资源。大豆起源于中国,古称“菽”,约在5000年前由其野生种驯化而来,随后广泛传播于世界各地。大豆在引种和改良过程中产生了遗传瓶颈效应,使来自不同主产区的大豆品种间具有显著的遗传变异。目前,我们广泛采用的大豆参考基因组来源于美国品种“Will

我国学者利用SMRT、Hi-C等技术破解大豆Gmax_ZH13基因组

  大豆是重要的粮食经济作物,为人类提供了主要的油料和蛋白资源。大豆起源于中国,古称“菽”,约在5000年前由其野生种驯化而来,随后广泛传播于世界各地。大豆在引种和改良过程中产生了遗传瓶颈效应,使来自不同主产区的大豆品种间具有显著的遗传变异。目前,我们广泛采用的大豆参考基因组来源于美国品种“Will

中国大豆“中黄13”基因组发布

  中科院遗传与发育生物学研究所联合中国科技大学、江苏省农业科学院种质资源与生物技术所、北京贝瑞和康生物技术有限公司等,对中国国审大豆品种“中黄13”(Gmax_ZH13)的基因组进行从头组装,最终得到1.025 Gb的基因组序列,包含20条染色体和1条叶绿体。相关成果近日以封面文章形式在线发表于《

为国产优异大豆品种培育奠定基础 "中黄13"基因组发布

  中科院遗传与发育生物学研究所联合中国科技大学、江苏省农业科学院种质资源与生物技术所、北京贝瑞和康生物技术有限公司等,对中国国审大豆品种“中黄13”(Gmax_ZH13)的基因组进行从头组装,最终得到1.025 Gb的基因组序列,包含20条染色体和1条叶绿体。相关成果近日以封面文章形式在线发表于《

大豆“中黄13”基因组发布 为国产优异大豆品种培育定基础

中科院遗传与发育生物学研究所联合中国科技大学、江苏省农业科学院种质资源与生物技术所、北京贝瑞和康生物技术有限公司等,对中国国审大豆品种“中黄13”(Gmax_ZH13)的基因组进行从头组装,最终得到1.025 Gb的基因组序列,包含20条染色体和1条叶绿体。相关成果近日以封面文章形式在线发表于《中国

基因插入位点和模式实验(二)

3. 跨世代 Southern 分析Southern 分析一般用于鉴定各个转基因插入位点的排列形式(见 3 .2 节中“ Southern分析” )。当然,通过对不同世代转基因植株杂交检测结果的比较,它也可以用于转基因插入位点数的测定。例如,根 据 T。代和自交所得到凡代植株的 Sout

中美大豆品种存在大量遗传变异

美国种植的大豆品种同中国种植的大豆品种有何不同?依据新近完成的中国大豆基因组测序,科学家发现,中美大豆品种在基因组上存在着大量的遗传变异。中国大豆基因组测序的完成,为优良大豆品种的培育奠定了基础。相关研究以封面文章形式在线发表于最新一期的《中国科学—生命科学》(英文版)上。作为重要的经济作物,大豆起

强!中国学者用最短时间突破100篇CNS生命科学领域成果

  截止2020月7月27日,中国学者在Cell,Nature 及Science 发表了共计102项生命科学的研究成果,其中新冠肺炎领域占了近一半(共43篇)。iNature系统总结了这些研究成果:   按杂志来划分:Cell 发表了30篇,Nature 发表了45篇,