版纳园等自主开发出叶绿体全基因组分析比较基因组程序包
高通量测序(High-throughput sequencing)，又称“下一代”测序(Next-generation sequencing)，是近年来在测序技术发展史中具有革命性改变的新突破，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子同时测序，因此能对物种的转录组和基因组进行比以往较细致全貌的分析。 但是，由于“下一代”测序技术原始数据的读长(read length)只有几十个或一、两百个碱基，按照传统的分析流程，必须要通过生物信息学工具将这些短的碱基数据组装成较长的序列组(contigs)或基因组的框架，或者把这些序列比对到已有的参照基因组或者相近物种基因组序列上，才能进一步取得具有生物学意义的结果。对于没有参照基因组的非模式生物，要把这些海量的短序列数据组装的工作面临一定程度上的难度，制约了这类数据在非模式生物基因组研究的发展。 考虑到大部分生态学研究里的热带生物都是没有参照基因组的非模式生物，在中科院......阅读全文
关于基因组高通量测序的基本介绍
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(
叶绿体基因组树优化森林大样地群落构建获揭示
群落构建是生态学家广泛关注的核心问题之一。1月2日，记者从中国科学院华南植物园获悉，该园分子生态学团队及其合作者，基于中国森林监测网络（CForBio）平台，揭示了叶绿体基因组树优化我国森林大样地群落构建认知。相关研究发表于《分子生态资源》。 据悉，系统发育群落生
叶绿体基因组树优化森林大样地群落构建获揭示
群落构建是生态学家广泛关注的核心问题之一。1月2日，记者从中国科学院华南植物园获悉，该园分子生态学团队及其合作者，基于中国森林监测网络（CForBio）平台，揭示了叶绿体基因组树优化我国森林大样地群落构建认知。相关研究发表于《分子生态资源》。 据悉，系统发育群落生
关于植物叶绿体基因组基因表达调控的研究的介绍
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式
细胞化学基础植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式。转
我国学者揭示花叶组重楼植物叶绿体基因组特征
重楼属植物主要生物活性物质为甾体皂苷，具有消炎、止血、抗肿瘤等功效，是云南白药、宫血宁等86种著名中成药的重要原料。重楼属花叶组包括花叶重楼与禄劝花叶重楼两种，与属内其它植物相比，叶具斑块，植株矮小，果实很小且产量低。花叶组重楼植物含有中国药典规定的四种重楼皂苷。然而，花叶组重楼生长十分缓慢，对
我国学者阐述重楼叶绿体基因组结构特征与进化
重楼属植物主要生物活性物质为甾体皂苷，具有消炎、止血、抗肿瘤等功效，是云南白药、宫血宁等86种著名中成药的重要原料。重楼属花叶组包括花叶重楼与禄劝花叶重楼两种，与属内其它植物相比，叶具斑块，植株矮小，果实很小且产量低。花叶组重楼植物含有中国药典规定的四种重楼皂苷。然而，花叶组重楼生长十分缓慢，对
花叶芋叶片关联分析和叶绿体基因组研究获进展
广东省农业科学院环境园艺研究所特色花卉研究室在花叶芋叶片重要观赏性状关联分析和叶绿体基因组研究方面取得新进展。相关研究分别发表于Physiologia Plantarum和Genes。 花叶芋（Caladium）是天南星科花叶芋属多年生草本植物，被誉为“观叶皇后”。花叶芋资源丰富，表型性状变异丰
版纳园等自主开发出叶绿体全基因组分析比较基因组程序包
高通量测序(High-throughput sequencing)，又称“下一代”测序(Next-generation sequencing)，是近年来在测序技术发展史中具有革命性改变的新突破，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子同时测序，因此能对物种的转录组和基因组进行比以往较细致全貌的
叶绿体亚分级实验——叶绿体亚分级
实验材料叶绿体试剂、试剂盒裂解缓冲液仪器、耗材微量离心管小型离心机实验步骤1. 将含 1 mg 叶绿素的叶绿体悬液吸至一微量离心管中。2. 在小型离心机中 14000 r/min 离心 30 秒钟，弃去上清。3. 加 1 ml 裂解缓冲液，振荡，冰浴 5 分钟。裂解缓冲液：10 mmol/L HEP
武汉植物园在淫羊藿叶绿体基因组研究中获进展
淫羊藿为小檗科淫羊藿属植物，是我国常用大宗中药材，具有较多的药用价值和广阔的开发前景。当前淫羊藿药材主要依靠野生资源，存在基原植物混乱、质量参差不齐等问题。叶绿体基因组信息可以用于植物的系统分类、品种鉴定，但目前还没有对我国淫羊藿属植物开展过叶绿体基因组的研究。 中国科学院武汉植物园副研究员张
绿潮藻叶绿体基因组进化机理研究取得新进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503670.shtm石莼属海藻是一类具有重要生态功能和开发潜力的经济海藻，同时也是一类可以暴发性生长导致绿潮灾害的大型绿藻，在全球范围内广泛分布。近日，中国科学院海洋研究所海洋生态环境基因组学团队围绕石莼
版纳植物园叶绿体比较基因组学研究取得进展
樟科油丹属树种木材质优，国际市场上的商品名为“medang”，和楠木树种的亲缘关系较近。以往的分子系统学研究表明油丹属为复系类群，但与润楠属、鳄梨属和楠属等的系统关系尚不明晰。 近日，中国科学院西双版纳热带植物园生物多样性研究组以分布于印度南部的油丹模式种Alseodaphne semecar
拟南芥叶绿体基因组DNA双链断裂修复的全新分子机制
2021年6月16日，清华大学生命学院/清华-北大生命科学联合中心孙前文实验室在Nucleic Acids Research杂志在线发表题为“RNase H1C与单链DNA结合蛋白WHY1/3和重组酶RecA1在拟南芥叶绿体中协作完成DNA损伤修复 (RNaseH1C collaborates
研究发现植物叶绿体基因组可以全部转录的新机制
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能、供给地球上的其它生物能量来源的重要细胞器，对叶绿体的功能和叶绿体基因组转录机制的研究一直以来是全球细胞生物学家、遗传学家和分子生物学家孜孜以求的研究热点。中国科学院昆明植物研究所研究员高立志带领的研究团队，历时五年，通过对三种高等植物（水稻、玉米和拟南芥
关于基因组高通量测序的技术发展介绍
高通量测序平台(high-throughput_genome_sequence_database) 自从2005年454 Life Sciences公司（2007年该公司被Roche正式收购）推出了454 FLX焦磷酸测序平台（454 FLX pyrosequencing platform）以
从豌豆组织分离叶绿体实验_叶绿体分离
实验材料叶子组织试剂、试剂盒PBF-Percoll 溶液山梨醇BSAHEPES-KOHEDTA仪器、耗材聚碳酸酯离心管实验步骤1. 制备 Percoll 梯度(1) 两个 50 ml 的聚碳酸酯离心管中分别加入 25 ml 50% 的 PBF-Percoll 溶液。50% PBF-Percoll0.
昆明植物所建立叶绿体基因组遗传信息获取技术体系
在分子生物学和基因组时代，叶绿体基因组为植物分类、系统发育和物种鉴定等提供了不可或缺的遗传信息。随着新一代测序技术的快速发展，叶绿体基因组学已经成为植物系统基因组学和超级条形码研究的热点，也是中国科学院昆明植物研究所三个重大突破目标——iFlora 研究的重要内容。 昆明植物所种质资源库多年来
“中沙椰枣基因组计划”取得新进展
8月，由中科院北京基因组研究所与沙特王国阿卜杜拉阿齐兹国王科技城（King Abdulaziz City for Science and Technology，KACST）共同开展的“中-沙椰枣基因组计划”取得阶段进展，科研人员于近日完成了椰枣基因组叶绿体的基因组测序与分析工作，相
高通量的PCR模板植物基因组DNA制备方法（三）
将纯化定量的水稻品种(93-11)基因组DNA标准样品(0.5~8 ng)与1.0 µL本方法制备的水稻品种(02428)基因组DNA混合作为模板，用InDel 标记引物(表1)进行PCR扩增和PAGE检测。箭头指某反应(或2个反应之间)其02428与93-11条带的信号值大致相等(即DNA
高通量的PCR模板植物基因组DNA制备方法（四）
2.3 高通量的分子标记检测 本方法制备的DNA浓度虽然低，用96针复制器加入0.5~1 µL模板进行33~35个PCR循环就可获得足够浓度的产物，并不需要加入特别多的Taq酶(甚至使用量为每45~50 µL PCR反应液1 U也能扩增分子标记)。该方法已对数万份水稻样品进行了分子标记(S
关于基因组高通量测序的基本原理介绍
测序方案建立在双脱氧测序法(Sanger等，1977)的基础上。为了从每一克隆插入片段两端成对地进行测序，每一个质粒模板DNA板应配备两个384孔循环测序反应板。测序反应采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和标
高通量的PCR模板植物基因组DNA制备方法（二）
1.2 植物材料 1.2.1 水稻秧苗。将1.6-mL 96方孔板底部用6 mm电钻头打穿，或将旧96孔PCR板的底部剪去约4 mm。使用时将方孔板压入少量泥巴。每孔放入1粒萌动的水稻种子，在自然日光下(或人工气候箱)生长至3~4片叶。其他植物小苗也可用类似方法种植。 1.2.2 水稻大植株的鲜
高通量的PCR模板植物基因组DNA制备方法（一）
摘 要：制备大量生物样品的模板DNA用于PCR检测是费时费人工的工作。本文介绍一种高通量的植物基因组DNA(gDNA)快速制备及其用于PCR基因型检测的操作方法。将一小段单子叶植物苗叶片(长度约30 mm或40 mm，与96方孔板的孔深大致相同) 或一小块(约2~4 mg)双子叶植物叶片放入9
昆明植物所山茶属代表植物比较叶绿体基因组学研究获进展
山茶属是山茶科中包含许多举世闻名经济植物的一个重要类群，包括为人类提供天然保健饮料的茶（Camellia sinensis var. assamica 和C. sinensis var. sinensis），健康型高级食用植物油的油茶（C. oleifera）以及观赏花卉云南山茶（C. reti
叶绿体是什么
叶绿体是质体的一种, 是高等植物和一些藻类所特有的能量转换器。叶绿体是含有绿色色素(主要为叶绿素 a 、b)的质体，为绿色植物进行光合作用的场所，存在于高等植物叶肉、幼茎的一些细胞内，藻类细胞中也含有。叶绿体的形状、数目和大小随不同植物和不同细胞而异。
什么是叶绿体
叶绿体叶绿体（chloroplast）植物绿色细胞中存在的有色质体。其内含有叶绿素及类胡萝卜素，是进行光合作用的场所。在高等植物中一般呈椭圆形，长轴4～10微米，短轴2～4微米。它被双层膜（称为外被）包围着，内部为层膜系统和基质（或称间质）所组成。在电镜下观察，每一层膜是由双层膜组成扁平的囊，中间是
叶绿体DNA分离
设备：Hitachi CS-150GXL或CS-120GXL微量超速离心机，S100AT6 转头，5PA 密封管（如果用4PC管，可接比例减少各层液量）溶液配制：A液：0.35Msorbitol（山梨醇），50mM Tris—Hcl (PH8.0) 25mM EDTA—Na2B液：5％（w/w）So
叶绿体（chloroplast）分离
设备：Hitachi CF—7D2离心机，T5SS或T4SS或T7A转头50ml PP 离心管CP—MX ，CP—WX超速离心机，R28S转头，40ml PA管。（或其他品牌离心机，同类转头）溶液配置：A液：0.35M Sorbitol，（山梨醇），50mM Tris—HCL (PH8.0) 5mM
武汉植物园发现蕨类植物叶绿体基因组进化的过渡形态
目前已知的蕨类植物叶绿体基因组在组织结构上表现为两种基本类型：一是核心型，高等核心薄囊蕨类水龙骨目和树蕨目具此类型;另一是基部型，见于其他蕨类基部类群。与基部型相比，核心型叶绿体基因组的反向重复区和大单拷贝区的rpoB-psbZ区(BZ区)发生过复杂的基因组重排，同时它们还丢失了5个相同的tRN