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IonPGM测序仪读长达到400bp

Life Technologies公司近日宣布,适用于Ion PGM™测序仪的400 bp测序试剂盒已上市。读长的改善使产量增加,也带来了更完整的细菌de novo组装。目前Ion 318™芯片上的400 bp运行的产量可达1-2 Gb。 德国明斯特大学的Dag Harmsen教授去年曾使用Ion PGM™ 测序仪来追踪致命的大肠杆菌。他认为:“Ion Torrent准确的400 bp长读取实现了出色的细菌de novo组装。不一定需要末端配对读取,才能获得最好的结果。” 据了解,测序读长的增加源自半导体芯片测序系统的改进,包括文库扩增、测序聚合酶以及测序反应条件。测序过程中使用了一种新的突变酶,它表现出高的准确性和持续测序能力。这一试剂盒适用于那些需要捕获长外显子中所有遗传变异的应用。例如,有些研究人员需要了解人类白细胞抗原(HLA)基因或16S核糖体基因的遗传数据,这时,长读取就很关键。 亚利桑......阅读全文

高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析 3

边合成边测序:SNA(454,Ion Torrent)与CRT不同的是,SNA方法依赖于单信号标记dNTP来对链进行延伸。四种核糖核酸都必须反复添加到测序反应过程中。不仅如此,SNA不需要将dNTP屏蔽,因为测序反应过程中下一个碱基的缺失会阻止链的延伸。碱基的寡聚体则是一个例外,在这种情况下,信号的

分子生物学常用实验技术(page 3)

分子杂交技术    互补的核苷酸序列通过Walson-Crick 碱基配对形成稳定的杂合双链分子DNA 分子的过程称为杂交。杂交过程是高度特异性的,可以根据所使用的探针已知序列进行特异性的靶序列检测。杂交的双方是所使用探针和要检测的核酸。该检测对象可以是克隆化的基因组DNA,也可以是细胞总DN

Thermo Fisher Scientific发布Ion Torrent技术更新和新产品预览

  上周,基因组生物学技术进展年会(AGBT) 在佛罗里达州马可岛举行,Thermo Fisher Scientific公司在会上发布了Ion Torrent测序技术的最新进展情况。  在周六召开的公司工作会议上,Ion Torrent 研发副总裁Allan Williams提前预告公司正在筹备Io

华大智造:我们的这种测序方法吊打传统MPS

  在生物医学大数据的重要价值日益凸显的今天,大规模组学计划成为世界各国的重要战略布局,如何能够更准确、更快速、更低成本地开展基因测序变得愈发迫切,驱动着技术之轮飞驰向前。高通量测序诞生和发展的历史,镌刻着科学家和产业先驱们在“更准、更全、更快、更便宜”的道路上所作出的种种努力。近日,由华大智造联合

年度创新:Ion PGM半导体测序仪

【导读】Rothberg博士的梦想是打造测序领域的“数码相机”,既实惠又易用,还能快速得到结果。他确实做到了。与其他测序平台相比,Ion PGM™ 测序仪快速、简捷,扩展性好,更关键的一点是,价格实惠。它让测序平民化,让每个实验室都触手可及。  半导体技术已经改变了它所触及的每一个行业,从计算到摄影

DNA测序——非同位素银染

实验方法原理Promega公司的SILVER SEQUENCETM DNA测序系统是一种无放射性的序列分析系统,它通过灵敏的银染方法检测凝胶中的条带。 银染提供了一种对于放射性或荧光法来说更加快速,廉价的替代方法。测序结果可以在同一天内得到;电泳完成后经90分钟就可读序,这是常规的放射性测序法做不到

“智慧”的基因测序仪,造一个有多难?

自从AlphaGo成了围棋界的No.1,“智能”的潜力被广而周知,尤其对于大量的重复性工作,写个“算法”让电脑“跑”,得出的结果说不定比人强。科学家不仅有足够大的脑洞,还有着非凡的执行力。这次是生物学者,他们借鉴了信息学科的思维,发明了基因测序的新方法。日前,一篇名为《基于信息理论来修正错误的高准确

九大测序平台对比(二)

2.454企业: Roche推出时间: 2005年主流型号: Genome Sequencer FLX Titanium(2008年推出)样品要求: 5 μg of DNA,浓度≥300 ng/μL测序原理:焦磷酸测序在测序时,使用了一种叫做“Pico TiterPlate”(PTP)的平板,它

2020年全球及中国基因测序行业市场分析和前景预测

1、中国乃至全球基因测序市场规模都在不断增加从全球的范围来看,目前测序市场规模增长最快的是亚洲市场,其中中国和印度的市场增长率均超过了20%,是全球增长最快的国家。据有关数据显示,2018年全球基因测序市场规模达到102.0亿美元,其中中国基因测序产业规模达到92.0亿元,如果按照美元比人民币1:7

常用的分子生物学基本技术

核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性,它已成为分子生物学中最常用的基本技术,被广泛应用于基因克隆的筛选,酶切图谱的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下(适宜的温室度及离子强度等)可按碱基互补原成双链。杂交的

测序技术及DNA序列测定结果分析

实验概要 在分子生物学研究中,DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于测序的技术主要有Sanger等(1977)发明的双脱氧链末端终止法和Maxam和   Gilbert(1977)发明的化学降解法。这二种方法在原理上差异很大,但都是根据核苷酸在某一固定的点开始

Nature子刊:单分子测序揭示鹦鹉模仿能力

  研究团队通过单分子测序揭示了鹦鹉基因组的特殊区域,并采用第二代测序技术对单分子测序数据进行了修正。文章发表在7月1日Nature Biotechnology杂志网站上。   如今单分子测序技术炙手可热,这一新技术能生成超长的测序读段,“能更容易拼装基因组的复杂部分,”文章的共同作者Duke

新一代测序技术之三国时代(中):Roche/454

      454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底,454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System,被《Nature》杂志以里程碑事件报道,开创了边合成边测序(sequencing-b

法医DNA检测仪器及其发展动向分析

摘    要:实践证明,法医DNA检测技术和相关仪器在犯罪嫌疑人认定、亲权鉴定和系列串并案侦破中发挥了显著作用,是我国公安一线侦察破案和打击犯罪的重要技术手段。以法医DNA检测技术为主线,对相关仪器的产生背景、发展历程、工作原理、各类技术优劣,以及国内外研究现

Genome Biology:RNA-seq需要多长的读长?

  随着新一代测序(NGS)的读长在不断增长,研究人员也开始纠结:到底多长的读长才合适?双端测序是不是优于单端测序?近日,康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章,认为对于差异表达分析而言,读长并非越长越好。不过,双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。  最初

5000bp!单分子测序读长再次升级

  PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里,随着年初C2试剂的升级,Pacbio RS的平均读长达到了3000bp,并迅速在测序的各个领域,特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日

2013新一代测序仪将走向何方

  尽管今年的摩根大通保健大会没有出现去年的新品频发的盛况,但新一代测序仪仍在不断进步。读长、准确性、通量、软件,无一不在变化,让测序更高、更快、更强。   Illumina公司在2012年第三季度推出了HiSeq 2000的升级版――HiSeq 2500。它是Illumina第一台特有两种运

分子生物学常用实验技术(page 2)

一、RNA 制备   模板mRNA 的质量直接影响到cDNA 合成的效率。由于mRNA 分子的结构特点,容易受RNA 酶的攻击反应而降解,加上RNA 酶极为稳定且广泛存在,因而在提取过程中要严格防止RNA 酶的污染,并设法抑制其活性,这是本实验成败的关键。所有的组织中均存在RNA 酶,人

细胞遗传学家的新工具和新希望

  细胞遗传学意在确定一个基因组中与众不同的结构特征。这说起来容易,做起来难。多年来,研究人员手头的工具很有限,只有吉姆萨染色、FISH和DNA芯片。新兴的DNA测序技术将细胞遗传学的分辨率提高到前所未有的水平,缩小了分子细胞遗传学和分子遗传学之间的距离。   然而,测序,想说爱你不容易。测序读长

Nat Rev Genetics | 环状RNA的合成与功能

  环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),是继microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非编码RNA家族中极具研究潜力的新成员。越来越多的研究表明,环状RNA具

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

变性梯度凝胶电泳(DGGE)

简  介  这个方法是应用最早也是最常用的突变筛查方法之一,在过去的十年中经历了很大的改进,并被诊断室所广泛使用,最近有篇关于该问题的综述(Fodde>和 Losekoot 1994 年)。原  理  如果 DNA 双链分子全长不断增加温度或用化学变性剂处理,两条链就会开始

基因测序前景:上游市场增速放缓 中下游市场潜力巨大

  基因测序服务市场增速快,预计2016年超过测序仪器市场。据Markets&Markets预测,2014-2020年上游市场中测序仪的复合增长率是15.4%。中游测序服务市场重资产、技术附加值低,将是产业链中增速最快的,据BCC Research预测2011-2016年复合增长率为29%。

DNA测序40周年:DNA测序的过去、现在和未来(上篇)

  在DNA测序过去的40年中,我们见证了诸多技术的变革和测序规模的极度增长。从几千个碱基到第一个人体基因组,乃至当前数以万计的人体和无数其它的基因组。包括作为大量分子现象的“计数器”在内,DNA测序被广泛和创造性地应用于各个领域。从长远来看,我们可以预测DNA测序技术所带来的影响将会与显微镜的使用

PCR技术(十六):PCR产物测序

PCR技术代替了为测序而反复进行的分子克隆和模板制备步骤。PCR技术与自动测 序技术相结合后,它将成为一种最快、最有效的测定核苷权序列的方法。本章主要综 述各种测模板的制备以及如何完成PCR产物的直接测序。与传统的将PCR片段克隆入质 粒或病毒基因组相比,直接序列分析有两个主要的优点:1)由于它是一

基因测序万亿蓝海:国产测序仪能替代进口吗?

   基因测序是一个革命性技术,所带来的应用领域非常宽广,是一片未开发的蓝海领域。近几年来,随着基因测序技术的进步,基因测序行业进入高速发展时期。  在基因测序产业链中,最上游基因测序仪的研发和生产是产业的命门,长期以来,基因测序仪的生产一直被国外所垄断,而从今年开始,中国制造的基因测序仪将逐步替代

融资频频 从华大智造大额融资解析国产测序市场

  短短一个月内,齐碳科技、华大智造、塞纳生物先后宣布完成融资。国产基因测序仪再一次冲上了医疗健康领域的热点话题。  多年来,测序仪行业一直处在少数几家国外巨头的垄断之下。华大智造近两年的频繁动作虽然吹响了国产测序仪反攻的号角,但是从目前的市场占有率上看,想要最终实现进口替代,可能还需要些时间。  

罗氏454测序分析软件升级

  罗氏公司近日宣布推出一款新的软件包(v2.8),能显著改善其GS FLX+系统上长读取鸟枪法测序的性能。这一测序平台能带来百万个读取,其读长超过1000 bp。此次改进将让研究人员发现更多复杂的遗传变异,并揭开隐藏在基因组、转录组和宏基因组样品中难以测序的区域下的生物学秘密。   罗氏

让众多科学家心存疑虑的第三代测序技术

  在第二代测序技术的协助下,个人基因组图谱正在如火如荼地绘制中。但第二代测序技术很快就遇上了强劲的对手——第三代测序技术,也被称为“下、下一代的测序(next-next-generation sequencing)”。第三代测序技术是基于纳米孔(nanopore)的单分子读取技术,有着更快的数据读