流形学习在单细胞组学数据分析中的运用
以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展，为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程，疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例，我们可以发现，单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大，纵向数据分布稀疏的特点。因此，针对单细胞数据，从分析的角度提出了巨大的挑战。在这个过程中，流形学习的发展，为单细胞数据的降维和可视化提供一种解决方案。以下，我们通过Q&A形式来分享流形学习在单细胞数据分析中的运用。1.什么是流形学习？流形学习是机器学习的一种，2000年以后被认为属于非线性降维的一个分支。流形学习的本质是用低维度数据分布去解释高维度数据，也可以把它理解成寻找一个高维数据空间到低维数据空间的映射。非线性降维技术（广义上“非线性降维技术”≈“流形学习”，狭义上后者是前者子集）。流形学习在单细胞数据中的作用就是为了解决使高维的数据进行合理降维的过程。2.流形学习的分类有哪些？流形学习......阅读全文
当代谢组学技术遇到单细胞测序技术
代谢组的状态是对遗传因素、外部环境和治疗干预等信息的综合反映，因此是一个跟踪和了解上述因素对表型影响的理想研究目标。代谢组可做多种样品类型、结果富含各种信息、可作为连接其他组学数据与表型之间的桥梁。过去20年，组学研究飞速发展，处于中心法则末端的代谢组学虽然起步较晚但是发展很快。很多组学研究目前已进
单细胞表观组学：单细胞ChIPseq解码细胞命运决定机制
在国家重点研发计划“干细胞及转化”重点专项（批准号：2017YFA0103402）等资助下，北京大学分子医学研究所、北大-清华生命科学联合中心何爱彬课题组近期突破单细胞表观遗传研究的瓶颈，开发了两种具有普适性、操作简单、风格迥异的单细胞ChIP-seq技术，可适应于不同课题研究需要，解析发育与疾
Nature发布单细胞基因组学新技术
胚胎是如何形成我们肺脏、肌肉、神经和其他组织中的细胞的?一种新的方法可以解码使得胚胎万能细胞能够增殖并转变为机体许多特化细胞类型的遗传指令。 一开始是一团相同的细胞，随着增殖不断地改变形状和功能，最终变为我们肺脏、肌肉、神经和机体所有其他特化组织中的细胞。胚胎拥有这种创造奇迹的能力。
单细胞脂质组学技术的机制及意义
5月17日，清华大学精密仪器系质谱研究团队发文报道基于质谱的单细胞脂质组精细结构表征技术，实现了哺乳动物单细胞内脂质的大规模精细结构分析，解决了单细胞质谱领域长期面临的关键技术挑战。基于单细胞内多种类型脂质异构体的鉴定与相对定量，该团队实现了野生型非小细胞肺癌（HCC827）细胞群体中耐药细胞的
布鲁克发布全新空间单细胞代谢组学研究策略
摘要 * 创新的无偏原位空间单细胞代谢组学（SSCM）能够以单细胞分辨率实现高通量代谢组织样本表征； * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技术可在大视场内提供几乎无伪影的小分子图像； * 创新的 4D-代谢组学可通过 CCS-Predict
单细胞和空间组学技术在肝脏领域应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
我国在单细胞蛋白质组学研究获突破
浙江大学化学系微分析系统研究所方群教授团队，联合北京大学医学部精准医疗多组学研究中心主任黄超兰教授团队，在单细胞蛋白质组学分析研究领域取得突破性进展。研究论文近日在线发表在美国《分析化学》杂志上。 黄超兰介绍，近年来，基于细胞群体内的蛋白质组学研究，已越来越难以满足对生命功能深入探究的需要。从
单细胞和空间组学技术在肝脏领域的应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
肝脏生物学中单细胞和空间组学技术的成果与挑战
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
单细胞基因组学：通往个体化医疗之门
随着第二代测序技术的普及，单细胞测序迎来了迅猛发展。 近日，南方科技大学生物学系副教授贺建奎在美国冷泉港参加了单细胞分析会议后，在科学网博客里写道：“这是一个非常令人激动的前沿学术会议，我深深地体会到了单细胞基因组学时代的来临。” 他对《中国科学报》表示：“单细胞基因测序技术的突破，只是开了
IsoPlexis单细胞蛋白质组学检测服务即将启动啦！
重磅消息来袭 你想要的单细胞 蛋白质组学检测服务即将启动啦！ 单细胞蛋白质检测技术 传统的细胞分析通常包含数千个或更多的细胞，提供了一个总体平均值，掩盖了重要的细胞异质性，尤其是一些发挥重要作用的稀有细胞群体的意义，比如免疫细胞、肿瘤细胞、干细胞等均展现出广泛的异质性。 当前，随着单细
Nature论述：单细胞基因组学揭开“免疫新世界”
人类对生命的好奇，从来没有减退。一个多世纪以来，科学家们一直试图解析构成我们机体的成千上万亿个细胞，从一米长的神经元到8微米宽的红细胞。他们希望从中找到解析重要生理、病理过程，挖掘重要的细胞类型和信号通路。 但是，过去几十年，包括荧光抗体标记技术、DNA和RNA测序技术等在内的研究工具却不能解
流形学习在单细胞组学数据分析中的运用
以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展，为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程，疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例，我们可以发现，单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大，纵向数据分布稀疏的特点。因此，针对单细胞数据，从分析的角度提出了巨大
流形学习在单细胞组学数据分析中的运用
以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展，为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程，疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例，我们可以发现，单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大，纵向数据分布稀疏的特点。因此，针对单细胞数据，从分析的角度提出了巨大
Nature子刊发表单细胞基因组学重要进展
最近，一种用于RNA序列分析的新方法，可让研究人员确定新的细胞亚型，从看似全然混乱的状态创造出秩序。这项新技术发表在最新一期的Nature旗下子刊《Nature Biotechnology》，是由欧洲生物信息研究所欧洲分子生物学实验室（EMBL-EBI）的科学家开发，标志着我们向单细胞基因组迈进
第二届单细胞技术及组学应用发展大会
专场早知道！单细胞分析迈入多组学时代，掀起单细胞多组学研究新革命！ 大量的多组学分析，如基因组、转录组和蛋白质基因组学分析，已被证明有利于加强对细胞事件的全面了解。这一优势促进了单细胞多组学分析的发展。近年来出现了一些前沿的单细胞多组学技术，并掀起了一场新的研究革命！ 今天，
第二届单细胞技术及组学应用发展大会
议程揭晓，亮点荟萃 | 第二届单细胞技术及组学应用发展大会聚势来袭！（文末领取限量免费入场券）2023年5月 19-20日，第二届单细胞技术及组学应用发展大会将在上海虹桥绿地铂瑞酒店盛大召开，大会以“聚焦技术前沿，加速科研转化”为主题，邀请众多单细胞及组学领域的科学家、代表性企业展示单细胞及多组学技
单细胞蛋白质组学：让细胞个体研究更加精细
细胞是生命活动的基本单元。对细胞的精确认知是理解细胞在生理和病理过程中功能的先决条件。 在组织、器官或个体中，细胞具有非常大的异质性，而传统的研究手段针对大量细胞进行分析，得到的是大量细胞的平均结果，无法区分不同细胞个体对于大量样品结果的具体贡献值，从而忽视或掩盖了单细胞的个体差异，不
流形学习在单细胞组学数据分析中的运用
以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展，为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程，疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例，我们可以发现，单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大，纵向数据分布稀疏的特点。因此，针对单细胞数据，从分析的角度提出了巨大
北京基因组所开发新型高通量单细胞多组学新技术
单细胞测序已成为生物医学领域的关键共性技术。然而，由于缺乏高效的手段降低“假单细胞率”，主流微流控平台的单通道细胞通量通常在1万细胞以下，空载率达到90%以上，且成本高昂，限制了对数百万个细胞或上千例样本的人群队列进行大规模研究。 近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）蒋岚研究组
布鲁克明星质谱参展BCEIA－推动“真”单细胞蛋白组学
分析测试百科网讯 2021年9月27日-29日，第十九届北京分析测试学术报告会暨展览会（BCEIA 2021）在北京•中国国际展览中心开幕。布鲁克质谱中国区大客户经理李晨博士接受了分析测试百科网的采访，为我们带来了展会产品的精彩解读。分析测试百科网作为展会支持媒体，全程跟踪报道。布鲁克质谱中国区
基于液质联用的单细胞蛋白质组学研究进展
摘要 蛋白质是细胞功能的主要执行者，由于其无法在体外进行扩增，单细胞蛋白质组学技术相较单细胞基因组学和转录组学技术而言发展相对滞后。传统的蛋白质组学技术可获得大量细胞蛋白表达的平均值，但忽略了细胞亚型及细胞异质性等信息。单细胞水平的蛋白质分析有助于阐明细胞不同表型与异质性的分子基础。随着质谱仪
PerkinElmer以0.28美元/股现金收购单细胞基因组学公司RHS
分析测试百科网讯 近日，据外媒报道，PerkinElmer同意支付约1980万美元现金(每股0.28美元)收购澳大利亚细胞基因组学公司RHS Ltd，这项决议得到了RHS公司全体董事会的支持。 RHS董事长David Brookes说：“PKI提案受到了董事会的欢迎，作为奖励股东忠诚度并在重要
布鲁克与景杰生物联合－推动前沿单细胞蛋白质组学研究
分析测试百科网讯 2021年10月14日，在第十一届中国蛋白质组学大会召开期间，为推动单细胞蛋白质组学的发展，拓展单细胞研究的视野，布鲁克和景杰生物联合举办了“单细胞蛋白质组学专题卫星会”，并在线上进行了直播。卫星会现场布鲁克.道尔顿中国区经理何磊先生布鲁克.道尔顿中国区经理何磊先生首先致欢迎辞，他
华大基因再出手－单细胞转录组学测序技术的系统分析
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-seq)是在单细胞水平对转录组（mRNA）进行测序的一项新技术，可发现细胞群体中真正起作用的细胞，特别适合对高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体进行研究，认识细胞分子机制和基因调控网络。单细胞RNA-seq技术需要在测序前制备文库
布鲁克与Evosep联合宣布“真”单细胞蛋白组学重大突破
德国马克斯•普朗克生物化学研究所Matthias Mann团队近日发表的最新文章显示其团队在单细胞蛋白质组学领域取得重大突破，实现了在真实的单细胞水平的定量蛋白质组学分析，单细胞蛋白质组学可帮助解决细胞生物学和单细胞病理生物学中的重要问题。蛋白组学和RNA在单细胞水平测定显示出很大差异，这意味着
布鲁克推出两款timsTOF新品，助力“真”单细胞蛋白组学
* 独特的 timsTOF SCP 技术，通过无偏、深度单细胞 4D-蛋白质组学与scRNA测序提供补充，彻底改变了定量单细胞生物学研究；Mann等人的论文中，突破性地成功鉴定并定量了单细胞中1,400多种蛋白质。* 新一代 timsTOF Pro 2 技术在无偏4D-蛋白质组学分析方面，具有前