梳理保存微生物组样品同时不改变其多样性的方法
在过去十年左右，研究人员已花费几十亿美元对栖息于不同地点（如人体、土壤和海洋）中的微生物进行分门别类。对这些不同的微生物组，我们所知的大多数信息都是通过日益复杂的下一代测序技术获得的。比如，科学家们通常对编码16S rRNA---细菌核糖体小亚基中的一种组分---的基因进行高通量测序来测量样品中的微生物多样性。当研究人员想要对样品内所有有机体中的所有基因都进行测序时，那么鸟枪法宏基因组（shotgun metagenomics）是一种用于微生物组研究的配套技术。这些DNA测序技术非常灵敏，能够区分污染或者危害的样品处理导致的细微变化。 因为样品处理和储存上存在的差异能够影响一项研究的结果，所以维持现场收集到的样品的完整性是微生物组研究所面临的一项重大挑战。位于美国明尼苏达州罗切斯特市的梅约诊断博士后研究员、微生物学生态学家Vanessa Hale说，金标准方法就是立即抽取新鲜样品中DNA或RNA。当立即处理不可行时，最好的......阅读全文
微生物所发表中国微生物组数据平台
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。 人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等
国际人类微生物组联盟启动
经过近3年的酝酿和筹备，以解析人类共生微生物与健康关系为目标的国际人类微生物组联盟(IHMC)近日在德国海德堡宣布成立。来自美国国立卫生研究院(NIH)、欧盟委员会，以及中国、日本等9个国家的科学家出席成立大会并交流了各自的计划和进展。 基因与环境相互作用决定人体健康，目前大量的研究都集中在分析人
Nature：揭秘地球微生物组计划
地球微生物组计划（Earth Microbiome Project）的目标是尽可能多地对地球微生物群落进行取样，以便促进人们对微生物及其与包括植物、动物和人类在内的环境之间的关系的理解。这一任务需要来自世界各地的科学家的帮助。到目前为止，这一计划已覆盖了从北极到南极的七大洲和43个国家，而且有超
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起
Nature聚焦微生物组的家
人体内充满了微小的微生物，这些成百上千的细菌物种被统称为微生物组(microbiome)，人们认为它们有助于人体的健康与生存。胃肠道，尤其是结肠是最高密度和最高多样性细菌物种的家园。然而由于食物和流体的通过，这一系统不断发生变化，这些生物体是如何能够存留于其中并旺盛生长的呢? 由加州理工大
后微生物组时代－首次发现人体特有的病毒组
我们人体中的病毒会影响微生物群体的结构和行为，但是关于身体许多区域的噬菌体，也就是感染细菌的病毒，科学家们所知甚少。近期一组研究人员发现，在膀胱中整合进细菌基因组的是噬菌体要比细菌本身多得多，这项出乎人意料的研究发现公布在1月29日的the Journal of Bacteriology杂志上。
肠道细胞利用microRNAs控制微生物组
生物学前沿之一就是谈论操纵我们的肠道微生物组（microbiome）。这听起来像一个大胆的想法，但它看起来像是我们可能一直就在修改我们的微生物组，甚至都没有意识到这一点。一篇新的来自美国哈佛大学医学院的Howard Weiner、Shirong Liu及其研究团队的论文提示
人类微生物组影响健康机制揭秘
英国《自然》杂志8月31日发表的一篇生物学论文称，美国科学家发现，肠道菌群会产生名为N-酰基酰胺的小型有机复合物，它们与受体相互作用，参与人体生理的包括免疫等各方面活动，而这正是人类微生物组影响生理健康的背后机制。 科学家已经意识到，人类基因组并不能完全解释人类疾病与健康的关键问题，因为
用于微生物组研究的人造肠道
微生物存在于人体、植物、土壤、海洋等各种环境中，这些微生物群落的集合被称为微生物组。近年来，微生物组研究成为一个热门，去年10月份，Science和Nature两大期刊同时发文，倡议开展浩大的微生物组研究，以理解和利用微生物组——栖息在多种多样生态系统（如人类肠道和海洋）的微生物群落，来改善人类
美推出国家微生物组计划
美国政府日前发起一项新的努力，研究在人体和整个生态系统中茁壮成长的数量巨大且大部分不可见的微生物组，旨在推进对微生物世界的认知，从而在卫生保健、食品生产和环境恢复等领域有所应用。 白宫发表的一份声明指出，多年来，美国政府一直在微生物组领域投资，且近年来力度不断增加。2014财年的联邦投资是20
肠道微生物组进展一览
本期为大家带来的是肠道微生物相关领域的研究进展，希望读者朋友们能够喜欢。 1. Nutrition Reviews：饮食对肠道菌群的影响 DOI: 10.1093/nutrit/nuz106 根据乔治华盛顿大学（GW）和美国国家标准研究院（National Institute of Sta
中国微生物组研究期待新突破
在这个广袤的世界上，存在无数各种各样的微生物，但我们对微生物了解很少，甚至不知道在我们周围有什么样的微生物。世界上所有的哺乳动物和鸟类，几乎已经全部被认知，而我们认知的微生物还不到1%。要知道，我们每个人体内都有大量微生物，一个100斤重的人，体内大约有1.5斤的微生物，它们在我们体内发挥着什么作用
微生物组研究：关乎人类的未来
当人类第一次认识到微生物的存在时，并不知道这种个头微小的生命体是地球生态系统的基石、关系人类健康的重要因素——它不仅将极大地帮助人类克服当今所面临的生存挑战，还能提供人类未来生存之道。如今，人类基因组的神秘面纱已渐渐揭开，微生物组又成为各国生命科学竞争的焦点，纷纷启动微生物组研究计划。科学家们呼吁，
Nat－Commun：微生物组的可靠“时钟”
尽管人类微生物组在过去几年中受到了人们的广泛关注，但一直以来难以观察其在各种刺激下随时间变化的情况。最常见的分析方法是从粪便样本中提取细菌，然后对它们的基因组进行测序，但是这种方法会丢失肠道中细菌的位置和时间等关键信息。 如今，来自哈佛大学的研究人员创建的一种新工具提供了解决此问题的方法，他们
中国微生物组计划：机遇与挑战
微生物组是指一个特定环境或者生态系统中全部微生物及其遗传信息，包括其细胞群体和数量、全部遗传物质（基因组），它界定了涵盖微生物群及其全部遗传与生理功能，其内涵包括了微生物与其环境和宿主的相互作用。微生物组学是一个崭新的学科，微生物组研究取得的成果，必将为国家经济社会发展、人类生活质量改善提供源源
Nature：皮肤微生物组与免疫应答
皮肤是机体和环境接触的主要界面，也是无数微生物的家园，这些微生物组成的复杂生态系统被称为皮肤微生物组。 美国国立过敏与传染病研究所（NIAID）领衔的研究团队，在一月五日的Nature杂志上发表文章指出，皮肤微生物组能够显著影响机体的免疫力。 皮肤上共生的微生物群体有着很高的多样性，这个群体
微生物组研究：关乎人类的未来
当人类第一次认识到微生物的存在时，并不知道这种个头微小的生命体是地球生态系统的基石、关系人类健康的重要因素——它不仅将极大地帮助人类克服当今所面临的生存挑战，还能提供人类未来生存之道。如今，人类基因组的神秘面纱已渐渐揭开，微生物组又成为各国生命科学竞争的焦点，纷纷启动微生物组研究计划。科学家们呼吁，
抗生素干扰婴儿肠道微生物组
在我们的肠道里，生活着许多微生物群落，它们在调控机体代谢和免疫防御功能上起着关键作用。这些微生物群落的集合被称为肠道微生物组。美国《科学转化医学》杂志6月15日发表的研究结果显示，使用抗生素会降低婴儿肠道微生物组的多样性和稳定性。 在世界大部分地区，对患病婴幼儿用抗生素治疗已成常规做法，美国孩
微生物组影响免疫反应复杂化
这项研究今天发表在Journal of Clinical Investigation该研究还表明，这种抗微生物免疫反应可以由免疫细胞对之前与细菌接触的记忆触发，这进一步复杂化了身体接受救命新器官的能力。“以前，我们认为人类器官移植比受保护的实验室动物更不容易被接受的原因是，人类可以在器官细胞上产生交
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
The－Scientist：肺部微生物组决定你的健康
近年来，肺部微生物组对呼吸道健康的重要性逐渐受到了科学家们的重视。The Scientist杂志特别撰文介绍了这一领域的最新进展。 如果将人类的消化系统看作是从口腔延伸至胃和肠道的一条河流，那么肺就是河流旁的湖泊，常常被湍急的水流波及，密歇根大学的Gary Huffnagle说。Huffnag
质疑：肥胖真的与微生物组有关么？
我们体内生活着不计其数的微生物，它们组成的生态系统就是微生物组。近几年人们发现微生物组对人体健康有着重要的影响，微生物组研究因此受到了极大的重视，甚至被称为是人体的“第二基因组”。 研究者们普遍认为微生物组参与了许多重要的生理活动，比如消化食物、合成营养物质和抵御疾病。包括肥胖在内的许多人类疾
Gastroenterology：微生物组与肠癌发生的关系
最近，根据来自George Washington大学研究者们在《Gastroenterology》杂志上发表的一项新研究，患有结肠癌的患者体内的一种蛋白突变体阻断了调节细胞增殖和扩张的信号通路，从而增加了促进结肠癌发展的肠道微生物种群，这最终导致肠癌恶化的后果。这些发现表明了微生物组中细菌与结肠
果树微生物组研究获新进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500474.shtm
肠道微生物组与儿童行为问题有关
一项新的研究表明，有行为问题的孩子的肠道微生物组可能有不同的成分，父母在差异的明显程度方面起着重要作用，值得重视。 肠道微生物很重要 肠道微生物组中至少有400种细菌，数万亿种微生物生活在消化道中，这意味着肠道中细菌的数量比体内所有细胞都要多。肠道中的微生物执行重要功能，包括合成维生素、抵御
北京生科院提出微生物组解析新技术
1月23日，国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community
免疫球蛋白－影响肠道微生物组
IgA（免疫球蛋白A）是最丰富的黏膜抗体，动物模型实验表明它可以强化肠道屏障，防止危险细菌破坏宿主。然而，缺乏特异性IgA的人通常只有轻微的症状。法国巴黎免疫与疾病研究中心珍妮·法德拉等科学家，比较了健康个体与缺乏IgA个体的粪便微生物组，发现在缺乏IgA的不同患者中，不同属的细菌占不同的主导地
Nature惊人发现：谁可媲美微生物组
Nature惊人发现：谁可媲美微生物组 来自纽约大学Langone医学中心的微生物学家说，他们获得了第一个强有力的证据证实，天然存在于肠道中的病毒（他们将其称作为“病毒组”（virome））像居住在肠道中、构成“微生物组”（microbiome）的细菌一样发挥了维持健康以及对抗
生殖健康方向微生物组研究进展
近年来，微生物组学的研究提升了关于身体各部位共生微生物的认识。中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆团队发现微生物组学或进一步拓展对女性生理和生殖健康方面的认识，并有助于提升治疗水平。 作为人体最主要的菌库之一，阴道菌群及其对女性生理和生殖健康的作用显而易见。作为“生命摇篮”的宫腔像一个黑箱