后微生物组时代首次发现人体特有的病毒组
我们人体中的病毒会影响微生物群体的结构和行为，但是关于身体许多区域的噬菌体，也就是感染细菌的病毒，科学家们所知甚少。近期一组研究人员发现，在膀胱中整合进细菌基因组的是噬菌体要比细菌本身多得多，这项出乎人意料的研究发现公布在1月29日的the Journal of Bacteriology杂志上。 “因为病毒组的研究很困难，因此我们对我们体内的病毒，以及它们与健康，疾病的关联知之甚少。为了填补这方面的知识空白，做这些研究是非常重要的，”英国曼彻斯特大学的医学微生物学家Chloe James（未参与该项研究）认为。 研究的开始 这项研究开始于芝加哥洛约拉大学（Loyola University）的生物信息学家Catherine Putonti，她为了帮助她的同事分析来自181位女性患者膀胱中收集到的序列数据，这些患者存在或不存在泌尿系统问题。她从中发现了了许多病毒，由此她觉得对这些病毒序列展开深入的探讨。 Putonti......阅读全文
病毒和噬菌体载体的基本介绍
病毒主要有DNA(或RNA)和外壳蛋白组成,经包装后成为病毒颗粒。通过感染,病毒颗粒进入宿主细胞,利用宿主细胞的合成系统进行DNA(或RNA)复制和壳蛋白的合成,实现病毒颗粒的增殖。把感染细菌的病毒专门称为噬菌体,由此构建的克隆载体则称为噬菌体克隆载体。 噬菌体作为载体,可插入长10～20kb
重要病毒测序完成：基因交换病毒很棘手
生物通报道：研究人员已经对来自大猩猩和黑猩猩的埃博拉病毒进行了首次测序，并且发现这种病毒比之前想象的更加易变。令人意外的是，他们还发现这种病毒的不同病毒株能够交换基因——这意味着开发一种成功疫苗将变得更难。 埃博拉病毒（Ebola virus）能导致发烧和出血，并且90％的感染者会死亡。自1976
新测序技术揭开病毒突变“王国”
最近，新加坡A*STAR的研究人员，设计出一种测序技术，可在患者体内病毒（如乙型肝炎病毒）迅速变异时，跟踪所产生的特异病毒变体。这一突破对“进化中的病毒种群的结构”提供了前所未有的视图，并能有助于开发新药，防止病毒株对药物和免疫反应发展出抵抗力。相关研究结果发表在最近的《Genome Biolo
Science：人巨细胞病毒病毒基因组测序
人巨细胞病毒是一种很常见的疱疹病毒，感染约50-100%的成人，但通常没有不良影响，并且它可以保持潜伏多年。人巨细胞病毒感染是比较常见的，发展中国家感染人数比发达国家人数多。 该病毒可导致出新生儿生缺陷和免疫系统受损，可能会导致致命疾病。该病毒也与癌症发展有关联。这项新的研究分析了病毒的蛋
RNA测序深入了解疱疹病毒
近日，发表在《Nature Communications》上的一项研究中，研究人员利用单细胞RNA测序深入了解了疱疹病毒，为预防疱疹感染带来了新的见解。 如果你的嘴唇开始刺痛发痒，通常意味着你将患上唇疱疹，这是一种小而令人疼痛的水泡，里面充满了具有高度传染性的单纯疱疹病毒（HSV）。 单纯疱疹
新型噬菌体递送系统，选择性攻击有害细菌/病毒
噬菌体疗法是一种很有前途的抗生素替代疗法，因为它只会攻击特定病原体，不会损害人体正常细菌，更不会为多药耐药性提供滋生土壤。但是，治疗性噬菌体难以纯化，更难的是如何被输送至感染部位，特别是肺部病灶。 乔治亚理工学院领导的研究小组展示了一种新型递送技术，这是一种含有噬菌体的干燥、多孔微粒，在动物实
用高通量免疫测序诊断病毒感染
药明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 宣布在《自然》子刊《Nature Genetics》上发表创新型研究论文，结果证明可提供一种潜在的新颖方法诊断慢性病毒感染。▲药明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 在《Nature Genetics》上
输入性MERS病例病毒基因测序完成
6月5日，中国疾病预防控制中心在网站上发布信息称，该中心病毒病所与广东省及惠州市疾控中心合作，已完成我国首例输入性中东呼吸综合征（MERS）病例的病毒全基因组序列测定。结果表明，目前病毒传染性并未增强。 据悉，5月29日1时40分，中国疾控中心病毒病所收到广东省疾控中心送检的病例咽拭子标本，
基因测序是怎么判断病毒或者细菌来源
目前以新冠病毒来解释，首先病毒的体外活性，其实他与病毒的种类和体外环境因素有关。病毒的起源似乎并不一定与其体外失活有关。由于病毒不能形成化石，其复制机制复杂，因此研究病毒的起源非常困难。事实上，它们可以感染几乎所有的生物，这使得问题更加复杂。一些病毒如疱疹病毒和单核细胞增多症病毒与其宿主细胞的基因有
用－T7－噬菌体－DNA－聚合酶进行双脱氧测序反应
试剂、试剂盒 去离子蒸馏水 二硫苏糖醇 dNTP 和 ddNTP 标记混合液和 ddNTP 延伸 终止混合液 甲酰胺上样缓冲液 测序酶稀释缓冲
制备DNA测序模板实验——小量裂解物中制备λ噬菌体DNA
实验材料重组λ噬菌体试剂、试剂盒DNA酶ⅠRNA酶ⅠPEGSMSDSEDTA异丙醇乙酸钠TE仪器、耗材巴斯德吸管试管离心机实验步骤1. 在新鲜配制的λ顶层琼脂糖和λ琼脂糖平板上，通过在平板上裂解适于λ噬菌体生长的大肠杆菌菌株，制备重组λ噬菌体毒种原液。2. 取700 μl 毒种液加入无菌的1.5
制备DNA测序模板实验——制备单链M13噬菌体DNA
本实验包含了用于制备适用于双脱氧测序的模板及适用于末端标记和化学测序的DNA的实验方案。所有用于双脱氧测序的双链模板在与引物退火前必须变性，在一般应用上，碱变性在测序中的效果比热变性好。实验材料大肠杆菌试剂、试剂盒LBTEM13聚乙二醇容易让顶层琼脂乙酸钠乙醇仪器、耗材巴斯德吸管试管离心机实验步骤1
Nat－Commun：惊奇！居然有病毒携带黑寡妇蜘蛛毒素基因
一种微小的病毒可能像黑寡妇蜘蛛一样蜇人。这是美国范德堡大学病毒学家Sarah Bordenstein和Seth Bordenstein对一种攻击沃尔巴克氏体（Wolbachia）---该寄生菌不仅成功地感染黑寡妇蜘蛛而且也成功地感染一半以上的节肢动物物种（包括昆虫、蜘蛛和甲壳纲动物）---的病毒
PLOS－ONE报道一种新噬菌体——巨型长尾病毒
目前，一个国际研究小组，在南部非洲纳米比亚平原的一具斑马尸体中，发现了一种新的巨型长尾病毒(或噬菌体)，这种病毒能够感染引起炭疽病的细菌。这种新的噬菌体，最终可能会为检测、治疗或净化炭疽杆菌(anthrax bacillus)及其引起食物中毒的近缘菌种，开辟新的途径。这项研究成果发
用－T7－噬菌体－DNA－聚合酶进行双脱氧测序反应实验
试剂、试剂盒 去离子蒸馏水二硫苏糖醇dNTP 和 ddNTP标记混合液和 ddNTP 延伸 终止混合液甲酰胺上样缓冲液测序酶稀释缓冲液测序酶反应缓冲液含MgCl2测序酶酵母无机焦磷酸酶寡核苷酸引物模板 DNA放射性化合物仪器、耗材 离心机和转头微量离心管或微量滴定板实验步骤 材料缓充液和溶液去离子蒸
用－T7－噬菌体－DNA－聚合酶进行双脱氧测序反应实验
本方案参照了 Tabor 和 Richardson(1987a,1989b,1990) 的方法，采用单链 DNA 模板进行 DNA 测序（有关单链 M13 噬菌体和质粒 DNA 制备，请参见第 3 章的方案 4、8 和第 12 章的方案 1)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕
－英公开埃博拉病毒基因测序数据
一个英国科研团队成功完成了对埃博拉病毒的基因测序，并已将数据在网上公开发布，免费提供给全球科研人员使用。这有助于各国研发更高效的治疗药物和疫苗。 剑桥大学３日发布公告称，２０１４年埃博拉疫情在西非暴发后，来自该校及英国多个科研机构的研究人员开始在塞拉利昂采集病毒样本，并利用美国一家公司开发的新
新型丙肝病毒二代测序试剂上市
新一代丙型肝炎病毒二代测序试剂日前批准上市，这是全球首个通过欧盟批准上市的高风险血液疾病NGS（二代测序）试剂，由绿叶集团旗下的基因测序公司Vela Diagnostics研发。 中国科技网讯（记者项铮）新一代丙型肝炎病毒二代测序试剂日前批准上市，这是全球首个通过欧盟批准上市的高风险
基因测序为你揭开埃博拉病毒的秘密
2014年6月，西非埃博拉病毒爆发初期，一组研究人员以空前的规模和速度迅速破译了这一致命病毒的基因组。他们的发现揭开了病毒扩散过程中大量的关键性问题，包括病毒只通过人与人相互接触的方式传播并通过大量传播产生新变异。 虽然目前公共卫生官员们相信病毒最危险的阶段已经过去，事实上一切还尚未结束，先前
干货丨新冠病毒Nanopore测序标准操作流程
2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程-PCR扩增测序版简介 新近在武汉出现的新型冠状病毒引发的肺炎疫情引起了社会各界的极大关注。对新型冠状病毒进行测序不仅能够为病原鉴定、病毒溯源与变异、传播力和传播机理等研究提供切实可靠的基因组信息，还能够为识别病毒传播方式和确定暴发范围提供重要的
λ噬菌体的局限性λ噬菌体
实验方法原理 本实验以含原λ噬菌体和缺陷噬菌体λdg的双重溶原菌gal+作为供体,经紫外线诱导后,获取能转导半乳糖发酵基因的高频转导噬菌体裂解液,然后让这些转导噬菌体将gal+基因转移到受体菌gal-中去。实验材料 供体菌 : Escherichia coli K12 F2 gal + (带有原噬菌
有史以来最大噬菌体被发现了
病毒感染细菌，就像流感病毒感染人类一样。 据加州大学伯克利分校的科学家们领导的一项最新研究显示，在人体肠道中发现了一些所谓的最大噬菌体，它们周期性地破坏细菌，就像季节性流感爆发使人体处于低谷一样。 这些“巨噬菌体”的基因组比普通噬菌体大10倍，比人类先前发现的任何噬菌体大两倍，它们只存在于食
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
顶尖实验室Science发表重要技术突破
霍华德·休斯医学研究所（HHMI）的科学家们开发了一种突破性技术（VirScan），可以通过一滴血揭示你的病毒感染史。这一成果发表在六月五日的Science杂志上，文章的通讯作者是著名科学家Stephen Elledge。 目前的诊断方法只能一次检测一种特定病毒，而VirScan只需要一滴血就
一滴血告诉你你的病毒感染史
霍华德休斯医学研究所（HHMI）的研究人员开发了一项新的技术，使人们有可能通过一滴血来检测目前和曾经任何已知人类病毒的感染情况。这个方法称为VirScan，是一种能有效的测试病毒感染的替代诊断方法。相关文章发表在最新一期的Science杂志上。VirScan工作原理是筛查血液中存在的针对任何206种
微生物测序会忽视一些重要信息
基因组测序应该能够揭示一个有机体的整个遗传组成。对于传染病专家来说，可以用这种技术来分析一种致病菌，以确定它能造成多大危害，以及它是否具有抗生素耐药性。但是，美国洛克菲勒大学的一项最新研究表明，目前的测序技术会忽视掉一些重要的信息：浮动在细菌染色体（细胞遗传物质的核心）外的DNA分离碎片。相关研
测序技术在新型冠状病毒防治中的作用
当地时间1月30日晚，世界卫生组织（WHO）宣布，将新型冠状病毒疫情列为国际关注的突发公共卫生事件。世卫总干事谭德塞说，WHO 相信中国的疫情一定能得到遏制，由于病毒的传播仍有很多未知数，世卫组织担忧中国之外的疫情会有恶化，这无关感染数量，关系人的健康和生命。新型冠状病毒感染人数全球范围不断攀升，疫
新冠病毒变化多端，基因测序怎么跟节奏
在受到大规模全球紧急情况的挑战时，如何科学有效应对是全球面临的共同现实。新冠肺炎大流行为科学开启了巨大的机遇，并让科学在这之中充分发挥了作用。其中，以闪电般的速度开发疫苗就是核心技术能力的体现，基因组测序亦然。 1月11日，世界卫生组织举行新冠肺炎例行发布会，总干事谭德塞表示，病毒传播得越广
深度测序揭示埃博拉病毒何以产生多样性
最近，研究人员发现，RNA编辑会导致埃博拉病毒的mRNA多样性，但是这对病毒来说意味着什么呢？了解更多…… 来自西奈山伊坎医学院、加尔维斯顿国家实验室和J. Craig Venter研究所的研究人员发现，线状病毒——包括埃博拉病毒和马尔堡病毒，在感染期间，会产生比以前预计的范围更广的基因产物。