《Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer”发表在著名学术期刊《Cell》(IF 31.4)上。接下来，就一起来看下研究人员是如何利用高通量测序技术RNA-seq和大规模shRNA文库技术揭示circRNA在局限性前列腺癌中表达特征和生物功能的。 文章导读： 前列腺癌是人类特有的疾病，在欧美是男性最常见的恶性肿瘤之一，在美国前列腺癌发病率占第1位，死亡率仅次于肺癌。加拿大多伦多大学的研究者首先选取了144例有详细临床信息的前列腺癌样本，进行全转录组测序（RNA-seq），共识别鉴定......阅读全文
Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制！
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Ci
《Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Ci
全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（二）
3. 环状RNA的差异表达与前列腺癌的进展有关研究者对144个前列腺癌进行了聚类分析，与线性RNA相比，环状RNA最强模式与它们在每个样本中的总体丰度相一致。另外，极端circRNA分布的患者的预后明显较circRNA分布稳定的患者差，同时极端circRNA index组也与更高的转移发生率
全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（一）
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Circ
全转录组测序的“一箭三雕”：circRNA，lncRNA，mRNA
1. 文章主题：环状RNA通过靶向miRNA调控的信号传导促进结直肠癌的转移发表期刊：Journal of pathology影响因子：5.942发表时间：201906实验方法：全转录组测序实验样本：结直肠癌组织肝转移是结直肠癌（CRC）患者的主要死亡原因。作者使用全转录组测序在CRC肝转移的小鼠模
转录组测序和全转录组测序的区别
全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术，可以全面获取样本中转录产物信息，结合竞争性内源RNA ( ceRNA)机制， 进行联合分析，深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有
全转录组测序文章
研究背景 长链非编码RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长，所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象，从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外，由于其不具备蛋白编码能力，因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级
又传喜讯云序客户一次测序两项成果影响因子合计10分！
感恩有你，一路同行，新年快乐！ 感恩有你，一路同行！2019年伊始，云序生物携全体员工对一直以来关心和支持公司发展的广大新老客户致以最诚挚的问候！一元复始，万象更新！转眼间我们迎来了2019年，站在新时代新的历史起点，回望刚刚过去的2018年，不断创新收获硕果丰盈；展望2019，任重道远却
Nature子刊发布重磅测序技术：基因组和转录组平行测序
四月二十七日的Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。该技术能够实现大规模的DNA和RNA平行测序，同时展现单个细胞的基因组序列和基因活性。 研究人员用G&T-seq对220个小鼠
Cell新突破：CRISPR技术助力转录调控研究
CRISPRs 技术成为了最近的新宠儿，这种基因组编辑技术更易于操作，也具有更强的扩展性，近期来自加州大学旧金山分校，伯克利分校等处的研究人员发表了题为 “CRISPR-Mediated Modular RNA-Guided Regulation of Transcription in
新研究揭示动物断腿再生的转录调控机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518620.shtm
新研究揭示动物断腿再生的转录调控机制
近日，华南师范大学生命科学学院教授李胜和研究员任充华合作，以美洲大蠊为研究对象对其肢体再生的转录调控机制进行解析，找到了两条（BMP/JAK-STAT-zfh-2-B-H2和Notch-drm/bowl-bab1）在再生过程中分别控制着前期基芽细胞增殖和中后期形态建成的转录级联通路。相关成果以长文（
circRNA_104075在促进肝癌发生和进展的机制研究
在全球范围内原发性肝癌是造成癌症相关死亡的三大原因之一。肝细胞癌(HCC)是最常见的原发性肝脏癌症。由于缺乏高特异性和敏感性的早期诊断生物标志物，HCC患者往往得不到及时有效的治疗。相比于长链非编码RNA和miRNA，circRNA作为一种新型环状RNA，具有共价闭合环状结构，在组织和血液中具有
冯银刚课题组揭示新细菌转录调控因子的结构功能机制
近年来，在一些梭菌和杆菌中发现一类广泛存在的σ因子及其共转录的抗σ因子——SigI和RsgI，它们的一些结构域和已知蛋白没有同源性，代表了一类新的特殊的细菌σ/抗σ因子。热纤梭菌等一些产纤维小体细菌具有8-16对的SigI/RsgI因子，这在其他已知类型的σ/抗σ因子中比较少见。已有的研究表明这
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
Nature－Aging:揭示调控灵长类器官衰老的表观转录组机制
m6A是目前已知的真核细胞mRNA上最常见的一类化学修饰，其建立、读取和擦除分别受到相应甲基化酶（writer）、结合蛋白（reader）以及去甲基化酶（eraser）的动态可逆调控。研究表明，m6A能够通过调节mRNA的剪接、出核、稳定性以及翻译等生命周期活动，参与调控机体的诸多生理或病理进程，包
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
Cell揭示节律活动调控机制
宾夕法尼亚大学Perelman医学院神经科学教授Amita Sehgal博士，在《细胞》(Cell)杂志上的一篇论文中描述了控制果蝇日常节律性作息行为的一个大脑回路。新研究还发现，人类大脑蛋白CRF的果蝇版本是这一回路中的一个重要协调分子。 果蝇中的CRF叫做DH44为休息/活动周期循
Cell揭示重要发育调控机制
鲁汶大学VIB研究所的Bassem Hassan研究小组发现了从前未知的一种机制，这一机制在物种间高度保守，通过精确地时间控制对大脑发育至关重要的一个蛋白质家族：proneural蛋白的活性调控了神经发生。这一机制——一种简单的可逆的化学修饰对于生成充足数量的神经元、它们的分化及中枢神经系统的发
伯豪生物客户全转录组测序文章在Nature－Cell－Biology发表
研究背景 长链非编码RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长，所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象，从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外，由于其不具备蛋白编码能力，因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级结构来执行生
Cell：全基因组测序揭示人类遗传多样性
遗传的历史就书写在现代非洲人的DNA中，但还需要一些调查工作来对其进行注释。在即将出现在8月3号《细胞》(Cell)杂志封面上的一篇报道中，宾夕法尼亚大学的遗传学家们和他们的同事对分属三个不同狩猎者(hunter-gatherer)群体的15个非洲人的完全测序基因组进行了分析，并破解了一些必定涉
转录组测序揭示乳腺癌重排
即将在本周《美国科学院院刊》（PNAS）的网络版上发表的一篇论文中，一个国际研究小组介绍了一项利用高通量的转录组测序来发现乳腺癌细胞系中的基因组重排的原理论证研究。美国克莱格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌症研究所的三个分所、以及纽约斯隆-凯特琳癌症
circRNA在胃癌海绵调控机制的应用（一）
环状RNA (circRNA)作为新型非编码RNA,具有比线性RNA更加稳定的环状结构，可通过多种机制调控靶基因。近年来，circRNA被发现在多种肿瘤组织和细胞中异常表达，作为肿瘤的诊断生物标志物或治疗靶点，具有巨大的价值，受到广泛的关注。癌症新的证据表明，circRNAs在癌症的发生发展中起
NAT－NEUROSCI转录组+蛋白组联合揭示microRNA调控靶点功能机制
基因水平的研究发现miR-137与多种神经精神疾病存在相关性。同时，miR-137在正常的神经发生与神经发育过程中也具有重要作用。但是，miR-137的体内功能与作用机制仍然不清楚。为了揭示miR-137的功能，该研究构建了miR-137 KO动物，并对KO动物的突触可塑性、学习能力等多种神经功
转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制－一
基因水平的研究发现miR-137与多种神经精神疾病存在相关性。同时，miR-137在正常的神经发生与神经发育过程中也具有重要作用。但是，miR-137的体内功能与作用机制仍然不清楚。为了揭示miR-137的功能，该研究构建了miR-137 KO动物，并对KO动物的突触可塑性、学习能力等多种神
转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制－二
4．转录组、蛋白组揭示miR-137调控底物。蛋白组结果发现：Mir137–/–组versus Mir137+/+组, Mir137+/–组versus Mir137+/+组, and Mir137–/–组versus Mir137+/–组，分别筛选到417、94和76个差异表达蛋白。这些蛋白与
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移中作用机制
环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转
环状RNA结合功能蛋白！找对方向20分文章水到渠成
环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转
科学家开发单细胞全转录组测序新技术
北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备，全面提高了单细胞全
Cell－Reports－|－牟阳灵组揭示调控遗忘的新机制
学习记忆能力一般会随年龄增长出现下降，甚至在成年早期就开始衰退。这可能是由于记忆越来越不容易形成，也可能是新获取的、未经巩固的记忆越来越容易被遗忘。目前，解释遗忘发生的主要假说之一是干扰理论，其中干扰可以分为前摄干扰（proactive interference）和倒摄干扰（retroactiv