基因组所小内含子进化机制研究获得新进展
插入删除数目和比值 近日，在中国科学院北京基因组研究所副所长、中国科学院基因组科学与信息重点实验室主任于军研究员的指导下，该重点实验室博士生王大鹏通过对人类千人基因组计划数据的比较分析，进一步证实了两种DNA组分特殊效应在人类基因组中的存在，使该研究组延续十几年的小内含子基本功能和进化机制研究获新进展。相关学术论文在PLoS ONE杂志发表，并且被GenomeWeb网站推荐为“每日精选”。 内含子是真核基因组的重要和必需组成部分，并且它在mRNA的加工、选择性剪接和核外运输等过程中发挥着精确且复杂的作用。在基因组进化研究中，尽管内含子并没有像编码区域一样受到足够的重视，但越来越多证据表明内含子和它们的序列受到潜在功能相关的自然选择作用。 此次博士生王大鹏等的发现：出现在长度范围为88-124nt上的小内含子的删除/插入比值要高于50-86nt；另外，出现在GC含量（鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例）小于65%的小内......阅读全文
假基因的产生方式
复制即复制后基因发生序列变化而失去功能，这样产生的假基因带有内含子，称为non-processed或duplicatedpseudogenes反座即mRNA转录本经过反转录为cDNA，再插入基因组，由于插入位点不合适或序列发生变化而导致失去功能。这种类型的假基因不含内含子，被称为processedp
假基因的产生方式
复制即复制后基因发生序列变化而失去功能，这样产生的假基因带有内含子，称为non-processed或duplicatedpseudogenes反座即mRNA转录本经过反转录为cDNA，再插入基因组，由于插入位点不合适或序列发生变化而导致失去功能。这种类型的假基因不含内含子，被称为processedp
假基因的产生方式
复制即复制后基因发生序列变化而失去功能，这样产生的假基因带有内含子，称为non-processed或duplicatedpseudogenes反座即mRNA转录本经过反转录为cDNA，再插入基因组，由于插入位点不合适或序列发生变化而导致失去功能。这种类型的假基因不含内含子，被称为processedp
外显子基因为什么保守？《Nature－Genetics》出新答案了！
基因的基本结构分外显子和内含子，比较不同物种的基因发现外显子序列通常是保守的，而内含子序列则很少保守。外显子的种间差异不大，换句话说，人和老鼠、线虫的外显子基因都很相似。 这种相似性的科学解释是，外显子是生物体生存的关键区域，这部分区域的许多变异都会导致死亡表型，所以未存于世。内含子由于没有
关于第一类内含子的发现和初步研究介绍
1975年，人们以啤酒酵母菌mt-DNA某些突变为标记进W+XW－杂交，发现W+传递到了代的比例为95%而W－几乎为零，现象上好似发生了单方赂基因转变（unidirectionalgeneconversion）。从W-到W+，由于W+中有内含子ScLDU．1，而W-则无，故人们认为上述现象与该内
关于假基因的生产方式介绍
1、复制 即复制后基因发生序列变化而失去功能，这样产生的假基因带有内含子，称为non-processed或duplicatedpseudogenes 2、反座 即mRNA转录本经过反转录为cDNA，再插入基因组，由于插入位点不合适或序列发生变化而导致失去功能。这种类型的假基因不含内含子，被
Mol－Cell：基因的剪接作用如何影响机体的患病风险
没人知道一天中有多少次，甚至在一个小时内，我们体内的数万亿个细胞需要制造多少蛋白质，但我们知道，细胞会以大规模的方式在不断制造蛋白质，一旦该过程发生的话，细胞核中就会发生一种称之为RNA剪接（RNA splicing）的编辑过程，其能够确保RNA指令被传送至与机体基因蓝图精确对应的细胞工厂中。图
逆转录元件发生反向剪接插入DNA过程的原理与结构基础
逆转录元件是一种以RNA为媒介，通过“copyand paste”的方式在基因组中不断扩增的基因元件【1,2】。在哺乳动物基因组中有超过45%的遗传成分都是逆转录元件，因此逆转录转座事件如果在不恰当的地方发生就会导致基因紊乱或者基因疾病等严重后果【3】。 II组内含子（Group II int
令人吃惊的最古老DNA
来自加州大学伯克利分校，美国能源部基因研究所（U.S. Department of Energy Joint Genome Institute-- DOE JGI），挪威卑尔根大学等处的研究人员发现地球上最古老的动物物种之一：海洋海葵的基因组与脊椎动物的基因组存在令人惊讶的相似性。 而且这一研究也
昆明动物所在食肉目分子系统学方面取得新进展
食肉目犬型超科(Caniformia)各科间的系统发育关系一直是近年来食肉目系统发育关系研究的热点，至今仍处于众说纷纭的状态，尤其是小熊猫科的系统发育位置。小熊猫因其似熊非熊的形态特征，使得它的进化地位存在很大的争议，无法得到解决。 中国科学院昆明动物研究所张亚平院士、云南大
研究揭示多态性重复基因的基因组演化机制
近百年来，进化遗传学工作致力于探索重复基因的起源机制和功能演化过程。经典观点认为，基因重复后产生两个完全等同的拷贝，其中一个冗余拷贝在自然选择作用下获得新功能。也有观点认为，剂量效应和不完整基因重复等因素使重复基因并非是等同的冗余拷贝。剂量敏感基因（满足剂量平衡效应的蛋白复合体成员基因或X染色体
如何在RTPCR过程中避免DNA污染
首先,从引物设计上避免基因组DNA的扩展,设计引物的时候扩展的区域在两个不同的外显子上,这样的话中间有一个内含子,如果PCR扩增的时候将基因组DNA也扩增出来的话,电泳条带长度会比目地带长另外,提取好RNA之后,可以加入DNA酶进行消化,这样可以消除RNA模板中的基因组DNA污染做到以上两点基本可以
基因组印记的特点介绍
①基因组印记遍布基因组:例如在人基因组中有100多个印记基因,成簇时形成染色体印记区,连锁时会有不同的印记效应;②基因组印记的内含子小:雄性印记基因重组频率高于雌性印记基因;③印记基因组织特异性表达:例如小鼠中Ins1、Ins2是等位印记基因,在卵黄中Ins1单等位基因表达,在胰腺中Ins1、Ins
DNA探针根据其来源划分的种类
一种来自基因组中有关的基因本身，称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNa 探针（cDNa probe）。与基因组探针不同的是，cDNA探针不含有内含子序列。此外，还可在体外人工合成碱基数不多的与基因序列互补的DNA片段
长链非编码RNA:－从科研到临床（一）
概述长链非编码RNA (LncRNA)是一类真核生物中长度大于200 nt的非编码RNA分子；根据其与邻近基因的位置可以分为反义lncRNA、增强子lncRNA、基因间lncRNA、双向lncRNA、和内含子lncRNA；它具有多种作用机制，比如在细胞核中作为分子支架、协助可变剪接、调节染色体结
海生院发现NF90/NF110对环形RNA表达调控和功能作用新机制
6月15日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院－马普计算生物学研究所杨力研究组和中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA（circRNA）研究的最新进展：Coordinated circRNA biogenesis
烟草和水稻叶绿体cpDNA基因组成特点
1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy sequence, SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy sequence, LSC）组成；2.IRA和IRB长各10-24Kb，编码相同，方向相反。3.cpDNA启动子和原核生物的相
全外显子测序和全基因检测的区别
全外显子测序和全基因检测的区别：全外显子组测序，是指利用序列捕获技术将只占基因组1%的外显子进行高通量测序，从而检测出约85%的致病突变，测序深度更高，数据更有效，变异检测更准确。全基因组测序，是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序，可以同时检测到外显子、内含子和调控序列，价格较
寡核苷酸探针的来源介绍
DNA探针根据其来源有3种：一种来自基因组中有关的基因本身，称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNA探针（cDNA probe）。与基因组探针不同的是，cDNA探针不含有内含子序列。此外，还可在体外人工合成碱基数不
关于基因探针的来源介绍
DNA探针根据其来源有3种：一种来自基因组中有关的基因本身，称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNA探针（cDNA probe）。与基因组探针不同的是，cDNA探针不含有内含子序列。此外，还可在体外人工合成碱基数不
基因探针的来源介绍
基因探针的来源 DNA探针根据其来源有3种：一种来自基因组中有关的基因本身，称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNa 探针（cDNa probe）。与基因组探针不同的是，cDNA探针不含有内含子序列。此外，还可在体外人
DNA探针的来源介绍
DNA探针根据其来源有3种：一种来自基因组中有关的基因本身,称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA,再通过逆转录得到的探针,称为cDNA探针（cDNA probe）。与基因组探针不同的是,cDNA探针不含有内含子序列。此外,还可在体外人工合成碱基数不
DNA探针根据其来源分类
DNA探针根据其来源有3种：一种来自基因组中有关的基因本身，称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNA探针（cDNA probe）。与基因组探针不同的是，cDNA探针不含有内含子序列。此外，还可在体外人工合成碱基数不多的
微生物果胶酶基因
近10年来，已从不同属的真菌、细菌和放线菌中克隆和测序的果胶酶基因至少有70个(表1)，其中来自真菌的超过40个，且大多是多聚半乳糖醛酸酶基因。从中克隆到果胶酶基因的真菌主要有曲霉菌、炭疽菌、镰刀菌和灰霉菌等。例如目前已从黑曲霉(Aspergillus niger)中克隆到6个多聚半乳糖醛酸酶基因，
关于真核基因组的主要特点介绍
1、真核基因组— 真核生物基因组DNA与蛋白质结合形成染色体，储存于细胞核内，除配子细胞外，体细胞内的基因的基因组是双份的（即双倍体,diploid），即有两份同源的基因组。 2、真核基因组— 真核细胞基因转录产物为单顺反子。一个结构基因经过转录和翻译生成一个mRNA分子和一条多肽链。 3、
如何对－cDNA、gDNA进行选择性引物设计？
设计策略 PS：该方法适用于检测或部分 DNA 片段克隆，不适合全长基因克隆 反转录 PCR 的主要问题是基因组 DNA (gDNA) 污染的存在，这将导致产生假阳性信号，特异性降低或对特定 RNA 的过高估计。为了消除 RT-PCR 中 gDNA 的干扰，可将引物设计为与两个外显子的接合
聚合酶链反应（PCR）－技术引物设计的注意事项
扩增已知基因时经过初次筛选和二次筛选后得到的引物基本上能够满足要求,但是当运用比较基因组学分离新基因时,设计引物还应注意以下两点:① 模板的选择。如果以DNA为模板设计引物, 首先在Genebank中找到与待分离新基因同源的其它物种的该基因。利用工具把已检索到的基因进行同源性比较,根据比较基因组定位
真核基因组的特点
1.真核生物基因组DNA与蛋白质结合形成染色体，储存于细胞核内，除配子细胞外，体细胞内的基因的基因组是双份的（即双倍体,diploid），即有两份同源的基因组。 2.真核细胞基因转录产物为单顺反子。一个结构基因经过转录和翻译生成一个mRNA分子和一条多肽链。 3.存在重复序列，重复次数可达百
关于cDNA文库的简介
cDNA文库（cDNA library）：是指某生物某一发育时期所转录的mRNA全部经反转录形成的cDNA片段与某种载体连接而形成的克隆的集合。 cDNA文库是以特定的组织或细胞mRNA为模板，逆转录形成的互补DNA（cDNA）与适当的载体（常用噬菌体或质粒载体）连接后转化受体菌形成重组DNA
真核生物基因组的结构特点有哪些
1、真核生物基因组DNA与蛋白质结合形成染色体，储存在细胞核中。除了配子外，体细胞中的基因基因组是二倍体，即有两个同源的基因组。2、真核细胞基因的转录产物为单顺反式。结构基因被转录并翻译成mRNA分子和多肽链。3、有重复，重复次数可以超过一百万次。4、在基因组中，非编码区多于编码区。5、大多数基因含