海生院发现NF90／NF110对环形RNA表达调控和功能作用新机制
6月15日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院－马普计算生物学研究所杨力研究组和中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA（circRNA）研究的最新进展：Coordinated circRNA biogenesis and function with NF90/NF110 in viral infection。该研究通过全基因组筛选发现了一系列与环形RNA生成加工等密切相关的反式作用蛋白因子，包括与抗病毒免疫相关的NF90和NF110等，揭示其通过结合两侧内含子配对序列进而促进环形RNA产生的机制，并阐明环形RNA通过与NF90/NF110的竞争性结合在抗病毒免疫过程中发挥重要功能作用。 研究组系统揭示了顺式元件－内含子互补配对序列对环形RNA表达的关键作用（Zhang et al., Cell 2014； Zhang et al., Cel......阅读全文
植物所发现植物全基因组应答低温中信使RNA降解新机制
信使RNA(mRNA)降解的动态模式是生物发育调控和适应环境的重要机制。但对植物mRNA降解在环境胁迫下的作用模式知之甚少。中科院植物研究所种康研究组通过RNA末端平行分析(parallel analysis of RNA ends)和转录组检测，并借助高通量测序手段揭示了单子叶模式植物二穗
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
Nature发布大型全基因组RNA分析研究
由来自宾夕法尼亚州立大学的化学家和植物生物学家领导的一个研究小组开发出了一种分子技术，将有助于科学团体以从前不可能达到的规模，来分析在基因表达调控中起重要作用的分子。 科学家们开发出了一种方法，能够更精确预测在活细胞内核糖核酸分子(RNAs)的折叠情况，由此阐明植物以及其他的活体生物对环境
环形RNA获新研究进展
9月18日，国际著名学术期刊《细胞》在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学伙伴研究所杨力课题组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组关于环形RNA研究的最新进展。该研究成果首次阐明了互补序列对外显子来源环形RNA产生的调节机制，并进一步揭示了互补序列竞争性配对介导的可变环化调控，以全新的
环形RNA与线性RNA定量比较分析新系统CLEAR发布
1月15日，国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院－德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
我国科学家发现环形RNA新功能
基因“暗物质”间接参与免疫调节 人类基因“暗物质”环形RNA (核糖核酸)又被“发掘”一项新功能。中科院生物化学与细胞生物学研究所与中科院—马普计算生物学研究所科研人员，合作研究发现了环形RNA及其生成调控过程参与抗病毒免疫反应，为环形RNA的功能和抗病毒免疫相关研究提供了新视角。日前，相关成
海生院发现NF90/NF110对环形RNA表达调控和功能作用新机制
6月15日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院－马普计算生物学研究所杨力研究组和中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA（circRNA）研究的最新进展：Coordinated circRNA biogenesis
全血RNA提取
摘要： RNA提取应该说已经成为了一种常见的分子生物学操作步骤了，但是不少科研人员仍然烦恼着如何寻找一种最好的方法，或者找到一种适合于特殊用途方法。比如说传统的血液标本表达谱芯片实验需要先把有核细胞从全血中分离出来，加白细胞分离液、离心等步骤，比较繁琐，如果能进行全血的提取，那就再好不过。RNA提取
北京生科院发表环形非编码RNA识别新技术
2月28日，国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存
北京生科院提出环形RNA识别的新方法
环形RNA是一类新报道的结构特殊的非编码RNA。近两年的研究发现，环形RNA在动物细胞内广泛存在，且大多位于基因的外显子区域。另有研究表明，少数环形RNA分子可以充当microRNA“海绵”，在转录后水平对基因表达进行调控。然而，目前绝大多数的环形RNA功能仍不明确，科学家们推测其可能与蛋白质及
研究开发出高效环形RNA检测与定量工具
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
环形RNA：从“无名之辈”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm动植物体内存在种类繁多的环形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接产生的环形RNA含量最为丰富，因其具有独特的闭环结构，近期引发全世界科学家的关注。在国家自然科学基金重大
全血RNA快速提取
操作步骤：（实验前请先阅读注意事项）提示： 第一次使用前请先在漂洗液RW瓶和70%乙醇瓶中加入指定量无水乙醇! 使用前将10X红细胞裂解液RLB用DEPC处理水稀释到1X。 操作前在裂解液RLT中加入β-巯基乙醇至终浓度1%，如1 ml RLT 中加入10μl β-巯基乙醇。此裂解液最好现用现
全血RNA提取实验
实验方法原理 红细胞裂解液选择性裂解红细胞,然后独特的裂解液/β-巯基乙醇迅速裂解白细胞和灭活细胞RNA酶，然后用乙醇调节结合条件后，RNA在高离序盐状态下选择性吸附于离心柱内硅基质膜， 再通过一系列快速的漂洗-离心的步骤, 去蛋白液和漂
全血RNA提取实验
实验材料 鲜血液试剂、试剂盒 抗凝剂红细胞裂解液RLB去蛋白液RW1乙醇漂洗液RW仪器、耗材 制冰机离心机离心管移液枪移液管针头注射器水浴锅实验步骤 一、在适合大小的RNase free离心管中加入1体积（
全血RNA提取实验
全血RNA的提取可用于：（1）研究RNA干扰机制等；（2）用作反转录模板；（3）分子生物学其他研究。实验方法原理红细胞裂解液选择性裂解红细胞,然后独特的裂解液/β-巯基乙醇迅速裂解白细胞和灭活细胞RNA酶，然后用乙醇调节结合条件后，RNA在高离序盐状态下选择性吸附于离心柱内硅基质膜， 再通过一系列快
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展
6月28日，国际学术期刊Nature Communications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
分子细胞卓越中心发表关于环形RNA的综述文章
5月17日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲团队在Cell上，在线发表了题为Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的综述论文。该论文系统梳理了针对环形RNA研究的生物学技术手段，总结了其以非编码RN
陈玲玲，杨力受邀Cell子刊发表综述：核重复序列
2月10日，上海生化细胞所陈玲玲研究员与上海生科院（健康院）计算生物学所杨力研究员受邀在《Trends Cell Biol》发表了题为“ALUternative Regulation for Gene Expression.”的综述论文，系统总结了灵长类（包括人）基因组中特异的Alu短散在核重复
北京基因组所等发现RNA甲基化调控基因出核新机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂研究组和郑州大学第一附属医院生殖与遗传专科医院孙莹璞研究组、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究组合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。该研究成果以5-
研究揭示环形RNA促进相分离调控肿瘤发展分子机制
环形RNA是由pre-mRNA通过反向剪接形成的闭合环状RNA分子，在生物体内可发挥miRNA海绵、结合蛋白以及翻译成短肽等分子功能来调控各种生理和病理过程。与线性mRNA相比，环形RNA独特的环状结构使其具有更高的稳定性，在细胞内可更稳定地存在。因此，环形RNA更适合作为肿瘤的分子标志物及治疗
北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱
中国科学院动物所团队综述环形RNA药物设计
环形 RNA（circular RNA,circRNA）是一类广泛存在于真核细胞中的内源性非编码 RNA 分子，在生物体发育过程中发挥着重要作用。其独特的环状结构使其免受外切酶降解，因此比线性 RNA 更加稳定。自 2010 年代初以来，circRNA 在 RNA 适配体、 guide RNA 等领
生科院提出环形RNA内部序列结构可视化新方法
1月18日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队于Bioinformatics 杂志上在线刊发了题为Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。该研
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
基因组所等在RNA甲基化表观遗传新机制研究中获重要进展
11月21日，中国科学院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室 “百人计划”研究员杨运桂研究组，与美国芝加哥大学何川教授实验室和奥斯陆大学Arne Klungland教授合作完成的“RNA甲基化表观遗传新机制研究项目”取得重要进展，相关学术论文在《细胞》子刊《分子细胞》
全基因组扩增技术介绍
研究人员通常会在下游分析中遭遇DNA样本量有限或不足的问题。QIAGEN的全基因组扩增技术通过以包括单细胞在内的小量样本或珍贵样本扩增获得基因组DNA，解决此类难题。REPLI-g Kit能够准确地复制原始DNA样本，不会造成偏差，扩增后的DNA可以直接应用于广泛的遗传学分析。什么是全基因组扩增(w