基于iTRAQ技术鉴定梭子蟹中与生长相关的差异表达蛋白

梭子蟹广泛分布在韩国,日本,中国和东南亚的沿海水域。这种物种栖息在河口和沿海水域。 在中国,它是一种主要的食用蟹种和重要的渔业资源,也是中国重要的养殖物种。目前关于梭子蟹的研究已经很广泛,但关于其遗传背景信息的研究亟待深入。目前为止,关于梭子蟹蛋白质组学的研究比较少。 在这项研究中,中国水产科学院李健课题组利用iTRAQ蛋白质组定量分析技术对梭子蟹中与生长相关的蛋白质组进行了分析与鉴定,以了解其分子机制。从梭子蟹五种组织:眼眶、鳃、心脏、肝胰腺和肌肉中分离总蛋白,利用iTRAQ技术对每个组织中等量蛋白质进行蛋白质组分析。基于液相色谱与串联质谱法和de novo测序数据,总共鉴定了961个蛋白质。以1.2倍的表达变化作为生理学显着的基准,发现了30个与梭子蟹生长相关的差异表达蛋白(DEP),这些蛋白质大部分是表达上调的,包括参与代谢、免疫反应、DNA重复和蛋白质合成等相关的蛋白质,表明能源守恒是应对生长的重要战略。使用iTR......阅读全文

有关融合蛋白表达载体的克隆

在构建融含蛋白表达载体时除了要注意插入片段的方向、读码框架与载体保持一致外,注意以下问题可能会减少一些不必要的麻烦,当外源片的插入载体起始密码的后面,另一个基因的前面时,注意检查插入后基因的两端是否引入了新的终止密码,特别是用到Klenow mung bean 核酸酶,T4 Polymerase

分子克隆蛋白表达实验指南(十九)

Desired  pH  Volume of 1M K2HPO4 (mL)Volume of 1M KH2PO4 (mL)              5.8  8.591.5              6.0  13.286.8              6.2  19.280.8         

重组蛋白的表达与纯化

实验概要本实验将重组大肠杆菌经过诱导培养后,获得了表达的重组蛋白,分别用Ni-NTA柱亲和层析、High Q与DEAE阴离子交换层析、Glutathione柱亲和层析进行了层析纯化,并进行了浓缩。实验步骤1. 将测序正确的质粒转化Rosetta(DE3)菌,过夜培养后,挑取单菌落,于小试管内进行IP

分子克隆蛋白表达实验指南(三)

若有非特异性条带,可进行Touchdown PCR,提高引物的特异性。     PCR反应条件:            1      94C     5min            2      94C     45s            3      65C     45s      退火温度视

分子克隆蛋白表达实验指南(十五)

  LB固体培养基          Tryptone              1g          Yeast Extract           0.5g          NaCl                 1g  Agar                 1.5g  加蒸馏水至总体

Northwestern筛选蛋白表达文库实验

实验方法原理 Northwestern 筛选蛋白表达文库的方法是通过构建 IPTG 可诱导的融合蛋白表达文库(融合蛋白的 N 端由载体序列编码,C 端由克隆到载体的 cDNA 文库编码),进而诱导融合蛋白表达,并将蛋白质固定于硝酸纤维素滤膜上,以标记的 RNA 探针进行筛选,最终获取能与靶

分子克隆蛋白表达实验指南(十六)

Amp(50mg/ml)        溶解1g Amp于足量的水中,最后定容至20ml。分装成小份于-20℃贮存。常以20~50ug/ml的终浓度添加于生长培养基,1:1000比例稀释             Kan(50mg/ml)        溶解1g Kan于足量的水中,最后定容至20ml

分子克隆蛋白表达实验指南(四)

7. PCR产物与TA载体连接   pGEM-T vector is T-tailed at the insert site. To improve the ligation   efficiency, it is recommended PCR product be A-tailed.  +A s

分子克隆蛋白表达实验指南(十七)

Buffers for His purification in denatured conditions:      配制时加终体积50%的水,之后定容至所需体积。先配pH 8.0的buffer(调pH需要较多NaOH),再统一配bufferC,D,E,分别调pH   Buffer B (200ml

LSCM表达荧光蛋白的组织

表达荧光蛋白的组织经冷冻切片制样后,可直接封片,观察并扫描图像,也可配合使用其它荧光染料进行免疫荧光抗体标记和核染色。同时表达GFP 和 RFP 荧光蛋白的组织切片,如还需作免疫荧光抗体标记,应选择可以被 633 nm 和 405 nm 波长激光器激发的荧光染料,如 CY5、Alexa fluor

Science:miRNA控制蛋白表达的噪音

  众所周知,一些microRNA能使特定基因的表达下调,然而,对于这些小的非编码RNA的更广泛用途,人们还不是太清楚。一项新的研究表明,miRNA可作为基因组噪音的阻尼器,控制蛋白表达的变化。这项成果发表于4月3日的《Science》杂志上。  miRNA的普遍和保守,再加上它们微弱抑制绝大多数目

异源蛋白表达的基本介绍

  随着人类基因组计划的完成,蛋白表达技术已渗透到生命科学研究的各个领域。越来越多的基因被发现,其中多数基因功能不明,利用蛋白表达系统表达目的基因是研究基因功能及其相互作用的重要手段。根据不同的表达要求,如表达量高低、目标蛋白的活性和表达产物的纯化方法,可选用适当的表达系统及相应的表达策略。

分子克隆蛋白表达实验指南(二)

取DEPC水时切记带上手套     Genequant使用方法:  开机-set-up-enter(只更改DNA/RNA,看光波是否为320nm)-set-ref(此时插入空白对照)-样品  1.使用前将比色皿中水吸出,用1ml蒸馏水重新洗涤再将比色皿中的水吸尽(先用1ml枪吸,后用100ul枪吸)

分子克隆蛋白表达实验指南(十二)

– Note: The yield of fusion protein can be estimated by measuring the   absorbance at 280 nm. The GST affinity tag can be approximated by 1 A280 Å 0.5

蛋白质的短暂表达实验

基本方案             实验材料 载体 试剂、试剂盒

Northwestern筛选蛋白表达文库实验

            实验方法原理 Northwestern 筛选蛋白表达文库的方法是通过构建 IPTG 可诱导的融合蛋白表达文库(融合蛋白的 N 端由载体序列编码,C 端由克隆到载体的 cDNA 文库编码),进而诱导融合蛋白表达,并将蛋白质固定于硝酸纤维素滤

酰基载体蛋白的基本表达

  随着分子生物学和基因组学研究的不断深入,有关植物不同 ACP 功能分析的研究取得了一定进展。拟南芥 ACP1 是种子中优先表达的 ACP 基因。Branen 等人构建了 35S 启动子驱动的带有 ACP1 和其上游 400bp 序列的植物表达载体,转基因的拟南芥植株在叶组织中该基因的表达增加了

分子克隆蛋白表达实验指南(一)

目的基因克隆包括保存用全长基因(gene for saving, GS)和表达用全长基因(gene for expression, GE)两部分。  这两部分所克隆的基因都是全长片段,但克隆的策略及目的不同。直接用精确克隆(及引物从基因CDS两端开始)很难找到高效价的引物,且cDNA中目的基

分子克隆蛋白表达实验指南(十一)

SDS-PAGE胶样品排列:        MarkerUII 37CUI’I’        Marker:低分子量蛋白marker,上样10ul        UI:未诱导菌液,上样10ul。任取37C和20C中一个        I:诱导后对照,上样10ul        UI’, I’代表G

关于蛋白表达系统的分析介绍

  原核蛋白表达系统既是最常用的表达系统,也是最经济实惠的蛋白表达系统。原核蛋白表达系统以大肠杆菌表达系统为代表,具有遗传背景清楚、成本低、表达量高和表达产物分离纯化相对简单等优点,缺点主要是蛋白质翻译后缺乏加工机制,如二硫键的形成、蛋白糖基化和正确折叠,得到具有生物活性的蛋白的几率较小。  酵母蛋

从包涵体中纯化表达蛋白

            实验方法原理 蛋白质在大肠杆菌中的高水平表达,常常导致形成相差显微镜下可见的细胞质颗粒或包涵体。这些由表达蛋白聚集成的包涵体很容易与可溶性蛋白和膜结合蛋白分离。高水平表达外源蛋白的细菌经离心浓缩后,可通过机械法、超声处理法或溶菌酶加去污剂的方

分子克隆蛋白表达实验指南(十三)

7.    电泳结束后,按比例从胶上割下相应约1cm条带(当按比例的条带割下后可相应的向两边再割一点,但是电透析时中间和两边的胶必须分开透析),用镊子或尺子将胶碾碎成2mm见方的小块。  8.  将碎块小心加入电透析tube中,200V,120~150min。  9.  移出放电透析tube的架子,

myTXTL®-体外蛋白表达系统的特点

体外蛋白表达系统 Arbor Biosciences是基于大肠杆菌的体外蛋白表达系统:myTXTL无细胞体外蛋白表达系统(Arbor Biosciences中国代理)   在大肠杆菌蛋白表达实验中,我们经常会遇到蛋白表达不出来、表达出的蛋白没有活性、蛋白表达过程中容易形成包涵体等情况,还要分析出现这

Northwestern筛选蛋白表达文库实验

Northwestern 筛选蛋白表达文库的方法是通过构建 IPTG 可诱导的融合蛋白表达文库(融合蛋白的 N 端由载体序列编码,C 端由克隆到载体的 cDNA 文库编码),进而诱导融合蛋白表达,并将蛋白质固定于硝酸纤维素滤膜上,以标记的 RNA 探针进行筛选,最终获取能与靶 RNA 分子特异性结合

分子克隆蛋白表达实验指南(十四)

RbCl制备感受态细胞  需准备的灭菌器具和培养液:  SOB,Buffer 1,Buffer 2,3×200ml广口瓶,1.5ml   EP管,1×500ml离心瓶(按200ml摇菌量计算),2×50ml离心管,2×移液管(用于加Buffer 1),液氮,冰  离心管,EP管,移液管使用前均需要放

包涵体表达的蛋白的复性

包涵体表达的蛋白的复性摘要  综述了包涵体形成、包涵体分离和溶解、包涵体折叠复性的方法、复性产率低下的主要因素以及通过分子伴侣、低分子量添加物等的应用而提高了蛋白质复性产率。关键词  包涵体  蛋白质  复性Abstract  Strategies for decreasing the format

GST融合蛋白纯化——筛选表达株

Purification of GST fusion proteins in E.coli GSTSugden lab,McArdle Laboratory for Cancer Research ,University of Wisconsin-Madison Medical SchoolScre

从包涵体中纯化表达蛋白

实验材料 表达靶蛋白的大肠杆菌细胞试剂、试剂盒 细胞裂解缓冲液 I细胞裂解缓冲液Ⅱ脱氧胆酸浓盐酸包涵体溶解缓冲液 I包涵体溶解缓冲液ⅡKOHPMSFSDS 凝胶加样缓冲液含尿素的 Tris-ClDNaseI溶菌酶SDS-聚丙烯酰胺凝胶仪器、耗材 Sorvall GSA 转头或相当的转头pH 试纸磨光

分子克隆蛋白表达实验指南(九)

SDS-PAGE胶样品排列:        MUIBS1S1P1BS2S2P2UIT1T2T3T4           M:marker;上样10ul  UI:未诱导对照;10ul  BS:超声前样品;10ul  S:超声后上清; 10ul  P:超声后沉淀; 10ul  T:诱导后每隔1h样品,1

分子克隆蛋白表达实验指南(五)

8. TA质粒转化菌落的验证  与表达载体的验证不同,转化TA质粒时不用双酶切验证。只需用目的基因引物和TA载体引物PCR验证即可。TA载体引物PCR片段比插入片段大约长150bp。  目的基因退火温度与之前胶回收时温度相同,TA退火温度60C即可,但可在55~70之间变动,不会影响结果。  挑取至