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2016年12月，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive genome assembly 的最新研究成果。该研究基于序列重叠部分构建了contig的直接连接信息图，并在其配对连接信息的帮助下，解决了由短片段重复序列造成的基因组拼接碎片化问题，在保证准确性的前提下延伸了序列的长度，获得了更完整、间隙更少的基因组序列。 一直以来，重复序列都是基因组拼接的主要限制因素，而富含短片段重复序列区域的组装更是难以跨越的障碍。这部分序列的缺失会导致基因断裂，使某些关键遗传信息在后续的研究分析中被遗漏。此前的序列组装算法仅仅使用配对连接信息，忽视了contig本身的连接关系，不仅使算法难度增加，而且拼接结......阅读全文
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
（二） 中度重复序列中度重复序列是指在真核基因组中重复数十至数万次（<105）的重复序列。其复性速度快于单拷贝顺序，但慢于高度重复序列。少数在基因组中成串排列在一个区域，大多数与单拷贝基因间隔排列。依据重复序列的长度，中度重复序列可分为两种类型。1．短分散片段（short interspers
真核生物的基因组比较庞大，并且不同生物种间差异很大，例如人的单倍体基因组由3.16×109 bp组成。在人细胞的整个基因组中实际上只有很少一部份（约占2%~3％）的DNA序列用以编码蛋白质。 第一节 真核生物基因组特点 真核生物体细胞内的基因组分细胞核基因组与细胞质基因组，
1. 真核生物表达的优越性和必要性① 真核生物具有转录后加工系统，可识别并删除基因中的内含子，剪切加工为成熟mRNA.②具备完善的翻译后加工系统，可进行糖基化、乙酰化等修饰，使蛋白形成正确的天然构型，因而真核生物表达系统产生的蛋白更接近天然状态，有利于其功能、生物活性的研究。③某些真核细胞可将基因表
（3）原核生物的基因组基本上是单倍体，而真核基因组是二倍体。（4）如前所述，细菌多数基因按功能相关成串排列，组成操纵元的基因表达调控的单元，共同开启或关闭，转录出多顺反子(polycistron)的mRNA；真核生物则是一个结构基因转录生成一条mRNA，即mRNA是单顺反子(monocistron)
是先有鸡还是先有鸡蛋？这个问题相当恼人，恐怕很难说清楚。现在，研究人员回答了与这个问题一样恼人的问题：是人类基因组中的成千上万的长重复DNA片段中，那个是第一个产生的？那些被复制了？ 这个答案发表在10月7日的《自然·遗传学》杂志上。该研究给出了人类基因组中DNA重复片段复制的第一个进化证据，这种
⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一，小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响，小麦生产面临严峻的挑战，对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．）是３个不同亚基因组形成的异源
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individua
法医DNA检测技术的现状及展望庞晓东 陈学亮 荣海博 俞丽娟 管桦 张涛公安部第一研究所DNA检测技术的应用,为法医学带来了一场技术革命。通过对遗传物质DNA的序列多态性及长度多态性的检验,即可实现个体识别及亲权鉴定,该技术正在成为当前法医物证鉴定最
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱已经由中国烟草完成。这是全球第一套烟草全基因组序列图谱，也是继马铃薯和番茄基因组之后全球完成的第三种茄科植物全基因组序列图谱。该绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱。绒毛
随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草图序列中仍然存在多种错误，比如序列中会包含有很多嵌合体（即不同位置的序列连接到了一起）或是组装质量比较差的区域等，特别是重复序列区域有的没有组装出来，有的组装出来多个序列，而且这些错误通
中外科学家19日在新一期美国《国家科学院学报》上报告说，他们已经完成了对白纹伊蚊的基因组测序工作，这种中国民间俗称的“花蚊子”是登革热的主要传播媒介之一。 这项研究的负责人、南方医科大学公共卫生与热带医学学院副院长陈晓光教授对新华社记者说，小小的白纹伊蚊具有非常复杂的基因组，用通常的测序技术很
微卫星（Microsatellite，MS）又称短串联重复（Short Tandem Repeats，STR）或简单序列重复（Simple Sequnce Repeat，SSR），是指基因组中以少数几个核苷酸（多数为2-4个）为单位多次串联重复组成的长达几十个核苷酸的序列。其中最常见的是双核苷酸
SSR分子标记技术及其在构建玉米DNA指纹库上的应用 康丽丽 周鸿飞(沈阳农业大学农学院) 玉 米是一种重要的饲用、粮用和工业加工作物，在国民经济中占有重要的地位。玉米育种方法的改进对农业发展具有重要意义。长期以来，育种家们大多数是借用易于 鉴别的形态学和同工酶等遗传标记来辅助育种，并取得了很大成功
随着疫情进入攻坚阶段，基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而，若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究，需获取完整的病毒基因组信息，这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性，华大智造可为新型冠状病毒高通量
随着疫情进入攻坚阶段，基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而，若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究，需获取完整的病毒基因组信息，这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性，华大智造可为新型冠状病毒高通量
2．第二代分子标记2.1 SSR标记技术 在真核生物基因组中存在许多非编码的重复序列，如重复单位长度在15～65个核苷酸的小卫星DNA(Minisatellite DNA)，重复单位长度在2～6个核苷酸的微卫星DNA(Microsatellite DN
茶是世界上最为古老也是最为广泛饮用的含咖啡因软饮料，目前全球160多个国家的30亿人喝茶爱茶。普遍认为，茶树起源于中国的云南、四川等地；作为传播中国文化的使者，在茶从中国起身向世界各地传播的数千年的漫长历程里，与全球100多个国家多元的文化邂逅交融，发展形成了地球上复杂而美妙的茶文化。除了因为迷
植物着丝粒是基因组中进化最剧烈、结构最复杂的区域，在物种形成和分化过程中发挥重要作用。大多数植物着丝粒结构复杂，主要是由高度重复的卫星DNA以及中间穿插的反转座子序列(CR)组成，其中着丝粒卫星序列单元长度主要集中在150-180 bp之间，例如水稻CentO和玉米CentC序列，多年前已经发现
不久前，中国科学院遗传与发育生物学研究所发表于国际著名期刊《自然》的论文称，该所研究团队已完成小麦A基因组测序和染色体精细图谱绘制。这是继2013年，该团队成功绘制出小麦A基因组祖先种乌拉尔图小麦基因组草图并发表于《自然》之后，在此领域的又一项重大成果。图片来源于网络 中国科学院遗传与发育生
实验方法原理针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和功能位点的位置，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中，确认一段 DNA 序列是一个基因需要有多个证据的支持。一般而言，在重复片段频繁出现的区域里，基因编码区和调控区不太可能出现；如果某段 DNA 片段的假想产物与某个已知的蛋
【实验目的】1、 掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤；2、 掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析；3、 熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；4、 了解基因的电子表达谱分析。【实验原理】针对核酸序列的分析就
CRISPR的前世今生1987年，日本科学家在研究大肠杆菌的时候发现其基因组上存在一些看起来“奇怪”的重复结构：有一段29碱基的序列反复出现了5次，且两两之间被32个碱基形成的序列隔开了！但这个发现在当时并没有引起科学界的很大关注，毕竟在自然界的生物体内，各种奇奇怪怪的发现实在太多。然后仅仅几年后，
来自中科院生物物理研究所，中科院动物研究所等处的研究人员发展了一种新型三维基因组活细胞成像工具TTALE，并利用该系统实现了对端粒缩短和着丝粒构象变化等衰老伴随的染色质结构改变的精准成像。此外，该研究发现了核仁区核糖体DNA拷贝数减少可以作为人类衰老的新型分子标志物。上述成果为在遗传和表观遗传水
4月7日，《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组，以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
4月7日，《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组，以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
（2） 苯丙酮尿症 苯丙酮尿症（PKU）的病因是患者肝细胞缺乏苯丙氨酸羟化酶，使体内的苯丙氨酸不能正常代谢为酪氨酸，导致血清中苯丙酮酸浓度升高。现已知苯丙氨酸羟化酶基因定位于12q24.1，此基因全长约90kb，含13个外显子，在中国人中已发现10余种点突变，这是造成酶活性缺乏的原因。 2．
人类基因组计划启动于1990年，如今已匆匆过去30年光景。从2000年人类基因组草图宣告完成后的二十年间，人类参考基因组不断更新迭代。即便如此，其中依然存在数以百计的空缺，尚无一条染色体被真正完成 [1]。 如今，科学家首次完成了一条 “从头到尾” 真正完整的人类染色体测序。7月14日，《自然
由中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院等多家单位共同完成的盐芥(Thellungiella salsuginea)基因组研究成果在《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表(http://www.pnas.org/content/early/2012/07/05/12099541