北京生科院提出基因组重复区域组装新算法
2016年12月，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive genome assembly 的最新研究成果。该研究基于序列重叠部分构建了contig的直接连接信息图，并在其配对连接信息的帮助下，解决了由短片段重复序列造成的基因组拼接碎片化问题，在保证准确性的前提下延伸了序列的长度，获得了更完整、间隙更少的基因组序列。 一直以来，重复序列都是基因组拼接的主要限制因素，而富含短片段重复序列区域的组装更是难以跨越的障碍。这部分序列的缺失会导致基因断裂，使某些关键遗传信息在后续的研究分析中被遗漏。此前的序列组装算法仅仅使用配对连接信息，忽视了contig本身的连接关系，不仅使算法难度增加，而且拼接结......阅读全文
关于真核基因组的高度重复序列的介绍
1、真核基因组的高度重复序列— 简介 高度重复序列在基因组中重复频率高，可达10^3以上，因此复性速度很快。在基因组中所占比例随种属而异，约占10-60%，在人基因组中约占20%。高度重复顺序又按其结构特点分为三种。 2、真核基因组的高度重复序列—倒位重复序列 这种重复顺序复性速度极快，即
新算法TRFill解决生物基因组重复序列组装难题
近日，中国农业科学院农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队开发出了一种新算法——TRFill，解决了现有工具无法完全填补基因组间隙的难题，显著提升了基因组质量。相关研究成果发表在《基因组生物学》（Genome Biology）上。 动植物基因组的许多区域存在大量高度重复的DNA片段
反向重复[序列]的定义
存在于双链核酸分子中排列顺序方向相反的一段核苷酸序列。
Alu重复序列的概念
中文名称Alu重复序列英文名称Alu repetitive sequence;Alu family定 义哺乳动物和人基因组中的一种中等重复序列，因该序列中有限制性内切酶Alu的切点而得名。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
中度重复序列的概念
中度重复序列(moderately repetitive sequence )一般是非编码序列，有十个到几百个拷贝，如 rRNA基因和 tRNA 基因等。这类重复序列的平均长度大约为 300bp ，往往构成序列家族，常以回文序列形式出现在基因组的许多位置上，有些同单一序列间隔排列。大部分中度重复序列
简单重复序列的概念
简单重复序列（Simple Sequence Repeat，简称SSR），是指重复单位长度和碱基组成基本一致，只 有少数基因出现微小的差异的一类短串联重复序列。
重复[DNA]序列的概念
中文名称重复[DNA]序列英文名称repetitive [DNA] sequence定 义DNA分子中重复出现的核苷酸序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
高度重复序列的概念
高度重复序列是一组基因序列，在基因组中重复频率高，可达百万(10^6)以上，因此复性速度很快。在基因组中所占比例随种属而异，约占10-60%，在人基因组中约占20%。
低度重复序列的概念
低度重复序列在单倍体基因组中只出现一次或数次，因而复性速度很慢。单拷贝顺序在基因组中占50-80%，如人基因组中，大约有60-65%的顺序属于这一类。单拷贝顺序中储存了巨大的遗传信息，编码各种不同功能的蛋白质。尚不清楚单拷贝基因的确切数字，但是是有其在单拷贝顺序中只有一小部份用来编码各种蛋白质，其他
串联重复[序列]的定义
中文名称串联重复[序列]英文名称tandem repeat定 义首尾相连的重复序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
散在重复序列的定义
散在重复序列是与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列,是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。
末端反向重复[序列]的定义
中文名称末端反向重复[序列]英文名称inverted terminal repeat;ITR定 义排列顺序相反的、等同的或密切相关的核苷酸序列。常出现于某些转座子的末端。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
同向重复[序列]的概念
中文名称同向重复[序列]英文名称direct repeat定 义核苷酸排列次序一致的重复序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
高度重复序列的结构特点
倒位（反向）重复序列这种重复顺序复性速度极快，即使在极稀的DNA浓度下，也能很快复性，因此又称零时复性部分，约占人基因组的5%。反向重复序列由两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上反向排列而成。变性后再复性时，同一条链内的互补的拷贝可以形成链内碱基配对，形成发夹式或“+”字形结构。倒位重复（即两个互
散在重复序列的概念
散在重复序列是与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列，是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。
长末端重复序列的定义
长末端重复序列(long terminal repeats,LTRs)是相同的DNA序列,重复数百或数千次发现在两端retrotransposons或前病毒的DNA由反转录的RNA逆转录病毒。
简单重复序列的功能特点
SSR 标记具有高度重复性、丰富的多态性、共显性、高度可靠性等优点，但由于其需要对所研究物种的一系列微卫星位点进行克隆和测序分析，以便设计相应的引物，这是非常费时、费力和代价昂贵的工作，没有足够的投资、人力和时间，是不可能实现的，因而给它的利用带来了一定困难。
揭示重复序列对三维基因组区隔化的调控作用
Cell Research | 沈晓骅/孙育杰课题组合作揭示重复序列对三维基因组区隔化的调控作用 哺乳动物基因组DNA全长近2 m，经过多层有序组织与折叠后分布于直径5-10 μm的细胞核中。染色质高级结构对基因表达，细胞分化和胚胎发育起着至关重要的作用。其中，基因组A/B区隔化（A/B c
细胞化学词汇末端反向重复[序列]
中文名称：末端反向重复[序列]英文名称：inverted terminal repeat;ITR定 义：排列顺序相反的、等同的或密切相关的核苷酸序列。常出现于某些转座子的末端。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
长散在重复序列的概念
中文名称长散在重复序列英文名称long interspersed repeated sequences定 义以散在方式分布于基因组中的较长的重复序列。重复序列的单元长度在1000bp以上。常具有转座活性。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
短散在重复序列的概念
中文名称短散在重复序列英文名称SHORT INTERSPERSED REPEATED SEQUENCE定 义以散在方式分布于基因组中的较短的重复序列。重复序列单元长度在50BP以下。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
基因组内简单重复序列在对虾适应性进化中的作用
近日，由中国科学院海洋研究所李富花课题组主导完成的科研论文Simple sequence repeats drive genome plasticity and promote adaptive evolution in penaeid shrimp，在Communications Biolog
生物物理所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制
7月12日，中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》（Nature）上，在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。 转录调控在维持细胞功能和正常发育过程中起着关键作用。其中，增
简单重复序列多态性的概念
中文名称简单重复序列多态性英文名称simple sequence repeat polymorphism;SSRP定 义由组成比较简单的(如二、三核苷酸或四核苷酸序列)串联重复所具有的拷贝数不同而造成的多态现象。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
重复序列长度多态性的定义
中文名称重复序列长度多态性英文名称repeat sequence length polymorphism定 义亚种、品系或个体间相同或相似重复单元的重复拷贝数不同而造成的多态现象。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
高度重复序列的主要功能
a.参与复制水平的调节反向序列常存在于DNA复制起点区的附近。另外，许多反向重复序列是一些蛋白质（包括酶）和DNA的结合位点。b.参与基因表达的调控DNA的重复顺序可以转录到核内不均一RNA分子中，而有些反向重复顺序可以形成发夹结构，这对稳定RNA分子，免遭分解有重要作用.c.参与转位作用几乎所有转
基因组所重复序列与哺乳动物内含子扩张关系研究获进展
近日，在中国科学院北京基因组研究所副所长、基因组科学与信息重点实验室主任于军研究员和“百人计划”雷红星研究员的指导下，基因组所王大鹏博士、博士研究生苏尧等科研人员在哺乳动物基因组内含子扩张与基因功能关系研究，以及突变和自然选择在基因组进化中的作用研究中取得新进展。相关学术论文在Ev
散在重复序列的结构分布特点
散在重复序列是与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列，是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。
基因组序列草图的概念
中文名称基因组序列草图英文名称draft genome sequence定 义已测定序列占到90%以上、测序精度在1%的基因组序列图。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
解析现代月季基因组序列
科学家研究现代月季基因。图片来源：monticelloshop.org 近日，法国农业科学研究院、里昂大学、法国国家科学研究中心的研究人员解密了现代月季的基因组序列。现代月季拥有独特的颜色与香味，广受称赞，这项研究帮助人们从分子角度了解这背后的基因和代谢流程。4月30日，相关论文在线刊登于《自然