Cell：神秘的非编码RNA在基因表达中起重要作用
在细胞中，DNA被转录成RNA，提供给细胞制造蛋白质的分子配方。大多数的基因组被转录成RNA，但实际上只有一小部分的RNA是来自于基因组中的蛋白质编码区域。 宾夕法尼亚大学Perelman医学院Penn表观遗传学研究所主任Shelley Berger博士说：“为什么非编码区能转录？它们的功能一直是神秘的。” Berger及其实验室的博士后Daniel Bose博士，研究来自增强子的基因表达调控，是基因组上离蛋白编码区较远的非编码区。增强子可提高附近的蛋白编码基因的基因表达率，所以细胞能够泵出更多所需的蛋白分子。一小部分神秘的非编码RNA，称为增强子RNAs（eRNAs）是从增强子序列转录而来的。虽然这些对于提高基因表达是非常重要的，但是它们是如何实现这一点的，仍然还是完全未知的。 通过揭示这些难以捉摸的eRNAs，他们表明，CBP——激活来自增强子的转录的一种酶，可直接结合eRNAs。这种简单的行为通过调节乙酰化，来控......阅读全文
基因表达RNA加工的机制介绍
原核蛋白编码基因的转录产生的是可以翻译成蛋白质的信使RNA（mRNA）,但真核基因的转录会产生RNA的初级转录本（pre-mRNA）,必须经过一系列加工才能成为成熟RNA（mRNA）。RNA的加工包括5端加帽、3端多腺苷酸化和RNA剪接。RNA加工可能是真核生物细胞核带来的进化优势。在原核生物中
增强子转录在小麦基因表达调控中的作用获揭示
广州大学分子遗传与进化创新研究中心董志诚团队与复旦大学、中国科学院分子植物科学卓越创新中心张一婧团队合作，首次报道了植物中的增强子转录，初步阐释了增强子转录在小麦基因表达调控中的作用。相关研究近日发表于《基因组生物学》（Genome Biology）。 增强子是一种40
增强子转录在小麦基因表达调控中的作用获揭示
广州大学分子遗传与进化创新研究中心董志诚团队与复旦大学、中国科学院分子植物科学卓越创新中心张一婧团队合作，首次报道了植物中的增强子转录，初步阐释了增强子转录在小麦基因表达调控中的作用。相关研究近日发表于《基因组生物学》（Genome Biology）。 增强子是一种40
反义RNA调控细菌基因的表达功能介绍
反义RNA对编码CAP的基因的调控作用已如前述。这里再介绍一下micF RNA对ompF基因的表达的调控。ompF蛋白质是大肠杆菌的外膜蛋白的主要成分这一。micF RNA是从另一基因(ompC基因)附近的DNA序列转录而来，和o-mpFn RNA的5'端有70%的序列互补，因此在体外m
关于基因表达的机制RNA加工的介绍
基因表达的机制：原核蛋白编码基因的转录产生的是可以翻译成蛋白质的信使RNA（mRNA），但真核基因的转录会产生RNA的初级转录本（pre-mRNA），必须经过一系列加工才能成为成熟RNA（mRNA）。RNA的加工包括5端加帽、3端多腺苷酸化和RNA剪接。RNA加工可能是真核生物细胞核带来的进化优
DNA与RNA能协同互补调控基因表达
比利时布鲁塞尔自由大学主导的一项研究揭示，DNA和RNA的表观遗传学协同调控比过去想象的更加紧密。这项发表在最新一期《细胞》杂志上的研究，结合了DNA和RNA研究结果，指出这两种调控方式共同作用，形成一个互补系统：DNA表观遗传学决定了哪些基因可以被激活，而RNA表观遗传学则动态调整这些基因的表达水
反义RNA的调控细菌基因的表达功能
反义RNA对编码CAP的基因的调控作用已如前述。这里再介绍一下micF RNA对ompF基因的表达的调控。ompF蛋白质是大肠杆菌的外膜蛋白的主要成分这一。micF RNA是从另一基因(ompC基因)附近的DNA序列转录而来，和o-mpFn RNA的5'端有70%的序列互补，因此在体外mic
关于基因表达的RNA输出和翻译的介绍
1、基因表达的RNA输出 真核生物中，虽然一些RNA在细胞核中起作用，但大多数成熟的RNA必须通过核孔从细胞核输出到细胞质中。这些RNA包括蛋白质合成中涉及的所有RNA类型。在某些情况下，RNA被另外转运到细胞质的特定部分，如突触。 2、基因表达的翻译 成熟RNA是非编码RNA的最终基因表
T7RNA聚合酶系统基因表达实验
两种重组痘苗病毒共感染细胞 单病毒感染OST7-1细胞 利用VOTE系统 实验方法原理 含有 pT7 控制的外源基因（「痘苗病毒系统基
T7RNA聚合酶系统基因表达实验
实验方法原理 含有 pT7 控制的外源基因（「痘苗病毒系统基因表达实验」中「重组痘苗病毒（VTF7-3）感染后的脂质体转染」）的重组质粒，通过同源重组可整合到痘苗病毒中,并制备重组病毒储液。将此病毒储液与 vTF7-3 共同感染贴壁或悬浮细胞，在培养过程中，外源基因被高效的 T7 RNA
Nature子刊：RNA测序鉴定小胶质细胞独特表达基因
马萨诸塞州综合医院(MGH)的研究者采用一种新的测序方法，鉴定了一组被脑免疫细胞——称为小胶质细胞—— 用来感知需要其做出反应的致病组织、毒素或损伤细胞的基因。这些基因的鉴定，能使我们更好地理解小胶质细胞在正常大脑和神经退行性疾病中的作用，为保护诸如阿尔茨海默氏病和帕金森氏综合症引起的损伤带
T7RNA聚合酶系统基因表达实验（一）
本节介绍依赖于在哺乳动物细胞质合成噬菌体T7 RNA聚合酶的瞬时细胞质表达系统。首先，将感兴趣的基因插入质粒中，使其位于T7 RNA聚合酶启动子（PT7）的控制下。在培养过程中，外源基因被高效的 T7 RNA聚合酶转录。这种转染方案适用于分析的目的，因为不需要构建新的重组病毒，所以比较简单。对于大规
关于基因表达的机制非编码RNA的成熟的介绍
多数生物体中的非编码基因（ncRNA）被转录为需要进一步加工的前体。核糖体RNA（rRNA）通常被转录为含有一个或多个rRNA的前体rRNA，前体rRNA后来在特定位点被大约150种不同的snoRNA切割和修饰。转移RNA（tRNA）的5'和3'端序列分别被RNase P和tRN
T7RNA聚合酶系统基因表达实验（二）
单病毒感染OST7-1细胞实验方法原理OST7-1 细胞来源于鼠 L929 细胞，能在细胞质中持续表达噬菌体 T7 RNA 聚合酶，因此，应用此细胞系无需用 vTF7-3 感染细胞。实验材料贴壁培养的单层 OST7-1 细胞含有 pT7 控制的外源基因的重组病毒储液试剂、试剂盒完全 MEM-2.5
长非编码RNA调控癌基因MYC表达的综述文章
8月7日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲受邀在国际学术期刊Current Opinion in Genetics & Development 发表题为The long noncoding RNA regulation at the MYC locus 的综述论
最准确的基因表达检测方法——RNA测序遭遇“信任”危机？
当前，RNA测序成为了一种常用工具。 利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。 RNA测序的准确性 早在2014年，《Nature Biotechnology》上发表了三篇文章。它们属于RNA测序质量控制（SEQC）
T7RNA聚合酶系统基因表达实验（三）
实验方法原理VOTE是最近发展的痘苗病毒/T7 RNA聚合酶混合表达系统，将外源基因克隆到质粒 pVOTE. 1或 pVOTE. 2 中，通过同源重组将其整合到痘苗病毒 vT7lacOI 基因组中，制备重组病毒储液。在异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）存在的条件下，用重组病毒感染细胞，外源基因
Cell：神秘的非编码RNA在基因表达中起重要作用
在细胞中，DNA被转录成RNA，提供给细胞制造蛋白质的分子配方。大多数的基因组被转录成RNA，但实际上只有一小部分的RNA是来自于基因组中的蛋白质编码区域。 宾夕法尼亚大学Perelman医学院Penn表观遗传学研究所主任Shelley Berger博士说：“为什么非编码区能转录？它们的功能一
lncRNA表达与RNA的延伸
LncRNA的火热研究已经有几年的时间了，关于lncRNA总归是有说不完的话题。目前对lncRNA的基础分析都已形成了一定的模式。然后，今年来lncRNA的相关文章依然如雨后春笋。 长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RN
癌基因的关键——染色体外环状DNA（eccDNA）
实验方法：环状DNA-seq, RNA-seq（云序生物提供以上服务）1. ecDNA是环状结构为了了解ecDNA的结构，作者通过环状DNA-seq（云序生物提供以上服务）方法研究了三种人类癌细胞系和来自于TCGA的临床肿瘤样品。通过这种方法检测到了GBM39细胞中的圆形扩增子游离于染色体之外，并且
The－scientist为你解读神秘的eRNA
近年来科学家们发现，增强子也常常转录成RNA，不过他们还不能确定这些eRNA有何功能。日前，The scientist杂志刊发文章对这种神秘的eRNA进行了解读。 增强子大约发现于三十五年前，关于这一元件还有许多的未解之谜。与启动子不同的是，增强子能够上调较远距离的基因，这一距离并不一定，不过
Tornado表达系统实现RNA高水平表达和功能活性
RNA适配体是一种短RNA，可通过结合细胞内的分子或蛋白质调节细胞内进程。尽管RNA适配体具有潜在的应用价值，但它并没有其他RNA技术广泛应用，主要问题是它们不能高浓度表达，从而不能有效调节蛋白质功能，同时也阻碍了RNA装置，例如RNA代谢物生物传感器在哺乳动物细胞中的应用。通常，基于RNA的生
生物物理所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制
7月12日，中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》（Nature）上，在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。 转录调控在维持细胞功能和正常发育过程中起着关键作用。其中，增
陈玲玲研究员Cell－Res解析癌相关lncRNA
报道 来自中科院上海生命科学研究院、第二军医大学的研究人员在新研究中证实，人类结直肠癌特异性的CCAT1-L lncRNA调控了MYC基因位点的远程染色质相互作用。这一研究发现在线发表在3月25日的《细胞研究》(Cell Research)杂志上。 论文的通讯作者是中科院上海生命科学院
上海生科院揭示长非编码RNA对MYC基因转录调控的分子机制
5月5日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组在《细胞研究》(Cell Research)发表当期封面文章Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin
肿瘤细胞中ecDNA新机制在斯坦福大学致癌基因研究应用1
文章导读eccDNA是染色体外的一种特殊的环状DNA，从它的出现至今已长达数年，但在起初的很长一段时间里并未得到人们的重视。随着高通量技术的发展，eccDNA(extrachromosomal circular DNAs，eccDNAs)作为染色体外的环状DNA的研究也进一步深入。在国际学术
什么是基因表达调控？基因表达调控有什么意义
意义：1.适应环境、维持生长和增殖：生物体赖以生存的外环境是在不断变化的，为了生存，所有活细胞都必须对外环境变化作出适当反应，调节代谢，以适应环境变化。生物体适应环境、调节代谢的能力与蛋白质分子的生物学功能有关。而蛋白质的水平又受基因表达的调控。2.维持个体发育与分化：多细胞生物调节基因的表达除为适
结构基因的结构
人类结构基因4个区域：①编码区，包括外显子与内含子；②前导区，位于编码区上游，相当于RNA5’末端非编码区（非翻译区)；③尾部区，位于RNA3’编码区下游，相当于末端非编码区（非翻译区)；④调控区，包括启动子和增强子等。基因编码区的两侧也称为侧翼顺序（图３－１)。 1．外显子和内含子 大多
科学家尝试破解基因增强子之谜
基因可能是细胞核中的主角，但如果没有强有力的配角阵容，它们也将永远无法发光。随着DNA调控剂（增强子）的延展，将帮助基因在正确的时间和位置启动。尽管研究人员像狗仔队追踪好莱坞明星一样详细调查了基因，增强子依然身处幕后，其工作原理仍然成谜。不过，近日举行的遗传学会议可能将改变现状：研究人员描述了
真核基因转录水平的调控2
（3）增强子的位置可在基因5′上游、基因内或其3′下游的序列中，而其作用与所在基因旁侧部位的方向似无关系，因为无论正向还是反向，它都具有增强效应；（4）增强子所含核苷酸序列大多为重复序列，其内部含有的核心序列，对于它进入到另一宿主之后重新产生增强子效应至关重要；（5）增强子一般都具有组织和细胞特异性