转录组分析鉴定番茄lncRNA16397与致病疫霉抗性产生机制
致病疫霉是一种生物营养性病原体，是番茄晚疫病（LB）的致病因子。LB长期以来在一些国家普遍存在，给番茄种植带来严重的经济损失；因此，它被认为是影响番茄产量的主要威胁。之前对番茄病原体相互作用的研究发现，番茄的不同品种表现出不同的病原体抗性。组学测序技术的快速发展有助于鉴定植物物种中数千个长的非编码（lnc）RNA，但是lncRNA在植物——病原体相互作用中的作用仍然在很大程度上未被探索。 在这项研究中，大连理工大学生命科学与技术学院栾雨时教授课题组利用比较转录组分析了致病疫霉抗性和敏感的番茄来鉴定差异表达的基因（DEGs）和lncRNA（DELs），并研究了lncRNA-mRNA网络。 通过对转录组测序数据进行分析，抗性和敏感番茄之间共鉴定出1037 个DEGs和688个DELs。共定位网络显示了128个DEGs和127个 DELs。通过分析后发现lncRNA16397作为SlGRX22的反义转录物调节其表达，并且当ln......阅读全文
转录组分析鉴定番茄lncRNA16397与致病疫霉抗性产生机制
致病疫霉是一种生物营养性病原体，是番茄晚疫病（LB）的致病因子。LB长期以来在一些国家普遍存在，给番茄种植带来严重的经济损失；因此，它被认为是影响番茄产量的主要威胁。之前对番茄病原体相互作用的研究发现，番茄的不同品种表现出不同的病原体抗性。组学测序技术的快速发展有助于鉴定植物物种中数千个长的非编
全转录组测序的“一箭三雕”：circRNA，lncRNA，mRNA
1. 文章主题：环状RNA通过靶向miRNA调控的信号传导促进结直肠癌的转移发表期刊：Journal of pathology影响因子：5.942发表时间：201906实验方法：全转录组测序实验样本：结直肠癌组织肝转移是结直肠癌（CRC）患者的主要死亡原因。作者使用全转录组测序在CRC肝转移的小鼠模
PlantScreen表型助力转录组水平amiRNA筛选鉴定拟南芥激素...
PlantScreen表型助力转录组水平amiRNA筛选鉴定拟南芥激素运输功能基因研究信号分子的运输在调节植物生长、发育和环境应答方面起到非常重要的作用。最显著的例子就是植物激素的空间分布控制植物发育模式。以色列特拉维夫大学Eilon Shani研究团队使用amiRNA进行转录组多目标正向遗传筛
lncRNA逆转录的引物如何设计
目前发现的大多数lncRNA都带有poly(A)，可以通过Oligo(dT)、随机引物进行反转录扩增合成cDNA
长链非编码－RNA（lncRNA）研究策略
长链非编码 RNA（long noncoding RNA，lncRNA）指的是转录本长度在 200-100000 nt 之间的 RNA 分子，它们不编码蛋白，位于细胞核或胞质内，具有保守的二级结构。研究显示，lncRNA 并非以前所认识的那样没有功能，它可与蛋白质、DNA 和 RNA 相互作
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。研究背景肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，由于环境的污染，肺癌
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。 研究背景 肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，
转录组测序和全转录组测序的区别
全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术，可以全面获取样本中转录产物信息，结合竞争性内源RNA ( ceRNA)机制， 进行联合分析，深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有
基因组所小鼠组织新转录本鉴定研究取得进展
近日，中国科学院北京基因组研究所胡松年项目组利用新一代测序数据，运用生物信息学方法，在小鼠的几个组织中发现了几千个新的转录本。该研究成果的完成拓宽了转录组数据分析的思路，有利于更全面地认识小鼠的转录组组成，并进一步补充了其基因组的注释，相关成果论文在frontiers in genetics
Nature－子刊：研究lncRNA功能的新方法
长非编码RNA（lncRNA）是长达两百个核苷酸以上的转录本。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质，但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性，这说明lncRNA具有重要的生物学意义。细胞中绝大多数lncRNA位于细胞核，它们对应的DNA区域有的与蛋白编码基因重叠，有的位于基因间或者内含子中。
LncRNA：从“转录噪声”到科研高地的逆袭
2002年日本学者Okazaki在对小鼠cDNA文库进行测序时，第一次发现并鉴定了一类较长的转录产物，并将其命名为长链非编码RNA，也就是我们所知的LncRNA。然而在这种非编码RNA被发现后的很长时间里，由于它不参与蛋白质的编码，当时认为不具有生物学功能，科学家们都普遍认为lncRNA仅仅是基
转录组测序原理
而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 进行测序分析的技术。通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿瘤组织；药物治疗前后的表达差异；发育过程中，不同发育阶段，不同组织的表达
如何处理qPCR验证与转录组测序结果不一致
如何处理qPCR验证与转录组测序结果不一致qpcr是对量进行检测的多数，你是要看你的转录组的表达量的多少吧，如果与测序做对比是没有明确意义的，实在要做的话，那你需要对你的整个转录本都进行定量才能出来对比结果
如何处理qPCR验证与转录组测序结果不一致
如何处理qPCR验证与转录组测序结果不一致qpcr是对量进行检测的多数，你是要看你的转录组的表达量的多少吧，如果与测序做对比是没有明确意义的，实在要做的话，那你需要对你的整个转录本都进行定量才能出来对比结果
如何处理qPCR验证与转录组测序结果不一致
如何处理qPCR验证与转录组测序结果不一致qpcr是对量进行检测的多数，你是要看你的转录组的表达量的多少吧，如果与测序做对比是没有明确意义的，实在要做的话，那你需要对你的整个转录本都进行定量才能出来对比结果
为lncRNA跨物种鉴定以及功能分析提供重要方法和工具
近日，中国科学院北京基因组研究所在国际生物多样性与健康大数据（Global Biodiversity & Health Big Data，简称BHBD）联盟框架下，与沙特阿卜杜拉国王科技大学、巴基斯坦真纳大学以及美国梅奥医学院开展科研合作，联合开发了可跨物种使用的长非编码RNA（long non
长链非编码RNA编码多肽的系统挖掘和鉴定研究新进展
6月13日，Molecular & Cellular Proteomics在线发表了中国科学院生物物理研究所研究员杨福全团队和中科院院士陈润生团队，关于长链非编码RNA（lncRNA）编码多肽的系统挖掘和鉴定的研究论文Deeply Mining a Universe of Peptides En
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
转录组测序流程步骤
以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代
番茄基因组作图与分子育种
摘要： The cultivated tomato, Lycopersicon esculentum, is the second most consumed vegetable worldwide and a well-studied crop speciesin terms of g
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
黄粉甲触角转录组测序及嗅觉基因鉴定鞘翅目嗅觉基因
最新一期《Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics》（SCI收录，IF=2.823）杂志报导了安徽农业大学植保学院的研究人员在昆虫转录组测序方面的研究论文，该课题组利用第二代高通量测序技术对黄粉
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
转录因子调控番茄碱代谢合成新机制获解析
甾体生物碱（SA）及其糖基化形式（SGA）是广泛存在于茄科植物中一类特殊的代谢产物，对植物病原菌和草食动物具有防御作用。迄今为止，在番茄中检测到近百种甾体类生物碱，其中α-番茄碱（α-tomatine）是茄科植物的叶片、花蕾和果实中最主要的一种SGA。在番茄成熟过程中，有毒的生物碱及其糖基化产物由一
黄粉甲触角转录组测序及嗅觉基因鉴定在鞘翅目嗅觉基...
黄粉甲触角转录组测序及嗅觉基因鉴定在鞘翅目嗅觉基因功能研究中的应用最新一期《Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics》（SCI收录，IF=2.823）杂志报导了安徽农业大学植保学院的研究人员