基因组所小鼠组织新转录本鉴定研究取得进展
近日，中国科学院北京基因组研究所胡松年项目组利用新一代测序数据，运用生物信息学方法，在小鼠的几个组织中发现了几千个新的转录本。该研究成果的完成拓宽了转录组数据分析的思路，有利于更全面地认识小鼠的转录组组成，并进一步补充了其基因组的注释，相关成果论文在frontiers in genetics杂志发表。 本研究运用通过去除核糖体技术构建的转录组文库的二代测序数据，该项技术理论上可以捕获较全面的RNA分子。通过深入分析，在小鼠的大脑、睾丸和胚胎干细胞中发现了几千个新的转录本(大部分是非编码RNA)。这些新检测到的转录本与转录起始和延伸的信号密切相关，在这些转录本上游，科研人员看到了H3K4me3,RNAPII结合位点和CAGE等标志转录起始的特征。而且这些转录本的基因组位置、外显子序列和启动子经过了进化的选择，由此可以看出它们潜在的功能性。 这些结果定义了一个小鼠基因组的新的转录本集合，这些转录本在小鼠的细胞和组......阅读全文
基因组所小鼠组织新转录本鉴定研究取得进展
近日，中国科学院北京基因组研究所胡松年项目组利用新一代测序数据，运用生物信息学方法，在小鼠的几个组织中发现了几千个新的转录本。该研究成果的完成拓宽了转录组数据分析的思路，有利于更全面地认识小鼠的转录组组成，并进一步补充了其基因组的注释，相关成果论文在frontiers in genetics
－长读取测序揭秘转录本结构
短读取的 RNA-seq 虽然可以精确计数已表达的转录本，但无法提供这些转录本的结构信息。 现在，斯坦福大学研究人员在《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上报告称，他们开发出了一种能保留转录本结构信息的新方法，他们通过环状 cDNA 模板和长读取测序，
如何在基因中选择合适的转录本？
一段基因的DNA序列，一般按从5’到3’的方向分别为：5’非编码区（图中黑色）、外显子（Exon，图中红色）与内含子（intron，图中浅蓝色）区、3’非编码区（图中黑色）等。而在从DNA转录到mRNA的过程中，其中的内含子会被剪切掉、而外显子区再次重新连接起来，最终形成的序列就是mRNA序列了。
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
小鼠肝组织DNA的提取
实验概要掌握从动物组织中提取DNA的基本原理和方法，了解利用电泳技术分离、鉴定核酸的原理和方法。实验原理真核生物DNA主要以核蛋白形式存在于细胞核中，因此制备DNA必须先粉碎组织，裂解细胞膜和核膜，使核蛋白释放，在除去蛋白质、脂类、糖类和 RNA等物质，得到纯化的DNA。在本实验的提取DNA反应
小鼠肝基因组DNA制备
原理DNA 以核蛋白形式存在于细胞核中，制备 DNA 的原则是既要将 DNA 与蛋白质、脂类和糖类等分离，又要保持 DNA 分子的完整。蛋白酶K 及链霉蛋白酶 E 的应用使这两个原则得到了保证。蛋白酶K 或链霉蛋白酶 E 均为广谱蛋白酶，其重要特性是能在 SDS 和 EDTA 存在下保持很高的活性。
小鼠肝基因组DNA制备
原理DNA 以核蛋白形式存在于细胞核中，制备 DNA 的原则是既要将 DNA 与蛋白质、脂类和糖类等分离，又要保持 DNA 分子的完整。蛋白酶K 及链霉蛋白酶 E 的应用使这两个原则得到了保证。蛋白酶K 或链霉蛋白酶 E 均为广谱蛋白酶，其重要特性是能在 SDS 和 EDTA 存在下保持很高的活性。
分子植物卓越中心揭示天然反义转录本调控机制
近期，中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所研究员何玉科研究组在Nature Communications上，发表题为Natural antisense transcripts of MIR398 genes suppress microR398 processing and a
首本针对国际渔业组织的专著出版
在我国极地考察40周年之际，上海海洋大学远洋渔业科学与技术创新团队教授唐建业出版了55万字的《南极海洋生物养护：法律与政治》学术专著。该专著在国内外相关研究成果的基础上，围绕《南极海洋生物资源养护公约》起源及南极海洋生物资源养护委员会实践，以南极磷虾渔业、南极犬牙鱼渔业、非法、不报告和不管制（IUU
科学家成功解码鱼类胚胎中的新生转录本
上海海洋大学教授陈良标、胡鹏团队，在活体鱼类胚胎中实现了单细胞新生RNA测序技术的系统优化和应用，首次实现对“合子激活”阶段新转录基因的高灵敏度、高准确性检测，打开了研究生命起源奥秘的新窗口，也为水产育种的基因精准设计提供了重要工具。相关研究近日发表于《自然-通讯》。每个新生命的开始都经历过一次“主
类转录化学药物诱导型基因组编辑和转录激活系统
生物学变化多受到高度动态的分子事件调控，为了更精确的理解并研究这些过程，应用条件性可诱导的技术手段是十分必要的。此前，得到广泛应用的药物诱导技术之一是通过配体结合激发雌激素受体蛋白（ER）从细胞质到细胞核的转运。在没有激素配体的情况下，ER与热激蛋白（hsp90）结合定位于细胞质中；一旦与配体结
研究人员发布最新版树鼩基因组注释
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究
昆明动物所等发布最新版树鼩基因组注释
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究
小鼠组织因子(TF)酶联免疫分析
小鼠组织因子(TF)酶联免疫分析试剂盒使用说明书本试剂仅供研究使用 目的：本试剂盒用于测定小鼠血清，血浆及相关液体样本中组织因子(TF)的含量。实验原理： 本试剂盒应用双抗体夹心法测定标本中小鼠组织因子(TF)水平。用纯化的小鼠组织因子(TF)抗体包被微孔板，制成固相抗体，往包被单
小鼠组织因子(TF)ELISA试剂盒
小鼠组织因子(TF)ELISA试剂盒 (用于血清、血浆、细胞培养上清液和生物体液内) 原理本实验采用双抗体夹心 ABC-ELISA法。用抗小鼠 TF 单抗包被于酶标板上，标准品和样品中的 TF与单抗结合，加入生物素化的抗小鼠TF，形成免疫复合物连接在板上，辣根过氧化物酶标记的Streptavidin
小鼠核转录因子(NFkB－)ELISA试剂盒
小鼠核转录因子(NF-kB )ELISA试剂盒 原理本实验采用双抗体夹心 ABC-ELISA法。用抗小鼠 NF-kB 单抗包被于酶标板上，标准品和样品中的 NF-kB 与单抗结合，加入生物素化的抗小鼠NF-kB ，形成免疫复合物连接在板上，辣根过氧化物酶标记的Streptavidin与生物素结合，加
构建小鼠基因组CRISPR导向RNAs文库
研究人员开发出一种方法，构建出了一个可诱导小鼠基因组全基因靶向突变的CRISPR导向RNA(gRNAs)综合文库。人们可利用这一文库来调查不同细胞类型中每个基因的作用。这一突破性的研究成果在线发表在12月23日的《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上。 CR
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研
干货！小鼠肝组织dna的提取详细步骤
实验原理 DNA 以核蛋白形式存在于细胞核中。蛋白酶K 或链霉蛋白酶 E 均为广谱蛋白酶，其重要特性是能在 SDS 和 EDTA 存在下保持很高的活性。在匀浆后提取 DNA 的反应体系中， SDS 可破坏细咆膜、核膜，并使组织蛋白与 DNA 分子分离， EDTA 抑制细胞中 DNase 活性，
小鼠组织切片免疫组化实验步骤
材料二甲苯 酒精（100％，95％） EDTA抗原修复工作液（pH8.0，稀释50倍使用） 0.5M Tris-NaCl (TBS) pH7.4（稀释10倍使用） DAB显色液（临用前配制：试剂盒A、B、C各50ul，于1ml水中混匀）。方法1. 石蜡切片置60℃烘箱中烘烤过夜 2.
全自动组织处理器处理小鼠脾脏
注意：gentleMACSTM Dissociators的使用细节可参考厂家说明书注意：在本文所展示的结果中，每个gentleMACS C管解离一个脾脏 1. 将小鼠脾脏加入含有PEB缓冲液的gentleMACS C管中: 1-2个小鼠脾脏：3ml 3-4个小鼠脾脏：6ml 5-6个小鼠
小鼠组织切片免疫组化实验步骤
实验概要免疫组化，是应用免疫学基本原理——抗原抗体反应，即抗原与抗体特异性结合的原理，通过化学反应使标记抗体的显色剂（荧光素、酶、金属离子、同位素）显色来确定组织细胞内抗原（多肽和蛋白质），对其进行定位、定性及定量的研究，称为免疫组织化学技术(immunohistochemistry)或免疫细胞化学
小鼠组织切片免疫组化实验步骤
实验概要免疫组化，是应用免疫学基本原理——抗原抗体反应，即抗原与抗体特异性结合的原理，通过化学反应使标记抗体的显色剂（荧光素、酶、金属离子、同位素）显色来确定组织细胞内抗原（多肽和蛋白质），对其进行定位、定性及定量的研究，称为免疫组织化学技术(immunohistochemistry)或免疫细胞化学
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱
3月22日，国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
12个基因组区域影响小鼠抚育行为
遗传学亲代抚育 科技日报北京5月9日电 （记者张梦然）英国《自然》杂志日前发表的一项遗传学研究，以两种小鼠为研究对象，考察了亲代抚育行为的遗传驱动因素。该研究识别出了12个影响小鼠亲代抚育行为的基因组区域，并揭示了复杂的社会行为背后的神经生物学基础。 对很多生命而言，后代发育成长的先决条件是
小鼠基因组DNA抽提操作规程
一、原理与意义先用细胞裂解液对已制备好的组织匀浆充分裂解，然后用蛋白酶去除其中的蛋白，再用氯仿一次抽提（无需用酚抽提）、预备液沉淀、RNase去除RNA、乙醇再沉淀即可得到完整DNA。该方法适用于从人或动物的各种组织、血液、培养细胞、G+/G-细菌中快速抽提基因组DNA。抽提出来的DNA能用于几乎所
植物组织制备基因组DNA实验
氯化铯法 CTAB法 实验方法原理 加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中， 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则
植物组织制备基因组DNA实验
实验方法原理 加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中， 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀附于壁上及底部， 从而达到提取的目的。实验材料 植物组织试剂、试剂盒 抽提缓冲液十二烷基肌氨酸钠TE异丙醇溴化乙锭氯化铯仪器、耗材 离心机实验步骤 收取1