Science:开发出一种小到足以移动单链DNA的“分子料斗”

在一项新的研究中,来自英国牛津大学的研究人员构建出一种能够通过蛋白纳米管移动单链DNA的“分子料斗(molecular hopper)”。相关研究结果发表在2018年8月31日的Science期刊上,论文标题为“Directional control of a processive molecular hopper”。论文通信作者为牛津大学化学系教授Hagan Bayley。 这种小型分子料斗的工作原理是按顺序产生和破坏简单的连接到一个纳米级轨道上的化学键。这能够利用较小的电势加以打开、关闭或逆转,从而最终可能让它适合用于纳米孔DNA测序装置中。 Bayley说,“能够控制分子运动是构建纳米级机器的最高目标。能够在精确的化学控制下处理单个DNA分子可能用于替代DNA测序技术中使用的酶,从而提高这些技术的速度和能够并行分析的分子的数量。” 这些研究人员通过产生能够进行亚纳米级跳步(hopping step)的分子而显著推......阅读全文

Science:单分子实时观测DNA复制

  由于DNA长链常常出现单个碱基的缺失或是损伤,因此DNA损伤相当常见,每天每个细胞大约有100万个分子损害。这些损伤可以造成DNA复制过程停滞,从而导致细胞死亡。为了避免它,细胞利用几个信号通路来绕过损伤继续DNA复制过程。近日来自西班牙巴塞罗那大学的研究人员利用一些单分子操纵技术在体外重现了其

分子生态学单链构象多态性

单链构象多态性,在一定条件下, 单链DNA可形成特有的二级结构。不同 DNA链上单个碱基的改变可引起其二级结 构的改变,从而改变DNA链在非变性胶中 的电泳迁移率形成的多态性称作单链构象多 态性。单链DNA片段呈复杂的空间折叠构 象。这种立体结构主要是由其内部碱基配对 等分子内相互作用力来维持的,当

研究发现全新DNA单链磷硫酰化修饰系统

DNA单链磷硫酰化修饰-感应修饰限制系统的工作机理  近日,武汉大学药学院教授王连荣课题组在《自然·微生物学》在线发表了细菌DNA磷硫酰化领域的最新研究成果,首次揭示了一套全新的磷硫酰化限制-修饰系统——DNA单链磷硫酰化修饰Ssp系统,并解析了感应基因组修饰抗噬菌体系统的分子机制。  细菌磷硫酰化

寡核苷酸指导的单链-DNA-诱变实验

实验材料 适用于转化的大肠杆菌菌株 用于转化的大肠杆菌 TG1 感受态菌试剂、试剂盒 ATPPE1缓冲液PE2 缓冲液噬菌体 T4 DNA 连接酶噬菌体 T4 多核苷酸激酶大肠杆菌 DNA 聚合酶ⅠKlenow 片段M13 噬菌体通用测序引物含 4 种 dNTP 的 dNTP 溶液诱变的 M

临床化验单详解抗双链DNA抗体介绍

抗双链DNA抗体介绍: 抗双链DNA抗体(抗ds DNA)是抗DNA抗体中的一种。其反应位点位于DNA脱氧核糖磷酸框架上。抗ds DNA主要出现于SLE患者的血清中,对SLE患者的组织器官损伤有致病作用。在SLE患者血循环中,大分子的DNA浓度显著高于正常人,DNA还可与多种器官的微血管结构包括肾小

寡核苷酸指导的单链-DNA-诱变实验

            实验材料 适用于转化的大肠杆菌菌株 用于转化的大肠杆菌 TG1 感受态菌 试剂、试剂盒 ATP

免疫学实验抗单链DNA(ssDNA)抗体介绍

  抗单链DNA(ssDNA)抗体介绍:  抗ssDNA是抗DNA抗体中临床意义和重要性都不如抗dsDNA的一种,DNA是一个大分子的复合物,由两条核苷酸链形成的双螺旋结构。加热时碱基间的氢键断裂,DNA变性产生ssDNA。抗ssDNA的反应位点主要是ssDNA上的嘌呤和嘧啶构成的碱基。  抗单链D

寡核苷酸指导的单链-DNA-诱变实验

本文介绍了由 Zoller 和 Smith 的双引物技术(1984,1987) 结合 Kunkel 的诱变体产量富集方法(1985) 构成的经典方案。本方案中使用的单链 DNA 模板含有较高的尿嘧啶残基,因为它们是从生长于 dut 和 ung 基因突变大肠菌中的 M13 噬菌体中制备的(见方案 1)

制备DNA测序模板实验——制备单链M13噬菌体DNA

本实验包含了用于制备适用于双脱氧测序的模板及适用于末端标记和化学测序的DNA的实验方案。所有用于双脱氧测序的双链模板在与引物退火前必须变性,在一般应用上,碱变性在测序中的效果比热变性好。实验材料大肠杆菌试剂、试剂盒LBTEM13聚乙二醇容易让顶层琼脂乙酸钠乙醇仪器、耗材巴斯德吸管试管离心机实验步骤1

单链和双链M13噬菌体DNA的大规模制备

实验方法原理 这个方案主要用于制备大量 M13 噬菌体的双链 DNA,因在实验室中 M13 噬菌体经常被用作克隆载体,以及在某些特殊用途时需要制备大量的单链噬菌体 DNA,如当一个特定的重组体被多次用于制备反射性标记探针或构建大量定点突变体时。实验材料 大肠杆菌 F' 菌株M13 噬菌体原液

单链和双链M13噬菌体DNA的大规模制备

            实验方法原理 这个方案主要用于制备大量 M13 噬菌体的双链 DNA,因在实验室中 M13 噬菌体经常被用作克隆载体,以及在某些特殊用途时需要制备大量的单链噬菌体 DNA,如当一个特定的重组体被多次用于制备反射性标记探针或构建大量定点突变体时

单链和双链M13噬菌体DNA的大规模制备

这个方案主要用于制备大量 M13 噬菌体的双链 DNA,因在实验室中 M13 噬菌体经常被用作克隆载体,以及在某些特殊用途时需要制备大量的单链噬菌体 DNA,如当一个特定的重组体被多次用于制备反射性标记探针或构建大量定点突变体时。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。实验方法原理这个方案主

碘化物缓冲液提取噬菌体单链DNA

碘化物缓冲液: 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM EDTA, 4 M NaCl。室温避光贮存。不知道这里面哪个是需要避光的?我怎么没有提出DNA来,不知道是为什么?用的是NEB手册上写的方法。1. 按上述方法进行噬菌斑扩增,在第一步离心后,将500 µl含噬菌体上清转入一新

单链DNA测序技术助力获取游离核酸多组学数据

游离DNA(cfDNA)是指游离在细胞外的DNA,存在于血浆、血清或尿液等体液中。cfDNA的片段组学特征可用于微创、实时、动态地监测生理和病理状态,在肿瘤早筛与复发监测、母婴健康、器官移植、感染疾病等领域具有广阔的应用前景。高通量测序技术是表征cfDNA片段组学特征的主要手段,其中,双链DNA文库

Science:重大进展!开发出单链DNA/RNA折纸术

  DNA折纸术科学家们正在梦想着各种各样的比人的头发小一千倍的形状,并希望这些形状有朝一日引发计算、电子学和医学变革。  如今,在一项新的研究中,来自美国亚利桑那州立大学和哈佛大学的研究人员在DNA纳米技术上取得一项重大的新进展。他们开发出的一种被称作单链折纸术(single-stranded o

临床化学检查方法介绍抗单链DNA(ssDNA)抗体介绍

抗单链DNA(ssDNA)抗体介绍:  抗ssDNA是抗DNA抗体中临床意义和重要性都不如抗dsDNA的一种,DNA是一个大分子的复合物,由两条核苷酸链形成的双螺旋结构。加热时碱基间的氢键断裂,DNA变性产生ssDNA。抗ssDNA的反应位点主要是ssDNA上的嘌呤和嘧啶构成的碱基。抗单链DNA(s

HiDEFseq技术揭示了单链DNA突变的起源

突变是构成DNA密码的分子“字母”的变化,DNA密码是所有活细胞的蓝图。其中一些变化可能影响不大,但其他变化可能导致疾病,包括癌症。现在,一项新的研究引入了一种原创技术HiDEF-seq,该技术可以准确检测突变之前DNA密码中的早期分子变化。该研究的作者说,他们的技术 - 发夹双链增强保真测序 -

抗单链DNA(ssDNA)抗体检测的临床意义

  抗ssDNA的测定结果缺乏疾病特异性,除SLE患者有较高检出率(50%~60%)外,其他风湿病如混合性结缔组织病(mixel connective tissue disease,MCTD)、药物诱导的狼疮、硬皮病、皮肌炎、干燥综合征,类风湿性关节炎等也都有10%~70%的检出率。当抗dsDNA阴

抗单链(变性)DNA抗体检测的临床意义

  抗ssDNA的测定结果缺乏疾病特异性,除SLE患者有较高检出率(50%~60%)外,其他风湿病如混合性结缔组织病(MCTD)、药物诱导的狼疮、硬皮病、皮肌炎、干燥综合征,类风湿性关节炎等也都有10%~70%的检出率。当抗dsDNA阴性而SLE的诊断尚未明确时,高滴度抗ssDNA的存在对诊断也有参

大肠杆菌-DNA--I-Klenow-片段及单链-DNA-模板进行双脱氧实验

            试剂、试剂盒 dATP 去离子蒸馏水 EDTA 延伸 终止混合液 和示踪混合液 甲酰胺上样缓冲液 Tris-Cl

用大肠杆菌-DNA-聚合酶-I-Klenow-片段及单链-DNA-模板进行...

用大肠杆菌 DNA 聚合酶 I Klenow 片段及单链 DNA 模板进行双脱氧测序实验试剂、试剂盒 dATP去离子蒸馏水EDTA延伸 终止混合液和示踪混合液甲酰胺上样缓冲液Tris-Cl酶和缓冲液大肠杆菌 DNA 聚合酶ⅠKienow 片段核酸和寡聚核苷酸寡核苷酸引物单链 DNA 模板放射性化合物

掌握DNA分子的“车流速度”-单分子操作实现近乎完美控制

  瑞士洛桑联邦理工学院(EPFL)研究人员多年来致力于改进纳米孔技术,该技术可让DNA分子通过膜上的小孔以测量离子电流,研究人员则可以通过分析核苷酸在电流通过时的扰动情况,来确定DNA的核苷酸序列。该研究19日发表在《自然·纳米技术》上。  分子的快速运动使得对其实现高精度分析具有挑战性。EPFL

研究提出面向糖链的纳米孔单分子分析方法

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498132.shtm

分子克隆常用载体(质粒、单链丝状噬菌体和噬粒)

DNA 片段的克隆需要合适的载体,载体或是质粒,或是噬菌体,或是病毒,通常大多经过人工改造[地的。作为载体必须具备两条件:一是该载体在细胞内必须能自主复制,即必须具备复制原点;二是该载体必须具备适合的酶切位点,且这些酶切位点不在复制原点区域内。以上两条,保证了载体的可繁殖性和可利用性。为了便于获

Nature:用于蛋白质分析的单分子DNA技术

  George Church 及同事开发出用于并行蛋白相互作用分析、借助用于蛋白功能分析的单分子DNA方法的一个“单分子相互作用测序”(SMI-seq)技术。  SMI-seq的工作原理是,通过核糖体显示或酶结合将蛋白耦合到DNA识别符或“条码”上。  这些条码化的蛋白然后在水溶液中被一起分析,并

含尿嘧啶的单链噬菌体-M13-DNA-制备实验

            试剂、试剂盒 缓冲液和溶液 乙醇 氯化钠 苯酚 醋酸钠 TE 琼脂糖凝胶 原始的重组 M13 噬菌体

含尿嘧啶的单链噬菌体-M13-DNA-制备实验

试剂、试剂盒 缓冲液和溶液乙醇氯化钠苯酚醋酸钠TE琼脂糖凝胶原始的重组 M13 噬菌体单链 DNAYT 培养基仪器、耗材 Corex 离心机管巴斯德滴管柱层析树脂大肠杆菌菌株 CJ236大肠杆菌菌株 TG1JM109 或相当的菌株实验步骤 材料缓冲液和溶液各种贮存液,缓冲液和试剂成分请参阅附录 1。

江苏疾控首次鉴定一种新型环状单链DNA病毒

  该病毒是我中心病原所对今年9月27日江苏出入境检验检疫局送检的一例从新加坡回国的发热病人咽拭子样本进行病原体检测后所得。病原所实验室人员通过对送检样本用高通量测序技术检测发现其中含有一种新型环状单链DNA病毒片段,后根据高通量测序reads序列设计特异引物,对病人咽拭子样本进行PCR扩增,产物经

含尿嘧啶的单链噬菌体-M13-DNA-制备实验

经典的 Kunfcel 寡核苷酸指导的诱变方法利用大肠杆菌中的尿嘧啶 DNA 糖基化酶 (glycosylase) 特异地筛除去含尿嘧啶碱基的 DNA 的选择性作用(请参考寡核苷酸诱变信息栏)。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。试剂、试剂盒缓

江苏疾控首次鉴定一种新型环状单链DNA病毒

  该病毒是我中心病原所对今年9月27日江苏出入境检验检疫局送检的一例从新加坡回国的发热病人咽拭子样本进行病原体检测后所得。病原所实验室人员通过对送检样本用高通量测序技术检测发现其中含有一种新型环状单链DNA病毒片段,后根据高通量测序reads序列设计特异引物,对病人咽拭子样本进行PCR扩增,产物经