北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas、犬类数据库iDog、RNA编辑与疾病相关知识库EDK、植物RNA编辑数据库PED、人类长非编码RNA数据库LncBook、多物种全基因组核小体定位图谱数据库NucMap以及一篇介绍大数据中心整体资源建设进展的文章。 自成立以来，BIGD面向我国人口健康和社会可持续发展的重大战略需求，围绕国家精准医学和重要战略生物资源的组学数据，建立了针对原始数据递交、存储与共享的数据库GSA，基因组变异数据库GVM，基因组归档数据库GWH，基因表达数据库GEN，DNA甲基化数据库Methbank，基于维基的生物学知识库Science Wikis，......阅读全文
基因测癌：在大数据中酝酿“中国突破”
研制鼻咽癌疫苗，引进国际先进的基因检测平台……我国科学家表示，如果加大对临床试验的数据采集和共享，有望通过基因测序技术让更多癌症患者受益。 中医提倡“治未病”，西医也在研究通过基因提前治病。一批国际知名的生命科学学者和临床医学专家，近日共同交流基因测序的最新研究成果，并探讨如何在临床转化上取
基因测序：数据深度挖掘和解读难题待解
作为一种新型基因检测技术，基因测序能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。正因如此，今年华大基因的上市，就引发了资本市场的热烈追捧。 在日前在京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，与会的众多专
基因大数据走向临床应用，哪些问题要克服？
为了推动基因组研究在临床中的应用，多个国家层面的大规模研究项目已经开启。2014年英国发起了10万人基因组计划，美国和中国也宣布了百万人基因组数据相关计划。许多区域性的大数据计划也在进行中。例如，宾夕法尼亚州的盖辛格健康系统（GeisingerHealth System）和纽约的再生元制药公司合
AbbVie公布泛基因型丙肝疗法数据
图片来源于网络 近日，在美国肝病研究学会（AASLD）组织的The LiverMeeting？2018上， AbbVie公司宣布了关于其泛基因型慢性丙型肝炎病毒（HCV）疗法Mavyret（glecaprevir/pibrentasvir）的新数据。来自3b期临床试验EXPEDITION-8的结果
为何大家愿意公开自己基因组数据？
2007年，在诺贝尔奖得主James Watson共同发现DNA结构的54年之后，他成为了第一个完成个人基因组测序的人，当时这花费了近100万美元。但随着近年来测序成本的下降，到了测序先驱Craig Venter这里，已经可以在一个小时内，花不到100美元的钱就能得到个人基因组序列了。 这一市
基因测序：数据深度挖掘和解读难题待解
作为一种新型基因检测技术，基因测序能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。正因如此，今年华大基因的上市，就引发了资本市场的热烈追捧。 在日前在京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，与会的众多
又一灭绝物种全基因组数据解析
日前，吉林大学考古学院蔡大伟教授团队与西北农林科技大学动物科技学院姜雨教授团队在马属动物古DNA研究领域取得重要进展。该研究在国际上首次成功获取已灭绝马属动物奥氏马的高质量全基因组数据，重建了马属动物的演化历史。 马科动物自古以来就与人们的关系密切,对人类社会文明的发展产生了重大影响。中国家马起源
大数据与基因技术结合－拯救可怕的“帕金森”
医疗行业的变革正成为新的风口，今天作者想讲讲大数据与基因技术结合，正在产生什么新的想象力。其中尤以基因检测技术走到了前面，让我们谈谈“帕金森综合症”： 在未来，基因检测术将会成为医疗不可或缺的一部分。越来越多的人会进行基因测序来了解自己的生命体征和健康状况。国内最大的基因检测机构华大基因，也正
各种模式生物必需基因在线数据库
Essential Genes are the genes that are indispensable to sustain cellular life. The functions encoded by essential genes are considered as a foundation
plos－biology：我们对基因表达数据存在普遍误解
数据可重复性一直以来都是实验生物学的一个主要问题，随着基因组技术的发展以及相关数据复杂性的不断提高，这一问题的严重性又得到了很大程度地提升。 11月12日，特拉维夫大学的Shir Mandelbaum，Zohar Manber，Orna Elroy-Stein和Ran Elkon在《PLOS
全球最大癌症基因数据库发布
美国国家癌症研究所(NCI)科学家发布了有史以来规模最大的癌症相关基因变异数据库，为研究者们提供了迄今为止最全面的方式，搞清楚如何将治疗药物靶向疾病。 周一NCI在一份声明中称，基于基因组学研究的新数据库，将对全球开放获取，预计将有助于研究人员加快新药的开发，同时能够更
中国开放最新家蚕基因组研究数据
“我们通过网络，以开放的姿态与世界共享家蚕基因组最新研究成果”，中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀26日介绍，包含有最新研究数据的中国家蚕遗传数据库目前已收到来自国内外科研人员的访问25万余次。 向仲怀介绍，中国家蚕遗传数据库由西南大学家蚕基因研究团队和深圳华大基因研究院合
－英公开埃博拉病毒基因测序数据
一个英国科研团队成功完成了对埃博拉病毒的基因测序，并已将数据在网上公开发布，免费提供给全球科研人员使用。这有助于各国研发更高效的治疗药物和疫苗。 剑桥大学３日发布公告称，２０１４年埃博拉疫情在西非暴发后，来自该校及英国多个科研机构的研究人员开始在塞拉利昂采集病毒样本，并利用美国一家公司开发的新
北京基因组所数据资源建设取得进展
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心团队研究论文在线发表于《核酸研究》期刊。该研究成果的发表是国内首次以数据中心为模式，整体发布我国生命组学数据资源建设情况，标志着生命与健康大数据中心建设取得实质性重要进展，也标志着我国建设综合性基因组数据资源获得国际同行认可。 生命与健康大数
肿瘤基因专家致力挖掘单细胞大数据潜能
近年来，随着测序技术的迅猛发展，单细胞测序技术已逐渐走入人们视野。2013年，单细胞测序技术成为《自然》评选的“Method of the Year”。大多数的基于NGS的基因检测，都是在大量细胞宏观水平上，对整个细胞群进行遗传分析。单细胞测序技术则是在单个细胞的水平上，对其遗传物质进行检测，从
基因表达数据分析主成分分析－PCA
DNA微阵列基因表达数据分析 主成分分析 ( Princ ipal Component Analysis ， PCA ) 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法，它可以从多元事物中解析出主要影响因素，揭示事物的本质，简化复杂的问题。计算主成分的目的是将高维数据投影到较低维空间。给定 n 个变量的 m
基因组所完成开发RiceWiki数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台，是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。 水稻是人类重
基因芯片数据处理流程与分析介绍
当人类基因体定序计划的重要里程碑完成之后，生命科学正式迈入了一个后基因体时代，基因芯片 (microarray) 的出现让研究人员得以宏观的视野来探讨分子机转。不过分析是相当复杂的学问，正因为基因芯片成千上万的信息使得分析数据量庞大，更需要应用到生物统计与生物信息相关软件的协助。要取得一完整的数据结
全球首款基因编辑疗法公布长期数据
·Casgevy是一款自体细胞疗法，它利用CRISPR/Cas9基因编辑系统，在体外对来自患者的造血干细胞进行编辑，使血红细胞生产高水平的胎儿血红蛋白——一种健康的、携带氧气的血红蛋白。当地时间2024年6月14日，由美国生物技术公司福泰制药（Vertex Pharmaceuticals，VRTX.
DNA－microarray相关的基因表达数据处理攻略
基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具，本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片，是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因
基因表达谱数据聚类分析相关内容
DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题，分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构，结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题，所采用的方法包括通过可视化进行探索性数据分析
北大重庆大数据研究院将共建“基因智能大数据实验室”
18日在重庆召开的2023世界中联中医药大数据产业高峰论坛上，北京大学重庆大数据研究院与上海睿昂基因科技股份有限公司签署共建“基因智能大数据联合实验室”(以下简称实验室)战略合作协议，双方将发挥各自优势，挖掘基因数据价值，赋能医疗健康。据介绍，实验室将整合北京大学北京国际数学研究中心和北京大学生物统
基因检测解码“生命说明书”－全球竞跑基因数据库
随着华大基因上市临近，基因检测概念再度被关注。 华大基因CEO尹烨曾在公开场合介绍，给基因学家一滴血，能查到生育、肿瘤、感染，从三检合一到N检合一，液体活检可以做更多的事情。 相比于传统的影像学检测手段只能检测出已经发生且长成一定大小的异物，基因检测技术的优势在于，在更早的发病初始期，从分子
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
解码“基因宝藏”：最全海洋微生物基因数据库出炉
9月4日晚，华大生命科学研究院（简称“华大”）联合山东大学、英国东安格利亚大学、中国海洋大学、厦门大学、丹麦哥本哈根大学等机构，在《自然》上发表研究成果。他们通过对目前已公开的海洋微生物宏基因组数据进行分析和深度挖掘，构建了迄今为止最完整的海洋微生物基因数据库，并从中发现了大量具有应用潜力的基因资源
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
国际癌症基因组联盟公布逾1万个癌症基因组数据
国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium，简称"ICGC")近日向科研界公布了超过1万个癌症基因组的数据。这些数据能更好地帮助全世界的癌症研究者从基因方面了解癌症，加快对癌症的研究并帮助更多癌症靶向治疗的发展。 安大略癌症研究所所
Illumina收购Edico－Genome，加速基因组数据分析
Edico的DRAGEN™ Bio-IT平台为新一代测序带来了更快更简化的输出。 圣迭戈——2018年5月15日——Illumina公司（纳斯达克代码：ILMN）宣布收购新一代测序（NGS）数据分析加速解决方案的领先供应商Edico Genome。Edico Genome的DRAGEN™ B
人和未来加速基因数据分析－助推精准医疗
6月8日，人和未来生物科技有限公司(Genetalks，以下简称“人和未来”)受邀参加第二届“精准医疗时代的协作创新——2016英特尔生命科学信息技术论坛”，公司CTO宋卓博士出席论坛并发表演讲。作为世界首家将FPGA加速技术应用于基因检测实践的生物科技企业，宋卓博士在论坛上对其公司最新产品GT
癌症研究人员联手汇集肿瘤基因组数据
研究人员希望，数据分享将为利用诸如这些脑部腺癌细胞等肿瘤的基因组信息带来更好的方法。 这是为大型癌症研究中心的很多病人提供的最新希望：“让我们测序你的肿瘤，或许我们能将其同击败这种恶性疾病的药物匹配。”不过，现实是基因组分析仍然仅为癌症病人提供了一小部分帮助。“我们多半时候不知道如何处理这些