科学家开发新的表观遗传通路统计算法

11月30日,国际学术期刊Nature Methods 发表了中国科学院上海营养与健康研究院计算生物学研究所Andrew Teschendorff组的研究论文“Identification of differentially methylated cell types in epigenome-wide association studies”,报道了一种新的有助于识别与疾病相关的表观遗传通路的“CellDMC”统计算法,“破解”了表观全基因组关联分析中的关键难点。 DNA甲基化(DNAm)是DNA的共价修饰,其可以调节基因活性,并且易受到疾病风险因子的影响。表观全基因组关联分析(EWAS)的主要目标是测量大量个体中全基因组DNA甲基化,鉴定与疾病风险相关的DNA甲基化变化。然而,这一过程的主要障碍之一是细胞类型异质性:EWAS所使用的组织是不同细胞类型的复杂混合物,每种细胞类型具有其特有的DNA甲基化谱,因此可能产生错误......阅读全文

什么是表观遗传?

表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下,基因表达的可遗传的变化的一门遗传学分支学科。表观遗传的现象很多,已知的有DNA甲基化(DNA methylation),基因组印记(genomic imprinting),母体效应(maternal effects),基因沉默(gene silen

科学家开发新的表观遗传通路统计算法

  11月30日,国际学术期刊Nature Methods 发表了中国科学院上海营养与健康研究院计算生物学研究所Andrew Teschendorff组的研究论文“Identification of differentially methylated cell types in epigenome-

什么是表观遗传调节?

中文名称表观遗传调节英文名称epigenetic regulation定  义与DNA排列顺序的变化无关的,调节基因表达的频率、速度或者表达度的过程。如DNA甲基化、组蛋白修饰等。这种调节不能通过种系或生殖细胞传递,但可通过细胞分裂传给子代,在静止细胞的细胞质中也能稳定地自我繁殖。这种调节的失误或减

表观遗传研究指南(二)

  今年九月,对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份,因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature,Genome Biology,Genome Research等杂志上公布了三十多份论文,还有在Science,Cell,以及the Journal of Bi

表观遗传学修饰

组蛋白修饰 表观遗传学是指表观遗传学改变 (DNA 甲基化、组蛋白修饰和非编码 RNA 如 miRNA) 对 表观基因组基因表达的调节,这种调节不依赖基因序列的改变且可遗传表观。因素如 DNA 甲基化、组蛋白修饰和 miRNA 是对环境刺激因素变化的反映,这些表观遗传学因素相互作用以调节基因

杀虫真菌侵染附着胞分化形成的表观遗传机制及调控通路

  3月26日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心昆虫发育与进化生物学重点实验室王四宝研究组与中国科学院上海营养与健康研究所魏刚研究组合作在国际学术期刊《科学进展》(Science Advances)上在线发表了题为Coordinated regulation of infection-relate

揭示胚胎发育过程中关键信号通路的表观遗传调控机理

  哺乳动物基因组DNA中的5-甲基胞嘧啶(5mC)是一种稳定存在的表观遗传修饰,通过DNA甲基转移酶(DNMTs)催化产生。近年来研究发现,TET双加氧酶家族蛋白可以氧化5mC,从而介导DNA发生去甲基化。虽然DNA甲基化在哺乳动物基因组印记和X染色体失活等过程中具有非常重要的作用,但是DNA甲基

北京基因组所等揭示Y染色体表观信息遗传机制

  表观遗传学是与传统遗传学相对应的概念。遗传学以基于DNA序列的中心法则来传递遗传信息,在人群中,遗传信息在世代之间稳定遗传,那么表观遗传信息是否像遗传信息一样可被子代继承,尚缺少相关有力证据。DNA甲基化是非常重要的表观遗传信息,是表观遗传学研究的重要内容。目前,鲜少有DNA甲基化在人群中的继承

孙方霖:表观遗传学-后基因组时代的领舞者

DNA双螺旋的解码者、诺贝尔奖获得者Watson说:“你可以继承DNA序列之外的一些东西。这正是现在遗传学中让我们激动的地方。” 不久前,美国国立卫生研究院利用由“路标计划”管理的新基金,启动了表观基因组学研究计划,一批表观遗传学项目和研究人员将获得数百万到上千万美元的经费支持。几乎在同时,国家自然

表观基因组的概念

中文名称表观基因组英文名称epigenome定  义全基因组的甲基化图谱。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)

表观遗传调节的概念介绍

中文名称表观遗传调节英文名称epigenetic regulation定  义与DNA排列顺序的变化无关的,调节基因表达的频率、速度或者表达度的过程。如DNA甲基化、组蛋白修饰等。这种调节不能通过种系或生殖细胞传递,但可通过细胞分裂传给子代,在静止细胞的细胞质中也能稳定地自我繁殖。这种调节的失误或减

表观遗传“淘金热”袭来

  一些奇思妙想似乎会突然冒出来,不过2008年,Chuan He却有意地寻找这样一个想法。美国国立卫生研究院当时刚刚启动资金支持高风险、高影响项目,伊利诺伊州芝加哥大学化学家He打算申请。不过,他首先需要一个好的领域。  他一直在研究修复损伤DNA的蛋白家族,他开始怀疑这些酶可能也会对RNA产生作

Nature发布表观遗传重要发现

  营养繁殖是无性繁殖的一种形式,常用于商业化大规模生产园林植物和树,因为它能够实现高性能、基因相同个体的快速繁殖。然而对于某些物种,营养繁殖有着严苛的要求,需要技术先进的无菌培养来生成可以发育为苗木的克隆胚胎。而有一部分以这种方式繁殖的植物会因遗传变异或表观遗传改变显示出发育异常。  在9月9日的

Cell发布表观遗传重要成果

  为了将两米长的DNA分子装入到只有几千分之一毫米大小的细胞核中,DNA长片段必须强力地紧密压缩。表观遗传学标记维持着这些称作异染色体的部分。来自马克思普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所的科学家们现在进一步发现了异染色质形成必需的两种机制。相关论文发布在近期的《细胞》(Cell)杂志上。   由

Science:祖母的表观遗传“原罪”

  如果一名孕妇营养不良,由于所谓的“表观遗传”效应,她的孩子罹患肥胖症和2型糖尿病的风险要高于一般人。一项小鼠新研究证实,妊娠期的这种营养“记忆”还可通过雄性后代的精子传递给下一代,提高她们孙辈的疾病风险。换句话说,其印证了一句老的格言“你祖母的饮食都会影响你”。这项研究还对表观遗传效应如何代代相

-Science:父亲“原罪”之表观遗传

  如果你患有糖尿病、癌症或甚至有心脏问题,或许你应该将其归罪于父亲或甚至祖父的行为或环境。近年来,科学家们已证实甚至在母亲怀上后代之前,父亲的生活经历包括食物、药物、暴露于毒性产物、压力等都可以影响他的孩子、甚至孙子的发育和健康。  然而,尽管科学家们在这一领域已开展了十年的研究工作,对于延续数代

什么是表观遗传学

是研究不涉及DNA序列改变的基因表达和调控的可遗传修饰,即探索从基因演绎为表型的过程和机制的一门新兴学科。遗传学是指基于基因序列改变所 致基因表达水平变化,如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等。而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化,如DNA甲基化和染色质构象变化等;表观基因组

华大基因等Cell子刊首次全基因组水平解析等级表观遗传

  来自华大基因,纽约大学医学院,宾州大学医学院等多处研究机构组成的研究小组发表了题为“Genome-wide and Caste-Specific DNA Methylomes of the Ants Camponotus floridanus and Harpegnathos salta

污染改变表观遗传信息

  美国《科学美国人》杂志日前刊登了华盛顿州立大学生殖生物学中心主任迈克尔·斯金纳的研究文章《一种新的遗传》。这项研究通过动物实验发现,特定污染物会引发可导致疾病或生殖问题的表观遗传修饰,而这是在不改变动物DNA序列的情况下发生的。  迈克尔·斯金纳的实验室以及其他一些实验室,主要针对大鼠和小鼠的一

Science新文章解析癌症表观遗传

  目前大多数癌症治疗的效果并不理想。在力图根除肿瘤之时,肿瘤学家们往往借助于放疗或化疗,这使得在遏制癌性生长的同时也导致了健康组织受损。来自洛克菲勒大学C. David Allis实验室的一项新研究,或许可以使科学家们朝着高精确度靶向肿瘤的癌症治疗更近一步。他们的研究结果在线发表在3月2

《Cell》文章:特殊的表观遗传调控

  来自中科院生物物理所,美国哥伦比亚大学的研究人员发表了题为“Multisite Substrate Recognition in Asf1-Dependent Acetylation of Histone H3 K56 by Rtt109”的文章,报道了Rtt109-Asf1-H3-H4复合物的

靶向表观遗传因子显奇效!

  12月11日,研究人员《Journal of Cell Biology》上发表了该项研究成果,文章标题为“SUV420H2 Is an Epigenetic Regulator of Epithelial/Mesenchymal States in Pancreatic Cancer ”(“SU

《科学》推出“表观遗传学”专题

  10月29日出版的《科学》杂志刊登专题——《表观遗传学》(Epigenetics)。专题导言文章《什么是表观遗传学》(What Is Epigenetics?)说,多细胞有机体的细胞名义上拥有同样的DNA序列(因而拥有同样的遗传指令系统),但是它们却维持着不同的显型。这种记录了发育和环

Science医学:首个胃癌表观遗传图谱

  来自杜克-新加坡国大医学研究生院的研究人员在新研究中发现了大量由环境因素触发的胃癌新亚型。这项基于表观遗传学的新研究获得了对胃癌复杂性的新认识,有可能促成对这一仅次于肺癌的全球第二位癌症杀手更好的治疗策略。论文发表在10月17日的《科学转化医学》(Science Translational

母乳喂养改善婴儿表观遗传

  9月《儿科学》(Pediatrics)杂志报道了来自布朗大学Warren Alpert医学院教授、妇婴医院布朗中心主任Barry M. Lester博士课题组的一项研究,“我们发现,孕产妇护理可以改变婴儿应激生理反应相关基因活性,特别是调控激素皮质醇(cortisol)的释放。”  Lester

表观遗传信息的定义

中文名称表观遗传信息英文名称epigenetic information定  义细胞或者多细胞生物中与DNA序列本身无关的,但可以传递给子代细胞的信息。这是在发育过程中获得的信息,能影响基因表达,也能对表型产生影响。如DNA甲基化、染色质结构改变和环境因子(如氧化剂和毒剂等)对DNA的修饰等。应用学

Nature头条:父母的表观遗传“原罪”

  一项争议性的小鼠研究报告称,某些恐惧可数代遗传。作者们认为类似的现象有可能会影响人类的焦虑和成瘾性。这项研究发表在12月1日的《自然神经科学》(Nature Neuroscience)杂志上,并被放在Nature网站首页头版头条推荐。   但另一些研究人员则对这些研究结果提出了质疑,因为还

表观遗传学和人类疾病

上个世纪50年代初,Watson和Crick建立了DNA分子结构模型,极大程度地促进了生命科学的发展。自此遗传学便成为现代医学研究领域中一个重要的分支。人类已经认识到基因突变可以导致疾病的发生,如慢性进行性舞蹈病(Huntington's chorea, Hc)和囊性纤维化等。近年来

表观遗传学名词解释

表观遗传学(英语:epigenetics)又译为表征遗传学、拟遗传学、表遗传学、外遗传学以及后遗传学,在生物学和特定的遗传学领域,其研究的是在不改变DNA序列的前提下,通过某些机制引起可遗传的基因表达或细胞表现型的变化。表征遗传学是1980年代逐渐兴起的一门学科,是在研究与经典的孟德尔遗传学遗传法则

首次发现!人类基因组中的表观遗传缺陷或普遍存在

  近日,一项刊登在国际杂志American Journal of Human Genetics上的研究报告中,来自西奈山医院等机构的科学家们通过研究首次揭示了人类基因组中普遍存在的表观遗传缺陷,同时还揭示了引发遗传性疾病的数百个基因中所发生的表观遗传缺陷。图片来源:Pixabay/CC0 Publ