表观遗传研究指南（二）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal of Biological Chemist上的一些功能性介绍论文。这一项目的研究人员对147细胞系进行了将近1,650次实验，分子转录，转录因子结合，染色体拓扑结构，组蛋白修饰，DNA甲基化等多方面内容。 包含这些种种功能元件的就是表观遗传学，近年来科学家们越来越意识到这些元件特征在发育和疾病中的重要性，因此早在2008年，也就是NHGRI启动ENCODE计划的五年后，NIH又开始了第二项大规模图谱绘制工程：表观基因组学路线图项目(Roadmap Epigenomics Program)，这一项目整理了61个“完整”的表观基因组，......阅读全文
染色体水平冬瓜参考基因组发布
近日，广东省农业科学院蔬菜研究所发布了染色体水平冬瓜参考基因组。相关研究发表于Scientific Data，广东省农业科学院蔬菜研究所副研究员罗文龙和副研究员闫晋强为该论文共同第一作者，广东省农业科学院蔬菜研究所研究员江彪为通讯作者。广东省农业科学院蔬菜研究所于2019年对黑皮大冬瓜B227进行基
“蚕姑娘”性染色体基因组密码破解
7月8日，西南大学教授代方银团队首次获得了家蚕W染色体完整基因组序列，并揭示了鳞翅目昆虫W染色体起源与进化新机制。相关研究成果近日发表于期刊《科学进展》。 家蚕性别的决定机制一直受到科学界关注。以家蚕为代表的鳞翅目昆虫性染色体在昆虫界独树一帜。不同于大多数昆虫性染色体组为XX/XY系统，其性染
染色体级别的银杏参考基因组公开
银杏果实 曹福亮供图 作为裸子植物银杏纲唯一的孑遗物种，银杏不仅具有特殊的科学研究价值，而且具有重要的应用价值。 近日，南京林业大学联合中国农业科学院农业基因组研究所在《自然—植物》在线发表了染色体级别的银杏参考基因组，是目前已发表的组装质量最高的裸子植物参考基因组。 论文共同通讯作者、中国工
“蚕姑娘”性染色体基因组密码破解
7月8日，记者从西南大学获悉，该校教授代方银团队首次获得了家蚕W染色体完整基因组序列，并揭示了鳞翅目昆虫W染色体起源与进化新机制。相关研究成果近日发表于期刊《科学进展》。家蚕性别的决定机制一直受到科学界关注。以家蚕为代表的鳞翅目昆虫性染色体在昆虫界独树一帜。不同于大多数昆虫性染色体组为XX/XY系统
研究发布碧凤蝶染色体水平基因组
蝴蝶因其丰富的形态多样性，自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一，近几年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型，已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。凤蝶科是具有重要进化地位的蝴蝶支系，其丰富的色彩和形态等多样性是昆虫生态与进
昆明动物所发布碧凤蝶染色体水平基因组
蝴蝶因其丰富的形态多样性，自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一，近几年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型，已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。凤蝶科是具有重要进化地位的蝴蝶支系，其丰富的色彩和形态等多样性是昆虫生态与进
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验
实验方法原理比较基因组杂交（CGH)是一种能够在一步全基因组筛查程序，描述G带不能发现的细胞遗传物质增加或减少的分子细胞遗传学技术。CGH优于进行全染色体涂染（wcp)的常规荧光原位杂交（FISH)和多色FISH之处，是它不仅能够识别增加的未知片段的染色体来源，而且还可将该片段定位于特定的染色体区带
上海师大团队破解染色体级别基因组密码
中新网上海12月16日电 (记者 许婧)上海师范大学16日发布消息称，该校王全华研究团队在菠菜基因组研究领域又取得一项重大标志性研究成果。团队联合康奈尔大学Boyce Thompson研究所(BTI)费章君教授课题组等多家科研机构完成了新一代菠菜基因组精细图谱绘制、重要农艺性状遗传基础和菠菜驯化
染色体级别橡胶基因组研究揭秘乳胶生物合成
橡胶树是大戟科植物。在植物界大约2500种产胶植物中，橡胶树产生的以聚异戊二烯为主要功能成分的天然胶乳约占全球天然橡胶的98% 以上。图片来源于网络 比起可能造成巨大环境污染的人工合成橡胶产业，天然橡胶因其良好的弹性、伸展性、耐老化等综合理化性能而具有不可替代性，是任何国家必须具备的重要战略
染色体级别的铁线蕨基因组首次绘制
日前，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合国内外8家科研院所首次绘制了染色体级别的铁线蕨基因组，揭示了蕨类植物孢子发育、真叶植物起源和种子演化、茉莉素信号通路进化等分子机制。相关研究成果发表在《自然—植物（Nature Plants）》。 真蕨植物以孢子体和配子体均具有光合自养能力为主要特
龙井茶树染色体级别基因组组装成功
龙井43 中国农科院供图 近日，《自然—通讯》在线发表了我国科学家在茶树全基因组组装和茶树起源演化研究上取得的重要突破。该项研究由中国农业科学院茶叶研究所（以下简称茶叶所）和中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称基因组所）主导并携手中国科学院昆明动物研究所（以下简称昆
微阵列—比较基因组杂交技术检测染色体异常
【摘要】近年微阵列一比较基因组杂交(microarraycomparativegenomichybirdization，microarray．CGH)技术被应用到临床细胞遗传学领域。该技术是选择DNA特殊片段作为靶，固化在载体上，形成密集、有序的分子微阵列。然后，从测试标本中提取DNA，将测试DNA
象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
象腿蕉（Ensete glaucum）是芭蕉科中耐寒的蕉类植物，原产于中国云南和东南亚地区，具有观赏、饲用和药用价值。中国科学院华南植物园教授John Seymour Heslop Harrison带领的研究团队，采用单分子纳米孔、Illumina测序策略，结合染色体构像捕获技术，发表了首个象腿蕉染
研究从基因组水平揭示食肉目染色体进化规律
染色体进化是物种形成和演化的重要驱动因素。具有显著核型差异的食肉目动物为染色体进化研究提供了很好的研究素材。虽然前人通过比较染色体涂色法建立了食肉目内许多物种的染色体比较图谱，但这些研究的分辨率比较低，尚没有深入到精细的核苷酸水平，也不能在核苷酸水平研究不同食肉目物种间的共线性区块、染色体重排以
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（一）
实验方法原理 比较基因组杂交（CGH)是一种能够在一步全基因组筛查程序，描述G带不能发现的细胞遗传物质增加或减少的分子细胞遗传学技术。CGH优于进行全染色体涂染（wcp)的常规荧光原位杂交（FISH)和多色FISH之处，是它不仅能够识别增加的未知片段的染色体来源，而且还可将该片段定位于特定的染色体区
鸭嘴兽基因组图谱揭秘独特的性染色体
鸭嘴兽可能是世界上长得最奇怪的动物。据说，当欧洲学者第一次见到这种鸭子嘴、海狸尾、水獭足的动物时，他们认为这是一场精心设计的骗局。它看上去既像爬行动物又像哺乳动物，还像鸟类。实际上，它属于稀有的单孔类动物。 鸭嘴兽不仅有一些奇特的身体特征，其新的基因组版本也强调了它一些不寻常的遗传特性。在上周
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（二）
二、正常男性中期染色体标本的制备1.准备一个封闭环境，其相对湿度约55%(可在50%〜60%变化），温度24〜26.5℃。2.将巴斯德吸管置于玻璃载片上方2〜4in处，让一滴细胞悬液滴在玻片的左侧。然后迅速将第二滴细胞悬液滴在玻片右侧（见注释7)3.在固定液全部蒸发前，将玻片浸入盛有新鲜固定液的染色
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（三）
六、中期染色体标本的变性1.在染色缸中加入大约50mL变性液，将染色缸放于75〜76℃水浴中。预热变性液使其温度达到（73±2)℃。2.从-20℃冰箱中取出实验所需的标本，室温下系列乙醇脱水，各2min。3.室温干燥片子（5min)，或在实验室抽风橱中微风吹过标本使标本干燥。4.在37〜40℃电热板
“六谷”丰登？——首个染色体水平基因组组装完成
中国菰 中国农科院供图 中国菰 （Zizania latifolia） 原产于中国，属于禾本科稻族菰属，主要分布于中国、韩国、日本和印度等国家。中国菰的颖果为菰米，在我国古代是重要的“六谷”之一。 近日，中国农业科学院烟草研究所烟草功能成分与综合利用创新团队与中国水稻研
象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
中国科学院华南植物园海外知名学者John Seymour Heslop Harrison教授领导的研究团队，在象腿蕉染色体级别基因组组装研究方面取得新进展。相关研究发表于Gigascience。王梓维为该文第一作者，John Seymour Heslop Harrison和刘青副研究员为通讯作者，华
高清3D基因组相互作用图生成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500236.shtm
首个豆科绿肥作物染色体水平基因组组装完成
紫云英 中国农科院供图近日，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所肥料及施肥技术团队完成了首个豆科绿肥作物——紫云英的染色体水平参考基因组组装，并利用比较基因组学解析了紫云英共生结瘤的遗传基础。该研究填补了豆科绿肥作物基因组学研究的空白，为豆科植物与根瘤菌共生提供了新的见解。相关研究成
人类种了6000年的作物有了染色体级别基因组
大麻又名火麻、汉麻、线麻等，籽用大麻在食品、医药、纺织、造纸等多个领域被广泛使用，是一种重要的工业原料。 9月15日，福建农林大学麻类研究室联合该校基因组与生物技术中心在《植物通讯》（Plant Communications）上发表了首个染色体级别的籽用大麻参考基因组图谱。他们在此基础上解析了
破解染色体级别基因组密码解析栽培菠菜的“前世今生”
上海师范大学16日发布消息称，该校王全华研究团队在菠菜基因组研究领域又取得一项重大标志性研究成果。团队联合康奈尔大学Boyce Thompson研究所(BTI)费章君教授课题组等多家科研机构完成了新一代菠菜基因组精细图谱绘制、重要农艺性状遗传基础和菠菜驯化历史的解析。 该研究成果以“基因组解析
北京基因组所等揭示Y染色体表观信息遗传机制
表观遗传学是与传统遗传学相对应的概念。遗传学以基于DNA序列的中心法则来传递遗传信息，在人群中，遗传信息在世代之间稳定遗传，那么表观遗传信息是否像遗传信息一样可被子代继承，尚缺少相关有力证据。DNA甲基化是非常重要的表观遗传信息，是表观遗传学研究的重要内容。目前，鲜少有DNA甲基化在人群中的继承
最广泛的人类基因组相互作用图谱
最近，英国剑桥Babraham研究所和伦敦Francis Crick研究所的研究人员，开发并使用了一种新的技术，将基因组拼图中的点连接起来。就像连接点拼图，需要完成才能看到整幅图片，研究者的这项分析把称为启动子和增强子的调控因子连接起来，并指出了它们在小鼠和人类基因组中长距离内的物理相互作用。确
“六谷”之一菰米首个染色体水平基因组组装完成
中国菰 中国农科院供图 中国菰 （Zizania latifolia） 原产于中国，属于禾本科稻族菰属，主要分布于中国、韩国、日本和印度等国家。中国菰的颖果为菰米，在我国古代是重要的“六谷”之一。 近日，中国农业科学院烟草研究所烟草功能成分与综合利用创新团队与中国水
微阵列中期分裂相染色体的比较基因组杂交（CGH）－实验
染色体 CGH 的独特优点在于它的全基因筛查功能，与检测单一靶 DNA 剂量改变的低通量方法，如 Southern 分析、PCR 和荧光原位杂交（FISH) 相比，速度显著提高且省力。目前染色体 CGH 是一种比较完善的分子细胞遗传学方法，但是它的两个缺陷限制其作为一种综合性筛查工具的应用。来源：《
我国科学家发现黄花蒿首个染色体级别基因组图谱
疟疾至今仍威胁着人类的健康。黄花蒿是全球普遍使用的抗疟疾药物——青蒿素的主要天然资源，保障全球优质廉价的青蒿素原料供应对于全球疟疾防控有重要价值。但黄花蒿基因组杂合度和重复度很高，致使高质量的黄花蒿基因组组装成为该领域难题。 在重大新药创制科技重大专项、国家重点研发计划“中医药现代化研究”重点
学者发表紫苞芭蕉和朝天蕉首个染色体水平基因组
近日，中国科学院华南植物园副研究员黄慧润、研究员王峥峰团队在国家自然科学基金项目的资助下，研究结合Oxford Nanopore和Hi-C测序技术成功组装并发表了紫苞芭蕉和朝天蕉的首个染色体水平基因组。相关成果在线发表于《园艺研究》（Horticulture Research）。紫苞芭蕉和朝天蕉的花