10xGenomics收购空间基因组学领先者SpatialTranscriptomics
近日，10x Genomics公司宣布收购位于瑞典斯德哥尔摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空间基因组学(spatial genomics)领域的领先公司。空间基因组学是一个新兴领域，它不但让研究人员可以获得单细胞内的基因组数据，而且可以比较在组织不同部位的细胞中基因组信息的变化。这一技术在肿瘤学、神经科学和免疫学等疾病领域中将有很广泛的应用前景，而且可用于更广范围的生物学研究。 Spatial Transcriptomics公司的宗旨是在细胞的形态学环境中理解基因表达对更深入地探索基因活性至关重要。该公司的技术平台结合显微成像技术和RNA测序技术，能够从一片完整的冰冻组织切片中，获取切片上不同位置细胞中的完整转录组(transcriptome)数据。 该平台的工作流程将冰冻组织切片覆盖在特定的玻璃矩阵芯片上。芯片上固定着能够捕获细胞中mRNA的探......阅读全文
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体（exosome）是活细胞分泌的30-200nm的囊泡，在电镜下具有非常明显单层膜结构，通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体，
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
单细胞RNA测序，众多研究都pick它
多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。 多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究，可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环
单细胞测序数据分析的常用软件有哪些？
以下是一些单细胞测序数据分析的常用软件：Seurat：这是一个在 R 语言中广泛使用的单细胞分析包，提供了数据处理、降维、聚类、差异表达分析等功能。Scanpy：用于 Python 的单细胞分析库，功能与 Seurat 类似。Monocle：主要用于单细胞轨迹分析。Loupe Cell Browse
第三代测序可实现大规模的人类基因测序！
第二代测序是当今应用最为广泛的技术，但读长短是它的软肋，并且它无法解决高度杂合的基因组、高度重复序列、高GC区域、拷贝数变异、大的结构变异等问题。第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点，近年来渐渐被应用于各大研究中。以前谈到第三代测序，也许你想到的是病毒基因组或细菌基因组测序，而如今随着技术的升
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
全球测序行业的10大巨头，中国占2席
近日，GEN网站推出“Top 10 Sequencing Companies”榜单，盘点了全球测序行业10大巨头。其中，Illumina拔得头筹，中国企业占得2个席位，分别是华大基因（排名第3）、金唯智（排名第8）。图片来源：16sucaiwang近年来，随着“精准医疗”的深入布局，基因测序行业市场
全球测序行业10大巨头：Illumina第一Thermo第二－中国占2席
近日，GEN网站推出“Top 10 Sequencing Companies”榜单，盘点了全球测序行业10大巨头。其中，Illumina拔得头筹，中国企业占得2个席位，分别是华大基因（排名第3）、金唯智（排名第8）。图片来源：16sucaiwang 近年来，随着“精准医疗”的深入布局，基因测序
2017单细胞扩增测序技术的最新进展
细胞是构成生命体的结构和功能的基本单位，不同类型的细胞形态迥异，功能也各不相同。即使是同类细胞间看似相同，相互间也存在着广泛的细胞异质性。传统的群体细胞分析检测能更快速方便的获得大量数据并利于进行有效的统计学分析，但是随着研究的深入，这种基于群体细胞分析所获得的平均性数据，往往忽略了细胞个体间的
开源代码－Cell－Ranger－可以处理哪些类型的单细胞测序数据？
Cell Ranger 主要用于处理由 10x Genomics 平台生成的单细胞测序数据，包括以下几种常见类型：单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据单细胞免疫组库（scVDJ-seq）测序数据单细胞 ATAC 测序（scATAC-seq）数据（在较新的版本中支持）它为这些数据提供了从原始
基因组测序仪简介
基因组测序仪是一种用于生物学领域的分析仪器，于2012年12月19日启用。 技术指标 个体化基因组测序仪主机/ION TORRENT主机。 主要功能 样品处理、快速的运行时间以分析单个或多个样品 支持多重文库，从而实现最大的效率和经济性 可在必要时禁用个别测序通道，以节约试剂用量。
PNAS：甜瓜基因组测序
甜瓜在世界范围具有很高的经济价值，日前西班牙的九个研究中心通力合作，利用罗氏454平台完成了甜瓜基因组的测序。除了甜瓜的全基因组，科学家还得到了 7个特定甜瓜品种的基因组，文章发表在Proceedings of the National Academy杂志上。 联合国粮农组织2009年
认识泛基因组测序
什么是泛基因组？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pangenome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年，Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接，发现了个体独有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
关于全基因组测序的测序指标介绍
一、全基因组测序的测序指标— 深度 测序深度（Sequencing depth）是指测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。测序的个体，如果采用的是双末端或Ma
J.P摩根健康大会－BGI/Illumina/Agilent等11家基因企业报告要点
导语 一年一度的J.P.摩根健康大会，是全球健康领域各大政企资本的聚会，超过450家公司，逾9000人参与。首日比尔盖茨站台发声，不仅提出5年已投入健康120亿美元，屡次提到微生物组、遗传病技术和传染病、微生物组等（演讲全文）；Illumina和Thermo Fisher 高调展开合作外，发布
单细胞测序数据分析的常用软件的特点和优势是什么？
以下是上述提到的一些单细胞测序数据分析常用软件的特点和优势：Seurat：特点：功能全面，提供了一系列数据处理和分析步骤的函数，包括数据质控、标准化、降维、聚类、差异表达分析等。优势：在 R 语言生态中广泛使用，有大量的用户和丰富的在线资源，便于交流和学习；对数据的预处理和可视化功能较为强大。Sca
你还在为细胞计数过程中的碎片和杂质干扰而烦恼吗？
单细胞测序技术(scs)是指在单个细胞水平上对其携带的遗传信息进行测序，获得某种细胞类型的基因序列等信息并进行整合分析，目前广泛应用于新物种鉴定、病原筛查、病原进化、发育生物学、神经科学、肿瘤异质性研究以及循环肿瘤细胞等。该技术在2013年荣膺《自然-方法》年度技术。目前主要的方法为10x Geno
The－Scientist：2015年度十大创新产品
The Scientist杂志终于揭晓了2015年的十大创新产品，评出了对科研和医学领域影响较大的测序仪、试剂盒、基因组编辑产品和其他技术。 值得注意的是，在高科技大行其道的时代一个增强版的传统技术强势逆袭：光学显微镜3D Cell Explorer不需要标记就可以揭示活细胞中的显著细节。此外
Nature报道华大基因收购美国测序公司
自2009年开始基因组测序以来，总部在加州山景城（Mountain View）的DNA服务公司Complete Genomics因其技术获得了良好的口碑，但在商业方面取得的成功却微乎其微。研究人员对其以最小错误生成完整人类基因组读数的能力非常看重，然而在2011年该公司高达7230万
Nature新闻报道华大基因收购美国测序公司
自2009年开始基因组测序以来，总部在加州山景城(Mountain View)的DNA服务公司Complete Genomics因其技术获得了良好的口碑，但在商业方面取得的成功却微乎其微。研究人员对其以最小错误生成完整人类基因组读数的能力非常看重，然而在 2011年该公司高达7230万美
中国科学家9月参与发表多篇Nature文章
9月中国学者参与的多项研究在Nature杂志及其重要子刊上发表，其中包括首次揭示m6A甲基化修饰的新作用，表观遗传调控核心复合物PRC2招募到基因组上重要位点的分子机制，以及兰花基因关键演化机制。 来自中科院动物研究所，北京基因组研究所的研究人员通过m6A测序技术（m6A-Seq），首次揭示m
全球首个个人参考基因组服务计划（PRGSP）正式启动
北京时间2018年3月31日晚间，北京希望组生物科技有限公司（以下简称“希望组”）在南京举行的第五届NGS创新开发者大会，与北京基云惠康科技有限公司（以下简称“基云惠康”）共同宣布启动“个人参考基因组服务计划（Personal Reference Genome Service Project）”
深度解读：个人基因组学的现状与发展
什么是Personal Genomics？ Personal Genomics，一般翻译为“个人基因组学”。是基因组学的一个分支，主要关注个人基因组的测序和分析。 1990年开始发起的浩大的“人类基因测序计划”是从大量的个体中获取基因信息，综合之后建立一个具有“参考价值”的人类“平均”基因组
提供一些单细胞测序基准数据集的资源链接
以下是一些可以获取单细胞测序基准数据集的资源链接：The Human Cell Atlas (HCA)：https://www.humancellatlas.org/10x Genomics：https://www.10xgenomics.com/resources/datasets/ ，这里提供了
首个让消费者“交易”基因数据公司成立－George－Church牵头
2005年，George Church在美国启动了个人基因组计划（PGP），希望能从全球招募10万个体，共享他们的基因数据，以此解析疾病发生的根源。同年，他给自己定了一个“小要求”：每年成立一家公司。2018年伊始，他实现了这一目标，联合哈佛大学的Dennis Grishin博士、Kamal O
454测序用于美洲奶牛种牛基因组测序项目
一只名为Pawnee Farm Arlinda Chief的种牛和它的儿子Walkway Chief Mark大约有60000个后代，其后代是牛奶生产的主力。最近一项研究中1，科学家通过454全基因组测序，掌握了他们的基因组中控制重要性状的基因，包括抗病能力、牛奶产量，这些性状已通过北美的当
空间构象揭示基因组的奥秘
基因组测序项目为人们提供了丰富的信息，让人们可以解析基因表达的调控序列，研究不同基因序列对疾病的影响。不过除了基因组序列之外，还存在着一个关键元素，即基因组的空间构象。空间构象一直被视为基因表达的重要调控因素，在基因组中调控元件往往并不再目标基因附近，近年来科学家们开始借助新兴技术研究远距离染色
北京基因组所开发新型高通量单细胞多组学新技术
单细胞测序已成为生物医学领域的关键共性技术。然而，由于缺乏高效的手段降低“假单细胞率”，主流微流控平台的单通道细胞通量通常在1万细胞以下，空载率达到90%以上，且成本高昂，限制了对数百万个细胞或上千例样本的人群队列进行大规模研究。 近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）蒋岚研究组
4000万！20232026年中国科学院测序和质谱检测项目公开招标
公告信息 采购项目名称
CompleteGenomics发表革新技术刺激股票大涨
昨天，第三代测序公司Complete Genomics的股票大涨44%，皆因它在《Nature》杂志上发表了一篇新文章。这篇文章介绍了一种新技术，将显著改善全基因组测序的准确性。 周三收市时，Complete Genomics的股价达到2.93美元，较前一天上涨0.89美元，成交量