BioTechniques:从外周血中分离cfDNA的高通量方法

传统的ctDNA纯化方法首先要通过离心,从全血中分离出血浆,这一步妨碍了自动化的实施。为此,加拿大迈克•史密斯基因组科学中心的研究人员开发出一种方法,能够高通量地分离ctDNA。 在液体活检中,人们通常需要对游离的循环肿瘤DNA(ctDNA)进行分析。传统的ctDNA纯化方法首先要通过离心,从全血中分离出血浆,这一步妨碍了自动化的实施。为此,加拿大迈克•史密斯基因组科学中心的研究人员开发出一种方法,能够高通量地分离ctDNA。这项成果发表在《BioTechniques》二月刊上。 液体活检,这种新兴技术有望改变癌症检测和疾病监控。ctDNA是片段化的DNA,由癌细胞在凋亡或坏死过程中释放到血浆。通过检测ctDNA,医生有望发现癌症复发或转移的线索。目前,基于ctDNA的新一代测序检测已引入科研和临床实验室。 对于这些检测而言,第一步当然是纯化ctDNA。传统的方法需要先通过离心从全血中分离出血浆。不过,离心不仅是耗时费......阅读全文

高通量的PCR模板植物基因组DNA制备方法(一)

摘  要:制备大量生物样品的模板DNA用于PCR检测是费时费人工的工作。本文介绍一种高通量的植物基因组DNA(gDNA)快速制备及其用于PCR基因型检测的操作方法。将一小段单子叶植物苗叶片(长度约30 mm或40 mm,与96方孔板的孔深大致相同) 或一小块(约2~4 mg)双子叶植物叶片放入9

基于共价连接适合高通量应用的新型高精度CLIP方法

  1月31日,国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了中国科学院生物化学与细胞生物学研究所吴立刚实验室的研究成果:SpyCLIP: an easy-to-use and high-throughput compatible CLIP platform fo

《自然》子刊:癌症患者血液中一半以上突变来自于白细胞

  纪念斯隆·凯特琳癌症中心(MSKCC)和GRAIL联合研究团队,今天带来一项重要研究成果。  这项由MSKCC实验病理学主任Jorge Reis-Filho和临床医学科学家Pedram Razavi共同领导的研究,对124例癌症患者的cfDNA、肿瘤组织样本和白细胞DNA,以及47名无癌志愿者的

Illumina联合Grail-MSK等研究机构-开发超深度NGS液体活检方法

  2016年,FDA批准了第一种基于血液样本的癌症基因检测技术,用于检测非小细胞肺癌(NSCLC)中的EGFR基因突变,开创了液体活检新时代。在NSCLC中,EGFR基因的突变频率非常高,明确EGFR基因状态对指导NSCLC患者后续靶向用药治疗至关重要。在大型癌症研究中,由于组织活检NGS检测方法

DNA标记促进基于血液的检测手段有效评估癌症疗法的预后

  检测组织活检中的细胞改变一直是癌症诊断的基础,然而,组织活检具有侵入性,且由于取样位置、取样频率的限制和对组织异质性的代表性差,常常会受到不准确的限制。20世纪40年代末,研究人员在机体血液中发现了无细胞的DNA(cfDNA),近些年来基因组学和计算分析技术的快速发展,如今,一篇发表在国际杂志F

斯坦福牛人开发新方法来检测移植排异

  斯坦福大学的Stephen Quake团队开发出一种基于新一代测序的分析,可检测肺移植患者中的无细胞循环DNA,并从中发现排异和感染的迹象。这项成果于本周发表在《美国科学院院报》(PNAS)上。这位牛人科学家是单细胞基因组学领域的先锋,曾测定人类精子的单细胞基因组。  研究人员将他们的方法与目前

CREST技术一种高通量谱系示踪的新方法

  7月17日,《自然-方法》在线发表了中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心、神经科学国家重点实验室陈跃军研究组撰写题为《利用CRISPR条形码技术全面绘制小鼠脑内的单细胞时空谱系》的研究论文。该研究通过建立能够应用于小鼠体内任意组织器官的谱系示踪新技术——CREST,解析了小鼠中脑在胚胎发育过程

封面文章:次级代谢产物导向的放线菌高通量筛选方法

  放线菌是重要的天然产物生产菌种,具有颇高的工业应用价值。多数工业放线菌难以进行基因操作,工业放线菌的驯化多依赖传统的随机诱变方法。而此类方法往往产生的随机库突变体数目庞大,正突变率低,传统的基于孔板培养和产量测定的低通量筛选方法难以与其适配,因此开发次级代谢产物导向的放线菌高通量筛选方法对于天然

高通量ITS测序成鉴定真菌性角膜炎诊断补充方法

   真菌性角膜炎是一种由致病真菌引起的高致盲性角膜炎。随着抗生素和糖皮质激素的广泛使用,其发病率不断增高。培养法一直被用作诊断真菌性角膜炎的金标准,但实际诊断效果并不尽如人意。  在真核生物的核糖体DNA中,ITS序列作为非编码区,其长度和序列在物种间的差异相对较大,因此可用于对不同真菌种属的分类

高通量筛选有哪些种类?

该技术使用较低剂量,在短时间内完成对大量化合物的生物活性筛选,由于具有微量化,快速,高效等特点,被国内外多数医药研究机构广泛采用。国外许多大型农药公司亦将这种技术用于新农药的筛选。高通量筛选和组合化学(combinatorialchemistry)、自动化操作系统等技术的有机结合,可以缩短新农药创制

高通量筛选的特点简介

  高通量筛选时每天要对数以千万的样品进行检测,工作枯燥,步骤单一,操作人员容易疲劳、出错。自动化操作系统由计算机及其操作软件、自动化加样设备、温孵离心设备和堆栈4个部分组成。自动化操作系统代替人工操作显然有诸多优势,它利用计算机通过操作软件控制整个实验过程,编程过程简洁明了。

什么是高通量筛选技术

官方的定义是:高通量筛选技术是指以分子水平和细胞水平的实验方法为基础,以微板形式作为实验工具载体,以自动化操作系统执行试验过程,以灵敏快速的检测仪器采集实验结果数据,以计算机分析处理实验数据,在同一时间检测数以千万的样品,并以得到的相应数据库支持运转的技术体系。简单来说,就是用机器来替代人工,高效的

高通量细胞分析设备简介

  仪器主要用途:可用于细胞的定性和定量分析(包括检测细胞表面和细胞浆抗原、细胞因子、细胞内DNA、RNA含量等,定量分析细胞内pH值,蛋白总含量、DNA及RNA含量、免疫表现、细胞周期动力学、细胞特殊配体、细胞生物活性鉴定、细胞凋亡研究、细胞功能分析、钙流等),并将具有将特定形状或功能的细胞从混合

什么是高通量筛选技术

以分子水平和细胞水平的实验方法为基础,以微板形式作为实验工具载体,以自动化操作系统执行试验过程,以灵敏快速的检测仪器采集实验结果数据,以计算机分析处理实验数据,在同一时间检测数以千万的样品,并以得到的相应数据库支持运转的技术体系。高通量筛选技术具有微量、快速、灵敏和准确等特点。简言之就是可以通过一次

高通量测序的相关介绍

  高通量测序技术(High-throughput sequencing)又称“下一代”测序技术("Next-generation" sequencing technology),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。  名词解释  根据发展历史、影响力、测序原

简述高通量测序的意义

  高通量测序技术的诞生可以说是基因组学研究领域一个具有里程碑意义的事件。该技术使得核酸测序的单碱基成本与第一代测序技术相比急剧下降, 以人类基因组测序为例, 上世纪末进行的人类基因组计划花费 30 亿美元解码了人类生命密码, 而第二代测序使得人类基因组测序已进入万(美)元基因组时代。如此低廉的单碱

高通量测序的实验过程

1.样本准备(sample fragmentation)2.文库构建(library preparation)3.测序反应(sequencing reaction)4.数据分析(data analysis)

高通量筛选技术简要综述

  药物高通量筛选(HTS)技术,是发现创新药物的重要技术手段之一,已受到药学同行的极大关注。现将近年来药物高通量筛选技术的研究进展做一综述。  发展中的高通量筛选技术  高通量筛选的组合模式近年来,由于自动化技术特别是机器人的应用,在新药研究中出现了高通量筛选技术,该技术将化学、基因组研究、生物信

高通量测序分的原理

对DNA分子进行序列测定。1.对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。2.根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等,主要有以下几种:大规模平行签名测序(Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆(Polony S

《自然》:蛋白高通量定量技术

  来自美国德州大学西南医学中心的Rama Ranganathan和他的同事研发了一种能全面分析单基因突变的高通量定量技术,这对于理解蛋白结构,以及蛋白工程应用具有重要意义。相关成果公布在Nature杂志上。   生物学的一个基本原则就是蛋白的氨基酸序列能特异性构成相应的三维结构,并行使生物化

高通量筛选技术的简介

  高通量筛选(High throughput screening,HTS)技术是指以分子水平和细胞水平的实验方法为基础,以微板形式作为实验工具载体,以自动化操作系统执行试验过程,以灵敏快速的检测仪器采集实验结果数据,以计算机分析处理实验数据,在同一时间检测数以千万的样品,并以得到的相应数据库支持运

高通量筛选神经毒性实验

优点:完全自动化的图像获取与分析 快速得到每个细胞的多表型参数 实时监测活细胞的毒性,可持续几分钟至几天 神经系统对许多毒性化合物以及自然环境中生成的有害物质非常敏感。在疾病发生过程中,神经毒性可以对大脑或者外周神经系统造成短暂或持续性的损伤,例如脊髓损伤,中风,创伤性脑损伤等。同时这种神经毒性

高通量测序的实验过程

1.样本准备(sample fragmentation)2.文库构建(library preparation)3.测序反应(sequencing reaction)4.数据分析(data analysis)

高通量测序技术SOLiD简介

目前市场上有四种高通量测序仪,分别是Solexa,454 (GS-FLX),SOLiD和Polonator。根据测序原理,它们可以被分为两大类:使用合成法测序(Sequencing by Synthesis)的Solexa和454,及使用连接法测序(Sequencing by Ligat

高通量测序技术的应用

  测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行重头测序(de novosequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测

高通量植物表型平台简介

  高通量植物表型平台是植物表型组学、植物功能基因组学、现代遗传育种研究的强大工具。利用高通量植物表型平台可以快速获取大量植株的各种信息。现代农业育种的一个主要方向就是性状改良,获得更大的果实/种子,更高的含油量(油料作物),更发达的根系等等。通过高通量植物表型平台可以快速获取大量植物表型信息。

高通量药物筛选的简介

1. 化合物样品库化合物样品主要有人工合成和从天然产物中分离纯化两个来源。其中,人工合成又可常规化学合成和组合化学合成两种方法。2.自动化的操作系统自动化操作系统利用计算机通过操作软件控制整个实验过程。操作软件采用实物图像代表实验用具,简洁明了的图示代表机器的动作。自动化操作系统的工作能力取决于系统

高通量测序技术及原理

高通量测序技术及原理介绍如下:1.什么是高通量测序高通量测序技术也被称作二代测序技术(Next Generation Sequencing, NGS),这是相对一代测序技术(Sanger Sequencing)而言的,同时由于高通量测序的出现使得我们能对一个物种的基因组和转录组进行全面、细致的分析成

高通量测序发展史

人类基因组计划(human genome project, HGP)  在介绍高通量测序发展之前,需要先为大家介绍一个人类发展史上的一项重要创举——人类基因组计划(human genome project, HGP)。HGP的完成对测序技术的推动作用意义重大。  HGP是由美国科学家于1985年率先

高通量组织研磨仪介绍

中药材质量最主要的体现在农药残留的问题上,不仅影响民众的健康,也是阻碍进出 口贸易发展的最大问题。开发快速高效,高灵敏度的中药材农残检测方法,同时对中药材质量进行评价显得尤为重要。金银花为忍冬科多年生藤本植物忍冬的花蕾。别名忍冬花、银花、二花、双花、鹭鸶花、苏花、双苞花、金藤花。花(金银花)、茎藤(