5.6引物延伸法RNA分析
引物延伸法可用于 RNA 的作图和 RNA5＇端的定暈。在此方法中，将过量的 5＇端标记的单链 RNA 引物与待测的 RNA 杂交，随后用反转录酶延伸该引物，生成句 RNA 模板互补的 cDNA。再在变性条件下通过聚丙烯酰胺凝胶电泳测定 cDNA 的长度，即可确定 RNA 端的位置，并且 cDNA 的量将反映出 RNA 的水平。实验材料T4 多核苷酸激酶AMV 反转录酶酵母 tRNA试剂、试剂盒10X 激酶缓冲液5X 杂交缓冲溶液Tris-HClMgCl2DTT放线菌酮 DdNTPRNasin甲酰胺上样染液SephadexG-25NaAc乙醇[r-32P]ATP仪器、耗材水浴杂交炉电泳设备实验步骤一、材料与设备1) 水浴2) 杂交炉3) 电泳设备4)T4 多核苷酸激酶，AMV 反转录酶5)10X 激酶缓冲液：5mol/LTris-HCl(pH7.6)，0.lmol/LMgCL2，50 mmol/LDTT，lmmol/L 亚精胺.......阅读全文
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的
RNA琼脂糖变性胶电泳分析
一、原理RNA分子是以单链形式存在的，但在局部仍有双链结构形成。由于这种局部双链结构的干扰，使得在非变性凝胶上对RNA分子完整性的鉴定及其分子量大小的检测，变得不十分可靠。通过加入乙二醛一二甲基亚砜、氢氧化甲基汞、甲醛等变性剂进行变性处理，使其局部双链变为单链。再进行电泳，RNA的泳动距离与其片段大
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（2）
早期的 RNAi 技术可用在研究与胚胎发育相关基因的功能上，但是由于细胞分裂造成 dsRNA 的稀释，使得这种方法在研究成体的基因功能时有一定的局限性。为弥补早期 RNAi 技术的不足，Tavernarakis 等将 RNAi 技术做了一些改进及更动，将目的基因之标的序列以反向重复的方式，由
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（1）
基因沉默（gene silencing）是生物体内特定基因由于种种原因不表达的遗传现象。一方面，基因沉默是生物遗传操作创造新的遗传修饰生物（genetically modified organisms）的障碍，另一方面，它又是植物抵抗外来核酸入侵（如病毒）的一种反应，为植物抗病毒的遗传育
RNA提取时RNA降解原因
1 ) 新鲜细胞： 裂解液的量不足，使得裂解不充分。 2 ) 新鲜组织： 某些含有内源性核酸酶的样品，很难避免RNA酶的降解，建议采用的方法为在液氮条件下将组织研碎，并且，匀浆时采用更多的裂解液。 3 ) 冷冻样品： 样品取材后应该迅速置于液氮中冷冻存放，然后转移到-70℃冰箱存
RNA干扰技术(RNA－interference，RNAi)
1995年，康乃尔大学的Su Guo博士在试图阻断秀丽新小杆线虫（C. elegans）中的par-1基因时，发现了一个意想不到的现象。她们本是利用反义RNA技术特异性地阻断上述基因的表达，而同时在对照实验中给线虫注射正义RNA（sense RNA）以期观察到基因表达的增强。但得到的结果
RNA的Nouthern印迹和狭线杂交分析实验
Northern blot 是研究基因表达的最严谨的方法之一，可以定量分析组织中某一特异 mRNA 的表达丰度，根据其迁移位置也可以判断基因表达转录物的大小。该技术应用十分广泛，常用于分析 RNA 样品中特定 mRNA 的大小和丰度，也可用于基因表达调控、基因结构及功能、遗传变异等研究。实验材料RN
采用PACE分析RNA肽相互作用实验
聚丙烯酰胺共电泳（poiyacrylamide coelectrophuresis，PACE ) 检测是相对较晚发展起来的定量分析蛋白质、肽与 DNA 或 RNA 相互作用的方法。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。实验方法原理聚丙烯酰胺共电泳（poiyacrylamide coelec
RNA分析的几个热点领域及主要技术路线
DNA，RNA和蛋白质是三种重要的生物大分子，是生命现象的分子基础。基因组DNA中的基因通过转录为mRNA并进一步翻译为蛋白质，很多种类的蛋白质在最终发挥功能时又经历磷酸化、糖基化、酶原激活等翻译后修饰。DNA的遗传信息决定生命的主要性状，而mRNA在信息传递中起很重要的作用。其它两大类RNA，rR
分析核内不均一RNA的相关信息
人们经分析认为核内不均一RNA是mRNA的前体，证据是： (1) hnRNA和mRNA有相同的序列。用小鼠核内hnRNA分离出的1.5Kb（15S）的RNA分子和10Sβ-珠蛋白mRNA分别与小鼠的b-珠蛋白基因都可进行分子杂交，形成R环。实验结果表明hnRNA中存在与mRNA相同的序列，但比
RNA甲基化位点分析新方法
继上次QB期刊给大家推荐了WendyV. Gilbert教授的《关于pre-mRNA存在的修饰形式及其对剪接的影响》综述后，小编看到读者们的热情度特别高。借此机会，再给大家推荐一篇来自德克萨斯大学西南医学中心，QBRC、BICF中心主任谢阳教授实验室在QB期刊上发表的最新关于分析MeRIP-Se
基因芯片与RNAseq的比较分析
最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。 常见误区一： 测序的准确性高，获得的信息更丰富 对，但又不对。
Northern印迹和总RNA杂交实验——Northern印迹分析
试剂、试剂盒甲醛凝胶溶液RNA 电泳缓冲液仪器、耗材凝胶模梳齿凝胶用具实验步骤1. 用肥皂和水彻底清洗凝胶模，梳齿和凝胶用具。2. 准备甲醛凝胶溶液。甲醛凝胶溶液（300 ml 1％ 琼脂糖凝胶）：琼脂糖，3.0 g10x RNA 电泳缓冲液，30 ml Milli-Q 或用玻璃器皿蒸馏过的
RNA的Nouthern印迹和狭线杂交分析实验
实验材料 RNA试剂、试剂盒 DEPCMOPS甲醛琼脂糖乙酸铵NaOHNaClTris·Cl磷酸钠溴化乙锭SDS仪器、耗材 离心机电泳仪培养箱紫外线透照仪杂交炉实验步骤 1. 用72 ml 水溶解1 g 琼脂糖，在水浴中冷至60℃时，移至通风橱中加入10×MOPS电泳缓冲液和18 ml 12.3
采用PACE分析RNA肽相互作用实验
实验方法原理 聚丙烯酰胺共电泳（poiyacrylamide coelectrophuresis，PACE ) 检测是相对较晚发展起来的定量分析蛋白质、肽与 DNA 或 RNA 相互作用的方法。实验材料 低放射性标记物RNA 底物试剂、试剂盒 TBE 凝胶储存缓冲液电泳缓冲液丙烯酰胺储存液过硫酸铵考
RNA的Nouthern印迹和狭线杂交分析实验
甲醛-琼脂糖凝胶电泳 实验材料 RNA 试剂、试剂盒
基因芯片与RNAseq的比较分析
基因芯片 vs RNA-seq哪个好 ？最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。常见误区一：测序的准确性高，获得的信息
采用PACE分析RNA肽相互作用实验
实验方法原理 聚丙烯酰胺共电泳（poiyacrylamide coelectrophuresis，PACE ) 检测是相对较晚发展起来的定量分析蛋白质、肽与 DNA 或 RNA 相互作用的方法。
浅谈单细胞RNA测序的技术与分析难点
如今，单细胞生物学是一个热门话题。而在这一领域中，最前沿的则是单细胞RNA测序（scRNA-seq）。传统“批量的”RNA测序方法（RNA-seq）可以一次处理成千上万个细胞，并得到变异的平均水平。但是没有两个细胞是完全相同的，而scRNA-seq则可以揭示出每个细胞独特的微妙变化，甚至可以揭示全新
RNA提取心得（组织RNA提取和培养细胞的RNA提取）
一.组织RNA提取 1.最好新鲜组织，这样RNA提取的效果比较好，这是肯定的。 2. 如果不是新鲜的（最好在半年之内，-80℃或者液氮中冻存的）组织，注意不要反复冻融，从冰冻状态拿到0-4℃，注意不要拿到常温，待组织解冻后，用 DEPC泡过的剪刀剪一小块组织，称重后，放到预冷的匀浆器中，然后
RNA干扰相关知识RNARITS）
RNA-induced initiation of transcriptional gene silencing（RITS）：是一种组织染色质变型的复合物。RITS复合物也包含Dicer加工形成的siRNA和AGO蛋白质，通过结合到异染色质的基因池上来促使异染色质上基因的沉默。
RNA干扰相关知识RNARISC
RNA-induced silencing complex（RISC）：一种RNA-蛋白质复合物，通过与目标mRNA完全或者部分的互补配对来实施切割或者翻译抑制功能。SiRNA组装siRISC，miRNA组装miRISC。RISCs（无论siRISC还是miRISC）包括两种类型：切割型和不切割型。
反义技术——RNA干扰（RNA－interference，RNAi）
最近由于RNA干扰（RNA interference，RNAi）的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的（1），是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在RNAi领域取得的进步，已经有许多这方面的综述发表（2-4）。RNA干扰是由长的双链 RNA
RNA标记
RNA labeling (Amersham Pharmacia)For the generation of radiolabelled, single stranded RNA for use as hybridization probes 32P-pCp 3' End-labeling
RNA电泳
RNA Gel (Crawford Lab)Gel Electrophoresis of RNA (Beverly Faulkner-Jones)great tips on RNA gel electrophoresis.Northern Gel and TransferUsing glyoxal
RNA提取
RNA提取（主要内容如下）Tips for Handing RNA Total RNA IsolationmRNA IsolationrRNA IsolationOthersQ & A posted in the Method Forum Basic Procedures for Handing
RNA－电泳
①电泳RNA 所用器械如制胶的模具、梳子、电泳槽等用肥皂粉洗干净后用双蒸水冲洗二遍后在室温晾干备用。②用新的1XTBE 配制1. 2 %琼脂糖凝胶,倒胶时溴化乙锭(E直接加入凝胶中。③制备好的琼脂糖凝胶板放入电泳槽后再加入经高压灭菌过的1XTBE ,液面只能刚好同胶面平齐,缓冲液不要淹过胶面。④点样
指导RNA
中文名称指导RNA英文名称guide RNA;gRNA定 义一种小分子RNA，约含60～80个核苷酸，在RNA编辑中起模板作用。其功能是提供核苷酸插入或删除的信息。由小环DNA及大环DNA编码的指导RNA均带有编辑区的序列信息，可介导编辑过程。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），基因表达与调
Quantitating－RNA
RNA quantitation is an important and necessary step prior to most RNA analysis methods. Here we discuss three common methods used to quantitate RNA an