Nature子刊:深度学习预测传统RNASeq无法检测的选择性剪接
项目负责人Yi Xing博士是CHOP计算和基因组医学中心主任，本周他与博士生Zijun Zhang和Zhicheng Pan在《Nature Methods》报道了这款DARTS的框架。DARTS，又称为深度学习加强的RNA-seq转录剪接分析（Deep-learning Augmented RNA-seq analysis of Transcript Splicing）。利用基于深度学习的预测，来驾驭公共数据集中大量RNA测序（RNA-seq）信息，从而揭示选择性剪接。 “DARTS的概念创新在于，它提供了一个桥梁，从公共领域的大数据到个体调查研究的小型数据集，”Xing说。“DARTS可以将大量公共RNA-seq数据转换成一个知识库，这个知识库被表示为一个深层的神经网络，描述如何调节剪接。这个计算框架推广到任何一个独立的实验室将是非常有用的，可以提高实验的效率，有助于发现新东西。只需读取2000或3000万个RNA序......阅读全文
Cell子刊：选择性剪切影响癌细胞代谢
Ludwig癌症研究所的Paul S. Mischel教授领导研究团队，发现单个基因突变会改变关键基因的剪切方式，影响脑癌细胞的代谢。该突变不仅能帮助脑癌细胞生存，还会使这些细胞长得更快，文章发表在Cell旗下的Cell Metabolism杂志上。 单个基因可以通过选择性剪切，在
新发现！手性纳米粒子可以对DNA选择性剪切
在国家自然科学基金项目（项目编号：21522102，21631005）等资助下，江南大学匡华教授研究团队率先发现手性纳米粒子的DNA特异性剪切效应，并实现细胞与活体内靶标DNA的精确剪切。相关成果以“Site-Selective Photoinduced Cleavage and Profili
Nature子刊:深度学习预测传统RNASeq无法检测的选择性剪接
项目负责人Yi Xing博士是CHOP计算和基因组医学中心主任，本周他与博士生Zijun Zhang和Zhicheng Pan在《Nature Methods》报道了这款DARTS的框架。DARTS，又称为深度学习加强的RNA-seq转录剪接分析（Deep-learning Augmented
大鼠选择性剪切体组织因子途径抑制物酶联免疫分析
大鼠选择性剪切体组织因子途径抑制物(as-TFPI)酶联免疫分析试剂盒使用说明书本试剂仅供研究使用 目的：本试剂盒用于测定大鼠血清，血浆，细胞上清及相关液体样本中选择性剪切体组织因子途径抑制物(as-TFPI)的含量。实验原理： 本试剂盒应用双抗体夹心法测定标本中大鼠选择性剪切体组织
大鼠选择性剪切体组织因子途径抑制物酶联免疫分析
大鼠选择性剪切体组织因子途径抑制物(as-TFPI)酶联免疫分析试剂盒使用说明书本试剂仅供研究使用 目的：本试剂盒用于测定大鼠血清，血浆，细胞上清及相关液体样本中选择性剪切体组织因子途径抑制物(as-TFPI)的含量。实验原理： 本试剂盒应用双抗体夹心法测定标本中大鼠选择性剪切体组织
昆明动物所研究发现选择性剪切在果蝇新基因中的进化
选择性剪切（alternative splicing）是一个基因编码出不同转录本和蛋白质的重要途径，对满足生物体所需蛋白多样性具有重要意义。此前的研究显示，新基因通常在序列、基因结构和表达模式上与其祖先基因发生快速的分化。基因结构的改变可能伴随着选择性剪切的改变，但关于新基因选择性
RNAseq综述（一）
摘要在过去的十年中，RNA测序(RNA-seq)已经成为在全转录组范围内分析差异基因表达和mRNAs差异剪接的重要工具。然而，随着下一代测序技术的发展，RNA-seq技术也在不断发展。现在，RNA-seq用于研究RNA生物学的许多方面，其中包括单细胞基因表达、翻译（翻译组,translatome）和
RNAseq综述（三）
改良RNA-seq建库方法RNA-seq最初用于分析多聚腺苷酸化的转录本，使用的方法源于早期的表达序列标签(expressed-sequence tag)和芯片研究。然而，下一代测序的使用指出了这些方法的局限性，而这些局限性在芯片数据中并不明显。因此，在RNA-seq首次报道后不久，就有研究
RNAseq综述（二）
短读长cDNA测序短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method)，部分原因是这种方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面，更高质量的数据，这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长
RNAseq综述（八）
使用核糖体分析方法检测活跃的翻译RNA-seq的主要用途在于研究样本中的mRNA的种类与数量，但是mRNAs的存在与否并不直接关系到蛋白质的合成。现在有两种方法可以研究转录以外的翻译情况，可以让研究者们更好的理解翻译组(translatome)：一种是多核糖体表达谱(polysomal pr
RNAseq综述（九）
通过研究RNA分子内的相互作用来研究RNA的结构核糖体RNA和tRNA构成细胞的大部分RNA。它们与其他结构非编码RNA一起在细胞中发挥各种作用，例如从基因调节到翻译。现存主要有两种研究RNA结构的方法：基于核酸酶的方法和化学探针方法。核糖核酸酶消化于1965年首次用于研究RAN(tRNA(Ala)
RNAseq综述（五）
第1阶段-测序读长的比对(alignment)与组装(assembly)测序完成后，分析的起点就是数据文件，这个数据文件包含了测序计数的碱基，这些数据文件通常是以FASTQ文件的格式存在。处理这些FASTQ文件最常见的第一步操作就是将测序读长回贴到已知的转录组上（或已经注释的基因组上），将每个测序读
RNAseq综述（六）
单细胞分析scRNA-seq于2009年首次报道，当时的研究者在含有裂解缓冲液的EP管中分离了单个卵母细胞。单细胞测序对生物学新问题的解释，以及现有的实验室和计算方法以极快的速度发展，甚至最近几年综述都已经过时了。每种scRNA-seq方法都需要将实体组织进行分离，分离出单个细胞（使用不同的方法），
RNAseq综述（四）
设计更好的RNA-seq实验仔细设计DGE RNA-seq实验对于获取高质量和生物意义数据有着非常重要的意义。尤其是要考虑到复制的层次，测序深度以及单端还是双端测序。重复与实验功效(replication and experimental power)在一个实验中，足够的生物学重复(biologic
RNAseq综述（七）
动态RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq来检测稳态下的mRNA表达水平，这一表达水平是通过mRNA的转录，加工和降解速度来决定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及转录，翻译所涉及的过程与动力学特征，这些研究为基因表
高剪切均质机
顾名思义，均质机的作用就是通过它高转速的剪切刀，把不同质地的东西混合均匀，使原料相互之间融合的更好，达到好的乳化状态，并且起到消除气泡的作用。 高剪切均质机主要技术参数 1.标准额定最大处理量：1500 L/H 2.最小处理量：1oL 3.标准额定工作压力：1500 ba
如何测试剪切力，什么是剪切力
材料力学的定义很清楚：“剪切”是在一对（1）相距很近、（2）大小相同、（3）指向相反的横向外力（即平行于作用面的力）作用下，材料的横截面沿该外力作用方向发生的相对错动变形现象。能够使材料产生剪切变形的力称为剪力或剪切力。发生剪切变形的截面称为剪切面。判断是否“剪切”的关键是材料的横截面是否发生相对错
内剪切强度和层间剪切强度的定义
层间剪切性能是对于具有明显“”层“的概念、层合而成的复合材料，考察其层与层之间剪切性能的力学量，主要考察基体的抗剪能力，间接考察纤维与基体的界面性能，测试方法JC/T773，ASTM D2344；面内剪切是针对各项异性的材料的概念，如材料几何单元为正6面体，由于各项异性，不同面内的剪切应力不同，同一
解读单细胞RNAseq技术
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派对：在拥挤的房间里，与许多人聊天、吃饭和庆祝。但是，试想你并不知道寿星是谁，只是像一个局外者看待这个派对。你可能会觉得整个事件看起来与
解读单细胞RNAseq技术
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运 多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派
RNASeq和线粒体测序介绍
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术
剪切/刮伤试验仪
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用RNAseq快速绘制大脑图
在过去的十年中，DNA和RNA测序技术已迅猛发展并且更加便宜，现在它们被运用到各种新的领域中。最近在《Neuron》发表的一项新研究中，研究人员使用RNA测序技术，在单个神经元水平上绘制小鼠的大脑图。这种新技术被称为Multiplexed Analysis of Projections by S
如何解决RNAseq量化误差？
NA-Seq已经成为测量基因表达的标准，以及用于人类疾病研究的一种重要技术。基因表达量化分析涉及，测序序列与一个已知基因组或转录组参考序列的比对。这种量化的准确度取决于，序列中要有足够多的独特信息，才能使生物信息学工具能够准确地将测序序列分配到正确的基因位置上。 九月四日，英国爱丁堡大学的Ch
来了解高剪切均质机
顾名思义，均质机的作用就是通过它高转速的剪切刀，把不同质地的东西混合均匀，使原料相互之间融合的更好，达到好的乳化状态，并且起到消除气泡的作用。 高剪切均质机主要技术参数 1.标准额定最大处理量：1500 L/H 2.最小处理量：1oL 3.标准额定工作压力：1500 bar 4.产品过
高剪切的工作原理
高剪切均质机的工作原理:转子带有叶片高速旋转产生强大的离心力场,在转子中心形成很强的负压区,料液(液液、或液固相混合物)从定转子中心被吸入,在离心力的作用下,物料由中心向四周扩散,在向四周扩散过程中,物料首先受到叶片的搅拌,并在叶片端面与定子齿圈内侧窄小间隙内受到剪切,然后进入内圈转齿与定齿的窄
流体剪切力实验
一.实验准备实验材料及设备细胞： HUVECs细胞系培养基：Endothelial Cell Growth Medium（PromoCell，Germany，C-22010） 胎牛血清培养耗材：ibidi单通道载玻片μ-Slide I0.6 Luer （ibidi，Germany
聚焦芯片到RNAseq的转型之路
自二十世纪九十年代中期以来，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。在这一技术最辉煌的时期，准备研究基因表达模式的人都会想到使用芯片。不过随着测序成本的直线下降，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。 DNA芯片上排列着大量的核酸探针，可以代表生物的整个基因组或部分基因
材料剪切力测试机
主要功能：（1）力值、大变形、小变形、位移的同步测量和显示。（2）试验速度任意设定。（从0.001-500mm/min，可无级调速）（3）试验曲线实时显示，横坐标和纵坐标自动换档。（4）可设置自动判断裂与否和自动返回起始点与否。可设置定时间停止，定负荷停止，定变形停止，可设置断裂判别条件。（5）可任
复合材料剪切性能测试
产品简介： 复合材料是一种新型材料，其材料强度大，可以替代部分金属材料，且性能往往优于金属材料，包括抗拉强度、耐高低温性能都很强，常用的材料有碳纤维材料、玻璃纤维材料、合成树脂、增强纤维塑料、陶瓷基材料、碳基合成材料等。复合材料常用的拉伸试验压缩试验需配置相应的馥勒力学试验机及馥勒研制的复