用PCR来制备编码随机肽的双链DNA文库实验
使用合成的寡核苷酸构建文库时,PCR 有两个重要的作用。第一,用与特定侧翼序列退火的引物来扩增文库,仅用少量的不同模板,就可以得到大量的 PCR 产物。第二,若要产生文库 DNA 的复杂互补链,PCR 合成法是有效的方法。本实验来源于 PCR 实验指南(第二版),作者:种康,瞿礼嘉。试剂、试剂盒限制性内切酶和缓冲液灭菌双蒸水Tris-HCl生物素标记的 PCR 引物仪器、耗材链霉抗生物素蛋白磁性珠琼脂糖凝胶电泳所需的试剂和设备实验步骤一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂灭菌双蒸水(ddH20)10 mmol/LTris-HCl,pH8.02. 酶和酶缓冲液限制性内切酶和缓冲液(见第 9 步)10XVent 缓冲液VentDNA 聚合酶3. 核酸和寡核苷酸生物素标记的 PCR 引物,长度至少 15bp,5'末端进行了生物素修饰(见图 26-1)。编码 12 个氨基酸的 NNK 库。库的设计如图 26-1(a) 所示。合成的链含......阅读全文
消减-cDNA-或基因组-DNA-文库的制备实验
试剂、试剂盒 缓冲液、溶液和试剂 酶和酶缓冲液 核酸和寡核苷酸 放射性化合物 酚 仪器、耗材
DNA文库的构建及其筛选
实验材料 DNA试剂、试剂盒 升汞MS培养基琼脂糖EcoR IHind IIIBamH IBg lII Pst I仪器、耗材 电泳仪尼龙膜实验步骤 1.水稻 DNA 的提取水稻 DNA 的提取参照 Dellaporta, Wood 和 Hicks (1983) 法分离总基因组DNA并略有修改。 通过
DNA文库的构建及其筛选
实验方法原理 高等植物基因组的一个显著特征是其内含有大量的 DNA 重复序列, 重复序列常位于异染色质区, 因此可能与染色体的结构有关 . 季静等根据国际上 对基因组、染色体、结构蛋白的研究前沿, 提出染色体 DNA 平均每隔 30 kb
DNA文库的构建及其筛选
DNA文库的构建和筛选可以用于:(1)将某生物的全部基因组DNA用限制性内切酶或机械力量切割成一定长度的DNA片段,再与适合的载体在体外重组并转化相应的宿主细胞获得的所有阳性菌落。 (2)采用“化整为零”策略,将庞大的基因分解成一段段,每段包含一个或几个基因。实验方法原理高等植物基因组的一个显著特征
用杂交的方法筛选大片段插入的文库实验
实验步骤由于原代的转化子只能产生数目有限的滤膜,因而随机铺板不适合滤膜的制备以及 YAC、BAC 和 PAC 文库的保存,而且由于克隆增殖率存在差别,因而无论是哪一种扩增形式都会将偏差带人文库中去。因此,原代的转化子应加入微孔板中,放置于-8℃ 保存。这使得制造分配用的文库拷贝变得简单易行,而且使组
用杂交的方法筛选大片段插入的文库实验
由于原代的转化子只能产生数目有限的滤膜,因而随机铺板不适合滤膜的制备以及 YAC、BAC 和 PAC 文库的保存,而且由于克隆增殖率存在差别,因而无论是哪一种扩增形式都会将偏差带人文库中去。因此,原代的转化子应加入微孔板中,放置于-8℃ 保存。这使得制造分配用的文库拷贝变得简单易行,而且使组
用于-PCR-的模板-DNA-制备实验
酚-氯仿法提取石蜡组织中 DNA 改进的石蜡切片 DNA 提取方法 直接法(DNA 免提法) 冰冻片 含血标本 胸腹水或尿液
用于-PCR-的模板-DNA-制备实验
实验方法原理 实验步骤 1. 10 mm 厚石蜡切片 10~15 张,置入消毒后的 1.5 ml Eppendorf 管中。2. 脱蜡 二甲苯 1200 μl,9000 r/min,8 min×3。3. 脱水无水乙醇 1200 μl,9000 r/min,5 min×3。4. 打开 Eppendor
用-dUTP-净化-PCR-产物的实验
试剂、试剂盒 dNTP 溶液 MgCl2 溶液 PCR 缓冲液 引物 尿嘧啶-DNA-糖基酶 Taq DNA 聚合酶
用-dUTP-净化-PCR-产物的实验
试剂、试剂盒 dNTP 溶液 MgCl2 溶液PCR 缓冲液引物尿嘧啶-DNA-糖基酶 Taq DNA 聚合酶仪器、耗材 PCR 仪离心管实验步骤 一、材料1. 试剂(1)dNTP溶液(含有dATP、dCTP、dGTP和dUTP,每种浓度10 mmol/L)多数情况下,直接替换dUTP就可以
用-dUTP-净化-PCR-产物的实验
在 PCR 扩增过程中将 dUTP 掺入复制子是最为有效和广泛使用的净化 PCR 产物的方法(Longoetal.1990;HartleyandRashtchian1995)。下面介紹这一方法的详细操作过程。本实验来源于PCR实验指南(第二版),作者:种康,瞿礼嘉。试剂、试剂盒dNTP 溶液MgCl
基于-PCR-的-DNA-斑点印迹实验
对于高通量的筛选,推荐使用几个热循环仪厂家提供的 96 孔或 384 孔 PCR 板,或者使用单个的管子。本实验来源于 PCR 实验指南(第二版),作者:种康,瞿礼嘉。实验方法原理dNTP ,PCR 缓冲液,聚合酶混合液,嵌套引物,LB-氨苄液体培养基,溶液NaOH,SSC,Tris-HCl,PCR
基于-PCR-的-DNA-斑点印迹实验
实验方法原理 dNTP ,PCR 缓冲液,聚合酶混合液,嵌套引物,LB-氨苄液体培养基,溶液NaOH,SSC,Tris-HCl,PCR 产物微量滴定板,尼龙膜,紫外交联装置,96 孔或 384 孔复制器,热循环仪,PCR 管或反应板
基于-PCR-的-DNA-斑点印迹实验
实验方法原理 dNTP ,PCR 缓冲液,聚合酶混合液,嵌套引物,LB-氨苄液体培养基,溶液NaOH,SSC,Tris-HCl,PCR 产物微量滴定板,尼龙膜,紫外交联装置,96 孔或 384 孔复制器,热循环仪,PCR 管或反应板试剂、试剂盒 dNTP PCR 缓冲液聚合酶混合液嵌套引物LB-氨苄
用-Hoechst33258-测定DNA实验
实验方法原理在缓冲液中匀浆细胞或组织,继用超声处理。以一定量的细胞悬液与Hoechst33258混匀,测定其荧光。实验步骤材料非无菌:缓冲液:0.05mol/LNaPO4;2.0mol/L NaCl,pH7.4 , 含 2 X l0-3 mol/L EDTA 。Hoechst33258;缓冲液中,1
用-Hoechst33258-测定DNA实验
实验方法原理 在缓冲液中匀浆细胞或组织,继用超声处理。以一定量的细胞悬液与Hoechst33258混匀,测定其荧光。 实验步骤 材料非无菌:缓冲液:0.05
用于PCR的模板DNA制备实验——直接法(DNA-免提法)
实验步骤1. 标本太少时,可将一张石蜡切片经脱蜡,水化,蒸馏水清洗,无菌蒸馏水浸泡,取出晾至半干。2. 加入 20~80 μl 直接裂解液中,加 20 mg/ml 蛋白酶 K 0.2~1 μl,放置 55℃ 裂解 3 h 以上;100℃10 min 灭活蛋白酶 K;10000 r/min 离心 10
用-PCR-分析连接反应的底物和产物
由 PCR 产生的合成 DNA 文库,可以经过酶切消化,连接到线性化的表达载体系统上。在这里所列的方案中,文库的 5’(NotⅠ)和 3'(ClaⅠ) 末端是不同的酶切位点,也用同样的酶切位点克隆进载体。可以用 PCR 分析线性化反应和连接反应的效率。本实验来源于 PCR 实验指南(第二版)
DNA文库构建和Illumina测序化学原理
单细胞测序方法和原理系列:所谓DNA文库,实际上是许多个DNA片段,在两端接上了特定的DNA接头,形成的DNA混合物。文库有2个特点:1. 当中这一段插入的DNA,它的序列是各种各样的。2. 它的两头的街头序列,是人工特异加上去的,是已知的。要构建文库,首先需要把基因组DNA用超声波打断,之后把两端
模板-DNA-的准备、实验的组织和-PCR-扩增实验
试剂、试剂盒 PCR 缓冲液 ddH20 基因组 DNA dNTP 寡核苷酸引物 仪器、耗材
模板-DNA-的准备、实验的组织和-PCR-扩增实验
试剂、试剂盒 PCR 缓冲液ddH20基因组 DNAdNTP寡核苷酸引物仪器、耗材 离心机和转子丙烯酸防护板过滤阻挡吸头多道移液器PCR 仪托盘 固定器装置底座管盖小管实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂含 15 mmol/LMgCl2 的 10XPCR 缓冲液 (GeneAmpPCR 缓冲液
模板-DNA-的准备、实验的组织和-PCR-扩增实验
可以用各种方法分离基因组 DNA, 主要决定于初始材料的种类(血液还是组织)和数量。所有制备的 DNA 都应该储存于 pH8.0 的 TE 缓冲液中并装在灭菌的 Eppendorf 管内。本实验来源于 PCR 实验指南(第二版),作者:种康,瞿礼嘉。试剂、试剂盒PCR 缓冲液ddH20基因组 DNA
YAC实验——YAC文库构建
YAC带有天然染色体所有的功能元件,包括一个着丝粒,一个DNA复制起点,两个端粒。YAC能够容纳长达几百kb的外源DNA,这是质粒和黏粒办不到的。大片段的插入更有可能包含完整的基因,在染色体步移中每次允许更大的步移距离,同时能够减少完整基因组文库所需的克隆数目。实验步骤1. 尽管当插入片段大于10
YAC实验——YAC文库筛选
实验步骤1. YAC中心实验室用于筛选文库的方法进展很快。2. 将一块或多块微量滴定板微孔中的YAC克隆转印到尼龙膜上,用单拷贝探针进行杂交,就可以筛选YAC文库了。3. 然而,由 于杂交实验的信噪比较低以及制备所有的转印尼龙膜所需的花费巨大,绝大多数实验室已采用PCR方法来筛选文库。4.
用于-PCR-的模板-DNA-制备实验——冰冻片
实验步骤1. 将 10 μl 冰冻切片直接放入含组织裂解液的离心管中。2. 无菌尖头刀片刮下,放入 300~900 μl 组织裂解液中,并加入 20 mg/ml 蛋白酶 K(PK)10~15 μl,封口膜封口,置 55℃ 3 h 以上。3. 其间用指轻弹离心管以利裂解。若有沉淀,再加入 5~10 μ
用于-PCR-的模板-DNA-制备实验——含血标本
实验步骤1. 3 ml 外周血或 1 ml 骨髓液放入含 50 μl 0.5mol/L EDTA 的无菌离心管(15 ml 管)中。2. 2000 r/min 离心 10 min。吸去血浆,用指弹匀剩余的有核细胞和红细胞,加入红细胞溶解液 10 ml 并混匀,常温下放置 30 min。红细胞溶解液配
PCR剪接VHCDR3基因文库和VL基因构建scFv基因文库
[器材和试剂]Winard PCR纯化试剂盒 (Promega)PCR试剂和设备用于连接scFv和pHENl DNA以及将scFv文库电转化到大肠杆菌TGl株的试剂和设备 FDSEQ引物扩增的VHCDR3基因文库和VL基因,[方法]1. 配制4个25ulPCR反应液,包含:去离子水,10.25ul1
PCR剪接VHCDR3基因文库和VL基因构建scFv基因文库
[器材和试剂]Winard PCR纯化试剂盒 (Promega)PCR试剂和设备用于连接scFv和pHENl DNA以及将scFv文库电转化到大肠杆菌TGl株的试剂和设备 FDSEQ引物扩增的VHCDR3基因文库和VL基因,[方法]1. 配制4个25ulPCR反应液,包含:去离子水,10.25ul1
全自动化DNA文库构建技术简介
在二代测序中,基因文库的构建是一项十分耗时耗力的工作,需要熟练的科研技术人员在整个操作过程中保持需高度注意力,花费大量时间和精力才能完成建库工作。因此,大多数实验室有将文库构建工作自动化的需求,以节省人力。应文库构建自动化的需求,派玛.迪格(PrimaDiag)公司研发了ACSIA NGSLib
基因组DNA文库构建的基本流程
基因组 DNA文库有十分广泛的用途,如用于分析、分离特定的基因片段,用以基因表达调控、人类及动植物基因组工程的研究。通常情况下,基因组文库构建的基本流程可以归为4大步骤:分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。 一、分离基因组DN