非编码RNANfi调控水稻固氮酶活性
近日,生物所微生物功能基因组创新团队林敏课题组在水稻根际联合固氮施氏假单胞菌中发现新型非编码RNA参与协同调控固氮酶活性,为进一步揭示生物固氮网络调控机制奠定了重要理论基础。该成果发表在最新一期的经典微生物学杂志《应用环境微生物学(Applied and Environmental Microbiology)》上。 生物固氮是固氮微生物特有的一种生理功能,这种功能是在固氮酶的催化作用下进行的,受胞内能源供应和环境胁迫因子影响较大。为适应环境变化,固氮微生物在进化过程中形成了一套复杂的调控系统,固氮细胞需要表达和维持足够的nif mRNAs分子,才能确保高效固氮酶活,但相关调控网络和作用机制目前还不清楚。 此前研究已发现了第一个直接参与固氮转录后调控的新型的非编码RNA NfiS, 本研究中,研究人员鉴定出第二个参与固氮基因转录后调控的新型非编码RNA,并命名为 NfiR。通过对nfiR突变株的表型测定和蛋白组学分析......阅读全文
RNA标记
RNA labeling (Amersham Pharmacia)For the generation of radiolabelled, single stranded RNA for use as hybridization probes 32P-pCp 3' End-labeling
RNA提取
RNA提取(主要内容如下)Tips for Handing RNA Total RNA IsolationmRNA IsolationrRNA IsolationOthersQ & A posted in the Method Forum Basic Procedures for Handing
RNA降解
新鲜细胞:如果试剂没有问题,且外源性污染也可以排除,那么降解几乎都来自裂解液的用量不足。如 果将裂解液直接加入培养皿中裂解细胞,一定要使裂解液能覆盖住细胞。 2. 新鲜组织:某些富含内源核酸酶的样品(如肝脏,胸腺等),即使使用电动匀浆器匀浆也不能避免RNA的降解。更可靠的方法是:在液氮条件下将组织
RNA电泳
· RNA Gel (Crawford Lab)· Gel Electrophoresis of RNA (Beverly Faulkner-Jones)great tips on RNA gel electrophoresis. · Northern
RNA-电泳
①电泳RNA 所用器械如制胶的模具、梳子、电泳槽等用肥皂粉洗干净后用双蒸水冲洗二遍后在室温晾干备用。②用新的1XTBE 配制1. 2 %琼脂糖凝胶,倒胶时溴化乙锭(E直接加入凝胶中。③制备好的琼脂糖凝胶板放入电泳槽后再加入经高压灭菌过的1XTBE ,液面只能刚好同胶面平齐,缓冲液不要淹过胶面。④点样
指导RNA
中文名称指导RNA英文名称guide RNA;gRNA定 义一种小分子RNA,约含60~80个核苷酸,在RNA编辑中起模板作用。其功能是提供核苷酸插入或删除的信息。由小环DNA及大环DNA编码的指导RNA均带有编辑区的序列信息,可介导编辑过程。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调
RNA电泳
RNA Gel (Crawford Lab)Gel Electrophoresis of RNA (Beverly Faulkner-Jones)great tips on RNA gel electrophoresis.Northern Gel and TransferUsing glyoxal
RNA标记
RNA标记是将标记物(如放射性同位素、荧光素或酶)共价地连接到RNA,通过检测标记物,进而实现对RNA鉴别和检测的目的。RNA标记在分子探针领域应用广泛,在疾病诊断方面也很有前景。 理想的RNA标记方法应符合以下要求: 1. 操作简单,灵敏度高 2. 不影响碱基配对的特异性 3. 不影响RN
RNA-剪接
中文名称RNA 剪接英文名称RNA splicing定 义在真核细胞核中从RNA初始转录物切除内含子,连接外显子形成成熟的mRNA的过程。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞遗传(二级学科)
RNA-Electrophoresis
Electrophoresis through agarose or polyacrylamide gels is the standard way to separate, identify and purify nucleic acid fragments. The location of th
Quantitating-RNA
RNA quantitation is an important and necessary step prior to most RNA analysis methods. Here we discuss three common methods used to quantitate RNA an
关于小干扰RNA的RNA激活介绍
已经发现dsRNA还可以激活基因表达,这种机制被称为“小RNA诱导的基因激活”或RNAa。已经显示靶向基因启动子的dsRNA诱导相关基因的有效转录激活。使用合成的dsRNA在人细胞中证明RNAa,称为“小活化RNA”(saRNA)。尚不清楚RNAa是否在其他生物体中是保守的。
RNA干扰相关知识Small-interfering-RNA(siRNA)
Small interfering RNA(siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默。
南京土壤所揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制
生物固氮是地球上最重要的生态过程之一,在农田生态系统中,作物总生物量中大约24%的氮来源于微生物的非共生固氮过程。根际是农田土壤中微生物最为活跃的区域,根际中固氮微生物群落与作物的生长息息相关。然而,长期以来,大量化肥及有机物料的投入大大降低了农田土壤微生物的固氮作用。近年来,土壤固氮功能微生物
氮添加对生物固氮的负效应随土壤有机碳的增加而减弱
传统观点认为,由于生物固氮是一个消耗能量的化学反应,当土壤可利用氮浓度增加时,兼性固氮者下调固氮速率(转而利用土壤氮),而专性固氮者被淘汰或取代。基于这样的认识形成的“氮富集抑制生物固氮”理论观点已被广泛接受和证实。然而,自然界中仍存在与此相悖的现象,即有很多富氮的生态系统高效固持外源氮。导致该“悖
氮添加对生物固氮的负效应随土壤有机碳的增加而减弱
传统观点认为,由于生物固氮是一个消耗能量的化学反应,当土壤可利用氮浓度增加时,兼性固氮者下调固氮速率(转而利用土壤氮),而专性固氮者被淘汰或取代。基于这样的认识形成的“氮富集抑制生物固氮”理论观点已被广泛接受和证实。然而,自然界中仍存在与此相悖的现象,即有很多富氮的生态系统高效固持外源氮。导致该“悖
关于黄素氧还蛋白的作用性介绍
生物固氮作用(biologicalnitrogenfixatio):大气中的氮被原还为氨的过程。生物固氮只发生在少数的细菌和藻类中。 估计全球每年生物固氮作用所固定的氮(N2)约达17500万吨,其中耕地土壤约有4400万吨,超过了每年施入土壤4000万吨肥料氮素(工业固氮)的量(Burris
研究揭示砷氧化依赖自养固氮及相应代谢途径
近日,广东省科学院生态环境与土壤研究所研究员孙蔚旻团队利用DNA-SIP和宏基因组分箱确定了微生物硫杆菌属(Thiobacillus)和厌氧菌属(Anaeromyxobacter)参与砷氧化依赖自养固氮及相应代谢途径。相关研究发表于Journal of Hazardous Materials。
RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(1)
Rnai最近由于RNA 干扰(RNA interference,RNA i)的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的(1),是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在 RNA i领域取得的进步,已经有许多这方面的综述发表(2-4)。RNA 干扰是
纯化RNA实验——从组织中纯化总RNA
实验材料组织试剂、试剂盒RNA 抽提缓冲液氯仿实验步骤1. 从动物取下组织,直接进行第 2 步或在液氮中快速冷冻新鲜解剖的组织。冷冻后的组织可以贮存在 -70℃。2. 组织(0.05~0.3 g)在 2.0 ml RNA 抽提缓冲液中匀浆。3. 每管加 200 μl 氯仿,混合均匀,冰浴 15 分钟
RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(2)
1RNA i的发现RNA i是在研究秀丽新小杆线虫(C. elegans)反义RNA (antisenseRNA )的过程中发现的,由dsRNA 介导的同源RNA 降解过程。1995年,Guo等发现注射正义RNA (senseRNA )和反义RNA 均能有效并特异性地抑制秀丽新小杆线虫par
Science聚焦:球形RNA让RNA疗法重获新生
几十年来,RNA疗法在治疗遗传疾病的道路上走得并不顺遂。不过,随着新型RNA(球形核酸SNA)在人体试验中取得成功,这一领域似乎焕发出新的活力。Science网站特别撰文介绍了这项重要突破。 RNA疗法一般是用反义RNA破坏疾病相关蛋白的生产。在美国化学学会(ACS)上周的一次会议上,研究人员
什么是RNA?RNA的作用是什么?
核糖核酸(缩写为RNA,即Ribonucleic Acid),存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。RNA由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。一个核糖核苷酸分子由磷酸,核糖和碱基构成。RNA的碱基主要有4种,即A(腺嘌呤)、G(鸟嘌呤)、C(胞嘧啶)、U(尿嘧啶),其中,U(尿
什么叫做外源性RNA和内源性RNA
核糖核酸(缩写为RNA,即RibonucleicAcid),存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。RNA由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。一个核糖核苷酸分子由磷酸,核糖和碱基构成。RNA的碱基主要有4种,即A腺嘌呤、G鸟嘌呤、C胞嘧啶、U尿嘧啶,其中,U(尿嘧啶)取代了DNA
RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(3)
SiRNASmall interfering RNA (siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默。ShRNAshRNA 短发夹RNAshRNA
版纳植物园揭示干热胁迫对附生蓝藻地衣生物固氮酶影响
在许多自然林生态系统中,附生蓝藻地衣(即含有蓝藻共生藻的地衣)是重要的附生生物类群,具有较强的固氮能力,地衣生物固氮是自然林中氮素来源的重要途径之一。附生蓝藻型地衣的固氮酶活性受湿度、温度以及其自身的光合有机物储量等因素影响。目前相关的研究集中于地衣生物量和固氮总量的估算等方面,而关于气候变化条
RNA加工修饰
中文名RNA加工修饰所属领域生物学定义RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。
Poly(A)+RNA-Isolation
Eukaryotic messenger RNA (mRNA) can be separated from the other RNA species in a total RNA preparation by affinity chromatography by virtue of the
RNA提取原理
RNA抽取一般使用Trizol法抽提:Trizol是一种总RNA抽提试剂,内含异硫氰酸胍等物质,能迅速裂解细胞,抑制细胞释放出的核酸酶活性。目前常用Trizol法进行提取组织或细胞中的RNA。Trizol作用原理:在匀质化或溶解样品中,Trizol试剂可保持RNA的完整性,同时能破坏细胞及溶解细胞成
RNA-反转录
实验材料 poly(A)+RNA反转录酶鼠源反转酶 或禽源反转录酶试剂、试剂盒 oligo(dT)12-18 lmol LTris-Cl 1mol LTris-Cl lmol LKC1 25 mmol LMgCl2 dNTP 混合物 0.lmol LDTT RNasin实验步骤 一材料与设备1)p