华中科大发文：为什么这些蛋白家族可以被预测出来？
华中科技大学生命学院宁康教授团队，联合软件学院薛志东教授团队和美国密歇根大学计算医学与生物信息系张阳教授团队，在利用微生物组大数据辅助预测蛋白质三维结构领域取得新突破。该联合团队研究成果《Fueling ab initio folding with marine microbiome enables structure and function predictions of new protein families》在生物学领域权威期刊Genome Biology（2018年影响因子：14.028）在线发表。宁康教授、薛志东教授和张阳教授为并列通讯作者，王燕副教授、博士后石强、博士生杨朋硕和张成鑫为并列第一作者，华中科技大学为该文第一单位。 这项研究主要目的为揭示环境微生物辅助预测未知结构的蛋白的可行性和潜在规律。为此，研究团队利用将近2TB的海洋微生物组大数据，鉴定出了9千7百万的非冗余基因和3万7千个微生物物种。结合......阅读全文
人类肠道微生物基因集－为研究提供精准数据支持
7月7日，由华南理工大学生物科学与工程学院博士研究生李俊桦为第一作者，与深圳华大基因研究院、丹麦哥本哈根大学等单位共同合作完成的《人肠道微生物组参考基因集》研究成果在《自然—生物技术》上发表。这是“华工—华大”基因组科学创新班学子在国际顶级学术期刊上以第一作者身份发表的第二篇文章。 据介绍，人
世界微生物数据中心落户微生物所
在近日召开的第12届国际菌种保藏大会上，经过大会专家委员会评审并经世界菌种保藏联合会理事会审议通过，中国科学院微生物研究所在众多的竞争者中脱颖而出，成为世界微生物数据中心（World Data Center for Microorganisms, WDCM）新的主持单位。 W
微生物所发表中国微生物组数据平台
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
华大参与：复杂宏基因组数据的新分析法
当前分析宏基因组数据的大多数方法，都依赖于与参考基因组的对比，但是许多环境中的微生物多样性远远超过了参考数据库所覆盖的范围。将复杂的宏基因组数据从头划分为特定的生物学实体（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一个未解决的问题。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnolog
5大玩家竞逐下一代基因测序数据游戏
【导语】美国化学学会(ACS)出版的新闻周刊C&EN以基因测序为主题发表了封面文章“下一代基因测序是一场数据游戏”，文中指出：2013年基因测序市场规模为13亿美元，其中Illumina市场占有率为71%；被赛默飞世尔收购的Life Tech居第二；罗氏排名第三；另外文中还公布了影响用户购买测线
Science：利用宏基因组数据预测之前未知的蛋白结构
根据一项新的研究，从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型，而在此之前，它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较，从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的
有毒微生物助力物种大灭绝
一般来说，科学家们认为，大约 2.5 亿年前，即二叠纪末期，西伯利亚火山喷出的温室气体主要推动了大规模灭绝事件。这些气体导致极端变暖，进而导致 80% 的所有海洋物种以及许多陆地物种灭绝。直到现在，科学家们还无法确切解释高温是如何导致这些物种死亡的。近日，美国加州大学河滨分校领导的一项研究表明，高温
农业微生物－将迎大突破
“现在俺愁的不是销量，愁的是产量供不上。”河南省新蔡县牛湾村益生菌水稻种植基地负责人彭东文乐呵呵地说，“俺的生态稻，在4月份开始种秧时就全部预售完了。”前不久，河南省新蔡县牛湾村益生菌水稻种植基地的“丰收季”如期举办。得益于益生菌技术的使用，这种水稻在生长周期内，病害、虫害率极大降低，不但减少了化肥
农业微生物－将迎大突破
“现在俺愁的不是销量，愁的是产量供不上。”河南省新蔡县牛湾村益生菌水稻种植基地负责人彭东文乐呵呵地说，“俺的生态稻，在4月份开始种秧时就全部预售完了。” 前不久，河南省新蔡县牛湾村益生菌水稻种植基地的“丰收季”如期举办。得益于益生菌技术的使用，这种水稻在生长周期内，病害、虫害率极大降低，不但减
三大净化水质微生物
水族馆、养鱼厂、育苗厂等人造水体的封闭循环系统中的关键技术与设备是作为净水微生物的“生物包”。当今生物包中的微生物有以下三大类： 1.土著微生物 是在当时当地水源水域中土生土长的微生物，在水中或固着在生物包的填料上形成生物膜，是在自然状态下形成的。 传统的生物包不是利用人工培育
2014大数据与数据科学进展主题论坛在京举行
12月27日，2014年大数据与数据科学进展主题论坛在京举行。包括徐宗本等5位院士在内的来自学界、商界和政府部门的60多名专家学者参加了论坛，围绕今年国际上大数据与数据科学的最新进展和面临的挑战展开了研讨。 本次论坛由中国计算机学会主办，中国计算机学会大数据专家委员会、中科院虚拟经济与数据科学
2022大数据科技传播奖揭晓
由中国科技新闻学会、湖南省科协、衡阳市人民政府联合开展的2022年大数据科技传播奖评选活动近日揭晓，共评出特殊贡献奖7名，作品奖9件，团体奖13个，个人奖28名。本次评选活动经郭华东、李兰娟、褚君浩等院士担纲的大数据科技传播奖评审委员会严格评选审定，依照《大数据科技传播奖奖励办法》规定，评选中国工程
三大数据展现南水北调工程效益
新华社北京8月25日电 题：三大数据展现南水北调工程效益新华社记者刘诗平8月25日，南水北调中线穿黄工程通过水利部主持的设计单元工程完工验收。至此，南水北调东、中线155个设计单元工程全部通过水利部完工验收。据统计，如今南水北调工程累计调水超过560亿立方米、受益人口超过1.5亿人，充分展现了这一工
微生物蛋白提取技术化污泥为蛋白
如何让城镇污水厂污泥变废为宝一直是世界性的难题。如今天津裕川置业集团有限公司与天津大学通过联合破解这一难题，实现了污泥处理简练化、无害化、资源化。今天，天津市塘沽科技局组织专家对微生物蛋白提取方式的污泥处理及资源化技术研究课题进行鉴定，认为该成果达到国际领先水平。 据介绍，目前对
我国微生物大数据平台建设获进展
近日，中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心团队题为World Data Centre for Microorganisms: an information infrastructure to explore and utilize preserved microbia
首个国际ISO微生物数据标准正式发布
微生物资源是国家的重要战略资源，微生物数据资源则是微生物资源共享和开发的关键环节，数据资源的丰富性、准确性和共享水平，决定着微生物学领域研究和应用的综合能力。 2020年11月9日，国际标准化组织生物技术委员会（ISO/TC 276）正式发布微生物资源中心数据管理和数据发布标准（ISO 217
基因调节蛋白
中文名称基因调节蛋白英文名称gene regulatory protein定 义与基因的DNA序列相互作用调控转录的蛋白质。即反式作用因子。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞遗传（二级学科）
基因检测领域六大最新进展中国微生物菌种查询网
基因检测领域六大最新进展-中国微生物菌种查询网 1. MIT与哈佛大学“多基因风险评分”技术可预测5种严重疾病的风险 麻省理工学院和哈佛大学Broad研究所的科学家表示，他们已经开发出一种基因组筛查工具，它可以预测乳腺癌，2型糖尿病，冠状动脉疾病，心房颤动和炎症性肠病的风
基因检测领域六大最新进展中国微生物菌种查询网
基因检测领域六大最新进展-中国微生物菌种查询网 1. MIT与哈佛大学“多基因风险评分”技术可预测5种严重疾病的风险 麻省理工学院和哈佛大学Broad研究所的科学家表示，他们已经开发出一种基因组筛查工具，它可以预测乳腺癌，2型糖尿病，冠状动脉疾病，心房颤动和炎症性肠病的风险。识别这
基因测序技术大升级
DNA就像是漆黑的夜里萤火虫发的光，第二代测序技术无法辨别每一只萤火虫，所以就把上千只萤火虫放在同一个袋子里，才能收集到它们的光。但第三代技术却可以辨别每一只萤火虫，而且可以同时测量很多个DNA片断。 日前，南方科技大学生物系副教授贺建奎与另外几名中美科学家联合在生物医学杂志BioRxiv上
谷歌致力于基因数据市场，整合Tute－Genomics基因数据库
谷歌希望凭借人类基因组云端服务Google Genomics在基因组研究市场占有一席之地，如今，公司正忙于用最好的工具来填满这个工具箱。 Google Genomics是谷歌2013年推出的一项云端服务，帮助大学实验室和医院等机构将患者或科研对象的生物基因储存到云端上，推进人类基因组信息的存
郭华东：大数据+大科学=大发现
中科院遥感与数字地球所所长 郭华东院士 “大数据是财富，是资源，是科研的战略高地。大数据正在改变人们的研究方式，是人类认识自然和行星地球的新钥匙。” 这是中国科学院院士、中科院遥感与数字地球所所长郭华东于日前在北京召开的大数据与科学发现国际研讨会上做出的判断。从数据发展历史看，19世纪70年代
缺乏数据使用指导原则，基因组数据共享遇阻
基因组数据共享将生物医学研究推向快车道，但向公共领域发布的现有数据指南一方面承认免费和无条件使用数据的重要性，另一方面还未能解决这种重要性与数据生产者首次发布数据的“权利”之间的关系。 在美国能源部联合基因组研究所负责人Nikos Kyrpides看来，这种自相矛盾导致了数据生产者和数据使用
美国推进癌症基因数据共享
美国麦利亚德基因公司(Myriad Genetics)拥有关于乳腺癌和卵巢癌的两个基因的专利，这让它们垄断乳腺癌检测的行业多年。虽然美国最高法院在去年六月已经对这两个基因的专利做了无效判决，但该公司仍然掌握这独有的130万份的检测数据。这些信息则使得麦利亚德公司在检测结果解释上有巨大优势。但是遗
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
大数据：助力判定癌症驱动基因！
目前已知超过100个新的癌症驱动基因，帮助解释了怎样的肿瘤驱动会造成：相同的癌症基因导致不同的病患！ 在一项由Sanford Burnham Prebys医学发现研究所(SBP)引导下的协作研究中,研究人员结合两个公开的“组学”数据库创建一个新的目录“癌症驱动者”。当癌症驱动基因的改变造成癌症
群众基因数据：揭示疾病病因
本月月初，来自40个国家的研究人员和提倡者成立了一个全球联盟来开启安全共享的基因组和临床数据库，目的是为了在这个时代结束时可以使人类能够利用遗传数据。 英国政府，凯萨医疗机构及美国共同努力收集和整理了大量的遗传数据。但是随着全球的联盟，有一天临床医生可以广泛使用遗传数据，全世界的研究者可以
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
微生物组大数据搜索引擎入选中国医药生物技术十大进展
目前，中科院青岛生物能源与过程研究所研发的“微生物组大数据搜索引擎”（Microbiome Search Engine； MSE）入选“2016年中国医药生物技术十大进展”。 微生物组（又称“菌群”）在人体中与生俱来，与人体健康息息相关。因此，对海量微生物组“大数据”的搜索与挖掘，有助于认