历时6年获首个染色体级别的橡胶树参考基因组图谱
记者16日从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的染色体进化、胶乳生物合成与橡胶树的驯化。图片来源于网络 橡胶树是大戟科植物，原产南美洲巴西的亚马逊河流域，历史记载其驯化始于1896年，然后向马来西亚、印度尼西亚和泰国等国家传播。在植物界大约2500种产胶植物中，橡胶树产生的以聚异戊二烯为主要功能成分的天然胶乳，约占全球天然橡胶的98%以上。中国的橡胶种植面积达114万公顷，居亚洲第三位(仅次于印度尼西亚和马来西亚)，但天然橡胶年产量不足年消费量的20%，远低于国际公认的安全保障线(30%)。从二十一世纪初起，云南的橡胶树种植总面积、总产量和单位面积产量均居中国首位。 科研人员介......阅读全文
Cell：单分子测序揭示惊人的基因组重排
科学家们发现，生活在池塘里的单细胞生物Oxytricha trifallax有一种非凡的能力，它们能在交配时将DNA打碎并快速重排这些片段。这项研究发表在上一期的Cell杂志上。 Oxytricha的基因重排是一个非常精密的过程，“这是大自然早期一种的复杂化尝试，”文章的资深作者，Prince
小叶茶染色体级别基因组图谱联合研究成果首次完成
近日，生物学预印本服务器（www.biorxiv.org）在线发表了中美科学家联合研究团队的最新成果，该团队采用单分子实时测序（SMRT）和 Hi-C技术，在20多个代表性小叶茶品种中选用杂合度较低的小叶茶良种“碧云”，将组装获得的约2.85Gb 的基因组序列挂载到了15 条假染色体上，在国际上
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
《科学》：新型单分子DNA测序仪研制成功
新发现朝1000美元/人的宏伟基因组测序计划迈近了坚实一步 美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪(single-molecule DNA sequencers)。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表
－微滴单分子测序仪：设备成本仅1万美金
今年年初，以剑桥大学为依托的Base4公司宣布他们成功利用微滴中包裹的核苷酸荧光级联反应技术清楚的分辨出每个碱基的类型。 每一个核苷酸包裹在一个微滴中，每个微滴按照顺序放在每个小的微孔中，大大的增加微孔的数量，即可进行大规模测序。去年该公司和日立公司进行合作，通过固态的纳米系统直接读取碱基产生
单分子测序揭示艾滋病毒可变剪切新模式
最新一期Nucleic Acids Research上发表了一篇利用PacBio单分子测序方法对HIV-1病毒转录组可变剪切模式的研究。HIV-1病毒是一种典型的RNA病毒，其基因组比目前已知的任何一种病毒基因组都复杂。HIV-1只有一个转录起始位点，却有多种剪切异构体，是研究可变剪切的一种
单分子测序在肿瘤基因检测中的6大应用
肿瘤是当今导致人类主要死亡的主要疾病之。由于其发病隐匿、治疗方法局限、多数预后不良,且分子生物学特征复杂多变,因而肿瘤的预防、早期筛查与诊断、临床治疗、预后评估一直是临床医生致力于解决的关键问题。随着现代医学技术的发展,肿瘤已经进人了个体化治疗阶段。肿瘤的基因组转录组和表观遗传特征在探究肿瘤的发
测序技术再现新进展，已开发基于单分子测序平台的单细胞多组学测序技术
单细胞多组学测序技术是指对一个单细胞同时检测多个组学层面（例如基因组、表观基因组和转录组）的测序技术。这类技术可以更系统、全面地探索细胞异质性以及同一个细胞内的不同组学层面之间的互动关系，有利于更深入地解析复杂的生理、病理过程中细胞类型特异性的分子调控机制1, 2。2019年，Nature Me
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
英国剑桥大学首次报道DNA真实3D结构
剑桥大学和医学研究委员会剑桥分子生物学实验室的研究人员通过单细胞基因组成像技术，将小鼠胚胎干细胞放大了10万倍，得到了其不同部位DNA组合图像。 运用单细胞Hi-C 技术（Single-cell Chromosome conformation capture），以整个细胞核为研究对象，利用高通
关于单分子测序技术—第三代测序技术的关键问题分析
第一：第三代测序技术的关键问题— 因为在显微镜实时记录DNA链上的荧光的时候，DNA链周围的众多的荧光标记的脱氧核苷酸形成了非常强大的荧光背景。这种强大的荧光背景使单分子的荧光探测成为不可能。Pacific Biosciences公司发明了一种直径只有几十纳米的纳米孔[zero-mode wav
关于单分子测序技术—第三代测序技术的基本信息介绍
第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术，即单分子实时DNA测序。 第三代测序技术发明人：Stephen W Turner1 & Jonas Korlach1博士。基因测序技术逐渐成为临床分子诊断中
历时6年－获首个染色体级别的橡胶树参考基因组图谱
记者16日从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的
我国获得国际首个染色体级别的橡胶树GT1参考基因组图谱
记者16日从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的
中国获首个染色体级别橡胶树参考基因组图谱－利于育种
从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的染色体进化
仅需10万个细胞！“升级版”HiC技术，大大降低建库门槛
作为遗传物质的载体，染色体在细胞中并不是随机分布的。近年来，越来越多的研究开始关注染色体的空间结构。大量证据表明，染色体构象与基因表达、DNA复制、DNA损伤修复以及基因组的稳定性密切相关。 Hi-C是近年发展起来的三维基因组学研究利器，由高通量测序技术（High-throughput seq
解析四倍体攸茶（Camellia－meiocarpa－Hu）单倍型基因组
在植物的奇妙世界里，油茶作为重要的木本食用油料植物，有着超 2300 年的栽培历史，其用途广泛，在全球粮食危机的大背景下愈发受到关注。攸茶（Camellia meiocarpa Hu）是其中一员，它叶茂花大果丰，极具农业利用潜力。然而，四倍体攸茶的染色体水平基因组数据匮乏，且多倍体油茶物种高质量基因
细胞用量大幅减少，新技术提升单分子DNA测序水平
美国格拉德斯通研究所团队开发了两种新的单分子分析工具，可将所需的DNA量减少90%至95%。该研究成果发表在最新一期《自然·遗传学》杂志上，展示了这些工具如何帮助科学家解决他们以前无法回答的生物学问题。 单分子分析的黄金标准方法通常需要至少150000个人类细胞，其中包含数百万个单个DNA分子
细胞用量大幅减少，新技术提升单分子DNA测序水平
美国格拉德斯通研究所团队开发了两种新的单分子分析工具，可将所需的DNA量减少90%至95%。该研究成果发表在最新一期《自然·遗传学》杂志上，展示了这些工具如何帮助科学家解决他们以前无法回答的生物学问题。单分子实时测序示意图。图片来源：《自然·遗传学》单分子分析的黄金标准方法通常需要至少150000个
PacBio单分子测序揭示丹参叶绿体DNA修饰的相互作用
2014年6月10日，中科院药用植物研究所（IMPLAD）刘昶团队在《PLOS ONE》杂志上发表了利用PacBio测序技术揭示丹参（Salvia miltiorrhiza）叶绿体DNA修饰之间复杂相互作用的相关文章，该文章报道了丹参叶绿体中编码及非编码RNA的表达情况。这也是国内PacBio第
南方科技大学发布我国首个单分子测序仪样机
在10月27日南方科技大学举行的“基因组测序技术进展国际研讨会”上，深圳市瀚海基因生物科技有限公司发布了其自主研发的单分子基因测序仪“GenoCare”原理样机。据瀚海基因创始人兼CEO、南方科技大学副教授贺建奎介绍，这是亚洲首个具有自主知识产权、中国第一台制成样机的第三代测序仪。 与已应用于
科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列
随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草图序列中仍然存在多种错误，比如序列中会包含有很多嵌合体（即不同位置的序列连接到了一起）或是组装质量比较差的区域等，特别是重复序列区域有的没有组装出来，有的组装出来多个序列，而且这些错误通
在海上进行实时DNA测序
太平洋中部已经破晓，MY Hanse Explorer科考船上正在煮咖啡。啜饮之间，大约有十几位科学家在对这一天的工作进行筹划。一些科学家将穿上潜水服，潜入海平面以下采集南莱恩群岛（Line Islands）众多珊瑚礁周围的水样。其他科学家们将要鼓捣呼呼作声的设备和散落在158英尺高考察船上的精
动物性染色体起源新假说，首个鱼类Y染色体整图谱出炉
2021年7月12日，福建省淡水水产研究所薛凌展团队联合福建师范大学、华中农业大学和维也纳大学等单位，在Genome Biology 在线发表题为“ Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin o
PacBio发布目前最连续的二倍体人类基因组组装
图片来源于网络 Pacific Biosciences公司本周一宣布，它已经产生了到目前为止最连续的单个人二倍体人类基因组组装，表示遗传自父母双方的46条染色体的DNA序列近乎完整。 此次使用的样本来自一名波多黎各的女性，她参与了之前的群体遗传学研究，如千人基因组计划。基因组测序在PacBio的
－遗传学大牛Nature发表新技术：单分子互作测序
George M. Church 随着技术的发现，大规模并行DNA测序得到了广泛的应用，为许多研究领域带来了一场革命。然而，高通量的蛋白质分析仍然困难重重，现在亟需高质量低成本的蛋白分析技术。 为此，遗传学界的大牛George M. Church领导哈佛医学院的团队，开发了一种单分子
第三代基因组测序仪实现单分子速读
第三代基因组测序仪实现单分子速读在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子
第三代基因组测序仪实现单分子速读
在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子进行测序，而目前市场上的主流测序