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王红阳院士:学科交叉与实践迭代让数据“动”起来

近年来,生命科学进入了“大数据”时代,生命的整体性和疾病的复杂性使得信息化和大数据成为生命科学研究的必然。大数据平台给了研究者从系统层面全面认识生命的机会和机遇,使众多科技人员更有信心地应对复杂生命现象的挑战。然而,当前大数据对医学,特别是临床实践的指导作用显然未达预期。我将就大数据产生和挖掘过程中存在的问题进行探讨。中国工程院院士 王红阳 首先讨论数据质量。目前诸多研究和公共资源提供了海量数据,但是不同数据的科学价值参差不齐。高质量数据往往具备样本可靠、信息完整、数据结构清晰、系统性多组学多层次等特点,例如TCGA和ICG等。 与此同时,大数据中也充斥着大量重复,缺乏必要注释和低质量数据,这些数据不仅科学价值有限,反而给研究者增添了数据甄别的负担和误用的风险。大数据的质量对于数据产生者,特别是对大型研究计划顶层设计和数据管理提出了更高的要求。 数据体量方面,虽然当前数据给人“够大”的直观感觉,但具体项目实施过程中,公......阅读全文

科研数据难共享阻碍国内生物科技发展

  上海生物信息技术研究中心主任李亦学的“科研数据共享之梦”已做了13年。但在近日举行的首届金桥产业技术创新会议上,当记者向他问及相关进展时,听到的却是一声叹息。   13年前,“大数据”尚未被任何字典收录,而今却被公认是全球生命科学研究的核心工具。李亦学告诉记者,科研数据难以共享已成为国内生命科

李亦学:生命科学正面临从实验驱动向大数据驱动转型

  生命科学领域的大数据时代已然到来。据相关统计,全球每年生物数据总量已经达到EB量级,完整的人体基因组有约30亿个碱基对,个体化基因组差异达6百万碱基,基于个性化的遗传背景产生了巨大数据。如果能高效、高速地利用这些大数据,无疑将为生命科学行业带来无限机遇。  生命科学正从实验驱动转向数据驱动  在

我国尚未建立生物大数据研究中心:人才缺口较大

  大数据时代已经来临。2014财年,美国政府就如何充分利用生物医学大数据,启动Big Data to Knowledge计划,这是继2012 年美国国家大数据计划实施后新一轮面向生物大数据的基础研究计划。目前,发达国家在生物大数据领域的技术和应用已远远走在前端。在我国,生物大数据还处于发展的初

美国政府停摆给中国生命科学界的警示

  美国政府停摆给中国生命科学界的警示:中国需要自主的“国家生物信息学中心“   10月1日,由于美国民主、共和两党尚未解决新财年的政府预算分歧,联邦政府的非核心部门被迫关门了两个多星期。其中医学、药学及生命科学从业者及研究者依赖度甚高的NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站在此期间处

告别生物科学投资“灰姑娘时代”

  大多数风险投资家认为,投资IT通常会带来最好的回报,这也是他们把主要精力和资金投向谷歌、Facebook、LinkedIn、Twitter等网络和信息技术类企业的主要原因。但是,他们的这种观念,被证明至少在过去十年中是有偏见或者错误的。最近公布的统计数据显示,在200

华大基因携手阿里云打造DNA商店

  今日,华大基因宣布其在阿里云计算平台部署的服务产品BGI Online国内beta版本正式上线。  随着生命科学领域数据爆炸式的增长,如何及时获取、快速分析、安全储存这些庞大的数据是研究者们急需解决的问题。华大基因推出的BGI Online集成了高性能计算,大规模存储及安全网络互联等基础设施,支

破解困局: 中国应建立国家级数据库应对优秀论文外流

  “中国最重要的学术成果中有95%以上不在国内发表,我们借助国外同行把它发表出来,同时,国家每年还要花很多外汇把这个成果买回来用于支撑我们的科研教育。”上海书展还未开幕,一场围绕中国学术出版 “走出去”展开的高端论坛于8月13日下午开讲。国家新闻出版广电总局副局长邬书林在论坛上点出的中国学术出

千亿美元在追哪些生物技术?

  在全球范围内,更多资本开始向生物医药领域“狂奔”:去年,全球药企研发支出前25位企业累计投入1004.41亿美元用于研发;全球生物医药领域风险投资、上市融资、并购重组总额达2248亿美元,创历史新高;医疗健康行业成为全球风险投资最活跃的领域,年交易数量居各行业之首,交易金额排名第二。这些资本正在

医疗行业进入大数据时代 技术应用成为落地关键

  智慧医疗的发展需要大量的技术和实施成本,主要体现在精准医疗和大数据相结合。可以说,数据爆炸已让医疗真正进入大数据时代,在对传统的数据处理技术形成巨大挑战的同时,亦为相关大数据服务的发展创造了良好的基础条件。   智慧医疗的发展需要非常多的技术和实施成本,主要体现在精准医疗和大数据相结合。其中提

Nature:中国等新兴市场生命科学风投呈下滑趋势

  随着中国、巴西、印度和南非等新兴市场的快速崛起,越来越多的生命科学领域创新转移至这些国家。经济的快速增长促进了这些国家在生命科学领域研发的投入,同时市场的扩容也让众国内外投资者看到机遇,纷至沓来。除此之外,越来越多的科技人才加速回流至新兴市场,不仅带来了更多的高质量学术出版物和专利技术,同时也促

争雄基因云,华大、阿里云、药明康德、华为都来玩儿

  今日,药明康德及药明康德下属企业明码生物科技与华为在上海联合发布了精准医学云平台——明码云。  什么是明码云  据介绍,明码云旨在打造覆盖全国、标准统一、安全可靠的精准医学大数据云平台,推动国内基因组信息及精准医学大数据的集中和应用,促进政府相关部门、医疗行业、学术界以及业界在精准医学领域的交流

首届深圳国际生物科技创新论坛暨展览会在深隆重开幕

  2012年12月13日,由深圳市人民政府、中国医药生物技术协会以及华大基因共同主办的“深圳国际生物科技创新论坛暨展览会”在深圳会展中心成功开幕。本次展会以“生物产业链上的高成长机会”为主题,旨在深入探讨以生物基因资源为源头、以生物科技创新为牵引,贯穿从科学研究到技术创新到产业发展的生物领域全新思

刘昌孝院士谈大数据分析,是生物医学下个“风口”

  自从人类基因组计划启动以来,以第二代高通量测序技术等为代表的各类组学技术飞速发展,推动了基因组、转录组、表观遗传组等生命科学组学数据的指数级增长,把生物医学数据推进到了大数据时代。大数据分析正在成为生物医学领域的下一个前沿,集数据存储、数据共享、数据分析和数据质量控制等融合数据形成大数据应用产业

2014顶尖仪器公司排行榜 前25位占比全球市场56%

  2015年4月27日, 2014年全球仪器公司最新排名出炉,前三位的企业仍然保持去年的领先位置,之后8家企业排名也没有变化;牛津仪器(第21位)和耶拿分析(第25位)首次入该榜;2013

三问中国人类蛋白质组计划

  前不久,历经多年论证、被誉为我国生命科学研究领域里程碑事件的中国人类蛋白质组计划(简称CNHPP)正式在京启动,来自清华大学、北京大学、中国科学院、军事医学科学院、解放军总医院、复旦大学等40多所高校、科研机构的近百名专家,共同见证了这一历史性时刻。  蛋白质组计划和基因组计划有何不同?中国的蛋

蛋白质组学实用分析技术一览

分析其实也属于技术的一部分,且在蛋白质组学研究中显得尤为重要,因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的,而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性,因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。

《2017中国生命科学与生物技术发展报告》正式出版

   近日,科技部社会发展科技司和中国生物技术发展中心共同编著的《2017中国生命科学与生物技术发展报告》由科学出版社正式出版发行。图片来源于网络   《2017中国生命科学与生物技术发展报告》以翔实的数据、丰富的图表和充实的内容,全面展示了当前我国生命科学、生物技术和生物产业的基本情况。报告指出,

距离中国生物信息中心还有多远

  10月1日,由于美国民主、共和两党尚未解决新财年的政府预算分歧,联邦政府的非核心部门被迫关门。其中就包括医学、药学及生命科学从业者及研究者依赖度甚高的NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站。   NCBI 是由美国参议员Claude Pepper于上世纪80年代后期发起成立。旨在发展新的

从FDA批准首个癌症消费级基因检测看中国市场

  美国FDA宣布23andMe获得首个直接面向消费者(DTC)的癌症风险基因检测授权。这项检测的意义是什么,中国市场如何?基因慧就此专访了7位相关企业创始人,并分析相关市场趋势,供参考,欢迎留言讨论。  划重点  1. 此产品针对3个癌种的BRCA基因的3个突变  2. FDA对DTC基因检测政策

IDC:2015年中国医疗行业IT市场10大创新

  IDC中国医疗行业研究与咨询服务部高级研究经理肖宏亮说:“预计在2015年由云计算和大数据等新兴信息化技术驱动的新型医疗服务模式和健康管理模式将会逐渐成熟并逐步探索出适合的盈利模式,从而迎来更大的跨越式发展。这些新业务和新模式将会是传统模式的有效补充,并将非常有效地促进中国医疗改革目标的实现。”

Nat Comm| 张强锋组利用人工智能算法分析单细胞ATAC-seq数据

  近年来,深度学习等人工智能技术在图像识别,自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学,对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展,从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习,极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法,在医疗图像处理、结

郭华东院士:科学大数据将打破传统科学研究

  在近日召开的大数据与科学发现国际研讨会上,国际科技数据委员会主席、中国科学院遥感与数字地球研究所所长郭华东院士提出“科学大数据”概念。他认为,作为大数据的重要组成部分,科学大数据正在使科学世界发生变化,驱动着科学研究进入数据密集型科学发现范式这一全新阶段。  郭华东打了个比方,“科学大数据是人类

医学重大突破:基因可以改写 家族遗传病从此终结?

  大数据等计算机技术的渗透,已经使得生命科学逐渐走进普通人的生活。但和IT、互联网类创业公司相比,生命科学创业公司则相对较为低调,极少自我宣传和炒作。其中一个原因是,生命科学研究从实验室走到市场往往需要更长的时间。  基因编辑技术有望根除人类疾病基因世代间的传递?  通过基因编辑技术,对生物的DN

华中科大连发五文:发布lncRNA、泛素修饰等重要数据库

  近年来,随着“精准医学”计划的发布,如何有效整合海量的高异质性、高复杂性生物医学大数据成为生命科学和医学领域的重大命题和挑战。  近日,华中科技大学生命科学与技术学院的“健康大数据”团队陆续发表了5篇论文,公布了多个重要的数据库,这些成果同期刊发在1月4日的Nucleic Acids Resea

BioDrop新品在华首发 生命科学家超微量测量又添新武器

  ——英国柏点公司超微量测量新品发布会  2012年10月15日,专业致力于微量测量新技术的英国柏点公司(BioDrop)在上海浦东紫金山大酒店举行新产品发布会,国内十多家行业媒体应邀参加。作为首次进入中国市场的柏点公司同大家分享了其先进的微量测量解决方案,包括柏精、

多项重磅科研成果 精准医学进入基因大数据时代

  日前,最新一期《Nature》发表两项重磅研究,集中介绍了英国生物样本库(UK Biobank)的遗传数据。该数据集涵盖了约50万个体的全基因组遗传数据、临床测量以及健康记录,向我们揭示了生物大数据对于精准医学的极高价值。  10月4日,《Cell》发布了迄今为止最大规模的中国人基因组学大数据研

叶朝辉:承载创新使命 引领波谱学发展

     叶朝辉院士   叶朝辉简介:叶朝辉是中国科学院数理学部院士。他长期从事波谱学与量子电子学领域的研究,在建立波谱与原子分子物理国家重点实验室和发展我国铷光抽运原子频标等研究方面作出了重要的贡献。在固体高分辨及多量子核磁共振研究方面作了系统研究,在国内率先建立了固体高

医药数据面临三大挑战,“天花板”效应近在咫尺

  在生命科学和医疗健康护理领域的基础研究从来不缺乏新的技术:实时研究、基于人类的大数据,提高客户的消费动机,而且这仅仅是开始。但是为了满足这样或者那样的需求,如何在恰当的时间以合适的方式增强产品的可及性,并适当地阻止那些以“更新换代”为噱头的新产品/技术过快推向老百姓。如今,医药数据面临三大挑战。

华大基因创始人:中国从东亚病夫成了肿瘤大国

          2014年3月28日~29日,火热的黑马运动会在京举行。华大基因创始人汪建来到黑马会医疗健康分会春季论坛现场进行分享,以下为王建演讲全文:   我自己说我这个人极端的贪生怕死,又是极端的自私自利,我做什么都是

科学家证实串联模型存在缺陷

  由哈佛大学博士、沈阳师范大学兼职教授伍少远领导的研究小组采用大规模基因组数据,首次证实目前在系统发育以及比较基因组研究领域广泛应用的串联分析模型具有内在缺陷,不适用于基因组数据分析,并提出了多物种溯祖模型,为解决哺乳动物系统发育关系提供了一个可靠的物种树。相关成果日前发表于美国《国家科学院院刊》