NCBIBLAST比对结果详细分析
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RNAi实验原理与方法选择（一）
一、RNAi的分子机制通过生化和遗传学研究表明，RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段，加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证
新研究实现脊椎动物基因组复制的可视化分析
近日，中山大学海洋科学学院副教授卢建国团队成功构建脊椎动物基因组复制数据库DupScan和一站式分析平台，实现了脊椎动物基因组复制的的可视化分析。相关研究发表于Nucleic Acids Research。卢建国副教授为该论文第一作者和通讯作者，硕士研究生黄沛霖为第二作者，南开大学计算机学院刘健教授
蚜虫mtDNA12S/16SrRNA基因序列测定及系统发育分析
实验概要线粒体DNA在分子进化中具有许多独特的优越性，mtDNA己成为研究生物(主要是动物)进化的重要材料。本研究所利用的mtDNA基因序列包括12SrRNA，16SrRNA以及12SrRNA和16SrRNA之间的序列，通过分析三种蚜虫mtDNA 12S/16SrRNA基因序列的进化，不仅揭示了
蚜虫核基因EF1－alpha基因序列测定及系统发育分析
实验概要核基因含有更加丰富的遗传信息，生物的性状基本上是由核基因决定的，用适当的核基因研究昆虫的系统发育，结果更有可能真实地反映昆虫的进化历史。本研究采用DNA序列分析法，对三种蚜虫的核基因EF-1 alpha进行比较，通过系统发育树分析了它们的系统进化。这一结果结合三种蚜虫的mtDNA的C
植物蛋白质组学和糖基化实验（五）
1. 含高甘露糖型 N-糖苷糖蛋白的鉴定本方法是我们实验室以油菜籽为实验材料建立的，本方法也适用于其他植物材料。( 1 ) 将 6 g 植物材料放入 4°C 预冷的研钵中，加入 50 ml 预冷的 TBS 缓冲液，研磨萃取蛋白质（见注释 13)，接着 10000 g 离心萃取物 30 min，去
第一章：掌握这－8－点令－PCR－引物设计事半功倍
临门一脚，先讲核心，掌握核心，引物设计任你驰骋。引物长度引物长度对反应特异性、解链温度、退火时间都有较大的影响，最终影响到 PCR 反应 是否成功。多数情况下，引物长度约 18~30bp, 引物太短会导致非特异扩增，太长虽然会增加特异性，但是二级结构（如发夹结构）出现的概率增大。引物的解链温度PCR
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位点特异性核酸内切酶的蛋白质工程实验
位点特异性核酸内切酶的蛋白质工程 实验材料 pMQ402 试剂、试剂盒
类器官常用小分子及应用文献汇总
小分子(small molecules)是指分子量小于1000道尔顿(尤其小于400道尔顿)，并具有生物学功能的化合物。此类化合物与细胞因子和蛋白不同，其可直接穿过细胞膜进入细胞，进而发挥相应的功能，适用于各种属的细胞。小分子化合物的作用靶点众多，已广泛应用于干细胞，类器官，免疫学，神经生物
TLP基因的表达模式分析
实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析，为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析 1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后，用液氮速冻，以保证RNA不被降解，然后冻存于-70
RNAi的实验原理和操作实用技术(1)
几十年来生物学上最重要的进展，也许是关于RNA分子能调节基因表达的发现。RNA干涉（RNAi）是指双链RNA分子使基因表达沉寂的现象，是在线虫中发现的，在 1998年的一篇Nature论文中被公诸于众。此后，科学家们明白，RNAi还有其他形式，它既是一种了解基因功能的强大工具，又是很多生物的基因组所
RNAi实验原理与方法（一）
通过生化和遗传学研究表明，RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段，加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证据表明；一个称为Dic
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实验原理通过生化和遗传学研究表明，RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段，加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证据表明；一个称
GenBank数据库概述（三）
结构： 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB：分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
－距离中国生物信息中心还有多远
10月1日，由于美国民主、共和两党尚未解决新财年的政府预算分歧，联邦政府的非核心部门被迫关门。其中就包括医学、药学及生命科学从业者及研究者依赖度甚高的NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站。 NCBI 是由美国参议员Claude Pepper于上世纪80年代后期发起成立。旨在发展新的
如何快速查找LncRNA序列？
查找LncRNA序列的网站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC数据库等。今天，小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。一．根据LncRNA来源数据库，进入相应链接。 Genebank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
一抗的选择
检测任何目的靶蛋白都有不止一种抗体可供选择，为缩小抗体的选择范围选中合适的抗体，需要考虑如下几种因素： 分析试验应用的类型l 样本蛋白的结构性质l 样本的种属l 抗体宿主的种类l 抗体的标记和检测l1.分析试验应用的类型 一般抗体说明书都列出该抗体经试验验证过适用于何种分析类型，如：可以应用于W
解决基因组学重要挑战的新工具
单细胞基因组学和宏基因组学是开创性的技术，可帮助研究人员评估环境微生物群落的结构和功能。现在应用这些技术的项目越来越多，但是，仍缺乏一种高通量过程来检查所组装的基因组序列，从而阻碍了这些技术的广泛应用。目前，去除已上传到公共数据库的微生物基因组中的污染序列，还是一个手动和耗时的过程，为了去除污染
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如何查找microrna的前体
在NCBI主页输入要查找的miRNA的名称，all database中选择GENE；在搜索结果中选择目的miRNA，在NCBI reference sequences（RefSeq）栏中点击目的miRNA的ID号即转到序列，还可以通过链接到UCSC、miRBase查找。
研发新病原体抗原性计算平台－新型疫苗有望问世
中国学者研发的方法计算出寨卡与登革热病毒存在高度相似的抗体表位，现有的登革热疫苗有潜在交叉预防寨卡病毒的作用课题组供图 新发传染病严重威胁人类健康，危害国家经济建设与社会稳定，如何有效预防新发传染病在易感人群中传播是人类面临的重大挑战。复旦大学4日披露，上海市公共卫生临床中心、复旦大学生物医学
RNA干扰（RNAi）实验原理与方法（1）
近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被称为RNA干扰（RNAi）。一、R
科研数据难共享阻碍国内生物科技发展
上海生物信息技术研究中心主任李亦学的“科研数据共享之梦”已做了13年。但在近日举行的首届金桥产业技术创新会议上，当记者向他问及相关进展时，听到的却是一声叹息。 13年前，“大数据”尚未被任何字典收录，而今却被公认是全球生命科学研究的核心工具。李亦学告诉记者，科研数据难以共享已成为国内生命科
Immune－Cell－Atlas－数据集的下载地址是什么？
您可以通过以下途径获取 Immune Cell Atlas 数据集： 1. 欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）的数据库：https://www.ebi.ac.uk/2. 美国国家生物技术信息中心（National Center for
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SNP基因分型（SNP－genotyping）的几个常用数据库
做SNP genotyping应该常看的几个database：1. NCBI dbSNP从这里出发可以连到下面几个网站。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=snp2. International HapMap ProjectThe Int
芥菜型油菜种皮转录组De－Novo拼接及类黄酮生物...（一）
芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄籽种皮
荧光定量PCR实验指南1
第一部分一、基本步骤：1、目的基因（DNA和mRNA）的查找和比对；2、引物、探针的设计；3、引物探针的合成；4、反应体系的配制；5、反应条件的设定；6、反应体系和条件的优化；7、荧光曲线和数据分析；8、标准品的制备； 二、技术关键： 1、目的基因（DNA和mRNA）的查找和比对；
荧光定量PCR引物的设计原则与方法
实时荧光定量PCR是一种在DNA扩增反应中，以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应（PCR）循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。 实时荧光定量PCR是实验室最常用的实验。研究基因在mRNA表达水平,以及验证基因敲除后下游靶基因变化情况等等。对于新
如何查找质粒图谱
方法一：使用Vector NT 软件 做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和