芥菜型油菜种皮转录组DeNovo拼接及类黄酮生物...（一）
芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄籽种皮（SY）以及近等位基因系棕籽种皮（NILA）的转录组基因，对检测结果进行De Novo拼接，超过1.16亿个高质量的reads被组装成69,605个独立基因，其中以E value值为10-5为截点，大约71.5%（49,758个独立基因）能比对到Nr蛋白数据库。RPKM分析结果显示，棕籽种皮较黄籽种皮，有802个基因上调，502个基因下调。生物学通路分析显示，46个基因与类黄酮合成相关。在黄籽中，与后期类黄酮生物合成相关的编码基因二氢黄酮还原酶(DFR)、白花色素双加氧酶(LDOX)、花色素还原酶(ANR)不表达或者表达水平非常低，这......阅读全文
芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物...（一）
芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄籽种皮
芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物...（二）
COG分类：将49,758个能比对到 Nr蛋白数据库的基因进行COG分类，结果显示25,140个基因聚成25种功能组。其中最大的COG分类组为信号转导机制组（10,471个基因大约占41.6%），详见Figure 5。Figure 5. COG function classification of
芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物合成基因
芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄
De novo synthesis of pyrimidine nucleotides
NON-Clickable Image The pyrimidine ribonucleotides, those found in RNA, are uracil and cytosine, each containing the sugar ribose and a nitrogenous ba
Nature Methods：De Novo基因组序列组装的新方法
对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Natu
The peptide de novo sequencing from MS/MS spectrum
Tandem mass spectrometry (MS/MS) now plays a very important role in protein identification due to its fastness and its high sensitivity.The deriva
逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定...
逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定
修正基因组法有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略
随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo 基因组拼接是利用短
5000bp！单分子测序读长再次升级
PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里，随着年初C2试剂的升级，Pacbio RS的平均读长达到了3000bp，并迅速在测序的各个领域，特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日
病毒通过泛素化调控寄主de novo甲基化研究取得进展
双生病毒(Geminivirus)是一组具有双生颗粒形态的单链环状植物DNA病毒。由于双生病毒主要依赖于植物宿主系统来完成生活史，能够通过自身编码的少数几个蛋白来调控植物的若干重要生命过程，因此，对双生病毒展开深入研究，有助于揭示植物自身若干重要生命过程的分子机制。另外，双生病毒侵染广泛的农作物