SSH抑制性消减杂交文库构建方法介绍

SSH是一项可以快速获取两个不同生物材料中差异表达基因的分子生物学技术,是快速筛选差异表达基因的有效方法,也是寻找新基因的重要手段。该技术尤其适合以genome尚不完全清晰的物种或者以特殊材料为研究对象的科研工作者。是基因芯片技术的有效补充。基本流程:通过差减文库构建,文库验证和筛选(逆向斑点杂交),获得阳性克隆,对阳性克隆测序及生物信息分析,可判定差异基因的情况。另外结合RACE技术可进一步克隆所获得的差异基因的cDNA全长序列,并可用Northern blot 或Real-Time PCR加以验证。抑制性消减杂交文库技术 是一种革命性的差异表达基因筛选技术。该方法结合了抑制性PCR和消减杂交技术,即御用PCR反应链内退火有限于链间退火的特点和分子杂交二级动力学原理,经过体系不断优化建立起来的快捷、有效的差异基因筛选方法。与传统的DD—PCR、SAGE及cDNA—RNA等技术相比,具有低丰度mRNA富集效率高、假阳性低、灵敏度......阅读全文

苏州医工所云计算技术研究获进展

  近年来,云计算(Cloud Computing)已成为高性能计算的新潮流。云计算是基于互联网的计算方式,通过这种方式,用户可以按需来申请由供应商提供的各种软硬件资源,进行大规模计算。云计算具有超大规模、虚拟化、高可靠性、按需服务、极其廉价等诸多优点,这使它成为科学计算的重要工具。   在医学影

北京大学对趋化素样因子1的研究取得重要阶段性成果

  趋化素样因子1(Cklf1)是北京大学医学部免疫学系韩文玲教授利用抑制性消减杂交技术(SSH)在国际上首次克隆到的一个新的、有自主知识产权的细胞因子,初步的研究认为它是一种具有广谱的趋化活性的趋化因子,而正是趋化因子对炎性细胞的吸引和活化引起炎性细胞浸润、进而引起血管平滑肌的增殖、迁移,形成内膜

北大CancerRes获肿瘤特异性抗原筛选新方法

  来自北京大学医学部的研究人员与美国贝勒医学院等单位合作,在筛选鉴定肿瘤特异性抗原方面取得重要进展,其主要研究成果发表在最新一期的国际著名杂志《癌症研究》(Cancer Research)上。   肿瘤特异性抗原是一类在肿瘤组织中特异性高表达,而在所有或者大多数正常组织中不表达或低表达的蛋白

美国NSA网络武器“饮茶”分析报告发布

一、概述 国家计算机病毒应急处理中心在对西北工业大学遭境外网络攻击事件进行调查过程中,在西北工业大学的网络服务器设备上发现了美国国家安全局(NSA)专用的网络武器“饮茶”(NSA命名为“suctionchar”)(参见我中心2022年9月5日发布的《西北工业大学遭美国NSA网络攻击事件调查报告(

mRNA差别显示技术[DDRTPCR]

随着PCR技术的发展,人们在此基础上建立起了一系列基于基因分离的新技术新方法。如mRNA差别显示技术(DDRT-PCR)、以及进一步改进的代表性差示分析(RAD),抑制性扣除杂交(SSH)和交互扣除RNA差别显示技术(RSDD)。差别显示PCR是根据绝大多数真核细胞mRNA3’端具有的多聚腺苷酸尾(

江苏大学生科院发表传染病毒新综述

  家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus, BmNPV)病是世界养蚕业一种重大的传染疾病, 该病引起的蚕茧损失占蚕病引起损失总数的60%以上, 长期以来对这种病毒病的防治还没有很好的解决方法。 各国研究人员在寻找抗性基因、阐述抗性机制以及通过传统育种或

基因表达轮廓(gene-expressed-profile)技术3

电子杂交即虚拟的RNA杂交(Virtual northern blots)。用已知的EST序列为起始序列,采用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool,BLAST)检索程序检索数据库中与其同源或有部分重叠的EST序列,以分别确定EST是属于已知基因还是已

误执行-rm-rf-之后,除了跑路还能怎么办?(一)

前言最近写个简单的 Bash 脚本都不上心了,写完连检查都不检查,直接拖到到实体服务器跑。结果一跑起来,发现不对劲,怎么一个简单脚本跑了 10  秒还没结束,于是立马直接 ctrl + c 一顿操作停掉了运行中的脚本。接着,习惯性的输入了 ls,结果 what?找不到 ls 命令?瞬间背后一凉,慌慌

第二代差异显示系统与传统mRNA差异显示技术

真核生物中,从个体的生长、发育、衰老、死亡,到组织的分化、凋亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答,本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30 000个不同的基因,但在生物体内任意细胞中只有10%的基因得以表达,而这些基因的表达是按事件和空间顺序有序地进行着,这种表达的方式即为基因的差异

传统mRNA差异显示技术(DDRTPCR)和第二代差异显示系统

真核生物中,从个体的生长、发育、衰老、死亡,到组织的分化、凋亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答,本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30 000个不同的基因,但在生物体内任意细胞中只有10%的基因得以表达,而这些基因的表达是按事件和空间顺序有序地进行着,这种表达的方式即为基因的差异表达。其

基因表达轮廓(gene-expressed-profile)技术1

基因表达谱或基因表达轮廓(gene expressed profile)技术就是利用mRNA提取、cDNA合成、酶切、连接、PCR及分子杂交等分子生物学基础操作技术,将某一生物材料在某一特定阶段表达的基因全部展示出来,通过测序及与数据库比较或通过目标和对照样品中所表达基因的比较,可以找出特异表达

RNA分析的几个热点领域及主要技术路线

DNA,RNA和蛋白质是三种重要的生物大分子,是生命现象的分子基础。基因组DNA中的基因通过转录为mRNA并进一步翻译为蛋白质,很多种类的蛋白质在最终发挥功能时又经历磷酸化、糖基化、酶原激活等翻译后修饰。DNA的遗传信息决定生命的主要性状,而mRNA在信息传递中起很重要的作用。其它两大类RNA,rR

镜像方向选择实验

SSH 的主要缺点是,在消减文库中存在代表非差异表达 DNA 种类的背景克隆。在某些情况下,背景克隆的数量可能大大超过目的克隆。为了克服这个问题,推荐镜像方向选择(MOS)。本实验来源于 PCR 实验指南(第二版),作者:种康,瞿礼嘉。试剂、试剂盒EDTA矿物油TN 缓冲液PCR 缓冲液聚合酶混合液

探索嵌入式应用框架(EAF)(一)

EAF是Embedded Application Framework 的缩写,即嵌入式应用框架。嵌入式应用框架是 Application framework的一种, 是在嵌入式领域的应用框架。Application Framework——应用框架,是一种软件框架,软件开发人员用应用框架作为标

再登顶刊!南京大学团队发表拓扑物理研究评述

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503480.shtm近日,南京大学固体微结构物理国家重点实验室、现代工程与应用科学学院的陈延峰教授团队的卢明辉教授课题组与西班牙马德里先进材料研究所的Johan Christensen教授课题组合作共同回

SMART技术

  真核细胞的mRNA在加工过程中有一个比喻为“穿鞋戴帽”的过程,因此mRNA的3’末端都带有一段Poly A,这是利用逆转录酶制备cDNA文库的基础。但是由于cDNA的5’端的序列各不相同,如何获得全长的cDNA,如何扩增由微量的mRNA逆转录得到的cDNA文库、如何利用已知片断序列得到全长的cD

全长cDNA文库的构建—SMART技术

        真核细胞的mRNA在加工过程中有一个比喻为“穿鞋戴帽”的过程,因此mRNA的3'末端都带有一段Poly A,这是利用逆转录酶制备cDNA文库的基础。但是由于cDNA的5'端的序列各不相同,如何获得全长的cDNA,如何扩增由微量的mRNA逆转录得到的cDNA文库、如何利

生物信息学应用:序列分析,电子克隆等初探

生物信息学可指利用信息技术管理和分析生物学数据。这就意味着生物信息学所涉及的范围相当广泛,从人工智能、机器人一直到基因组(genome)分析。就基因组分析这一角度来看,生物信息学主要是指核酸和蛋白质序列数据的计算机处理和分析。近年来,蛋白质结构数据的快速增长,使蛋白质三维结构的处理分析也归入到生物信

SMART技术简介

真核细胞的mRNA在加工过程中有一个比喻为“穿鞋戴帽”的过程,因此mRNA的3’末端都带有一段Poly A,这是利用逆转录酶制备cDNA文库的基础。但是由于cDNA的5’端的序列各不相同,如何获得全长的cDNA,如何扩增由微量的mRNA逆转录得到的cDNA文库、如何利用已知片断序列得到全长的cDNA

共创美好记忆-记2024年岛津上海分公司家庭日活动

在这个充满欢声笑语的六一儿童节,岛津上海分公司迎来了它的第11届家庭日庆典!自2014年起,这场欢乐的盛宴就如同一个不可或缺的“定番”,准时在每年的六一前后与我们相聚,共同编织了一段段温馨而难忘的记忆。今年,我们再次相聚,一起开启这场充满爱与欢笑的家庭日大派对! 家庭日背后的初心与蜕变最初,家庭日只

细胞电融合

            实验方法原理 将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,造成细胞之间相互连接,如果施加的高频交流电压(即正弦波的p-p值)过高或作用时间过长,则细胞连接成串珠状,应适当控制以上条件,尽量使两细

基因分离克隆的方法

1 基因芯片技术分离目的基因生物芯片是高密度固定在固相支持介质上的生物信息分子的微列阵。列阵中每个分子的序列及位置都是已知的,并按预先设定好的顺序点阵。基因芯片是生物芯片的一种,其上固定的是核算类物质,主要用于DNA、RNA分析。分为DNA芯片和微点阵两种。分离目的基因是是指从基因组中发现或找出某个

基因差异表达技术

真核生物中,从个体的生长、发育、衰老、死亡,到组织的得化、调亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答,本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30000个不同的基因,但在生物体内任意8细胞中只有10%的基因的以表达,而这些基因的表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,这种表达的方式即为基因的差异表达

细胞电融合

细胞电融合的优势在于(1)融合率高(2)无毒性(3)操作简便(4)融合后的细胞继续培养成活率高等。动物的游离细胞以及植物成微生物去壁后的原生质体,在电刺激下进行细胞融合,是细胞工程手段的又一进展。实验方法原理将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,

终于等到你!科兴新冠疫苗获得-WHO-审批!

  昨日深夜,WHO 宣布将科兴中维研发的新冠疫苗列入紧急使用清单。  图源:WHO 截图  这是继国药集团北京生物制品研究所研发新冠疫苗 BBIBP-CorV 被 WHO 列入紧急使用清单(EUL)后的第二种国产新冠疫苗,也是全球第七种被 WHO 列入紧急使用清单的新冠疫苗。  另外五种分别是辉瑞

细胞电融合

            实验方法原理 将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,造成细胞之间相互连接,如果施加的高频交流电压(即正弦波的p-p值)过高或作用时间过长,则细胞连接成串珠状,应适当控制以上条件,尽量使两细

独家!这个组织正对中国疯狂实施网络攻击

2月19日,《环球时报》记者从北京奇安盘古实验室独家获悉一份报告,该报告揭秘了一个将中国作为主要攻击目标的黑客组织AgainstTheWest(下称“ATW”)的详情内幕。该组织核心成员来自于欧洲、北美地区,对我国疯狂实施网络攻击、数据窃取和披露炒作活动,对我国的网络安全、数据安全构成了严重危害。这

RACEPCR克隆基因的几点建议

摘 要:  RACE是一种快速克隆cDNA末端的方法,目前, 该方法被广泛应用于未知碱基序列基因的克隆,尤其是SMART RACE技术更为人们所青睐。本文总结了我们实验室用SMART RACE技术克隆基因的一些心得体会,希望对用RACE方法克隆基因的同行有些帮助。关键词: RACE; RNA提取; 

研究揭示运动锻炼的诸多好处

  本文中,小编整理了多篇研究报道共同揭示运动锻炼给机体带来的诸多好处,分享给大家!图片来源:tomcorsonknowles.com  【1】JGIM:瑜伽等运动可以治疗下背部疼痛并促进睡眠  doi:10.1007/s11606-019-05329-4  波士顿医学中心(BMC)的一项新研究显示

消减-cDNA-或基因组-DNA-文库的制备实验

试剂、试剂盒 缓冲液、溶液和试剂酶和酶缓冲液核酸和寡核苷酸放射性化合物酚仪器、耗材 热循环仪水浴箱琼脂糖凝胶电泳所需的试剂与设备实验步骤 第1阶段:RNA和DNA的分离一次双向消减,需要总量为2ug的基因组DNA或cDNA。大多数分离RNA和基因组DNA的方法都适用于本实验(Sambrooketal